TCONS_00069814 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00069814
Unique Name	TCONS_00069814
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4522

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_509:6617..13615+

transcript sequence

>TCONS_00069814 ID=TCONS_00069814|Name=TCONS_00069814|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4522bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_509:6617..13615+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00069814 ID=TCONS_00069814|Name=TCONS_00069814|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6999bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_509:6617..13615+ (Clytia hemisphaerica)
CTCAAAGTTCTAatttaggttttaaggtgtattttGATTCTAACATAgtc
ttgaaaatatttaggtccCAATGATCTAGTTGCAACATTAGTTACTTTGC
AGTGAAtcaatgttcaaaatttgagatcaaaaggACTATTATATAAAAAG
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ttttgattactcctccaagtttatcaatcatacttcttcgttcctcttaA
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GACCCTCCCGGCGCTCTTGGAAACTTCCAGTGTTTTCTggagcagctaaa
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TCCACTTTCTCAAAGGTTGAAACAGACCTTccaatagactttttcataaa
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GATTTGGATTTGCTATGGAGTATTTAGACTTAAAGAATTTGAGGAGCTCT
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CTTGAGGCCTTCCCTTACAATATCTGTGCTGTGACATTGAAATTTTTACC
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attatttttatatccTTCCATGTACTTTTTCAACCTTTTAAAGAGGTAAC
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TGGACAAGGTTACCGGTCCTCATCTGTATCAACTatgagaaaaatattga
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GAACCATGAGAGATGTGATCGATGATGTAGATATAGCAAAACAACTGATA
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TTTATCAatcaaacatattttttcttcttataGATCACAAAAAACAAGCA
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TTGCACTCATACAAACCTTGGGAAAGTTGCAGTTATTGAGTTTTATCAAT
GTGGATCTTGCTCTGAAGTGTTGTACTCCTTCAACAAATTGACCTTGAAT
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TTTCAAATCTGTGGAGTGTATGAAAACCAGACCTACAAAAGCTGCAAAAC
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TTGCACGGTTAGATTGCACTTATTGTGATAAGAAGTTTACTTATCCATCA
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AAGAGGTTTTGGCGAAAGCGTGATAGAGATAGGCATCGTAGATCAAAAGT
GCATGAGGTTAAAACTGGCCCAAAAAAGAAGTCATTTCATTGCGATGTTT
GTGGTGAGGCTTTTAAAAGTGCTAAAAATTTGAGGACCCATTCAAAAACG
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AGAGGCGAATGAGTTGGTGAAGCATTATCAGTTACACAGGAAACTAGAGA
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CATGAGAAGGGAACccttgaaaatgaaaacgaTAAAGAATCTATGCATGA
TACTGCAAAGGCTGGTAACGAGAGTGAGAAAACTGATACAAGTGAGGAAA
AGTCTGCTCCTAATACAACATCTGATAATAATGAAAACAGTGAAAAGTCG
ACATTCATTGACAATGATGGTGATGGTTCTCAGATAAAACCAAGAGATGA
TATTAAATGATAAAATCTGTTTCCAAAAACTGCTAGTCTGTactttttac
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TTGTAATGATAATTTTGAGAAGCTTCGTATTAGATTTGCACAAAGAAAGG
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AGGGGTTATAACTttgagaaatgaaaaatttgaatgcaTTATTGAAATCA
GCCggttcaaagtttaaaaaaagtatatttaataaaagtttttggttCTC
ACTCAAGCTACTTCATTTTCAGGATATTCTAAATATATTATTTGTATTG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043472	XLOC_043472	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_509	supercontig	scaffold_509:6617..13615 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.0321	0.0148297	2.38384e-07	0	8.10944e-07	1.37049	0.00634935	0.0381484	4.33474	6.26814	1.26036	5.30549	4.57347	5.90983	4.10932	3.16187	8.48236	4.64578	1.47952	2.71312	0.00151833	0.00013383	7.96491	2.28862	3.80465	7.23599	0.0078167	0.336133	1.65116	4.07878

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00069814 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KT3K (Ketosamine-3-kinase OS=Homo sapiens GN=FN3KRP PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 323.168 bits (827), Expect = 1.803e-99
Identity = 152/306 (49.67%), Postives = 201/306 (65.69%), Query Frame = 1

Query: 1507 MEVFLKQEFKTDDVKDLHTSSGGCISDGRAFQINAQKIFIKTNNKDEADVMFEGEKEGLNEILKTNTVKVPTPIKVFKWPENGFGFAMEYLDLKNLRSSSSQLGTQLARLHMHNINKLNNIE-SXXXXXXXXXXXXXXDGIYQFGFHATTCCGYIPLNNTWNNDWMTFYVRQRLEDKVNRIQEEYGDRQLMELWSELQLKIDQLFKGLEIQPSLIHGDLWGGNAGQLVNEPVVFDPAAFYAHHEFELSITDMFGRYDPGFYKSYHALIPKAKGFEERHQLYILFHYLNHWNHFGQGYRSSSVSTMR 2421
            ME  L++E     V+    S GGCIS GR++  +  ++F+K N K EA  MFEGE   L  ILKTNTVKVP PIKV   P  G    ME++D+++L S +++LG QLA LH+ N  KL  +    A  +           + +FGF   TCCGY+P  N W  DW+ FY RQR++ +++ +++E GDR+ ++LWS LQLKI  LF+ LEI P+L+HGDLWGGN  +  + PV+FDPA+FY H E+EL+I  MFG +   FY +YH  IPKA GFE+R QLY LFHYLNHWNHFG GYR SS++ MR
Sbjct:    1 MEELLRRELGCSSVRATGHSGGGCISQGRSYDTDQGRVFVKVNPKAEARRMFEGEMASLTAILKTNTVKVPKPIKVLDAPGGGSVLVMEHMDMRHLSSHAAKLGAQLADLHLDN-KKLGEMRLKEAGTVGRGGGQEERPFVARFGFDVVTCCGYLPQVNDWQEDWVVFYARQRIQPQMDMVEKESGDREALQLWSALQLKIPDLFRDLEIIPALLHGDLWGGNVAEDSSGPVIFDPASFYGHSEYELAIAGMFGGFSSSFYSAYHGKIPKAPGFEKRLQLYQLFHYLNHWNHFGSGYRGSSLNIMR 305

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00069814 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00069814 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
KT3K	1.803e-99	49.67	Ketosamine-3-kinase OS=Homo sapiens GN=FN3KRP PE=1...	[more]

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TCONS_00069814 (transcript) - C. hemisphaerica