MSTRG.1025.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1025.3.p1
Unique NameMSTRG.1025.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000005_pilon:1003251..1023398+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1025.3.p1 ID=MSTRG.1025.3.p1|Name=MSTRG.1025.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20148bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:1003251..1023398+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTTCCATCTTGCACTTTAGATTGATTTCAAGTTTAGATGATAAGAATCGT GCGGAAGTAATAGTATATAATACAGAATCTAGTCGTATACATGATTATAC GGACTTTATTAATGGTATGTTTTGATAACGTTCAAGAGATTTAAAAGAAT TCCCTTTTTGATATCGCAGTAATACAGGCTACAGCAGTACCTACATGATC GAGATTTTATCGTTGAGTTTTATAACAAGATACCGTGTCATGGTTGGATT GGATGTTTTGATTGTATAAGAAAGTATCGCTTGAGTTGACGATTCATTGA AAAAGCACTAATGtgtacgttttttataaaagtatgcaaaatgtttgaag tcttcagatgttcttaacttttttaagttttaagcctaaaaactttttct tattttcaccattttcagagtatttttgttcatttttctagGAAGTCGGG TTTTGGAGAGTTTGCAaagccctaaaatgttcttaaattgttcttaatta atattttggccatcgaagccttatgttcttatatagtttgttgttTTAAA CAACATTTATTCCTGTCATAGTTCTGATGTTCTCTTTCCTCCCGAGTAAC AAGATACAGCCCCCTCGTCGGAACTCTTGTACACTTCGAAATCTCCACCC ATTCAAATATGGCGATTCACCATCCCCATTTCCATTTAGCTTCCCACTGA CGCACTGTAATAAGGGTTTTATGTCCATAAATCTTACAAACTTTAGCAAA TTATTGTGACACTACATAATAGCCTTTGATAAAGAGTATAAATCCTCTAA GCGTTGGTTTTTGGTGTTCATCATTTTGATGTGATAATTACATATTCATA TTTTAATTAGTGTTTCAAAAGCTTATTACTTAGATAGTCTCCATGGAACT GTACCCTTAATTAACCTCAATTATCTTTGCATTAATATTTTGttcgaaca 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CTGTTCAACACCCCTTAGCGACTAAGCGAATTCCTGCCAAAACTCTTCTA TTTGAGAAACATTTTATTGGGCCTTTGACGCTGACACCAACATCACCGCA ATGCAAGGATCTCTTCCTTTTTCTACCAGACTGCATCTACTTGTATTCAC TTATGTATTATTACTCGTATTTTCGATACCAGTCTCCTAAAAAGCTGGCC GTGCTGCTGAGGATTGATTATCATTTTCTTAAGTACTATCTGTCGTCTGC TCCCGAtcccattttattttttatgaacgtcgaatttcaatttttcctta TTTACAGGCATGGATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAAAT ATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGAAGATGAAGTCTTTCTTATGGAG GATACAACATCCGTTTAAAATACTTGTCCGAGAATTAATAAAGTGTCCGA AAATGGTTTTATCAAAACACTGAGATTCACACAAATTCATTTTCTCAGTT TGTGGTAAACAAGAGAACAAAAGTTCTAAATTGGGATTTCTGATGTGGAG GCTGGATGAAAGTTGAACTTTCAAATTAACGAAGAAACAAATAATATACT TTGAAGTAATGATACACAGTCGAATAGTATAGGACACattacgtcaaaat ttgaaattaatggAAACTTCTTTTGGACCACCAAATGTTCACATGGATTA CACAATTGCACTTTGCCCAGAAAGGTCACTAGATCCTCAATAAAGGGTCT TGGACATCTCCAAGAAGTGGAAAACAACGAAATAGACTGTTTATGTATTT ATGTAGGTAGAAGTTTTAGAAGTAGTTTATATGTTTTTTGCATGGTCAAT GTATGGCCTGGTGTATTTGTTGTCCTATTGAAATACTAGCAAAataagaa acattttgaaaacagATGAAATGCATATTTGTTAGACTTCCATTACGTGA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000005_pilon:1003251..1023398+

>MSTRG.1025.3.p1 ID=MSTRG.1025.3.p1|Name=MSTRG.1025.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3540bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:1003251..1023398+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTTCGCTA
TGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGTGattttcgggatatgtttca
tttttggtgttttcttcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTACTTCT
TtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCCCTGCTCACTTATCTGCTTGT
GTCCAGTCTCCTGGACCGCTCAACTGTCCTCAATGCCATCATTTCTGTGG
CCTCGGGTTTACTACTTGGCATTTTATCAATGTTTGTGACAACCATGGGG
TTACTAATGACCAGTTTAATACAAGCCATCTTCCTAACGACCAGTATCTT
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GTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTATCTGTACCCTTGCTGAAATGG
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GATGCTGGCTGttgattttttcattgatttgtCCATGTTACGGTTGATGG
GTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCTGGTTT
TCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGATGTAT
CGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAAACCGC
AATGGTACAAAAGAAGGAGTAATTCTGAACCAGGAGTTCGACTTCTGTCC
AGCAAAAGTGACGTCATAGCACAAGCATGGATTCACCCACCAGTTTCACC
AAGCACCTCCGACAAATATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGAAGATG
AAGTCTTTCTTATGGAGGATACAACATCCGTTTAAATGGCATCTGAACGC
TCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTTCGCTATGACTTTGATGATAG
CATTGCACTATCTGTGattttcgggatatgtttcatttttggtgttttct
tcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTACTTCTTtgtttttccaaaca
ttttcacTGGTGTCCCTGCTCACTTATCTGCTTGTGTCCAGTCTCCTGGA
CCGCTCAACTGTCCTCAATGCCATCATTTCTGTGGCCTCGGGTTTACTAC
TTGGCATTTTATCAATGTTTGTGACAACCATGGGGTTACTAATGACCAGT
TTAATACAAGCCATCTTCCTAACGACCAGTATCTTATACGCTGTACACAT
CTTCGAGactgtttcaaatgtttttgtgGCACCTTGTATATGTCTTGTAC
TTTTCATCCTGTTATCTGTACCCTTGCTGAAATGGCAACGTGGATGTGCT
GTCATCTATATCTGCAGTTATGGTGCCATCTTAATGATGCTGGCTGttga
ttttttcattgatttgtCCATGTTACGGTTGATGGGTTACCAGAATATTT
TAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCTGGTTTTCATGGTGTGTCCTT
GCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGATGTATCGTACAGTTCTTGAA
GACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAAACCGCAATGGTACAAAAGAA
GGAGTAATTCTGAACCAGGAGTTCGACTTCTGTCCAGCAAAAGTGACGTC
ATAGCACAAGCATGGATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAA
ATATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGAAGATGAAGTCTTTCTTATGG
AGGATACAACATCCGTTTAAATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGA
TATTGCGAACATTTTCGCTATGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGT
GattttcgggatatgtttcatttttggtgttttcttcattttcgcagGTT
ATCGTTTCTTCCGTACTTCTTtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCC
CTGCTCACTTATCTGCTTGTGTCCAGTCTCCTGGACCGCTCAACTGTCCT
CAATGCCATCATTTCTGTGGCCTCGGGTTTACTACTTGGCATTTTATCAA
TGTTTGTGACAACCATGGGGTTACTAATGACCAGTTTAATACAAGCCATC
TTCCTAACGACCAGTATCTTATACGCTGTACACATCTTCGAGactgtttc
aaatgtttttgtgGCACCTTGTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTAT
CTGTACCCTTGCTGAAATGGCAACGTGGATGTGCTGTCATCTATATCTGC
AGTTATGGTGCCATCTTAATGATGCTGGCTGttgattttttcattgattt
gtCCATGTTACGGTTGATGGGTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAA
CAGTTCAACCATGCTGGTTTTCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTG
ATGTTGTTCGTAGGATGTATCGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTG
CGACCACAGACATAAACCGCAATGGTACAAAAGAAGGAGTAATTCTGAAC
CAGGAGTTCGACTTCTGTCCAGCAAAAGTGACGTCATAGCACAAGCATGG
ATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAAATATAATTACCAACA
TTCGGTCAACAATGAAGATGAAGTCTTTCTTATGGAGGATACAACATCCG
TTTAAATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTT
CGCTATGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGTGattttcgggatatg
tttcatttttggtgttttcttcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTA
CTTCTTtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCCCTGCTCACTTATCTG
CTTGTGTCCAGTCTCCTGGACCGCTCAACTGTCCTCAATGCCATCATTTC
TGTGGCCTCGGGTTTACTACTTGGCATTTTATCAATGTTTGTGACAACCA
TGGGGTTACTAATGACCAGTTTAATACAAGCCATCTTCCTAACGACCAGT
ATCTTATACGCTGTACACATCTTCGAGactgtttcaaatgtttttgtgGC
ACCTTGTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTATCTGTACCCTTGCTGA
AATGGCAACGTGGATGTGCTGTCATCTATATCTGCAGTTATGGTGCCATC
TTAATGATGCTGGCTGttgattttttcattgatttgtCCATGTTACGGTT
GATGGGTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCT
GGTTTTCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGA
TGTATCGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAA
ACCGCAATGGTACAAAAGAAGGAGTAATTCTGAACCAGGAGTTCGACTTC
TGTCCAGCAAAAGTGACGTCATAGCACAAGCATGGATTCACCCACCAGTT
TCACCAAGCACCTCCGACAAATATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGA
AGATGAAGTCTTTCTTATGGAGGATACAACATCCGTTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025MSTRG.1025Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025.3.p1MSTRG.1025.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025.3.p1.exon1MSTRG.1025.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.3.p1.exon2MSTRG.1025.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.3.p1.exon3MSTRG.1025.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.3.p1.exon4MSTRG.1025.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.3.p1.exon5MSTRG.1025.3.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000005_pilongenomesc0000005_pilon:1003251..1023398 +