TCONS_00070447 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00070447
Unique Name	TCONS_00070447
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4817

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_56:345827..386527+

transcript sequence

>TCONS_00070447 ID=TCONS_00070447|Name=TCONS_00070447|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4817bp
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transcript from alignment at scaffold_56:345827..386527+

Legend: exon

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>TCONS_00070447 ID=TCONS_00070447|Name=TCONS_00070447|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=40701bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_56:345827..386527+ (Clytia hemisphaerica)
TTACTAATTCCATACTGTTGTAAGTTGTTTGTTCACATAGAAAGCTTACG
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TTGGTAATTTATCAAATTCGATTAACTCGACAAAAATTGATTCCCAAATT
AGTTAACTTTAGAAAGTGCTAGAAGACAATATTATTGAAATTATGTAGAA
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AGTTTTTGACGAATCAAATGGCTAAAGATAGATCACGAGACGCTCGAAAA
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AATGGATCGTCCACTGATATTTACCAGGTGAGTTATTATACGGTTTACCA
CTCTGTAAACTCGTTTTCTCccgatttgaattttattttgcgCATATCAT
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AAGTGACGTATTGGGTGGATGATTTTAAAAGTTCTCAGAAGACTCTCCAG
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GTTATTATTACCTTTTCAGTTGACGGATTATAAGGAAGATATATTTGTAT
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TTTCactatattttttgttattggaaggtttcgtgttttttcttcaaaaa
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G

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043871	XLOC_043871	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_56	supercontig	scaffold_56:345827..386527 +

Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00070447 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HMCN1 (Hemicentin-1 OS=Homo sapiens GN=HMCN1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 149.828 bits (377), Expect = 7.364e-36
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HSP 3 Score: 103.219 bits (256), Expect = 1.162e-21
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Query: 1522 WSQWGECSTTCGPGVQKRSR--NQVSTVDISET--ESFTHTKPCNDRNCPMDGNWGQWSGFGRCSVSCGKGEKVRMRECNDPTPMFDGRDCSGQNTDSMPCGFPEICPVNGGWSDWIPYSNCSQPCQQKNSTEKIYRSFIRRCDSPLPEFGGEPCEGS 1983
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HSP 4 Score: 88.5817 bits (218), Expect = 3.010e-17
Identity = 62/175 (35.43%), Postives = 84/175 (48.00%), Query Frame = 1

Query:  715 KWDVWKPYGACSVTCGKGIKKLKRDCLDTNGEKVDIKHCDGLDPQLKENSTEACDLGFSCGDPVTKWSEWSLCSRSCNGGQLTRTREC----MSKDIDVCKSFALIDQKPCNPQRCKVDGRWSDWSNYTECSVSCGNGNQFRNRTC-FP-PQHGGLECTGVDVEVKNCLTAKVCP 1221
            KW  W  + ACSV+CG G ++  R C D    +   + C+G D Q    +++ C    +     + WS W  CSR+CNGGQ+ R R C     S     C       Q+ CN   C VDG W  W ++++CS SCG G + R R C  P P  GG  C G   +V  C   + CP
Sbjct: 4702 KWATWASWSACSVSCGGGARQRTRGCSDPV-PQYGGRKCEGSDVQSDFCNSDPCPTHGNW----SPWSGWGTCSRTCNGGQMRRYRTCDNPPPSNGGRACGGPDSQIQR-CNTDMCPVDGSWGSWHSWSQCSASCGGGEKTRKRLCDHPVPVKGGRPCPGDTTQVTRC-NVQACP 4869

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00070447 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00070447 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
HMCN1	7.364e-36	33.15	Hemicentin-1 OS=Homo sapiens GN=HMCN1 PE=1 SV=2	[more]

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TCONS_00070447 (transcript) - C. hemisphaerica