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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00070882 ID=TCONS_00070882|Name=TCONS_00070882|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2211bp
CTTATTTTCATATAAGATTGCATTTTCCAAATACTTCCTTGTAGTTCCAC
AACCATACAAAGGAACATTGAAAATGATATGTGTAGCATTGATGAAAGGT
TGGCATTGAGCACTTTGATCAATAACATGCAGAGAACTCATAGAGAAACC
TTTCAAATCAGCTTTGTTAAGAACAACTCTCATGTTATCGGTGGAGCAAG
TGATCGACATTGGACAGTCTTCGACGAAATTCAGCACATCTGCTGTTGGT
GCAATGGTCACGCTAATTCGGTCAGTCGTTTGTTTTGGAGAAAGTGAAGA
GGATCTTTGGATGAGTGCACCTTCAGTTGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTG
ATGGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCT
GGAGTAGTTTCAGATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGG
TCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCCGGAG
TAGTCTCAGATGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCT
TTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGT
CTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTAC
CTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTTTTTCTCCTGGAGTAGTCTCA
GATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTACCATC
AGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCGGGAGTAGTCTCAGATG
GAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTACCTTCAGTG
CTGACAAGTGGTCGTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGC
TTTAGTAGTTCCTGCTTCATCAGTGGATGGTCCTTTACTATCAGTGCTGA
CAAGTTCGATTGTTTTGGTTGAAGGAAGAGTTGTTTCCTGCGTTGTTGTT
TTTTCACCACAACAAGTAGTTGTTGTCTGAGAACGTGTTGGTCCAAAGGG
TGTTGTGTTTGGCTTCTCTGAAAAATTACTTTCTCCAACATCAAGAGTAG
TTTGTTCATCGGATCGACGAGTTGTAATTTCATTTGAACCTTCAGTGATG
ACAATCGGTGTAAAGGTAGTTGTTGACAAGGACGGCGTACTTGTCATTTT
TGTTGTGTCATCAATCGAAATAGAAGTTGTTTCTTGGACATCCGTTGAAA
TAACAGGTTTAGGAACTGTTGTGGTTTCTTTAGAGCTTGGAGTAGTTTCT
CCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCTGAGCT
TGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGAAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGG
TTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTTTTCA
GAGCTAGGTGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTAGTTTCTTCAGAGCTCGG
AGTGGTGTCTTTACCATCTGTAACAACTAAAGGTGCATCAGTTGAGACAA
CTGGTTTAAATGTTGTTAATCTATATGAAGCAGTTGTTTTGTCTTCAGAG
CTTGGAGTAGTTTCTCCAGACCTTGGTGTGCTTTCTTGACCATCTGTAGA
AACTAAAGGAGCATCCGTTGAGACAACTGGTTTTGATGTAGTTAATCCAC
TAACAGCTGTTGTTTTATCTTCAGAGCTAGAAGTTGTTACTTCAGAGCTT
GGACTGATTTCTACTGGACTTGGAGTAGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGT
TTCTTCAGAGCTTGGAGTAGTTTCTTGACCATCTGTAGAAAGTAAAGGAG
CATCTGTTGAGACAACTGGTTTCAATGTTGTTGATCCACTTGCAGCAGTT
GTTTTGTCTTCAGAGCTTGGAGTTGTTTCTTCAGAGGTTAGAGTAGTTTC
TCCTGAACTTGGTGTTGTTTCTTGACCATCTGTAGAAACTAAAGGAACAT
CTGTTGAGACAACTGGTTTTGATGTTGTTAATCCACTAACAGCTGTTGTT
TTGTCTTCAGAACTTGGAGTTGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTC
TGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTG
GAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTT
TCTTCAGAGCT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_58:1246259..1252759+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00070882 ID=TCONS_00070882|Name=TCONS_00070882|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6501bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_58:1246259..1252759+ (Clytia hemisphaerica)
CTTATTTTCATATAAGATTGCATTTTCCAAATACTTCCTTGTAGTTCCAC
AACCATACAAAGGAACATTGAAAATGATATGTGTAGCATTGATGAAAGGT
TGGCATTGAGCACTTTGATCAATAACATGCAGAGAACTCATAGAGAAACC
TTTCAAATCAGCTTTGTTAAGAACAACTCTCATGTTATCGGTGGAGCAAG
TGATCGACATTGGACAGTCTTCGACGAAATTCAGCACATCTGCTGTTGGT
GCAATGGTCACGCTAATTCGGTCAGTCGTTTGTTTTGGAGAAAGTGAAGA
GGATCTTTGGATGAGTGCACCTTCAGTTGTTGGTCCTTTACCTTCAGTAC
TGACAAATGGTCCTTGAGTTAGTTCTCCTGGTGCTTCAGTAGTTCCTGCT
ACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGT
TGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCCGCTACAG
CAGTTGTTGTTCTTTTACCTTCAGTACTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTT
TCTCCGGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACC
ATCAGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAG
ATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACCATCA
GTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGG
AGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACCTTCAGTAC
TGGCAAGTGCTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGATCT
TCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGAC
AAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAG
TTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACCTTCAGTACTGGCAAGT
GGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCATATGGAGCTTCAGTAGT
TCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTAACAAATGGTC
CTTGAGTTAGTTCTCCTGGTGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGAT
GGTCGTTTACCATCAGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGG
AGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTC
CTTTCCCTTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTA
GTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTT
CCCTTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCT
CAGATGGATCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACCG
TCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGA
TGGATCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCGTCAG
TGCTGACAAATGGTCCTTGAGTAGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGA
TCTTCAGTAGTTCCTGCTATAGCAGTGGATGGTCGTTTACCGTCAGTGCT
GACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCGGGAGTTATTTCTCCTGGAGCTT
CAGTAGTTCCTGCTACAACAGTTGATGGTCCTTTACCATCAGTACTGACA
AGTGGTCCTTGAGTTGTTGCTCCTGGAGTAGTCTCTGATGGAGCTTCAGT
AGATCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTCCCTTCAGTGCTGACAAATG
GTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTT
CCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCATCAGTACTGACAAGTGGTCC
TTGAGTTGTTGCTCCTGGAGTAGTCTCTGATGGAGCTTCAGTAGATCCTG
CTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGA
GTTGTTTTTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGATCTTCAGTAGTTCCTGCTAC
AGCAGTTGATGATCCTTTACCGTCAGTGCTAACAAATGGTCCTTGAGTTG
TTTTTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCA
GTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTC
TCCGGGAGTTATTTCTCCTGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTG
TTGGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCT
GGAGTAGTCTCAGATGAAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGG
TCCTTTACCATCAGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTGCTCCTGGAG
TTGTCTCTGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCT
TTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGT
CTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTAC
CTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTAGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCA
GATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCCACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTC
AGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTAATTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATG
GAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTG
CTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGC
TTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTGTTGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGA
CAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACA
GCAGTGGATGGTCGTTTACCTTCAGTACTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGT
TTCTCCGGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAG
TGGATGGTCGTTTACCGTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCT
CCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTGA
TGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTACTG
GAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTG
CTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGC
TTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTACCATCAGTGCTGA
CAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTACTGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACA
GCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGT
TTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAG
TGGATGGTCCTTTACCATCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCT
ACTGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTC
AGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATG
GAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTA
CTGGCAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTAGAGTAGTTTCAGATGGAGC
TTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGA
CAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTTTCAGATGGAGCTTCA
GTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTACTGGCAAG
TGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTAGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTTG
TTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGT
CCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTTTCAGATGGAGCTTCAGTTGTTCC
TGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTT
GAGTGGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCT
ACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGT
TGTTTTTCCTGGAGTAGTTCCAGATGGAGCTTCAGTAGTTCCTGCTACAG
CAGTTGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTT
TCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGT
TGATGGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTC
CTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGAT
GGTCCTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGG
AGTAGTCTCAGATGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTC
CTTTACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTA
GTCTCAGATGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTT
ACCGTCAGTGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTTT
CAGATGGAGCTTCAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCT
TCAGTGCTGACAAGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCCGGAGTAGTCTCAGA
TGGAGCCTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTTGATGGTCCTTTACCGTCAG
TGCTGACAAATGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGA
GCTTCAGTAGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCGTTTACCTTCAGTGCT
GACAAGTGGTCCTTGAGTTTTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTT
CAGTTGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTACCATCAGTACTGACA
AGTGGTCCTTGAGTTGTTTCTCCGGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTCAGT
AGTTCCTGCTACAGCAGTGGATGGTCCTTTACCTTCAGTGCTGACAAGTG
GTCGTTGAGTTGTTTCTCCTGGAGTAGTCTCAGATGGAGCTTTAGTAGTT
CCTGCTTCATCAGTGGATGGTCCTTTACTATCAGTGCTGACAAGTTCGAT
TGTTTTGGTTGAAGGAAGAGTTGTTTCCTGCGTTGTTGTTTTTTCACCAC
AACAAGTAGTTGTTGTCTGAGAACGTGTTGGTCCAAAGGGTGTTGTGTTT
GGCTTCTCTGAAAAATTACTTTCTCCAACATCAAGAGTAGTTTGTTCATC
GGATCGACGAGTTGTAATTTCATTTGAACCTTCAGTGATGACAATCGGTG
TAAAGGTAGTTGTTGACAAGGACGGCGTACTTGTCATTTTTGTTGTGTCA
TCAATCGAAATAGAAGTTGTTTCTTGGACATCCGTTGAAATAACAGGTTT
AGGAACTGTTGTGGTTTCTTTAGAGCTTGGAGTAGTTTCTCCTGAGCTTG
GAGTGGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTT
TCTTCAGAGCTTGAAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGA
GCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTTTTCAGAGCTAGGTG
TGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTAGTTTCTTCAGAGCTCGGAGTGGTGTCT
TTACCATCTGTAACAACTAAAGGTGCATCAGTTGAGACAACTGGTTTAAA
TGTTGTTAATCTATATGAAGCAGTTGTTTTGTCTTCAGAGCTTGGAGTAG
TTTCTCCAGACCTTGGTGTGCTTTCTTGACCATCTGTAGAAACTAAAGGA
GCATCCGTTGAGACAACTGGTTTTGATGTAGTTAATCCACTAACAGCTGT
TGTTTTATCTTCAGAGCTAGAAGTTGTTACTTCAGAGCTTGGACTGATTT
CTACTGGACTTGGAGTAGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAG
CTTGGAGTAGTTTCTTGACCATCTGTAGAAAGTAAAGGAGCATCTGTTGA
GACAACTGGTTTCAATGTTGTTGATCCACTTGCAGCAGTTGTTTTGTCTT
CAGAGCTTGGAGTTGTTTCTTCAGAGGTTAGAGTAGTTTCTCCTGAACTT
GGTGTTGTTTCTTGACCATCTGTAGAAACTAAAGGAACATCTGTTGAGAC
AACTGGTTTTGATGTTGTTAATCCACTAACAGCTGTTGTTTTGTCTTCAG
AACTTGGAGTTGTTTCTTCTGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCTGAGCTTGGA
GTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTC
TTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGCTTGGAGTGGTTTCTTCAGAGC
T
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1491911889:1246259..1246590 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1491911889:1246259..1246590 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1510915933:1246259..1246590 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1510915933:1246259..1246590 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1575043694:1246259..1246590 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1575043694:1246259..1246590 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1491911889:1250881..1252759 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1491911889:1250881..1252759 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1510915933:1250881..1252759 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1510915933:1250881..1252759 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1575043694:1250881..1252759 | TCONS_00070882-exon-scaffold_58-1575043694:1250881..1252759 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_58 | supercontig | scaffold_58:1246259..1252759 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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