TCONS_00070208 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00070208
Unique Name	TCONS_00070208
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5133

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_516:229731..245782+

transcript sequence

>TCONS_00070208 ID=TCONS_00070208|Name=TCONS_00070208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5133bp
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aaTGATTTTGCGACAATTCTGATATTGTGGTTGGTTGGTTAGAGTCAATT
GGAGAATTTGGATTTCATGCGAACATTACTAATAGCAATACCATGAACAT
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TACTAGCTTTTCAACACAATTCACACAAAGTGGACCGCAGAACCAAAACA
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GCAGCAGCGGCCACAGCAACCGCTACAGCGACTGCTACAGCGACGCTTCA
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ATAATCAACAACAACAGTATCAGATCCAAGGGCAGACAAACGTACAAACG
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GTTCAATAAACCAATGGGCTATATGATGAACAACCCAAATAATATGACCC
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AACATGATGAGTCGCTTTCAAGGTCCACAACTAAAGCGACCGCCAATGAT
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CCAACGGTCAGTTTAGTCCATACGGACCACCCGGTGGCATGAACAGATCT
GGACCAGGATTTCCACCGCAGTATCAGCAGCCGCCTCCCGGGTACAACGG
AAATAATTTCAATGCAAACATGGGCGGAGCAAATATGGGTGGGATGGGCG
GTATGAATATGGGGATGAATAATAGTATGGGAATGAGTGGAAATAATAGT
ATGGGAATGGGATCAAACATGGGGCTACCACCGCAATATAATAATAACAT
GAACAATACAATGGGGAACAACATGATGCAACAGCCACAACAGCcacaac
aaccacaacaacagGTTTTTAATCAGCAACAGCAAATGCAACAGGGCGGC
CAACCCACTCCTAACAACCTACAACAACCGAACAACCAAGCACAACGAAC
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cagcaacaacaacaaccaccgaACCAACAAGTTGGAAGTCCACAACAAGC
ATTGACTAATCAAGAGAGACCGAGTACACTTCAATATCAACCAAACCCAA
CCACTGGTGGACCTAGAACACCGAACCCACCTGCTGCATCCCCTTTAAAT
CGAATGGCAGTGGACGGCGCCACCACCCCAATCATCCCGAACGCCCGCTC
CACAACGCCACGACAAGACATAAAGGACGTCAAACCTCAAATTGCCGGTG
AAGCACAGAAGCTGAAAAGTTTGAATCGCGCACCGAGTACCGGTCCTTCG
CCACCCGACGTCAAGCCTAACATCTCGCAAATTAaaaCGGAGAAAGAGTG
TTTACGGCTGACGTTTAGCGTAGCGAACGGGATCGTTCTTCCACCCTTTC
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CAAATCTATCAAACTCTCATGAACAGGCCTGACCTTGAACTACAGTTCAA
ATGCTATCACCATGAGGACAAAACAATGACAACCAATTGGCCACAAACAG
TCAGTGTCAGTGTCAACAACACACCACTCAACTTGGAACGAGGTGACTCG
AAAACCTCACACAAACCACTTCTTCTTAAGGATGTTTGCAAAGCTGGCCG
GAATACCATACAAATTAACGTTCTCGCTTGCTGTTGTTCTCATCTTTTCG
TTCTTCAATTGGTTCATCGTCCCTCCGTCAATTCAGTTCTTCAAGGCTTG
CTCAAGAAACGCTTGCTTCCTGCTGAACATTGCATGAAAAAGATTAAAAT
CAACTTCAAGTCATCTGCGACCAACTCGAACACGCCAGGTATGGACGATG
GTATCGAGCAAACTGCAGTCAAAGTCTCTTTAAAATGTCCAATCACGTAT
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GGTCCTCCTCCCAAACGACTTCGCTCTGTAGACAGCGCCATCGCTTCACC
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CAACCTCAAGCGAACCCGTCAATAATGACAAGCTCGAACAACGACAGTAA
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CGCCCCTCTGCCCCAGTCCATACCACCAACTTCTTCGCCGCCCACCATTT
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CCCACCATTTCCACTTCGTCCGCTCTCACCTCGCAAAACAGTGAATCTGC
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taatagatgttttaaattatttttgcctTTCCTCAACCCATCTGTTACTA
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CAAACCTGATCTTCCGAAAATCAAATCACGAGACACGCCAAGTAATATTT
TGACTGGTGTTGgtttatttttcgatttttatgattttttttttcacaat
tttttattattattttttaacttatttCATTATTATACGTATGAGTATAT
TATAtacatattatatattttcatcttttattttaaaaaaattaaaattt
ttttgaatagtGGTTGTGCCGCTCTCGACTTTGTTTTTATGGGTAGCCAC
CGCCGCCGATCAGTTGATATTTGTTATCATTTTATCCCCTTCTATATTTA
GAAAGATGAACATAGTAGACAAAACAAGAAAta

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transcript from alignment at scaffold_516:229731..245782+

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>TCONS_00070208 ID=TCONS_00070208|Name=TCONS_00070208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16052bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_516:229731..245782+ (Clytia hemisphaerica)
TTCAGCTTTTAGAAAGCCATCTcaactcttaaaaaaaatatatttcttga
aaTGATTTTGCGACAATTCTGATATTGTGGTTGGTTGGTTAGAGTCAATT
GGAGAATTTGGATTTCATGCGAACATTACTAATAGCAATACCATGAACAT
TAATACTGGTGGAGGATTTAACAATACAGGTGGTCTCGGTGTAGCCAACA
TCCCACCACAGGTCCCACAACAAATGCAACAAgttcaacaacaacagcaa
cctATTCAACAGCAAGTCACAGGTAGGTTCTTTGTCCAAAAGTGCAGTAG
AATGGAGAATGAGGTTAAAGATTTATAGCAATATTTCTAGAGTGGGAcaa
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TTTTAAAGGACTTTGCTTATTTTCGAGCAGCTCCAATTTGGAAGTCCTTC
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GGTGTAAAACATATGCAAGGTTAAACTAACTTTTAATCTCGAATGGTGGA
AATACAGATTTCATAGCAGTGCCTAGTATATTCTTGTTCAagaaattgat
tgaaaatttcacgTCAGTATGGAAATTGCAGATCTCGATTTTTTACATAG
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TTGCGTCAGCAAGATTTAGGTTTTTAGTAAATGTACATACAAGTTCAAAC
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TTAGCGATTTGCTAGAATGCTAATGACTTGCATAAATAAGTATCAAGCAC
ACAAACATATTGTTTCCTTGTAGagtaataaaaaatatatgatgTAGGTA
ATAGAGAACTACTTATAATGCTGAACTTTTAAACAACACTATGCAAAATG
AAGTAATCAAGTTTAATTAAGTGACGTTTTGTGTgattaacaacaaaata
aagagagtagtttcttttctttataataAAAGAAAAGTAAGAGGAATGAG
GGTGAGATGACATTTCTGTTAATTGACAACTTGTCAAATTGATGTATCAG
CTTTTGATGCTTTTACTGCTTTGGGTAGTTGactgttatttattttttct
cttgACAATGTGTACATTATTTTGTTTGTTAAGTACCCTTACTTCAAAGA
AGAACTATTTGCTTTCCTTTCTTACAAATCTAGNTTTTTTCTCTTGACAA
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GTGATGCCAGAGCTTTTCAACAATCATACGAACCCAATCTCATGAATTGC
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CCGTTTTGGAGTTTATCGTTTTAGCAGCGATTTTTATTCTGGAAGCACCG
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TTTCCAGAAATTTCATGATCCAATACAATAGGATTACCTTTTTCCCAAAT
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gaaaaattttgagttaaattttttttcattgggtAATTTCATTATAGGGA
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AATCAAGGTACAGAGACGAGACTCTGAATCCCCATTGTATTACCCTTGTA
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TTCCAACCGTTTAAATTTTAAGTAATAGAATAATGTAAATATAATTCGGA
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AATACCTGAAAAGACCATGAAGAACTGTTTAAATCGAATGCCAAACCTTA
CTTCTTTCTCCTTTATTTCCAACAGGAATGAACCGAAACATGATGAGTCG
CTTTCAAGGTCCACAACTAAAGCGACCGCCAATGATGGGAGGTTACGGTA
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CAAATATGGGCGGAGCAAATATGGGTGGGATGGGCGGTATGAATATGGGG
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AACCATTTTGAATACAAAAGTTTAGGAAACATTACCGTAAACAAACATTA
CGTACCTAAAAATCCATTCCTTCAAGTcttctaaaatttcaaattaaagc
CTGTACAAAAGACAAAGCAGTAATATTTGAGAATTTCTTTTCATCTGTAG
GCTTCAACAATTCGAACAATGGAGGTGGTGTACAGCGCAATGACATGAAC
GTAGTCAGTAACGTCATGTTACAACGCCAAGGATCNGGTGTACAGCGCAA
TGACATGAACGTAGTCAGTAACGTCATGTTACAACGCCAAGGATCCAACG
TTCAAATCAACCAACAAACCAACGTCAATGCAAATAACCAAGGTTCGTAA
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TTAGGTATTGAATTGTGGTGTAAGTTTCCGAAAGTTGGTGTGATTTTTAC
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GGTGTGTTATTTTATTAAATCCTTTAAACTTCTAGGTAGTACTAGCTTTT
CAACACAATTCACACAAAGTGGACCGCAGAACCAAAACAACGTTTCCGGT
CCTTTCCCTGCGGCTGCCGCTGCTGCTGCAGCAGTTGCGGCAGCAGCGGC
CACAGCAACCGCTACAGCGACTGCTACAGCAACGCTTCAGATGCAAGAAC
AGCCACAGCCCGACCAAATGAACAGAGGAGGTAAGATTAATTCGTAAAGA
CTTTTTAGCAACGGGGATAGTTCTCTTTATTGTATGCTTTGACTTTGACA
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AACTGGCATGGAGATATGGCATTAGCCTTATATGTTTGACAACGGTATAA
AGTAATAATATCTCAAGTTTGAAGACTCGTTACTTAAACTCCATTCCCTT
TCAAACTTGACTTTTTTGTTCGTTCAGATATGATGGATAATCAACAACAA
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CAATAATACGATCAATGGAAGTATGAATAGACAGATGTTCAATAAACCAA
TGGGCTATATGATGAACAACCCAAATAATATGACCCAATACATGACATCG
CAACAGCGAAATTTCATGAATCAAGGTACAGAGACGAGACTCTGAATCAC
CATTGTATTGCCCTTGTATTTCCTAATGCCGAATCTTGTTAGCCAAAAtt
tcatttgtttcttataactATAAGATTTCAAGCTATTTCTTAGActgcaa
aaaaataattatttgtgTTTCCAACCgtttaaattttaattaataGAATA
CAATTAACTAATGTAAATACAATTCGGAAATAAATACTGGTTGACTAAGT
GGTCAATTAATACTAGACGGGCAAATATACACTCAAtgaaaaacccaaaa
aatgtaGACCAAACGATAGACCTGCAAAATACCTGAAAAGACCATGAAGA
ACTTTTTAAATCGAATCCCAAATNAACGATAGACCTGCAAAATACCTGAA
AAGACCATGAAGAACTGTTTAAATCGAATGCCAAACCTTACTTCTTTCTC
CTTTATTTCCAACAGGAATGAACCGAAACATGATGAGTCGCTTTCAAGGT
CCACAACTAAAGCGACCGCCAATGATGGGAGGTTACGGTAATAATATGAT
GACAAGCCCAATGACGCCCGACCCGCCCAACGGTCAGTTTAGTCCATACG
GACCACCCGGTGGCATGAACAGATCTGGACCAGGATTTCCACCGCAGTAT
CAGCAGCCGCCTCCCGGGTACAACGGAAATAATTTCAATGCAAACATGGG
CGGAGCAAATATGGGTGGGATGGGCGGTATGAATATGGGGATGAATAATA
GTATGGGAATGAGTGGAAATAATAGTATGGGAATGGGATCAAACATGGGG
CTACCACCGCAATATAATAATAACATGAACAATACAATGGGGAACAACAT
GATGCAACAGCCACAACAGCcacaacaaccacaacaacagGTTTTTAATC
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CAACCGAACAACCAAGCACAACGAACTCCGCAACTGTTACAACAACAACG
TTTGCAACAACAACGACTTCAACAACAAACTATGAACAATCAACAAAATG
TGGTTAAccctcaacaacaacaacaacagcaacaacaacaaccaccgaAC
CAACAAGTTGGAAGTCCACAACAAGCATTGACTAATCAAGAGAGACCGAG
TACACTTCAATATCAACCAAACCCAACCACTGGTGGACCTAGAACACCGA
ACCCACCTGCTGCATCCCCTTTAAATCGGTAAGCTTTTCTACTGATTTTG
AGATTTCTCCACGTGTTAGCGTATTCATTCTCTTTTCGAACTTTCTTTAC
ATCCAAAGTGGGCAAAAATCTTCTATGTATGTCTACTAAACGTCACAATT
TTCTTTACTACCCTTCGCATAAACTTACTTTAAACTTCCAATGAACAACC
TTTTTCTTCAGAATGGCAGTGGACGGCGCCACCACCCCAATCATCCCGAA
CGCCCGCTCCACAACGCCACGACAAGACATAAAGGACGTCAAACCTCAAA
TTGCCGGTGAAGCACAGAAGCTGAAAAGTTTGAATCGCGCACCGAGTACC
GGTCCTTCGCCACCCGACGTCAAGCCTAACATCTCGCAAATTAGTATGtg
tctttctttcaaaaatttatatattGCTATGTCTGGAAAAATTGCCCTAG
ATGCtgataaaatcttttttggtaGTGCACTGATTATTCCATACTTtaag
gaactaatttttgccggaatttatttttttatataaaatgcGTCATAAAT
TCTTCAAATAAGTTCCGTTAAAAAAATGTCCGAATCATTACCTCACGCGG
GAAAGTTTTCGTACTGTTTTAAACATTACGCCGCACATTTTTAAAcatat
atctttctttttttaatagaaaCGGAGAAAGAGTGTTTACGGCTGACGTT
TAGCGTAGCGAACGGGATCGTTCTTCCACCCTTTCGACTTCAACACAATT
TGGCTGTCAGCAATCACGCCTTTTCACTAAAACCACAAATCTATCAAACT
CTCATGAACAGGTGATTAGTATTAcgtattttgtttgttttgtcNCTATC
AAACTCTCATGAACAGGTGATTAGTATTACTTATCCTGTTTGTTTTGTTC
TTCTGTTTATTTACattatttgtttatttgtttgtttgtggcGTTATTGG
GCCAAAAGTTCACGCCTCAGGCTGTTCCTTGCACTATTTCACAAATGTAG
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GGGTGTTTACAAAATGACATTTACTTTTACGAGTTTTTAATAATACATAA
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GATATCACTTTTCTGTTTGTcccctttttttgaaacttttatcgATCAAA
GCTTACATCATATTTCTTTTTGAGTCGAGTCGTGTTCACACAACCTCAGT
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ATCATTCACAGGGCAAGCCTcctcaaaatttatatttttgataatgtttg
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AAATCACGTCAAATCAAGAAACTTGGTTGAATATAATGCTACTTAATATT
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TCCAAATAGAGAAAGGGAACTAACGGAACTaacaaaaaatgacaaatgaG
TTTTGGATACCTGTCATCACAAGTAAACGATGATTGAAATTTGATCACTA
TCTTACTCACAAGACCATCCACTGACTTTCTATCccactttttttgatga
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TCCCAAGATCACTTTTTTTACAGCAATCGTTGTCCTTTATTAGACTAAGA
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ACAACCAATTGGCCACAAACAGTCAGTGTCAGTGTCAACAACACACCACT
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AGGATGTTTGCAAAGCTGGCCGGAATACCATACAAATTAACGTTCTCGCT
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CTCGAAACTATGAATTGACGCAATTCCCACCACTACAACCAGTTGTAATC
TTAAAGGGACTTTGGGGGAATTGCTTAAGTTCTTGTTCATTGAGCCTCTT
GAATGCCACTCTTTAGTACTCTCTCTCTGGCTCTTTGCAATATACCATCG
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TTATCCCCTTCTATATTTAGAAAGATGAACATAGTAGACAAAACAAGAAA
ta

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043725	XLOC_043725	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_516	supercontig	scaffold_516:229731..245782 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.85581e-08	0.000248201	2.02401e-08	0	0	1.54533e-08	2.29586e-07	0	2.33856e-07	0.000537586	2.53349e-05	0.442443	7.56401e-08	1.08517e-05	9.14507e-05	0.00119121	0.0331682	0.000115677	1.42241	1.14123	0.0224845	0.00128579	0.00071815	0.000390008	0	0	9.03224e-08	0.00293659	6.15534e-08	1.30882

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00070208 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZMIZ2 (Zinc finger MIZ domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=ZMIZ2 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 435.647 bits (1119), Expect = 4.956e-131
Identity = 217/358 (60.61%), Postives = 259/358 (72.35%), Query Frame = 2

Query: 2354 PDVKPNISQIKTEKEC------LRLTFSVANGIVLPPFRLQHNLAVSNHAFSLKPQIYQTLMNRPDLELQFKCYHHEDKTMTTNWPQTVSVSVNNTPLNLERGDSKTSHKPLLLKDVCKAGRNTIQINVLACCCSHLFVLQLVHRPSVNSVLQGLLKKRLLPAEHCMKKIKINFKSSATNSNTPG--MDDGIEQTAVKVSLKCPITYRCITIPARGHDCKHIQCFDLESYLKLNVDKGSWKCPVCSKNAILEGLEVDQYLWQIITTLMKTDVEEVTIDSSASWKPVSTPIKQEIKSEDDSMSCSGTPGPPPKRLRSVDSA---IASPMSITNPSTPGS--YKPPTPAARPCTPSSTPG 3388
            PD+KPN++ + +          LRLTF V +G+VL PFRLQHNLAVSNH F L+  +Y+TL+ RPDLELQFKCYHHED+ M TNWP +V VSVN TPL +ERGD+KTSHKPL LK VC+ GRNTIQI V ACCCSHLFVLQLVHRPSV SVLQGLLKKRLLPAEHC+ KIK NF SS T   TPG   +DG+EQTA+KVSLKCPIT+R I +PARGHDC+HIQCFDLESYL+LN ++G+W+CPVC+K A+LEGLEVDQY+  I+  +  +D EE+TID + SWKPV       IK E D        GP  KR R+V  A   + S M +     PG+  + P  P + P  PS  PG
Sbjct:  399 PDLKPNLNSLHSSPSGSGPCDELRLTFPVRDGVVLEPFRLQHNLAVSNHVFQLRDSVYKTLIMRPDLELQFKCYHHEDRQMNTNWPASVQVSVNATPLTIERGDNKTSHKPLYLKHVCQPGRNTIQITVTACCCSHLFVLQLVHRPSVRSVLQGLLKKRLLPAEHCITKIKRNF-SSGTIPGTPGPNGEDGVEQTAIKVSLKCPITFRRIQLPARGHDCRHIQCFDLESYLQLNCERGTWRCPVCNKTALLEGLEVDQYMLGILIYIQNSDYEEITIDPTCSWKPVPVKPDMHIKEEPD--------GPALKRCRTVSPAHVLMPSVMEMIAALGPGAAPFAPLQPPSVPA-PSDYPG 746

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00070208 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00070208 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ZMIZ2	4.956e-131	60.61	Zinc finger MIZ domain-containing protein 2 OS=Hom...	[more]

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TCONS_00070208 (transcript) - C. hemisphaerica