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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00072533 ID=TCONS_00072533|Name=TCONS_00072533|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3756bp
ACGCCAcatgtttcttttgtttaatttcttgtcaatttttctttgaagat
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AGAAAAAACTTAATGAACTGAAAGAGGGTTCCATGACATCTATGGGTGCA
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GTGGCATAGTAAAGTTGACCGCAACCTATTTGAAGTCAAACTGGCACATC
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TGACTTATGTCTCTCGTtggcaaacaaaaacaaaatatgttATAAATGTT
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AAGTTTGACCTGTTATTTTATTAAGGATATTGCTGATCCAAATATAAACT
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AAACGT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_79:61298..65693- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00072533 ID=TCONS_00072533|Name=TCONS_00072533|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4396bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_79:61298..65693- (Clytia hemisphaerica)
ACGCCACATGTTTCTTTTGTTTAATTTCTTGTCAATTTTTCTTTGAAGAT
AAAAAAAATGAATAGTTGAAAATAAGTAATGGTGCGGAGGAGTCAACTAC
AAAAACATGTCCTTTCTTTGTATCGGTCCATGTTACGAGCAGCTGGAGAC
AGGCCTGGTATAAGACCCTACATTCAAAATGAATTCCGAAAGAATCAGGA
AATTCCAAAAACCAATGTTATGCAAATCGAGTATATGATCCGTAGAGGTG
AGAAAAAACTTAATGAACTGAAAGAGGGTTCCATGACATCTATGGGTGCA
TTTGTATCCGATAAATAGATGAATGCTGAATTGCTAATGCTGAAAATTAG
CATACTGTGTGAATTTCCAAGCACCTTGTCTTGTAGCTGTTTGAAAATAT
TGAAAGATTTAAATATTTCACTGAACTCTTTTGCACTCTGTTGACCCTAG
ATTTTGAAAAACTCATTATTATCTAATTTAATTTGTTTTACCTTTTGATG
ATGTGAAAACTTCTAAGAAAACCTCCAAAATTTCCAAAGCTTCAAGCTTC
TACTTAGAAAAGTGACAAGTGTAAAAGTGTAAAAAGTGCTTGGGAATTCT
GTCAAATATTTTCAGATATTTTCAGTTTTAAATTATGAGGTATAGCTTTT
GAAATTTTATGAAATGAAAAATAATAGCATATTGTGTTGAAATTTTATAA
TTTGGGTCTGTTTGTTTTTCATCGCCTTTTTTGCTATGTTTACTATAAGT
ACACTCATTTCAATTTTTTCTGTCCAAAACGTTAGCAATATTTGCTATCA
TTTTCAAGGTGTTCATGGAATTTCATAGCACATTTAGCAGATACAGTATT
TATAGTAAATGAAACAAAAAGGCCCATTGTATGCCTTTTTTTAAGATTCG
GATTCTTTTGTGCAAACTTGTTTAACTTATTTACCTTGAATTTTATATTA
TGTTACATTTCAGAGTTATTTAATCGTTTTTAGTTATTCTTAGTTTTTGT
AGTTTCTTTTCAGATTTGTCTAATGATTATATCATGATATATACTACTAT
TATTGTAATCTTTGTGCATTTATTTTTTATTAAAAACATTAAATTAATAA
GTTTTAATTAAGGTTGAAAGTATTCTTCCTTTTGTTCATGGAAACTGGAT
TATATAATTAGAATTTTTTTTTAACAATAATTTGATGGTGTTTTCGCAGG
TTTCTTTGAACAAAGTATACCATACAATTTTCAATACCCTTTTACAATAT
TATCTGCAAAATATTTTCAAGTATCAGGAAATTTACCTTGTAGTAATTTT
TTAATTTTGTGCTTTTGTGTTGTAAATTGAAATTCGTTTTGAATTTTTTT
TACTATACTTGTGATCATGGTGCAAAGAAGACACCGAAACGTCAAATAAT
GAATAAAATTAAATTTTTAGTTTTCACTTTTTTTATCAGGAAATTTAGTC
TGATGATTGTTTTTGTTTTCACATTTGAATAATTATTATATATTTAAGAG
TTGCTTTTATTAGAATTGATTTAAAATAATGAAAGAAAAGTGTTATGTTT
GTGGATCAAAACCAGCAAAGCAATGTACTGGATGTCATTTAATCTCATAT
TGTTGTGTAAGTTGTCAGAAGAAAGATTGGTCGTTCCATAAACACTCATG
CAAATCTAAACCACATAATGTTGTTGACTTTCTAATCAATGCCAATATTT
ATGATGACTTGGTTAAAAAGATATTTCATTATCTACCAGGAAGAGAGCTC
CACTATGTTCGTTGTGTTAAGCGCTCCTGGCGAGCTATAGTTGATTCAAT
GTGGCATAGTAAAGTTGACCGCAACCTATTTGAAGTCAAACTGGCACATC
AGTGGACTCACAAACACCCACGTGGTAGAATGTTGTTTCAGGGTCACGGT
ATGCCATCCCAGGAGATCAAACACAACAGTCAAGAATTGTTTTTAGCTTG
TCGTGATCAAAATAAAATTCTAGTGCTTGATATGGATAACATGTACAAAG
TGACTTATGTCTCTCGTTGGCAAACAAAAACAAAATATGTTATAAATGTT
GACAATACAATGTACCGAGACCTCATTTGGGATGTTCATAAAAGTTTTGT
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AAGAAATGGTTATCTGTGATGAATCTAAAAAGTTGCAGGTTGGTTGGTTT
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TCTGTGAAACAGNTAGGTGAGGCATCCCAGAAGGGTGGCTTCCTTTGTTC
AAAATGGGTTTCTGTTGCAAGGGCTCAGCGGATCTGTGAAACAGGTTTGA
GTTTTTTAAGTTATAAGTTGGCTCTCTAGTACAGCTCCACTGTTGTGACT
AAAGTGACTTGATTCTACAAGTAGTGCAAGTAAACTGTCAAATACATTTA
ACAATTTTGCCAGCCTTCCATAACCTATCACATAAAATGANTAAAGTGAC
TTGATTCTACAAGTAGTGCAAGTAAACTGTCAAATACATTTAACAATTTT
GCCAGCCTTCCATAACCTATCACATAAAATGATATTATTCATGTTTTGTG
GATATAGGTAATCTTATGGGGGTTTAATGGGGTTCTGCTTGAGGCTTTTA
ACTGCTAGAGAAAATTGGAATTTCATTTCCACAGCTCTGGAGCCATTGTG
CCCTCCCTAGTATAGGAAAAAAGCCTGATTTTCAGATCGTAACCTAGGGG
ATCAATAATATTTTCCTGTGTTATCTAGAGTGGAATCGGGATGACAGGAA
GATATGCAAGTGGTGGAAAGCGAAAAGACATTCCCAAAAAGATCAATATT
TTTGGTAATATTGTTATCATTGTTTATCTTAGTGGACTCATCCTAAAATT
CTCAGTAAAAATTTCTCCAGTTGATTCAGAGGATTCACATGAAAAAATAG
CAACTTTCCATCTCTTACATAATTTTGAGAATCTTGTTGATTGTTCTCCG
GTAGATATTGATCAAATTAAAATCTCACACGGTACAATGTCGAATGGGCA
GTATTATTTTGGTTGTACCAGGATTTATTCAAAGCTGTATTATGAAGGAG
ACAGTGGGAATGATAGCAGTGATGATGAATGTAACGAAGCTGGATTGTGG
TGTCTCGAGGACGATGAGTTCTTAGCAGATCTCCAAGAAGTCGAAGATAT
ACATGCTGTGTCACGTGTTGGTGATGATGATTATTGTCTGCTTTCAAGAA
ATCATGATTCTACTGATCAACATAACTTTAATGGCTCAGATATGAATGCT
TTATTTTGCCCTACCAAATATCTGGAATTATGGAAGAATAACAAAAGTCT
GAGAAGTTTGAAAGTCAAAGGATTAAGTGGTGCTTACATGAACAAAATCT
GTATTGCAATATTGTGTCATCCTGGTCTTATGCAGCCAACAAGTTTGACC
TGTTATTTTATTAAGGATATTGCTGATCCAAATATAAACTTCTCAAACCT
AAGCACAGTTCTAGTCACCCCTTTTGATTCTCTTCCTAAATCACTTTTCA
TGACAAAGAACCAGATTATTTGGAGTCATGAGCGTCATGATAAAGATGGT
TGTTTTCTTTGTTACAAGAATCCGTGTTCTCGAGACACATTCGCAATCAA
TTCGATGAATTTTTGGTATGTGCCTTACTATGCAGATCAGACTGTTGATG
TTCCCCCAGGACACTCTCTTCCTTCCAAAAACTAAGACATCTTGAATTTT
ATTGATCAAGTATATTTACCTATTATGTACCATGCTTTCAAAATAAATAA
ATAACGTTTGTACACATGGTTCATATGGATTTTATTTTTAATGAGAGGGT
TAAATTCGAAGGATAGTTCATAAGGNCTTTCAAAATAAATAAATAACGTT
TGTACACATGGTTCATATGGATTTTATTTTTAATGAGAGGGTTAAATTCG
AAGGATAGTTCATAAGGGCAATAGATATTCCTAGTTTGTTTCATCCTATG
CTATCATAACTTTCGCCGCTTTATACTGGAAAATTTGTTCCTAAATCCGG
TGTTTATCAAACATTGTACAATGCAGTTGATACACGTCTTTTTCTTTTTA
AGAAACACACTTTTAAGAAACATGAGGCTCAGAATGCCTAAAAACTAAGA
AACATCTAAGAAACATGCTGAGGCTGAGAATGAGAAAATAACATTTTTTA
ATTCGTTTTTTTATAAGAACCTTTCAATCAAGGCTAATTATGTCAAAAAG
TTTAGAAACATGTAAGAAACATTTAAGTCTCAAAAGGCCGATTTCTTAAG
AAACATTGAGGCTGCTTGGTAAAACTAGTTTCTTAAAAAAAAACGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1575043694:63506..65693 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1575043694:63506..65693 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1575043694:61298..62865 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1575043694:61298..62865 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1510915933:63506..65693 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1510915933:63506..65693 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1510915933:61298..62865 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1510915933:61298..62865 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1491911889:63506..65693 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1491911889:63506..65693 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1491911889:61298..62865 | TCONS_00072533-exon-scaffold_79-1491911889:61298..62865 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_79 | supercontig | scaffold_79:61298..65693 - |
Blast
BLAST of TCONS_00072533 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SDHF1 (Succinate dehydrogenase assembly factor 1, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=SDHAF1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 79.7221 bits (195), Expect = 9.493e-17 Identity = 36/76 (47.37%), Postives = 55/76 (72.37%), Query Frame = 1
Query: 79 MVRRSQLQKHVLSLYRSMLRAAGDRPGIRPYIQNEFRKNQEIPKTNVMQIEYMIRRGEKKLNELKEGSMTSMGAFV 306
M R S+LQ+ VLSLYR +LRA +PG ++ EFR++ +P+++V++IEY+ RRG ++L L+ G T+MGAFV
Sbjct: 1 MSRHSRLQRQVLSLYRDLLRAGRGKPGAEARVRAEFRQHAGLPRSDVLRIEYLYRRGRRQLQLLRSGHATAMGAFV 76
The following BLAST results are available for this feature:
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