TCONS_00072614 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00072614
Unique NameTCONS_00072614
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length6023

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00072614 ID=TCONS_00072614|Name=TCONS_00072614|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6023bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00072614-protein

>TCONS_00072614-protein ID=TCONS_00072614-protein|Name=TCONS_00072614-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1726bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_80:36403..53567+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00072614 ID=TCONS_00072614|Name=TCONS_00072614|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17165bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_80:36403..53567+ (Clytia hemisphaerica)
aaaaaaaatcataaaatttttcaCGAAAAACATCACACACATTGAGATCa gataaaaatcaaaaggaCTGGGTCGTAATCGTACTAAACACAAAAAGGTA AAGGGTGTTTTTATTATTCATTATTCTATGAGAACCCTGTTTCGTTTGTT GATCCAAACCATTAGAAAAATTTAGATTACCGTATTACTTATGACATGCG GTTGTGCCCGACGAAAGATGCTATGGATCCATCGATTTTAAAGCCCCGAG GAATTAGATTTGAAACTCTTGAATAGGAGacgaagccacttatttcccaa tCAAGACGCGTAACCCGCGTGGTTTCACATTAACGCCAGATTAAAACTAC AAACCCATCGCAAGAAAATTATGGCGAATGAAAGCAAAAAAAGGGCTATA TTCAATCCGTCATTTTTAATGCGGTACAAATCTTAaagacttcacttttt ctttcttgagaaaggttgaaggaTCCTCTAGTCTCGAGCGTTCTTCTGAA ATTTTAAACTCAATAGTTTTGCCCCTGCTAATATAATTCCTCATAGTTTT ATCAATGGTATCGGAATCCATTTTGATTGATAATTCAGGAATATTGACTT TTGCCAAACCTTATCATGACTGTAGTCGGATACTCGTGTATACGGAAGCC CTGTACAtgtaaaaaaggaaaacatGGCATATGAGGCCGAAAGTATTCCG ACTCTTCCTTTGATATTGCAAAACAAAGccgttttctatttttctttcga cTCCGCTCCTCTTTCCTACCCTACCTTTAATACCAGGAAAAGCTTTTCTT CTACTTAATGCAGAAAAGAGTATAATTATCTTTACCGGAAGTTGGATTGG CTAATTacgttgaaatcttttaattATACTGCTTAAGTATTCTTCTCTTT TATGTAGCTAGAGATTACATCCGTGATGAATGTTTCTAGTCAGCATTTCT 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_80:36403..53567+

>TCONS_00072614 ID=TCONS_00072614|Name=TCONS_00072614|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=113982bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_80:36403..53567+ (Clytia hemisphaerica)
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TCGATGATGAGTTCCAATACACGCCACGTGATAACTTTTTCTACGATATC
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TTCCTTGCCACCGCCTACTTATGTCTGGCTCAAAGACGGAAAAGAGCTGA
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ACCCATCGAGATCTTATGGCGTCAAGGTGGTAAACGTGTCTTACCTAAAA
CACATCCTCTCTTCTCACCAACGCTTTACCGTGGACCACGAGGAAACTTA
TTCGAAGCTTTGGATATTCGAACGCCAACTATTGTCCAATCAGATTTGTA
TCACGTGACAGCATACAACAAAGCAAAAGCAGTTACTGTTGAATTCAGGC
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ATGCATGGAACTTCAACCATCAAGTGGATTGCACCACGATCTATTGAACG
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TACGGTGAAAAACGTGAATTCAGATTGATCAATTTGGAGATTGGCGTTGA
GTACTGGGTACGTGTGAGAGCTGTTGATTTCGGTGGCCAAGAAGGAGAAT
GGTCGACGCCCATCACTTTCACATTAACTAAGGACCTTCCACCATCCATT
TTGAAAGGACCTTTGGAGGAGGATAGTGGTActgaaaacaaaaccaaaac
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ATAAGGATGATCAACTCATCTCCAAGAACGCTCAAGGATATAACTACAAG
GGTGACGGTGGTTTAGAAATGACGAAAATTGAACGTGATTTTGGTGGGAA
ATACCATTGTACAGCAACAACACAATACGGTACCACATCCAGTGACAAAG
GAGAATTCAAAGTTAAATTTTTGGATAGCACCTACATATTCCACCGTGAG
GTCACGGGCGTACACAAGAAGACCGGATTTACCGACGCCCGAGTTTTGTG
TATCCCGCCAAAAAGTTATCCACCCGCCACAGTGTTATGGTCTAATGCTA
CGGCAGACAAATTCTTAGATTTTAGACGTAACCCCCGTGTTAGACGTGTC
GACAAATACGTCAGAGAAGGCGTCACGTATTACTCATTGACGATTAAGAA
CGCCGTCGAATTGGTTGGCCAAAGCTACGGATGTGTTGTCTATAACCCAG
CTATTGGAAATAAACCATTCTATATTGCAAACTCCAAGATTGTTATTTAC
GGAAACCCGGATCCACCAATTGTCACTTACCGATTTTCGCCAACCAAAAC
TATCCTTCTCCAATGGAAAAGCGAGCGTGAAGATATTGCTCAATTCGAAG
TCACCGTTAAAGATGGCAGCCGGACTGTGAAAGAGGAGGGTGCTACTGAG
AAACAGATTGAGTTGAAGGGTTTAGCAGATGATGTTTTGTATACTTTTGA
AGTGGTAGCGGTAGATGTGGCTTCACAGAAAAGTAAACCTGCTGTCATCA
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CCAGAAATTTATCAAAGTCAATCATTTGAAATGGAATGTGATTTCTTTGG
TTTCCCGTTCCCAACAATTCGTTGGTTAAGAGATGGCAAAGATATAACTG
GCAGTGATGATTTCGAATTCTCAGCTGCCAACCGAAAAGTCAAAATTAAT
GATTTGGATCACGATAAGCACGACGGGAAATATCAATGCGTTGCGACCAA
CAGCCAAGGCAAAGGAAGCAGCCGTGAATTAGATATCAAGATCATCTATA
CGGATAGAGACTTCCAATACGCGAACAAAGACATCAAATTCGTCAACCGT
CCAGGATTGAATAACATCACAATGGGTTGTGCTCCACCGAAATCATACCC
ACCCCTCGATATCACGGATGAGAATTATCTTGTCTGGTTATTCAACGGGA
AACCGTTACAACGTGACGTGACACGGGAACGCGTTACAATTGACGGCGTC
AAAGTTGACACGATTAAGTTTGTAGCCGGTTACGAGGATGTTGGAATCTT
CACATGTGCTTATCCACATTCAGCCGGCAGCCGAAGACATGAAATCAGAC
TCACTTTGAAAGatGGTCCACGTCGTCCAATCAAGCTTGCAGTTCGTGCA
ATCAGTTGGAATTTCTTCACAATGACATGGCAGCATGCTGGTGATTTGAT
CAAAGGTTATCAAGCAGTCGTCACACAAAATGGTAACTTTGTCAAGAAAG
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TTAACTCCGTATACATTCTCTTTATCATCCATTGGCAAAGATACCAACTC
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TTACGTCTGAAGTTGTCAACATCCAAAAACTGAATATCGGATCAACAAGG
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TGAATAACATCACAATGGGTTGTGCTCCACCGAAATCATACCCACCCCTC
GATATCACGGATGAGAATTATCTTGTCTGGTTATTCAACGGGAAACCGTT
ACAACGTGACGTGACACGGGAACGCGTTACAATTGACGGCGTCAAAGTTG
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GCTTATCCACATTCAGCCGGCAGCCGAAGACATGAAATCAGACTCACTTT
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GGAATTTCTTCACAATGACATGGCAGCATGCTGGTGATTTGATCAAAGGT
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GGAGAGAACAGCTACAGTTTATACAGTGGAAGATGTGTCACCATTAACTC
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ATATCTTTCTTAGTGAACACGACAGCTAGACCAAATATTGGTGTTACGTC
TGAAGTTGTCAACATCCAAAAACTGAATATCGGATCAACAAGGGCCACAC
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CGATATGACATCAAAATATGTATCGCAATCACATGTCGAACATTTAAGAA
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ATACCATTGAAATCACAGCTTATAATGAGATTGGTATCAAAGGACCATCT
GctaaagattttgtcaaaacTTTGGACGGGACAACTCCACCGGCTATCAG
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GAGAAGTTTTCCTTTCCTTAACTTGAAGGAAGGCCAGACCTATCGAATTG
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CTTGACTACTGTCTTAAACAAGATGGTGTTAAATTTGCTTGTAAAACAAA
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TGTATTATATTTCCATTCGCGCGCTGACACAAACAGGAGAGCAAGGTGTG
CCAGTTGAAATTGTCACTAAAACAGACGGAATTGCACCCATCACCACACG
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GTCGTACCATTGGCCCTGGTGGGGACGGAGGTCTAGGGCAACGTGAAGTC
GTTGTTAAAGAGCCACTTTCCACTGGTGTTATCATTGGTATAGTGTTAGC
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AGAAAACCAAACGAGGTCTCCACAGTACAGGCCAAGAACGCATGAATAAT
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GGCCTCGAGGCTAGCTTTCTACATCACACTAATACAATGCTTAATACTAA
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GCAGTAGTGGCTTACCAGTTAATGAAAGTGACCCGAGAGTCACACTACGA
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TATTTCCATTCGCGCGCTGACACAAACAGGAGAGCAAGGTGTGCCAGTTG
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CATTGGCCCTGGTGGGGACGGAGGTCTAGGGCAACGTGAAGTCGTTGTTA
AAGAGCCACTTTCCACTGGTGTTATCATTGGTATAGTGTTAGCTGTTATA
GTGATTGCAATTCTGATTTCAGCCGGTATTTGGATGTATATGAAGAAAAC
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ATTATATTGTCGAAGTTGAAATGAATAGACGTAAACGCTAGATGGCCTCG
AGGCTAGCTTTCTACATCACACTAATACAATGCTTAATACTAACGATAAA
AGGTCAATTTCCTCCACAACTCGATGACTTTTCACCGAACACAAACACTT
TATTCCTCGGTAAAAACTACACCATGAAATGTAAAGACTCTAATGAACTG
ACAGCTAAAACAATATGGTATAAAGGGATAGGTGACGCTAAACAAGAAGT
TGTTTTCACAGACCGTGTAGTGACCAATGAGAATCAAGATTTGATTTTCT
TGGATCCACAGATTGATCCACCCGAACATAATCCGTCTGGTGTTTACACC
TGTAGTGTGCAAAATGACTATGGTACTACAGAATTGGGCTATGATCTACA
AGTCATTCTAGCATATTTCGATGATGAGTTCCAATACACGCCACGTGATA
ACTTTTTCTACGATATCCAAGGTTCAAATTTAGCATGGGCTAACTGTTTA
CCACCAGAAGCACATCCACAAATTGTTGGCACGTATATTAATGGCAGTAG
TGGCTTACCAGTTAATGAAAGTGACCCGAGAGTCACACTACGAAAACTAA
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GATGCTGGTGTTTGGTCCTGCGTTGCCAAACATCCTAACCTAGGAACTAA
AGTATATAAATTCAATATTGACTTTTATAGTAACCCACCTGCTCCTAAGA
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GGCTGGAACGACCAAGAAATTAAAAATGGAAGAATCAAGATCACCAAGGT
TGAACCAGATCCTTGAGTATGAAGTCTTTGGAAtcaaacctggtcaaaaa
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GAGTGAATGGTTTGATTTCCGTTCAGTTACTGAATTAGCCCCTGTTCTGG
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ATGTCATGCCGTATTGATTCCTTGCCACCGCCTACTTATGTCTGGCTCAA
AGACGGAAAAGAGCTGAAACCAAACGATAATATTGTTTATAACGGTGGCA
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TTGGTGGGAAATACCATTGTACAGCAACAACACAATACGGTACCACATCC
AGTGACAAAGGAGAATTCAAAGTTAAATTTTTGGATAGCACCTACATATT
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GAGTTTTGTGTATCCCGCCAAAAAGTTATCCACCCGCCACAGTGTTATGG
TCTAATGCTACGGCAGACAAATTCTTAGATTTTAGACGTAACCCCCGTGT
TAGACGTGTCGACAAATACGTCAGAGAAGGCGTCACGTATTACTCATTGA
CGATTAAGAACGCCGTCGAATTGGTTGGCCAAAGCTACGGATGTGTTGTC
TATAACCCAGCTATTGGAAATAAACCATTCTATATTGCAAACTCCAAGAT
TGTTATTTACGGAAACCCGGATCCACCAATTGTCACTTACCGATTTTCGC
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CAATTCGAAGTCACCGTTAAAGATGGCAGCCGGACTGTGAAAGAGGAGGG
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ATACTTTTGAAGTGGTAGCGGTAGATGTGGCTTCACAGAAAAGTAAACCT
GCTGTCATCAAAATGAAAGAATCCAAACCACAGGTCAATGTCGATTTACC
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CAAAATTAATGATTTGGATCACGATAAGCACGACGGGAAATATCAATGCG
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AATCATACCCACCCCTCGATATCACGGATGAGAATTATCTTGTCTGGTTA
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TGACGGCGTCAAAGTTGACACGATTAAGTTTGTAGCCGGTTACGAGGATG
TTGGAATCTTCACATGTGCTTATCCACATTCAGCCGGCAGCCGAAGACAT
GAAATCAGACTCACTTTGAAAGatGGTCCACGTCGTCCAATCAAGCTTGC
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GCTACATCCTCAGAATCTACTACCCTGGTGAGAAAGCACCGAGAGATACT
GAGGTTTCTAAAAACAGGAGAAGTTTTCCTTTCCTTAACTTGAAGGAAGG
CCAGACCTATCGAATTGCATTATTTGCAGTTAACAATGATCGCCAAGGAC
CTATCAACGAGTTAGTTGTCGAGACGACTAATCTAGGTATACCTGGAATA
CCACGAACCATGCACGTCGAAGGAATCGAAGATCCTAATAATGCCAACAG
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CCATTGATGAAATCAAATATCGTATTGTATTTTGTGATATCGATGATGAT
TGTGAGACTAAGATCACACTCGACCGCACGCTCAGTTTCCAGGAACGCCG
CGCGGGCTTGACGTACACGTACACGTTGACGACATTACGAGCGGACGGAA
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AGGACCATCTGctaaagattttgtcaaaacTTTGGACGGGACAACTCCAC
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TGTTTACACCTGTAGTGTGCAAAATGACTATGGTACTACAGAATTGGGCT
ATGATCTACAAGTCATTCTAGCATATTTCGATGATGAGTTCCAATACACG
CCACGTGATAACTTTTTCTACGATATCCAAGGTTCAAATTTAGCATGGGC
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AACAAAAGCTGATGCTGGTGTTTGGTCCTGCGTTGCCAAACATCCTAACC
TAGGAACTAAAGTATATAAATTCAATATTGACTTTTATAGTAACCCACCT
GCTCCTAAGAACTTGAGAATTAAAGAATCAAGAGCCAGGAGTGTATTGTT
GGCTTGGGATTATGTCAGgaatgatttaaaattttatgatATTGAGTTTA
CTGATACTGAGGCTGGAACGACCAAGAAATTAAAAATGGAAGAATCAAGA
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TCTGGCTCAAAGACGGAAAAGAGCTGAAACCAAACGATAATATTGTTTAT
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AAGCGAAGGGAAATATAAATGTAAAGGAACCAACGTTAAAGGATCAGTGG
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GCAGTGCCACGAACCCGTTTTTTCTACAAGACACAAAGTTTTATCCGTAT
ATCCGCCCAACCGCCCAATGGTGTTCAACCCATCGAGATCTTATGGCGTC
AAGGTGGTAAACGTGTCTTACCTAAAACACATCCTCTCTTCTCACCAACG
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GCCAACTATTGTCCAATCAGATTTGTATCACGTGACAGCATACAACAAAG
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AACGAACAGACATCAGCAGATATGATATCAATCATAAAGAAAGCGATGAT
GCTGGAAATGGCACCATCACACCTCACTACGGTGAAAAACGTGAATTCAG
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CGGATTTACCGACGCCCGAGTTTTGTGTATCCCGCCAAAAAGTTATCCAC
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AGCGTGAAGATATTGCTCAATTCGAAGTCACCGTTAAAGATGGCAGCCGG
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AGCAGATGATGTTTTGTATACTTTTGAAGTGGTAGCGGTAGATGTGGCTT
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CGTCCAATCAAGCTTGCAGTTCGTGCAATCAGTTGGAATTTCTTCACAAT
GACATGGCAGCATGCTGGTGATTTGATCAAAGGTTATCAAGCAGTCGTCA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_80supercontigscaffold_80:36403..53567 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
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Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
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Vocabulary: Molecular Function
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This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0005515 protein binding
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00072614 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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