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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00068205 ID=TCONS_00068205|Name=TCONS_00068205|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1203bp
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aac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_480:33540..50784+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00068205 ID=TCONS_00068205|Name=TCONS_00068205|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17245bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_480:33540..50784+ (Clytia hemisphaerica)
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aattcttgcaaataactagtgtgtaaaatatatcgtagtgaaaattcaat
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agaacaacaaattaaattggtctcgcctagcTTATGAATTTTTAGGCGAG
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AAttacataccttatcgggggaaaaaatgtcgggggaaggtgacgaaatt
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GATTTCAATCGAAGTTGGCAATCATACAAAGAAGGCTTTGGCGATGTCAA
TGGTGATTTTTGGATTGGTTTGGAAACCATTCGAGAAATGAGTGTGTTGT
TGAACAACTCTTTGATTCGAATTCAAGGTGAAAGTTTTAACGGAGATCGA
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TTCTGGCGTTTTATTTCTAAGTATTCGACTGATTCTTAACGTTTAAAATG
TCATCAGAAGTATTTCNATTCTTACTTATTCTGGCGTTTTATTTCTAAGT
ATTCGACTGATTCTTAACGTTTAAAATGTCATCAGAAAGATTTTTTCCGT
TTAATGAATAGGGATTCTGCATCGAAGACGAACAAAAGAAATACAAATTG
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ATATGCAGGTGGTATGAGCTGGCCCGCCTGGCTGGGCAGTCACTCTCAAT
CATTGAAAGCAATGAATATGGCAATAAAGAAAATGACCTAATCAAAAGCC
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GGAGTTATGCTGCCTTTGAAGCCTCGGGGATAAGGCGACAAAATAATACC
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TCGCTACTTTTGATACCTTAGAGATAAAAATTCGAACTCTTTGAggtatt
tttgaatgttttcttgCGGGAAAACAGGCGACAAAAAAATACCTTTAGAG
ATACTTTTAATCGCGTCTATGATTCTTGCCTAATCGTGTCTATGGAGCTT
CGCTACCTTTGATACCTTAGAGATACAAATTCGTACCCTTCCTGATAAAA
TCGATGCTCTATGAGGTAACATTCCAAAGAGTCCTGGGACGGAGAGAACG
ACGGGACGTTgtgagaaaatgaaaacaatcatatTTCCGCGGTATAATTC
CAGCACTAGAAAGAGTAAATTCTCCTTAAAGTCCGAGAGAAACCCAAACT
CCCGCctctttcaaaaatatactttttgatTGTGCCGCTCATTTGCTCTT
TGTCTGTCAATCTGACAGGTCGAAGCTCTCGTTCGCAAATTATTTAAAGT
CCGAATTTTAGCCGCCCGCTAGATTAtctaataactttttttttgcgatg
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CTGCTGGAGAAGATCAACATTCGGTTCAAAAGCATATTGAAACCCTGAAA
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CAAAATTGATCAAGGATCGCATATATGTCAAAATTCTGATTGAAATATAC
CCAAACCTTGCGAATGGCGAACAGGTAAGCAAAATTCGGCTAATTGAATC
AGGCGGGGGGGGGGCtattaggcaaaattgggtatgggGACGTACGACTG
GTCACAGTCccctttttaggctctgaagatatctgacagggccCAAATTA
ACTGGAAATAGGGAAATAGTTCTGATAGGGTCccgattttaccaaaaatt
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ATAGCATCATTGAAATATCATTGAAAGTAAGAATATAATGAACAAAGGTT
TTACAAAATGTAACTTTCTTTTTCAACAGAGCGCTGTTGTGGGAGTATTA
ACGTTACCGGTACTATTTCGAGAAGATACCAAAAATTACTATGGAATCGA
GAACGCGCCCTCTCCTCGAATCGGTCATGCTAACCCTGACACTTTTGAGG
ATCAAGATTTCTTCATTCACCTAGATGGCATCACCATAGGAAAGTCAAGA
GATCCTCTGACGGCATTGCCCTATGAAATTGCTCAGTCTTATACAGAAAA
AATCACGGTAGTGAATAAATGAGAAAGATTGAATAATCTTACTGAATAGT
AAATAGTNTTATAGAATCGGTTTACTAGTTTTGTTAATTGTaacttttat
ttaatttatgATACATCATTCCATTTATTGAATTATCTGGCTTTCTTCTA
TATTTATCAATATTGTAAATTTCATTTAATACAATCTACAAAAATAAAGA
TAGGAGCTTTGATCTCCCGTATTAACTTTATGAGTTATTCGTTCAATTAG
TATTCGCTTATTCTAGTGAAGAAATGATAGGAAATTCAAAATACCTAGGA
GGTTTAAGGAAAATACCTTTTTCGCACCATCACATGTAAGTGATGAAAAA
CAACCCCGTGGGTAAAAATTAAAACCGCTTTATCGGCACTTTTGTATCCT
TTTGGTGGTGTTTTTAAAGCACATTAATGGTAtatcaaacaaattttacc
CTAAAAGGGTCGTTTTGCGGTATCGTTTGAAAACTACCTTTTTGGTGACT
TAGGAATACCTTTTcggagacaaaaaaaaatttcttttggaagTATTATT
TTCATACCTCAAAAGGTACCTAAAAGTACCTTTAAAGGGTCGTTTTGCGG
TATCGCTAAAATAAACCCACTCCGGAAATGGTCGTGGAAGGTAAATAACT
GATGCctattgtaaaagagggtaaataaatacctttcaccgggtagttaa
gaaatccaccgggtaatCCCTTCCTAATTTTACTTTCCccattcccaatt
aaaaacttccctgtttggaaacttcttctcgatcgggaaacaaaaatctg
ttttgtttacaaaaattcaacttcccgttcgggaacaatgaaaagttctt
gaccaaaacgggaaacagaaaagtgatgaaattttcaatctgggaacagt
ttcctttttgggttattttcaccttcccgttcgggaacaatgaaaagttc
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gtttcctttttgggttattttcaccttcccgttcgggaaatatttcccgt
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ATGGTTCTCCTTAAAGCAATACTTCGAAACAATCAAAActaaataaagaa
cttttctgattggttgaagaAAGAGAAAATATACGAGACGCGTGCTATTT
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AGTgttaattataagaactttctaaATTAGGAAGggatttttacagattt
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TCTACTACTGCACGAAGTTGTTTAGAATGGTTGGAAAGAGGCTTCACATT
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AAGTGGGATAAAAGTGCCTTGAAATCCGGTATAAGAGATTCACCTTTAGC
TTCCACTTTACCTTATTGAACTATACCAACTAATCCATCGACTAAAGAAA
CAgagttttcaataaaaacccATTGATTCTTTAACAATACCTTTAACGTA
CCTGTATTGCAGTAAACCGCGACAAGCAGACTCTTATTCTCAAGATTTCT
TTTCGTTATAACCTGTTCGCTTGTGTGTTTTAGGTGGCGGTTGGACAATG
ATTCAACGCCGATTAAACGGTGACATTGATTTCAATCGAGGTTGGCAATC
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CAAGGTGAAAGTTTTAACGAAGATCGAAGATTTATCATTGCAAAGGTAAA
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CTCCACTGATTCTTAACGTTTAAAATGTCATCAGAAGTTTTTCTAATCAT
TTCCCGTTTAATGAATAGGGATTCTACATCGAAGACGAACAAAAGAAATA
CAAATTGCATGCTGGGACAATGATCAATGATGAATGGGATATCGGACATG
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GTATGTGAATTGTTATGCATTGAATGCTAACAGAGCACcagcaaaacaac
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GTTCTAGTATGGTATTTTGCATTAGATTTTCATTCCAGAAACAGTCAATT
GTCTCaagtttacattttatttcaattGCTAACACACCCTTTGTTAACCT
ATCCGTTCaccaaattttgaagaaaagttcAGATAGAGGCTCAGATTATT
CAACATTCTTCAGAACGCTTTCCCAATAAAAAGAGTCAGAATTTCAACCA
AGAGTTCACCGatacccagctggtacacaacattgtttccacGTTCATCT
agcattcacaacgtccatttaacgttggattaacgttgaaataac
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:33540..33803 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:33540..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:33540..33803 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:33540..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:33540..33803 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:33540..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:49723..49934 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:49723..49934 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:49723..49934 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:49723..49934 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:49723..49934 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:49723..49934 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | TCONS_00068205-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_480 | supercontig | scaffold_480:33540..50784 + |
Blast
BLAST of TCONS_00068205 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FCN1 (Ficolin-1 OS=Homo sapiens GN=FCN1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 141.354 bits (355), Expect = 6.341e-38 Identity = 83/222 (37.39%), Postives = 122/222 (54.95%), Query Frame = 3
Query: 141 SMVYSSTARSCLELLERGFTLDGVYKI-LTVGEEKEVYCDMT--GGGWTMIQRRLNGDIDFNRGWQSYKEGFGDVNGDFWIGLETIREMSVLLNNTLIRIQGESFNEDRRFIIAKGFYIEDEQKKYKLHAGTMINDEWDIGHDWTYHGGSMFTTRDDDNDKKGGSNCAQKYPCAWWYVNCYALNANRAPAKQQQTTYADGISWPAWLGDFQSLKTINMAIKK 797
S ++ R+C +LL+RG+ L G + I L V CDM GGGWT+ QRR++G +DF R W +YK+GFG G+FW+G + I ++ ++ L R+ F + +F K F + DE +KYKL G + G+ T H + F+T+D DND SNCA+K+ AWWY +C+A N N +YA+GI+W A G S K M ++
Sbjct: 108 SQSCATGPRNCKDLLDRGYFLSGWHTIYLPDCRPLTVLCDMDTDGGGWTVFQRRMDGSVDFYRDWAAYKQGFGSQLGEFWLGNDNIHALTAQGSSEL-RVDLVDFEGNHQFAKYKSFKVADEAEKYKLVLGAFVGGS--AGNSLTGHNNNFFSTKDQDNDVS-SSNCAEKFQGAWWYADCHASNLNGLYLMGPHESYANGINWSAAKGYKYSYKVSEMKVRP 325
The following BLAST results are available for this feature:
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