TCONS_00071748 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00071748
Unique NameTCONS_00071748
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2401

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00071748 ID=TCONS_00071748|Name=TCONS_00071748|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2401bp
AACAAGTTAAGCAAGAGGTTAAAAATTAAAGATCTAGCAACTTACGGCCA
TCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGTTGTCC
ATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGTAGTGG
TCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTGTAGTC
GTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTCAGGTTT
TCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAGGCTGTC
CGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGTTGTCCA
TCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACCATTACC
ATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATGGTTTGT
CTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTCCGGCT
TCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGAAGGTTT
AGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTTATCAT
CATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCTAAGTTC
TCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTTTCCATC
CTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATCCTCAG
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GTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCtggttttttattttcatc
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CACCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCG
CCATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTT
ATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATG
GTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCA
GCGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCC
ATCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTAT
CACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGT
TTATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCC
ATCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGT
TATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCA
GGAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGG
TTCCTCagttgtcgttgttgttgtcgGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTG
TCGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTT
GTTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGgtagt
ggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCG
TTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTT
GTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGT
GGGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGgtagtggttgtt
gttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGG
AGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGG
TCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACG
ATGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTC
TTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACNGGTTCACTTCTTG
GTCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTT
CGATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATCGGCTGGTGGTGGT
GCTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGG
TTTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATAC
C
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_63:725609..728153-

Legend: exon
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>TCONS_00071748 ID=TCONS_00071748|Name=TCONS_00071748|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2545bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_63:725609..728153- (Clytia hemisphaerica)
AACAAGTTAAGCAAGAGGTTAAAAATTAAAGATCTAGCAACTTACGGCCA
TCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGTTGTCC
ATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGTAGTGG
TCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTGTAGTC
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CGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGTTGTCCA
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CTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTCCGGCT
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AGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTTATCAT
CATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCTAAGTTC
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CTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATCCTCAG
CAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGTGGATTG
GTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCTGGTTTTTTATTTTCATC
TGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTAT
CTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGT
TTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGC
TGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCAT
CAGCTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCT
CCATCGGCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACCGGGTTT
ATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTG
GTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCGCCATCA
GCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTTATCTCC
ATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTAT
CTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCGGGT
TTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCCATCACC
TGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCAT
CAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGTTTATCA
CCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCATCATT
ATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGTTATCTT
CAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAGGAGCT
GGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGGTTCCTC
AGTTGTCGTTGTTGTTGTCGGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTGTCGGCT
CCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTTGTTGTT
GTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGT
TGTTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTG
GAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTG
GTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAAC
GATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGTTGTTGTA
CTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGAGTTGT
TGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGGTCGGTG
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CCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGG
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CAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATCGGCTGGTGGTGGTGCTGGT
TTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGGTTTTGG
CTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATACC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044555XLOC_044555Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_63supercontigscaffold_63:725609..728153 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

min expression (0 tpm) - - (7.44704 tpm) max expressionaGrOo_1GrOo_2FGOo_1FGOo_2EG_1EG_2P1_1P1_2P2_1P2_2P3_1P3_2PoPr_1PoPr_2St_1St_2GO_1GO_2PH_1PH_2BMF_1BMF_2MMF_1MMF_2M_1M_2GEC_1GEC_2GEN_1GEN_2
Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.134158	0.460668	0.273416	0.0971562	0.0573534	0	0.576973	0.425315	0	0	0.325591	0.687218	2.10994	3.75352	1.25776	7.44704	4.14989	4.00222	0.0425099	0	4.50367	5.33673	2.62502	3.15621	6.81414	5.91609	0.648598	0.0594675	0	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00071748 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
ZOOM
x 1
POSITION
0
20040060080010001200140016001800200022002400Sequence
Match NameE-valueIdentityDescription
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