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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00068208 ID=TCONS_00068208|Name=TCONS_00068208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2423bp
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tcacgACCGCATCGTTAGATAAA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_480:34198..44599+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00068208 ID=TCONS_00068208|Name=TCONS_00068208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10402bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_480:34198..44599+ (Clytia hemisphaerica)
CtccttcaaagaaaaaatgaccgAGGGACTTTTTACTAATACAGCGAGCT
TGTGTGTTTTAGGAAGAGGGTGGACAACGATTCAACGCCGATTAAACGGT
GACATTGATTTCAATCGAGGTTGGCAATCACACAAAGAAGGGTTTGGCGA
TGTTAATGGTGATTTATGGATTGGTTTGGAAACCATTCGAGAAATGAGTG
CGTTGTTGAACAACACTTTGATTCGAATTCAAGGAGAAAGTTTTAACGGA
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TGTAGTTTTACGGTACAATACGATTaacagcatttatgtacgccTTTTTG
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CAGCTCTTATTGGTTCTTGTTTACCAGGCGGGATTTTTTTTTGTCAGAAA
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TCTCTCTCTCCTCTATTTTGCTgaatgaaatcaacatcaagacattcgaa
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TTATCATTAATGGCACTCTTGCGCAAGAAATGCAACTTAACTCTCATTTT
CGcctggaaaaagaaaattacacCATTAAAAATGGCTCTCATATACCATC
AGAAGAATTTGTTATCAAAGGCTCGGAAATTGAATGCTTGTTAAAATGTC
AACTCAATTATTTGGTGTGCTTCACTCTTCAAATTCTGAAGTTGGGTTCA
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TTCCCATTAATTTTCTAGACTACACTATACAGAGCTTTTCATTGACTGAA
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aatttctcatggCAATCAGAAGTGATGCCTCAAAATTTGCGTCGCATTTT
GGATGATGGATCGAGTTTAGCACTTCGTCGCATTTTACTTTATTCGAATT
CTGGAGGTAAAAGTTAgtttcaatccagcgtttgtaTGAAAACTATGCAT
GTCGCGGAACTAAAGTAGGAGGGAGAAATGAGTTGCTTGAAGAAttacat
accttatcgggggaaaaaatgtcgggggaaggtgacgaaattagtgcttt
aaacgtcgaattacaagatcttttttcgagctagtgaaggagaCCATTTC
GGTAGGACAATTTAGTTgagtgaaagtgactaaattgtaaatttcgtcgg
ggaaaagtaacgaaaatgcctctaggtgacgaaatttttccccgacgaaa
aataaaacccgactaaataaaactccgacattttgtTCCGCGATAAGGTA
GTAGATTCGCCTATAGCCTTCGACCTTGTTGAGCTATACCAACTAATCAG
TCGACTAAGGAAACAGAGTTTTCAATAAGAGCCCATTGTTCCTTTAACAA
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ATTCTCAAGATTTCGTATCGTTATAACCTGTTCGCTTGTGTGTTTTAGGT
GGCGGTTGGACAATGATTCAACACCGATTAAACGGTGACATTGATTTCAA
TCGAAGTTGGCAATCATACAAAGAAGGCTTTGGCGATGTCAATGGTGATT
TTTGGATTGGTTTGGAAACCATTCGAGAAATGAGTGTGTTGTTGAACAAC
TCTTTGATTCGAATTCAAGGTGAAAGTTTTAACGGAGATCGAAGATTTAT
CATTGCAAAGGTAAAATAATTGGTTATTTGCATTCTTACTTATTCTGGCG
TTTTATTTCTAAGTATTCGACTGATTCTTAACGTTTAAAATGTCATCAGA
AGTATTTCNATTCTTACTTATTCTGGCGTTTTATTTCTAAGTATTCGACT
GATTCTTAACGTTTAAAATGTCATCAGAAAGATTTTTTCCGTTTAATGAA
TAGGGATTCTGCATCGAAGACGAACAAAAGAAATACAAATTGCATTCTGG
GACAATGATCAATGATGAATGGAATATCGGAGGTGATTGGACATATCATG
ATGGTTTAAAGTTCACAACACGGGATGACGATAACGATTCAAAGGAGCAT
AACTGCGCTGATGAACACAGTAGTGGCTGGTGGTATAAAGGTTGTTATGC
AATAAATGCTAATAAAGCACCAGCAAAACAACAGCAAACAACATATGCAG
GTGGTATGAGCTGGCCCGCCTGGCTGGGCAGTCACTCTCAATCATTGAAA
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AATAACAACAATTTAATTAGATTAATTTGACCGAAATTTAATCAATGAGC
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agcgagcacctcactaaaaaccgggattttctatttcgttaattgcgtaa
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AATATTGTACCGGTTAAAGTATGATGTCTGGTTTATCGTCGACTTGAAAA
ATAGCtatctttttctctattttgtttttctcttcttggttttctctctc
tctattttgataaaatctacATCAACACATTCGAAAAAAACATTTCTGAT
AAGTTGTTGTGTATTGCAAgcgaaaagaaaatttctaaccataaaattgt
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TAATTTTATATAGGATATGCCCCctgtcataattgtcacaattgagtgca
ttttcaagcaatctagagctcaaattttcaaaattcccccctcgggccaa
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cttcctacggcactgcttTGAGTGAAAAGATATCGTAATAAAAAAGTAAT
ACCCTGTTTCAAAGTTgattgtacacgcttttttttttataagaatacac
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tagtctgaattaggatcctaacctaagaatactgtaaggatatttcagga
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atgcttttaaaaatccgcaaagaaattgaaaaaatgaaaacgaaatACAG
AAGAattgatcaaaaatttccaaattaaacTTCCCTGAGAGTGGGACCTT
AACAGATTTCAAATAATCTATTCAGAATTTGCTAAATCTTGGTTAAATAT
TCGGGCGATAGGTCCAGTtcaaacattttaagcctaattttcAGAGAAAA
CTTGAGAAACGGAATTCTTTCGCGACAGACTTCAAGAAAATACTGGTTTt
aaagtttctttctttttattatataagttcattagttttttagttttatc
agattatttaaaaaaacggAGCGATACCGATCAAAGATATAAAGAAAATA
TGTAGCTAAAAAAGATGACATAATGGTCTCTAAAAACCTGTATTTCaact
taaaattttcacatAATTTATATAGCACAAACGTAAAGCTTACACTAGAG
CCCATCCATATTTCATTGGGCAAACACCTTTGTAGTTAGTAACAAATATT
GTTAACACGTTATTGTTATTCTGTAACTGTAAGCATACTCTTTTTATTgt
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AAGAGCAGTCTGAAGATAATACAGAATaatgttcgaactcgatacttttt
tccggacacccggTCATTTGCCCTTAAGGGTGTTTATTTCAGCTAATGGA
TTTCTTTTGCTGTTGTTCAAAataatctgcataattagcgggATTCGGAT
TTCCTAGCAATTCCaatgatataaccgcatcacgACCGCATCGTTAGATA
AA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1491911889:34198..34471 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1491911889:34198..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1510915933:34198..34471 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1510915933:34198..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1575043694:34198..34471 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1575043694:34198..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1491911889:42451..44599 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1491911889:42451..44599 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1510915933:42451..44599 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1510915933:42451..44599 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1575043694:42451..44599 | TCONS_00068208-exon-scaffold_480-1575043694:42451..44599 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_480 | supercontig | scaffold_480:34198..44599 + |
Blast
BLAST of TCONS_00068208 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FCN1 (Ficolin-1 OS=Homo sapiens GN=FCN1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 114.39 bits (285), Expect = 3.231e-27 Identity = 63/178 (35.39%), Postives = 95/178 (53.37%), Query Frame = 2
Query: 62 GRGWTTIQRRLNGDIDFNRGWQSHKEGFGDVNGDLWIGLETIREMSALLNNTLIRIQGESFNGDRRFIIAKGFCIEDEQKKYKLHSGTMINDEWNIGGDWTYHDGLKFTTRDDDNDSKEHNCADEHSSGWWYKGCYAINANKAPAKQQQTTYAGGMSWPAWLGSHSQSLKAMNMAIKK 595
G GWT QRR++G +DF R W ++K+GFG G+ W+G + I ++A ++ L R+ F G+ +F K F + DE +KYKL G + + G T H+ F+T+D DND NCA++ WWY C+A N N +YA G++W A G + S K M ++
Sbjct: 152 GGGWTVFQRRMDGSVDFYRDWAAYKQGFGSQLGEFWLGNDNIHALTAQGSSEL-RVDLVDFEGNHQFAKYKSFKVADEAEKYKLVLGAFVGG--SAGNSLTGHNNNFFSTKDQDNDVSSSNCAEKFQGAWWYADCHASNLNGLYLMGPHESYANGINWSAAKG-YKYSYKVSEMKVRP 325
The following BLAST results are available for this feature:
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