TCONS_00071747 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00071747
Unique NameTCONS_00071747
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2423

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00071747 ID=TCONS_00071747|Name=TCONS_00071747|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2423bp
CGGCCATCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGG
TTGTCCATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTG
TAGTGGTCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGT
GTAGTCGTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTC
AGGTTTTCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAG
GCTGTCCGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGT
TGTCCATCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACC
ATTACCATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATG
GTTTGTCTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGT
CCGGCTTCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGA
AGGTTTAGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTT
TATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCT
AAGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTT
TCCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCAT
CCTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGT
GGATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCtggttttttatt
ttcatctggTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCCGGTTTAT
CTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCATCAGCTGGT
TTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCGTCAAC
CGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCAT
CACCTGGTTTATCTCCATCACCGGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCT
CCGTCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTT
ATCTCCATCAGATGGTTTATCGCCATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTG
GTTTATCACCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCA
GCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCC
ATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTAT
CTCCATCGCCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGC
TTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGC
TGATTTATCTCCATCAGTTGGTTTATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCAC
CTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCATCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGT
TTATCTCCTGCACCTTCAGGGTTATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTC
TTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAGGAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAG
TTGATGTAGTAGTTGTAGTCGGTTCCTCagttgtcgttgttgttgtcgGC
TCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTGTCGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGT
TGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTTGTTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCT
CTTCGGTTGTCGTGGTGgtagtggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTT
GGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGT
TGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTG
TGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGT
TGTCGTGGTGgtagtggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTG
TTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGC
GTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGT
CGAAGTAGTTGTTGTGGGAACGATGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTT
CTGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATT
TCAGGGACNGGTTCACTTCTTGGTCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCT
TTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGG
AGGTTCATCGGCTGGTGGTGGTGCTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTT
TAGCATCAGGAACATCGTCTGGTTTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTA
TCTTCTGCTTTTTCTGGGATACC
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00071747-protein

>TCONS_00071747-protein ID=TCONS_00071747-protein|Name=TCONS_00071747-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=350bp
MVYHHFRELSKHLLVVADLSSQEVFDLVFYHLRDSFHPRVSFHLLVSVFL
PHPQQASFHPPVDWYHPLVDWYHLLAAAKRLLVFYFHLVYLQVYLQVYLP
VYLHQLAYLHRLVYLHQLVYLHQQVYLHQLVYHRQPVYLHQLAYLHRLVY
LHHLVYLHHRVYLHHLVYLRHLVYLRHLVYLHHLVYLHQMVYRHQLAYRH
RLVYHHQRVYLHQLAYLHQLVYLHQMVYLHQLAYLHQLVYLHQRVYLHQR
VYLHRLVYLHHLVYLRQLAYLHQLVYHHQLAYRHQLIYLHQLVYHHHLSF
CHLLPQLYLHHYQGFPLGVYLLHLQGYLQVVYFDPLLEHFLLQELVLSWW
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_63:725609..728109-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00071747 ID=TCONS_00071747|Name=TCONS_00071747|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2501bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_63:725609..728109- (Clytia hemisphaerica)
CGGCCATCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGG
TTGTCCATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTG
TAGTGGTCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGT
GTAGTCGTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTC
AGGTTTTCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAG
GCTGTCCGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGT
TGTCCATCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACC
ATTACCATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATG
GTTTGTCTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGT
CCGGCTTCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGA
AGGTTTAGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTT
TATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCT
AAGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTT
TCCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCAT
CCTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGT
GGATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCTGGTTTTTTATT
TTCATCTGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCATCAGCTG
GTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCA
GCTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCC
ATCGGCTGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTAT
CTCCATCAGCTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGC
TTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACC
GGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGT
CACCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCG
CCATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTT
ATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATG
GTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCA
GCGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCC
ATCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTAT
CACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGT
TTATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCC
ATCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGT
TATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCA
GGAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGG
TTCCTCAGTTGTCGTTGTTGTTGTCGGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTG
TCGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTT
GTTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGT
GGTTGTTGTTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCG
TTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTT
GTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGT
GGGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGTT
GTTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGG
AGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGG
TCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACG
ATGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTC
TTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACNGGTTCACTTCTTG
GTCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTT
CGATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATCGGCTGGTGGTGGT
GCTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGG
TTTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATAC
C

Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_63:725609..728109-

>TCONS_00071747 ID=TCONS_00071747|Name=TCONS_00071747|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=2106bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_63:725609..728109- (Clytia hemisphaerica)
CGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCAT
CAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCA
CCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTT
ATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACCGGGTTTATCTCCATCACCTG
GTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCATCA
CCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCGCCATCAGCTGGCTTATCGCC
ATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTAT
CTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCTCCATCAGCTGGC
TTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGC
GGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGT
CAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCATCAGCTGGCTTATCG
CCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGTTTATCACCATCATCTTTCGT
TTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCATCATTATCAGGGTTTTCCT
CTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGTTATCTTCAGGTGGTTTATTT
TGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAGGAGCTGGTGTTGTCGTGGT
GGTAGATGGTTTATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTG
GTGGCTGATCTAAGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCT
TCGGGATTCTTTCCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTT
TTCTGCCCCATCCTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTAT
CATCCCCTAGTGGATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCT
GGTTTTTTATTTTCATCTGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATC
TCCCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTC
CATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTA
TCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGG
TTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACCGGGTTTATCTCCATCAC
CTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCA
TCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCGCCATCAGCTGGCTTATC
GCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCTGGCT
TATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCTCCATCAGCT
GGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATC
AGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTC
CGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCACCATCAGCTGGCTTA
TCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGTTTATCACCATCATCTTT
CGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCATCATTATCAGGGTTTT
CCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGTTATCTTCAGGTGGTTTA
TTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAGGAGCTGGTGTTGTCGT
GGTGGTAGATGGTTTATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTG
GTGGTGGCTGATCTAAGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCA
TCTTCGGGATTCTTTCCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGG
TTTTTCTGCCCCATCCTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGG
TATCATCCCCTAGTGGATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCT
CCTGGTTTTTTATTTTCATCTGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTT
ATCTCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044555XLOC_044555Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00071747-proteinTCONS_00071747-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1575043694:727268..728109TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1575043694:727268..728109Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727189TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727189Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1510915933:727268..728109TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1510915933:727268..728109Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727189TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727189Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1491911889:727268..728109TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1491911889:727268..728109Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727189TCONS_00071747-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727189Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_63supercontigscaffold_63:725609..728109 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

min expression (0 tpm) - - (5.97732 tpm) max expressionaGrOo_1GrOo_2FGOo_1FGOo_2EG_1EG_2P1_1P1_2P2_1P2_2P3_1P3_2PoPr_1PoPr_2St_1St_2GO_1GO_2PH_1PH_2BMF_1BMF_2MMF_1MMF_2M_1M_2GEC_1GEC_2GEN_1GEN_2
Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.242749	0	0	0	0	0	0	0.221565	0	0.0979148	0.613188	0.993233	5.97732	3.91107	2.36249	4.73892	4.22552	3.61565	0	0	0.0026025	0.850805	1.71702	1.33068	4.06443	5.69379	0	0	0.122649	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00071747 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
ZOOM
x 1
POSITION
0
20040060080010001200140016001800200022002400Sequence
Match NameE-valueIdentityDescription
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