XLOC_039168 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039168
Unique NameXLOC_039168
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000044_pilon:1097547..1102851+

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039168 ID=XLOC_039168|Name=XLOC_039168|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5305bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000044_pilon:1097547..1102851+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGTTTATGGCAGGTAATATCACCGCCTTGCTATCCATCAAAATCAA GGCGAGACATGATGACTACACCGATCAAGTATCCAGAATTGTGGTGGTCA AAATATTCATAGTTTCATCACTAGTGATGGGCGTTGATTTTTTCCACGAT ACCATCTCATGCATACCGCCCGTCCATAAAGACAAAGCACAAATCATCCC GCCCAAATTCATACAATCTGCATGCTGGATTAAAGGTTTTTACGTTTACC CTGATTTGGAGATACAAAACTCTGTCTATTACGGCATTCCGACCACGTTA ATCAACGACGGGACATCAAGCATCGATAGTGAACCGTGTGCGACCAAAGG CGTCTTTTTGCAGTCACGTAAAAAACAAACGCATTGCGTGCCGTTAAAGA AACGATTCATGCGTCAGTACCAGTGGATGCCTTTCTTCATAGCTAGCATG GCGCTTCTCTTCTACATGCCATACATCATCTTCAGGGTGGTCAATACGGA TATGATTAGCCTCAGAGCCAACATCAACGACCAGGtaagaacattttcat ttaAACATTTACACTTAATTCTAAGTGGTCAATGAAGTGAACAAGAATTT TCCACAGttggctctctctaattcgatatttaAAGAGCTAATACTTTTCT TCGaataagagaaagattcgaactaTAGAGAGAATTTTACactactttcc agctgaggggaccaatgttttagttcgaattatagagcttCGGATTTAAG AGAGTTGACTGTAGGTACGAGAACTGACCCTAAAGCGACCAAACCACAGT AAATACACTGACCATTTAGgtttttttttcgccttttttgtatttttcat actgatcgtgttcaaaaaagaatgacataattcaatttttttagtgATGA TTTTAAAAAGCCTATAAAATGTGATATTTTGTGGCTACAGTTAAAAAGAT 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TCCCTTGATAACACATTCTACACATATGGTCAACAATGGATGGAGTGGAC TAGACTGAACTCCACAATGCAGTTGGAATACGAGCTACGTGACACACCGT TACCTAGCAACCGTATGTTACCATCATTTGGGATATGTGATATCTCAGAT TCGAGGAGTGATATATCGTCCACTTACGTCAACAAAGTCTCAATGATTTG CGAAATTTCTTCTCATGTTTTATATCATTatcttttcttgattttttggt ttgttttggttctCTCAATCACTGTATCCATTATTGGAGTTATACTAAAC ATTTTTGGACACGTCAACAACATGAAATTCTCACGGCACCGAGATTCATC AAAACTTATTTATCAACATTTAACCATACGGGAATGTGAATATCTTGAAT TTATTCGGCGCCGTAATCTTGCCTTATATGGACTGGTTATAACGAAATTG AAAGAGATTAAAGTGAAAAATCATGTTTTGAATGGTTTAACATCACATCG ACGCTCTCGGCAGGGTAGTGATGAAGAGCTAAATTCCCTGAAAGATTCTC TTTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000044_pilon:1097547..1102851+

>XLOC_039168 ID=XLOC_039168|Name=XLOC_039168|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2466bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000044_pilon:1097547..1102851+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGTTTATGGCAGGTAATATCACCGCCTTGCTATCCATCAAAATCAA
GGCGAGACATGATGACTACACCGATCAAGTATCCAGAATTGTGGTGGTCA
AAATATTCATAGTTTCATCACTAGTGATGGGCGTTGATTTTTTCCACGAT
ACCATCTCATGCATACCGCCCGTCCATAAAGACAAAGCACAAATCATCCC
GCCCAAATTCATACAATCTGCATGCTGGATTAAAGGTTTTTACGTTTACC
CTGATTTGGAGATACAAAACTCTGTCTATTACGGCATTCCGACCACGTTA
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CGTCTTTTTGCAGTCACGTAAAAAACAAACGCATTGCGTGCCGTTAAAGA
AACGATTCATGCGTCAGTACCAGTGGATGCCTTTCTTCATAGCTAGCATG
GCGCTTCTCTTCTACATGCCATACATCATCTTCAGGGTGGTCAATACGGA
TATGATTAGCCTCAGAGCCAACATCAACGACCAGATGGCGTTTATGGCAG
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TACACCGATCAAGTATCCAGAATTGTGGTGGTCAAAATATTCATAGTTTC
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CGCCCGTCCATAAAGACAAAGCACAAATCATCCCGCCCAAATTCATACAA
TCTGCATGCTGGATTAAAGGTTTTTACGTTTACCCTGATTTGGAGATACA
AAACTCTGTCTATTACGGCATTCCGACCACGTTAATCAACGACGGGACAT
CAAGCATCGATAGTGAACCGTGTGCGACCAAAGGCGTCTTTTTGCAGTCA
CGTAAAAAACAAACGCATTGCGTGCCGTTAAAGAAACGATTCATGCGTCA
GTACCAGTGGATGCCTTTCTTCATAGCTAGCATGGCGCTTCTCTTCTACA
TGCCATACATCATCTTCAGGGTGGTCAATACGGATATGATTAGCCTCAGA
GCCAACATCAACGACCAGGTTGATCGTGACTTGATTGTCCAAAATTATTT
CAACCATTCCATCAACAGTGTTCCTAAGATGCGCATGCGTGTATTCATGA
ATTTCATTATCAAACTATTATACGTGCTCGTCAATGTTGTATCCTTCCTT
GTCTTAAACGCATCCCTTGATAACACATTCTACACATATGGTCAACAATG
GATGGAGTGGACTAGACTGAACTCCACAATGCAGTTGGAATACGAGCTAC
GTGACACACCGTTACCTAGCAACCGTATGTTACCATCATTTGGGATATGT
GATATCTCAGATTCGAGGAGTGATATATCGTCCACTTACGTCAACAAAGT
CTCAATGATTTGCGAAATTTCTTCTCATGTTTTATATCATTatcttttct
tgattttttggtttgttttggttctCTCAATCACTGTATCCATTATTGGA
GTTATACTAAACATTTTTGGACACGTCAACAACATGAAATTCTCACGGCA
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AATATCTTGAATTTATTCGGCGCCGTAATCTTGCCTTATATGGACTGGTT
ATAACGAAATTGAAAGAGATTAAAGTGAAAAATCATGTTTTGAATGGTTT
AACATCACATCGACGCTCTCGGCAGGGTAGTGATGAAGAGCTAAATTCCC
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AACCATTCCATCAACAGTGTTCCTAAGATGCGCATGCGTGTATTCATGAA
TTTCATTATCAAACTATTATACGTGCTCGTCAATGTTGTATCCTTCCTTG
TCTTAAACGCATCCCTTGATAACACATTCTACACATATGGTCAACAATGG
ATGGAGTGGACTAGACTGAACTCCACAATGCAGTTGGAATACGAGCTACG
TGACACACCGTTACCTAGCAACCGTATGTTACCATCATTTGGGATATGTG
ATATCTCAGATTCGAGGAGTGATATATCGTCCACTTACGTCAACAAAGTC
TCAATGATTTGCGAAATTTCTTCTCATGTTTTATATCATTatcttttctt
gattttttggtttgttttggttctCTCAATCACTGTATCCATTATTGGAG
TTATACTAAACATTTTTGGACACGTCAACAACATGAAATTCTCACGGCAC
CGAGATTCATCAAAACTTATTTATCAACATTTAACCATACGGGAATGTGA
ATATCTTGAATTTATTCGGCGCCGTAATCTTGCCTTATATGGACTGGTTA
TAACGAAATTGAAAGAGATTAAAGTGAAAAATCATGTTTTGAATGGTTTA
ACATCACATCGACGCTCTCGGCAGGGTAGTGATGAAGAGCTAAATTCCCT
GAAAGATTCTCTTTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039168XLOC_039168-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000044_pilongenomesc0000044_pilon:1097547..1102851 +
Properties
Property NameValue
Aaloc535-1233:4607
Aaloc1-534:1