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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00053982 ID=TCONS_00053982|Name=TCONS_00053982|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2510bp AACATAGTCAGTCAGTAGCGGCACTGTTAGAGTGGAGTGGAGGCAGCACA AGATGATTGCAGCACAACAAACAAAATTGAGACCCAGATGAGCGTGAGCC CAAGAAGACAAACGACAGAAAGAAATGGCAATCCCCGAACACCAAAACCC AGACTTTGAGAAGCTTTTTGGGTTGGCGAATAATTTGGACATATTGTTAT CTTCGCTGGTATTAAGATTGGAGAAGAATGTTGTGATGGATGGACAagct agaaaaatttcaattttacttcAGTATTGTGGATATGgttaagcattatt ttttcctccCTTTTGACAACTTTACCAATTTTTATCTAACTCTGTTTATT CCAATCGACAATAGGTGTGATGATTCAGACTTGGTCAAGTTTGTCATGGA ACTACTACTACAACAAACACCAGATTTACTTGGCAAGTTTAATTTTGATC ATTTCTTTATTAATCGTACCCTCTGTGTCTAACTTAAATAATTTGCAACC ATTTTTGACCCTGGAGTGTTTTATAGCTTTTACTCAGTGCATGCCCTTGG AGTATGTTTAATGTTGATCATTTCCTTTTGTGCTACCATTTGGTCTTGGT TTTCATTGTCAATAATAGTTACAAGGAAAGAGGATGGAGAAAGTTCAACT ATTTATGTGGTTGTTTAGAAAGTTATTGATGGTGAATTCTTTGACCATTC CAACTAATCAATGCTTTTGAAGGTTCAGACTGTTTATGAGGTTTAAGGTT TGAGACTAATTATGTGTTTTGATAATCTTCAAACTTATTGATTAGTCCCA CCCACCTTCGTTAAGGGTACATCTAAACTTACTCTGAGGGCATATTTCTT CTCACCATCAAACCCTCACATATTTCCACCTTGCAATTGCTGTGCTGGTt tgctttttcttctttattttttagtgTCGCGATGTGGATCAAATGATGTG GAGCTTTATTGCATGCACAAGAATCAATCGGCAAGTTACTTTTGCTTTGT TTCACTGAATTTACCCTTTGCCCTTTTTTTACAGTGGCCCTGAAAATTTT TAGTCTTGTGATAATTTCTGTCCCTGGAGTATATTTGATGTTGATCATTT CCTTTTGTGGTACCATTTGGTCTTGGTTTTCATTGTCAATAATAGTTACA AGGAAAGAGGATGGAGAAAGTTCGACTATTTATGTGGTTGTTTAGAAAGT TATTGATGGTGAATTCTTTGACCATTCCTACTAATCAATGCTTTTGAAGG TTTAGACTGTTTATGAGGTTTAAGGTTTGAGACTAATTATGTGTTTTGAT AATCTTCAAACTTATTGATTAGTCCCACCCACCTTCGTTAAGGGTACATC TAAACTTACTCTGAGGGCATATTTCTTCTCACCATCAAACCCTCACATAT TTCCACCTTGCAATTGCTTTGCTggtttgcttttttttctttatttttta gtgTCCCGATGTGGATCAAATGATGTGGAGCTTTATTGTATGCACAAGAA TCAATCGGCAAGTTACTTTGGATTTGTTTCACTGAATTTACCCTTTGCCC TTTTTTTACAGTTTCCCTGAAAATTTTTAGTCTTGTGATAATTTCTGTCC CTGGAGTATATTTGATGTTGATCATTTCCTTTTGTGGTACCATTTGGTCT TGGTTTTCATTGTCAATAATAGTTACAAGGAAAGAGGATGGAGAATGTTT GACTATTTATGTGGTTGTTTAGAAAGTTATTGATGGTGAATTCTTTGACC ATTCCAACTAATCGATGCCTTTGAAGGTTTAGAATGTTTATGAGGTTTGA GATATGAGACTAATTATGTGTTTTGATAATCTTCAAACTTATCGATTAGT CCCACCCTTTATCTCACTTCATATTATACGTTTAATGTCATCTTACTTTA TGGACAGAAATCCCCTCTTAACCTCTGATCTCCTTCATACTTAGAAAGGC TTTCTATTTTGTATTTGTAGCATTTTGTTGttggttttctttttatttat gttttagtGTTTGAATGGGGAAACCTTCCACCAAACGAAACAAGCAATCG ATAAGACATCATTTAGTTTATTAAGCTTCATCTGTGGAACCTGCTCGGAT AACATCTCGTGTCAACACAACAACTCGAACCAATAAATATCAAATGGTTG TTATGTTAAACTGTTTAATGTTGTTTGCTGCCCTAATAAACAGACTTCAT GTTGCTACAACAAAATCTGTTAAGTAAAATTGCTCTTTGTCAGCTTTTAG TTCTGCCACACTTGAACTCGCTATGGTTCTTACGGTGAATATAGTGATTG CTActgggtgtcccagaaaaaagtccctCTCTTTGAAGTGAACTTTCTTG ATTTCTGTGATTGTGAAAGaatcagtttttttttgcattggaaagaagGT GGATAGAAttgaattttgaggggtcattattttgtcaaatttggtcaact agatcaaaagttatggtctaaacttcaaaacattacttttcaaaaaaatc gaaaaaaggc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_237:457079..461643- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053982 ID=TCONS_00053982|Name=TCONS_00053982|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4565bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_237:457079..461643- (Clytia hemisphaerica) AACATAGTCAGTCAGTAGCGGCACTGTTAGAGTGGAGTGGAGGCAGCACA
AGATGATTGCAGCACAACAAACAAAATTGAGACCCAGATGAGCGTGAGCC
CAAGAAGACAAACGACAGAAAGAAATGGCAATCCCCGAACACCAAAACCC
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TGACCATTCCAACTAATCGATGCCTTTGAAGGTTTAGAATGTTTATGAGG
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TTAGTCCCACCCTTTATCTCACTTCATATTATACGTTTAATGTCATCTTA
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AAGGCTTTCTATTTTGTATTTGTAGCATTTTGTTGTTGGTTTTCTTTTTA
TTTATGTTTTAGTGTTTGAATGGGGAAACCTTCCACCAAACGAAACAAGC
AATCGATAAGACATCATTTAGTTTATTAAGCTTCATCTGTGGAACCTGCT
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GGTTGTTATGTTAAACTGTTTAATGTTGTTTGCTGCCCTAATAAACAGAC
TTCATGTTGCTACAACAAAATCTGTTAAGTAAAATTGCTCTTTGTCAGCT
TTTAGTTCTGCCACACTTGAACTCGCTATGGTTCTTACGGTGAATATAGT
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TCTTGATTTCTGTGATTGTGAAAGAATCAGTTTTTTTTTGCATTGGAAAG
AAGGTGGATAGAATTGAATTTTGAGGGGTCATTATTTTGTCAAATTTGGT
CAACTAGATCAAAAGTTATGGTCTAAACTTCAAAACATTACTTTTCAAAA
AAATCGAAAAAAGGC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1575043694:461473..461643 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1575043694:461473..461643 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1575043694:457079..459417 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1575043694:457079..459417 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1510915933:461473..461643 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1510915933:461473..461643 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1510915933:457079..459417 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1510915933:457079..459417 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1491911889:461473..461643 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1491911889:461473..461643 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1491911889:457079..459417 | TCONS_00053982-exon-scaffold_237-1491911889:457079..459417 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_237 | supercontig | scaffold_237:457079..461643 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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