TCONS_00072129 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00072129
Unique NameTCONS_00072129
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1392

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00072129 ID=TCONS_00072129|Name=TCONS_00072129|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1392bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00072129-protein

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_71:751013..776891+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00072129 ID=TCONS_00072129|Name=TCONS_00072129|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=25879bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_71:751013..776891+ (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_71:751013..776891+

>TCONS_00072129 ID=TCONS_00072129|Name=TCONS_00072129|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=5634bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_71:751013..776891+ (Clytia hemisphaerica)
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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_71supercontigscaffold_71:751013..776891 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0899689 0.0877339 0.101867 0.365425 8.8974 9.49164 41.4867 41.8353 16.5024 26.8893 8.56815 10.7854 14.56 11.1023 5.41526 13.962 7.33927 7.68405 10.2015 12.4098 5.85713 4.62479 2.26944 3.9702 4.08922 4.82772 1.35702 0.70218 0.86544 0.678267
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR003306WIF
IPR018933Netrin_module_non-TIMP
IPR001134Netrin_domain
IPR008993TIMP-like_OB-fold
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005515protein binding
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0005515 protein binding
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00072129 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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