TCONS_00071748 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00071748
Unique NameTCONS_00071748
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2401

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00071748 ID=TCONS_00071748|Name=TCONS_00071748|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2401bp
AACAAGTTAAGCAAGAGGTTAAAAATTAAAGATCTAGCAACTTACGGCCA
TCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGTTGTCC
ATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGTAGTGG
TCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTGTAGTC
GTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTCAGGTTT
TCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAGGCTGTC
CGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGTTGTCCA
TCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACCATTACC
ATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATGGTTTGT
CTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTCCGGCT
TCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGAAGGTTT
AGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTTATCAT
CATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCTAAGTTC
TCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTTTCCATC
CTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATCCTCAG
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GTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCtggttttttattttcatc
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CCATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTT
ATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATG
GTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCA
GCGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCC
ATCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTAT
CACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGT
TTATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCC
ATCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGT
TATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCA
GGAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGG
TTCCTCagttgtcgttgttgttgtcgGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTG
TCGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTT
GTTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGgtagt
ggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCG
TTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTT
GTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGT
GGGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGgtagtggttgtt
gttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGG
AGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGG
TCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACG
ATGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTC
TTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACNGGTTCACTTCTTG
GTCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTT
CGATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATCGGCTGGTGGTGGT
GCTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGG
TTTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATAC
C
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_63:725609..728153-

Legend: exon
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>TCONS_00071748 ID=TCONS_00071748|Name=TCONS_00071748|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2545bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_63:725609..728153- (Clytia hemisphaerica)
AACAAGTTAAGCAAGAGGTTAAAAATTAAAGATCTAGCAACTTACGGCCA
TCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGTTGTCC
ATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGTAGTGG
TCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTGTAGTC
GTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTCAGGTTT
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TCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACCATTACC
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CTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTCCGGCT
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AGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTTATCAT
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CTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATCCTCAG
CAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGTGGATTG
GTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCTGGTTTTTTATTTTCATC
TGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTAT
CTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGT
TTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGC
TGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCAT
CAGCTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCT
CCATCGGCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACCGGGTTT
ATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTG
GTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCGCCATCA
GCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTTATCTCC
ATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTAT
CTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCGGGT
TTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCCATCACC
TGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCAT
CAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGTTTATCA
CCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCATCATT
ATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGTTATCTT
CAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAGGAGCT
GGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGGTTCCTC
AGTTGTCGTTGTTGTTGTCGGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTGTCGGCT
CCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTTGTTGTT
GTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGT
TGTTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTG
GAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTG
GTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAAC
GATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGTTGTTGTA
CTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGAGTTGT
TGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGGTCGGTG
CTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACGATGTCA
CCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGG
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TTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGGTTTTGG
CTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATACC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044555XLOC_044555Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:727260..728153TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:727260..728153Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727115TCONS_00071748-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727115Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_63supercontigscaffold_63:725609..728153 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.134158	0.460668	0.273416	0.0971562	0.0573534	0	0.576973	0.425315	0	0	0.325591	0.687218	2.10994	3.75352	1.25776	7.44704	4.14989	4.00222	0.0425099	0	4.50367	5.33673	2.62502	3.15621	6.81414	5.91609	0.648598	0.0594675	0	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00071748 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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