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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00068207 ID=TCONS_00068207|Name=TCONS_00068207|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1145bp
TCTGAAGTTGGGTTTAACAAGCTGGTTGTGTCGATTTTACAATGTCGATT
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agcattcacaacgtccatttaacgttggattaacgttgaaataac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_480:33598..50784+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00068207 ID=TCONS_00068207|Name=TCONS_00068207|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17187bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_480:33598..50784+ (Clytia hemisphaerica)
TCTGAAGTTGGGTTTAACAAGCTGGTTGTGTCGATTTTACAATGTCGATT
TCATGAAATTGAGTTATGAATCAAAAGAGTTGTCAATGGTTTATTCTTCT
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GGCGGTTGGACAATGATTCAACACCGATTAAACGGTGACATTGATTTCAA
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TTTTATTTCTAAGTATTCGACTGATTCTTAACGTTTAAAATGTCATCAGA
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AGCGGTTCATTTTAGTACTTTTAGAGGTTCTAATAATCGCGTTTACCTTT
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TTgtgagaaaatgaaaacaatcatatTTCCGCGGTATAATTCCAGCACTA
GAAAGAGTAAATTCTCCTTAAAGTCCGAGAGAAACCCAAACTCCCGCctc
tttcaaaaatatactttttgatTGTGCCGCTCATTTGCTCTTTGTCTGTC
AATCTGACAGGTCGAAGCTCTCGTTCGCAAATTATTTAAAGTCCGAATTT
TAGCCGCCCGCTAGATTAtctaataactttttttttgcgatgctgaagaa
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ATCAAGGATCGCATATATGTCAAAATTCTGATTGAAATATACCCAAACCT
TGCGAATGGCGAACAGGTAAGCAAAATTCGGCTAATTGAATCAGGCGGGG
GGGGGGCtattaggcaaaattgggtatgggGACGTACGACTGGTCACAGT
CccctttttaggctctgaagatatctgacagggccCAAATTAACTGGAAA
TAGGGAAATAGTTCTGATAGGGTCccgattttaccaaaaattcatatctg
acagtgtcaacttttcaaactacagcggcacgtccccgtcggccgtcaag
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TGTCAACTTTTCAAACtacagcggcacgtccccgtcggccgtcaaggtca
gtgcccccagGCATCTAATATGTTACTTTGCAACAAGCGTATATAGCATC
ATTGAAATATCATTGAAAGTAAGAATATAATGAACAAAGGTTTTACAAAA
TGTAACTTTCTTTTTCAACAGAGCGCTGTTGTGGGAGTATTAACGTTACC
GGTACTATTTCGAGAAGATACCAAAAATTACTATGGAATCGAGAACGCGC
CCTCTCCTCGAATCGGTCATGCTAACCCTGACACTTTTGAGGATCAAGAT
TTCTTCATTCACCTAGATGGCATCACCATAGGAAAGTCAAGAGATCCTCT
GACGGCATTGCCCTATGAAATTGCTCAGTCTTATACAGAAAAAATCACGG
TAGTGAATAAATGAGAAAGATTGAATAATCTTACTGAATAGTAAATAGTN
TTATAGAATCGGTTTACTAGTTTTGTTAATTGTaacttttatttaattta
tgATACATCATTCCATTTATTGAATTATCTGGCTTTCTTCTATATTTATC
AATATTGTAAATTTCATTTAATACAATCTACAAAAATAAAGATAGGAGCT
TTGATCTCCCGTATTAACTTTATGAGTTATTCGTTCAATTAGTATTCGCT
TATTCTAGTGAAGAAATGATAGGAAATTCAAAATACCTAGGAGGTTTAAG
GAAAATACCTTTTTCGCACCATCACATGTAAGTGATGAAAAACAACCCCG
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TGTTTTTAAAGCACATTAATGGTAtatcaaacaaattttaccCTAAAAGG
GTCGTTTTGCGGTATCGTTTGAAAACTACCTTTTTGGTGACTTAGGAATA
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AAATAAACCCACTCCGGAAATGGTCGTGGAAGGTAAATAACTGATGCcta
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tcaataaaaacccATTGATTCTTTAACAATACCTTTAACGTACCTGTATT
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TAACCTGTTCGCTTGTGTGTTTTAGGTGGCGGTTGGACAATGATTCAACG
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AAGGCTTTGGTGATGTCAATGGTGATTTTTGGATTGGTTTGGAAACCATT
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CCGatacccagctggtacacaacattgtttccacGTTCATCTagcattca
caacgtccatttaacgttggattaacgttgaaataac
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:33598..33803 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:33598..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:33598..33803 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:33598..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:33598..33803 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:33598..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:42046..42257 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:42046..42257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:42046..42257 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:42046..42257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:42046..42257 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:42046..42257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | TCONS_00068207-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_480 | supercontig | scaffold_480:33598..50784 + |
Blast
BLAST of TCONS_00068207 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FCN1 (Ficolin-1 OS=Homo sapiens GN=FCN1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 143.665 bits (361), Expect = 6.298e-39 Identity = 83/222 (37.39%), Postives = 122/222 (54.95%), Query Frame = 2
Query: 83 SMVYSSTARSCLELLERGFTLDGVYKI-LTVGEEKEVYCDMT--GGGWTMIQHRLNGDIDFNRSWQSYKEGFGDVNGDFWIGLETIREMSVLLNNSLIRIQGESFNGDRRFIIAKGFYIEDEQKKYKLHAGTMINDEWDIGHDWTYHGGSMFTTRDDDNDKKGGSNCAQKYPCAWWYVNCYALNANRAPAKQQQTTYADGISWPAWLGDFQSLKTINMAIKK 739
S ++ R+C +LL+RG+ L G + I L V CDM GGGWT+ Q R++G +DF R W +YK+GFG G+FW+G + I ++ +S +R+ F G+ +F K F + DE +KYKL G + G+ T H + F+T+D DND SNCA+K+ AWWY +C+A N N +YA+GI+W A G S K M ++
Sbjct: 108 SQSCATGPRNCKDLLDRGYFLSGWHTIYLPDCRPLTVLCDMDTDGGGWTVFQRRMDGSVDFYRDWAAYKQGFGSQLGEFWLGNDNIHALTA-QGSSELRVDLVDFEGNHQFAKYKSFKVADEAEKYKLVLGAFVGGS--AGNSLTGHNNNFFSTKDQDNDVS-SSNCAEKFQGAWWYADCHASNLNGLYLMGPHESYANGINWSAAKGYKYSYKVSEMKVRP 325
The following BLAST results are available for this feature:
|
