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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002516 ID=TCONS_00002516|Name=TCONS_00002516|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2018bp tCTGAATAAAGAGCTTTCTCCAAGATGAACACAATGGTTGTATCTTCGGA GAGCTGTCCAAAATCAATGATTTCGATCATCGTCAACCGTACAAACACAG ATAAATATTGGTCCAaagattttaagaaacaaaaggAATATTTCAACGAT AGTGCATCAGAAGAAAATTCAGCCGGTAAATCAAAACTCGATGTCATGGT TGAGACGAAAAAAGACGAATATGTTAGCTCATTCACTGTTCATGGCCTCA CGCGAATCTTCAAAGGTTCAAAGTCAGAATCTATGTTCTGGATGATGATG CTTTTAGTAGGTGTGACCCTATCTACGTATGTGATCCATGGCCTAATCAA GAAATACTTCGAATACAACATATATACGGAGGTTCGATCAACCGTATCTA TAAAGAATATATTCCCAGGAATCACCGTATGTGAGTTTAACGGAATGTTA TCAAATTACTTCGCCTATTGTGGCCAACAAAGAGGACACGCCACCATTTA CGAAGCTGACAATGTTTGTAGTGTGGATGCCAGAGCTGGAAGTGAGGAGA TTAAAGATCGTTTAGATCATCCATTTCAATGGAGTAATGGTGTCTTCAAC GTGACACAATGTCATACCTGGGGTGGCAAATATTGTGCTAAGGACACTTA CATCAAATCACTGGCCGATCACAACCACAGATGTTTTACGTTCAATTATA ATGGGGATTTCTATGACACATACTCGCACGCGTATATGGAATTCACCATA AATGACAAGTATGCAAGAGGTGCTCCATTTATTATTGCCATAGTTCATGA TCCAAGAATCGCCGAACTGGATATGACAAACAGAGTGGTTTTGGAAGCAT CTAAGATATACGAGTTGAAGATTGAGAAAACAGTCATCAAACGCTTACCA TCGCCGTTCCCTTCAAATTGCACCGTTGGAAAAATGAATGACTTTTTCCC TGGCAAATATACCAGGAGGAATTGTCTTGAATCCATTACATATTCTCGTA TGTTTAAAGAGTGTGGTGATGTCTTAGATTATCATCAAAAATACATTCCC AAAGAGTTGAAAGACAAGTATAAGACCAACAAAACAATACGAGAGGTCGT CCAATGTATTGAAAAATTCAGTCAAGAAGAAGTCACAGATATTAAAGAAT GTCCGTTCCCGTGTGAAGAAATCGAATATACGACAATGCCGACATTCCAT AGTCGTGTGCCTAAAGACCCCATTCCAACCTATAGGCTACATATACAATA CCATAGAGTAGACTCTTACAAATCAATTGAAGAAAAACAGTTGGTGACTT GGGATCAAGTGGCTGGCGAAGTTGGTGGATTGGTTGGATTGGTGATAGGA GCATCGTTCATATCCATAATCGAGATTGTGTTTTATGTCTTTCTGTGCTC CTTTCATAAAGTGAAAAGGGCATGTTACACGTCTGGATGACAAACCAACA CGAGACATATTTCGCTGATGAAGCAAATCATATAACAACATATAAAACGA AAAACGAAAATGTTCAAGTAACAGAGTAGCCAGATCGGTCTGCCAGGAAC GGAGCGTCTGACTGTGGCTGGAGACGCGTCCCAAGGAAGATACGTACTTT CGAATCAATTTGACTCGTTTTCAGCAAGAGGTTTATAAAACAACATTAAA ACGTATACAATTTAAGCGAAATCAAGTCCTACACTTGACGCGTCTTGTGG AACACAACTCTAGGAGCCAGTCAAGTAATGTCTCATATACAGGGCCCACG CCACTGGGAGGAGCAGGGGTGCCATTATTCTTCAATTATCATAATTCAAA CTTTCAATAACCCATTGTTAGACAAAATAAGTCTAAAGATATGACATTTT AAGGCATATTAGGGgagtgaaatcaaaattttctcctgCCTCATCACCTT CTTAGTCATTATCTTTTTAGACTCTGTATTTTCCAGACCATGGCGTGGGC CGTGGTATAAGAGCCTGTAAAAAGTTGGGATTGGTTatatttgaattgaa aataataacCCGCCCCCC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000020:659667..668771- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002516 ID=TCONS_00002516|Name=TCONS_00002516|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9105bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000020:659667..668771- (Clytia hemisphaerica) TCTGAATAAAGAGCTTTCTCCAAGATGAACACAATGGTTGTATCTTCGGA
GAGCTGTCCAAAATCAATGATTTCGATCATCGTCAACCGTACAAACACAG
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TGTTTGGGGGTAATTTTGCTCTGTTTGAGGGTAATTTTGAGTGTCCAGGG
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AAAAAACCATCGGGTATCTCAAATTTCAAATATTTTTAAGGGAAGAAATC
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TGCTTGCGCGGCAATTGGCGGCTACGGTCGAAAAGGTGTATTTAGAGATT
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TTAGAGTTTGTTATTTTTGTGCAGAATTTAATCTACATTGCTTGCGGTAA
CCTCGCGAAATGCATGATCGTTATCCTCAATCAAGCATGCTATATTAAAT
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CGGGTATCTCAAATTTCAAATATTTTTAAGGGAAGAAATCTTAGCCGATG
CTAAAAATTAGTCCATTTCGTGAGATCTACGTGAAATTCACTTCGGCAGT
GAAAAAAGTGTGTTTTCAAATTTTGTCGAAATACCAGAATATTCGGCGAA
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TCCCTTGATTATTTAATTACCCCCCACCCCCTAAACTCGATCCAATCCTT
TTTTGACTCATTTTTCTATTGGTCTATAGGTGCGAAAGAAGGACTGAGAC
GGTTTAAGTGGGATAAAGCGGACAAAAAATGCTTGCGCGGCAATTGGCGG
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TTTTCTGTAAGCAATCAAAGACCTCCAAAACTTTTTTAGCGCAAAATCTA
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AGAACTTTAGCATGTCGGAAAAAATTTCTACATCGAGTGCCAGTAATCTA
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GTGTATCAGCTGAACGGAAAATTAAAAAGGGCGAAGGGTTTGAACCTATA
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TCGTGAAACTTCTGATTGGTCAAGCGTTGCAATTCTATTGTAATATCACG
TGACTTACCACGGCACACTTTTCAGCAAAGTACGCTATCTAGCCTTTCGG
GCTTTATAAATCTATGTTTGAACCGGGAACCCTGGCAGCTGACACCTTAA
GCCACTCAAACAGCGCTTCTTAGTAAATAAATTTTCGGTGATCTGATATT
TTTTCTTTTGTTTCTGTTTACAGAATATTTCAACGATAGTGCATCAGAAG
AAAATTCAGCCGGTAAATCAAAACTCGATGTCATGGTTGAGACGAAAAAA
GACGAATATGTTAGCTCATTCACTGTTCATGGCCTCACGCGAATCTTCAA
AGGTTCAAAGTCAGAATCTATGTTCTGGATGATGATGCTTTTAGTAGGTG
TGACCCTATCTACGTATGTGATCCATGGCCTAATCAAGAAATACTTCGAA
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CCCAGGAATCACCGTATGTGAGTTTAACGGAATGTTATCAAATTACTTCG
CCTATTGTGGCCAACAAAGAGGACACGCCACCATTTACGAAGCTGACAAT
GTTTGTAGTGTGGATGCCAGAGCTGGAAGTGAGGAGATTAAAGATCGTTT
AGATCATCCATTTCAATGGAGTAATGGTGTCTTCAACGTGACACAATGTC
ATACCTGGGGTGGCAAATATTGTGCTAAGGACACTTACATCAAATCACTG
GCCGATCACAACCACAGATGTTTTACGTTCAATTATAATGGGGATTTCTA
TGACACATACTCGCACGCGTATATGGAATTCACCATAAATGACAAGTATG
CAAGAGGTGCTCCATTTATTATTGCCATAGTTCATGATCCAAGAATCGCC
GAACTGGATATGACAAACAGAGTGGTTTTGGAAGCATCTAAGATATACGA
GTTGAAGATTGAGAAAACAGTCATCAAACGCTTACCATCGCCGTTCCCTT
CAAATTGCACCGTTGGAAAAATGAATGACTTTTTCCCTGGCAAATATACC
AGGAGGAATTGTCTTGAATCCATTACATATTCTCGTATGTTTAAAGAGTG
TGGTGATGTCTTAGATTATCATCAAAAATACATTCCCAAAGAGTTGAAAG
ACAAGTATAAGACCAACAAAACAATACGAGAGGTCGTCCAATGTATTGAA
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AAGACCCCATTCCAACCTATAGGCTACATATACAATACCATAGAGTAGAC
TCTTACAAATCAATTGAAGAAAAACAGTTGGTGACTTGGGATCAAGTGGC
TGGCGAAGTTGGTGGATTGGTTGGATTGGTGATAGGAGCATCGTTCATAT
CCATAATCGAGATTGTGTTTTATGTCTTTCTGTGCTCCTTTCATAAAGTG
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GCTGATGAAGCAAATCATATAACAACATATAAAACGAAAAACGAAAATGT
TCAAGTAACAGAGTAGCCAGATCGGTCTGCCAGGAACGGAGCGTCTGACT
GTGGCTGGAGACGCGTCCCAAGGAAGATACGTACTTTCGAATCAATTTGA
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CCTGTAAAAAGTTGGGATTGGTTATATTTGAATTGAAAATAATAACCCGC
CCCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00002516-exon-sc0000020-1575043694:668636..668771 | TCONS_00002516-exon-sc0000020-1575043694:668636..668771 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00002516-exon-sc0000020-1510915933:659667..661548 | TCONS_00002516-exon-sc0000020-1510915933:659667..661548 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002516-exon-sc0000020-1491911889:668636..668771 | TCONS_00002516-exon-sc0000020-1491911889:668636..668771 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002516-exon-sc0000020-1491911889:659667..661548 | TCONS_00002516-exon-sc0000020-1491911889:659667..661548 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000020 | supercontig | sc0000020:659667..668771 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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