TCONS_00071952 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00071952
Unique Name	TCONS_00071952
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5671

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_65:189512..198559-

transcript sequence

>TCONS_00071952 ID=TCONS_00071952|Name=TCONS_00071952|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5671bp
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AAAGCCATATCTGATGTGATCACCACCCGATACTCCTCAACAACCGATCA
TGATGTGGCTAAGAAGGTGCAAAACAAGTTACGGAATGCTCCAGCCCAAA
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ttttaaaaatttcgtcTCGCAAAATTCAGAAAACAGCCTTCAGTTGCAAC
GGAGATCTTGGCATTTTACAGCGAATCTTTTGTAACTCATGAATAAGCTC
GAATAACCCTGAAAAGAACTTCTTTGACTCCAAAGAGAGTAACAGAAATT
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TATGTATTTATTTTCCAGATTTCATTTGTAAATAGAGATTAATTTATACT
TAAATAACTCTTCATCAAGTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_65:189512..198559-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00071952 ID=TCONS_00071952|Name=TCONS_00071952|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9048bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_65:189512..198559- (Clytia hemisphaerica)
CTGATTGACAGCTTTCATAAAAGTTAGCCTGGAGGCAGTTTAAATATTTA
GCCTTATTTTTTTTCGAGTTTTCGCTAAAGTGAAAGTAAAAACAAAACGT
TCGTTAGTTGGATAGTACAACGTATTAGAACTCTGAAGATAACTCTGGCT
ACATTTACATCTTTTATCTAACGCAATGGAAAGAAGTTGAAGACATGCAT
ATGGGTTGTATCTTTCCTTTTCACTTTCTATTTCATAAACACATTCTATA
AATGATGGGTGATGGGAATCATCTACCTTTCCCTTTTTCTATATATCCTA
AGCAATTTTCTTCAAACACAATATGGATTTTTGATAGGCTCAATTCTGAT
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TGTAAATTCAATTATAATTGTCCTTTAATTTCATACGTTTTGTTTAAATC
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GCCTTTTTTAACTGAACAAAAATTTGTAGGAAAGTTGAATGGTTACTTTT
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TTCAGCAAAAGTGAAAATTTTGAATAATTACAACTTTTTAGAGTTTCCTC
TGTTTCATATTTTGATACTAAAACTTCAGGAATTTGAGTTTTTCTTTGGT
ATTACCACGAAGCAAAGCGTCGTATTATCTGAGATTTTCGCACTGACCCC
CTCTCTTGTTTTATTCATAGTTGGCGTAGTTTTGTCTAGTTATTGTTCAA
ATATTTTAAAGATTCAATAAATTGTGAGGAATTTCTTTCTTGAAACTTAC
TTTTGTCGTCTATGTGACAAGACTCTGTTAACATTAGGGAAGATTTTTAT
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TTTTTATTGAGTTATTACCTATCTATGCACTTAAATATTTTTATTTTTCT
TCGATATACTGTTCTCAAAAAGTTTCTTTTTGTCTCATTTTTTTTTTTAA
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GCATGCTTTATTGGCCCAGAACGAATTGGTCATCTATGATGAAAAGACGT
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AATTGATTTCTTGAGCATTAATCTTGGAAGTTGCTTTTTATAATCGTTCT
TGTAGCATCCTTTATAAATACCAGGAGTTTGGTTACATGCAAGGAGTGAT
GATGAAAATAGGCTGATCCTGTTAATATTCTTAATATTCAAATTTACCTG
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CTATTGACAGTGGGACCGAGGCTGAAAGTGAAGGAGAAAACAATATGACC
AATGTCACTTTTTCAGACGAGGAATCAGAATTATCCGGAGAAGATGGAGA
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TTCAAAGACTCCCACACGAGCAGGGCATTCCAAATTAGCTTTAGAGAAAT
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ATTGTTGTTCTCTTATTCTTATTAGAAGAGACGCAGAGGAGATCATGAGC
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TTAAGACTGTTTGTCTAAAGTTCTTTTAGATAAGTTACACCGGGTTGAAC
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GTTCAAAAGCTATTGTCATTTAATCACCTATTTTTAATCTTATTTTGTAT
TCTTCGAAAGGTGATTTTTTACACTGAATTTTAGCTACACCTTTTAAACC
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CTTCTATATTCAAGCAAAGTATGGCTCGCAGATTAGTTTGACAGGTCTGA
AAAAACTGCCAAACATCCGTAGATTTTTTTTAAGCACCCAGTACATGAAA
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ATTGTTAGTTACTGTTCATTTCATACACCCCTTTCTCACAGACCCGGTGG
GATTTTTTCAGGTGGTTGGGATAAAAATAACGGGCTGAAACTCAATAGGG
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TATTTTTCAGTGAGGATTGGCTTATTTGTTTATTTTCAGTGGGGACAAAA
ATGGGAACAATTTTCCACCGGGACGATATTTTGGCCAATTTTTCCGGTGG
GAAGGAGTCCTAGTGGGTCTGTGAGAAGGGGGTGTATTTCATATATCTGA
AAAGGAAAAATATATTAAAATTTCAATTTTCAGTGGAGTGCCCCTTTAAA
CTTACATCTAAATCTTTGACACGGAATAATGTTCGTCTTTTTGTTTAATA
AGCATAACGCTTGTAAGTGTCCCTGGCTCTAGAGTTGGGTTTTAAAACAA
TGGATGAATTCTAAAGTAAATGCTGGACCTCACCAATAGACAGACACTTA
ATGAAACAATTATTTTATTAGAAATCGCGCATTTCAAGAATTGGTGGCGA
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TCTCTGCATTTTCCATGGTCTTTCAGTAAGTCGTGAGTCTTAAAAATCCT
TTACTGAATATGTAAACACTGCTTCAGTGTTATTATAAATTAATTAATAC
CATCGTAAAAATAGAAGAGTCGAGGGCGAGCGAAGTATATCATTAATAAC
CCTATACTAACTGTTTATGAAGGCAATACCATGTAATACTACACCTCTGC
CTTAAAGCCAATATGAAGTTTCAAAGTATTGAAGTTCTACTAAAATATTT
GCTCCTGATTCAAACAGAACGTCAAAAATTGCTTTTTGATTCAATTTTTC
ACCTCGTCATTTCAATATTTTATCTTTCATTTAGATATTTCTCGAAATCG
TTCCTGAGCCTGTGCAATATGGAAGGTGCTAATGGCAAATTCGCCTTTAA
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TTGAACCAATCAGCTATTAGGTGGAATGGAAGACATTGCAATGGTGCATA
TCATGAATAAATGTAAACCAGTAACATCTTTTTCATATTTCAATTCGGTT
AGTCGCAGTTCCACCCCTGTTCAAGATAGGATCTATTCATTCATGCTATT
AACTATGTTAGTGATTTTGATCTTAGGGCTAGGACCTACTAGATTCACCC
TTCTTGAGTTTTAAAACAATTCTTCTGATTCTTTCTTCAGATGTGATCAC
CACCCGATACTCCTCAACAACCGATCATGATGTGGCTAAGAAGGTGCAAA
ACAAGTTACGGAATGCTCCAGCCCAAAAAGGTGGTCTCGGTCGCAAAAAG
AAAAATTGATTTTTAGGATTTTCAGTATTTTAAAAATTTCGTCTCGCAAA
ATTCAGAAAACAGCCTTCAGTTGCAACGGAGATCTTGGCATTTTACAGCG
AATCTTTTGTAACTCATGAATAAGCTCGAATAACCCTGAAAAGAACTTCT
TTGACTCCAAAGAGAGTAACAGAAATTCCCAATAATTAATGAGTTTTCAA
TTTTCTGACGTTGCTCTCGTTGATTCCTGATTATAGAAAGACCATGTTAT
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AGCCTTCAGAGCAAGAATGATAGCACACTATTATGCTGGCTTAATCAAAT
CTTTGCTTTTTCTTTTGCAAGAGTGCTTTTGTGAACATAAAGGATTTTCT
GCTAAATTGTGAATATGAAATTGTAGATATGTATTTATTTTCCAGATTTC
ATTTGTAAATAGAGATTAATTTATACTTAAATAACTCTTCATCAAGTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_044671	XLOC_044671	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_65	supercontig	scaffold_65:189512..198559 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.16182e-07	0.00705884	1.77784e-07	1.12816	2.04523	1.63521	0.594693	0.644649	8.14743e-07	1.9711	2.10777	0.35611	1.06068	0.591453	1.11724	0.2812	1.11699	0.420826	2.1845e-07	1.77003	0.836159	0.0416918	0.739255	0.000183115	1.67273e-10	8.80855e-09	1.54944e-07	3.48235	1.05131	0.00811796

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00071952 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00071952 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00071952 (transcript) - C. hemisphaerica