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transcript sequence >TCONS_00068204 ID=TCONS_00068204|Name=TCONS_00068204|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1482bp
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tccatttaacgttggattaacgttgaaataac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_480:33261..50784+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00068204 ID=TCONS_00068204|Name=TCONS_00068204|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17524bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_480:33261..50784+ (Clytia hemisphaerica)
AATTCACGTCAATGACCTATCACTGACCATTcgtaaaaaaactttaaaca
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TCGcctggaaaaagaaaattacatcATCAAAAATGGCTCTCATATACCAT
CAGAAGAATTTGTTATCAAAGGCTCGGAAATTGAATGCTTGTTAAAATGT
CAACTCAATTATTTGGCGTGCTTCACTCTTGAAATTCTGAAGTTGGGTTT
AACAAGCTGGTTGTGTCGATTTTACAATGTCGATTTCATGAAATTGAGTT
ATGAATCAAAAGAGGGGTCAATGGTTTATTCTACTACTGCACGAAGTTGT
TTAGAATGGTTGGAAAGAGGCTTCACATTGGATGGTGTGTATAAAATACT
GACCGTTGGAGAAGAAAAAGAAGTCTTTTGTGATATGACAGGTAAATATA
GTTAAGTTATAGTTAATTAATTTTCTAGCCTAGACTATACAGAGCTTTTC
ATTGACTGAACAATTGAATAGCAAAGTGAAACTGAACCAAATACTAAGGG
AGTATCTTCAAATTTCTCTTGGCAAGCAAAAGTGATGCCTTAAAATTTGA
GTAACATTTCGGATGATGGATCGAGTTTAGCACTTCCTTAGTTTTCGTGT
TTTAAATTATTCGAGTTCTGGGGGTAAAAGTTAGTTTCAATCCAGCATTT
GTATGAAATCTTTGCATGTCGCACAGCTAAAGTGGGATAAAAGTGCCTTG
AAATCCGGTATAAGAGATTCACCTTTAGCTTCCACTTTACCTTATTGAAC
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TGTCAATGGTGATTTTTGGATTGGTTTGGAAACCATTCGAGAAATGAGTG
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TACTTATTCTGGCGTTTTATTTCTAAGTACTCCACTGATTCTTAACGTTT
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tcaattGCTAACACACCCTTTGTTAACCTATCCGTTCaccaaattttgaa
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ggtacacaacattgtttccacGTTCATCTagcattcacaacgtccattta
acgttggattaacgttgaaataac
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:33261..33803 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:33261..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:33261..33803 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:33261..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:33261..33803 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:33261..33803 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:34260..34471 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:34260..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:34260..34471 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:34260..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:34260..34471 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:34260..34471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1491911889:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1510915933:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | TCONS_00068204-exon-scaffold_480-1575043694:50058..50784 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_480 | supercontig | scaffold_480:33261..50784 + |
Blast
BLAST of TCONS_00068204 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FCN1 (Ficolin-1 OS=Homo sapiens GN=FCN1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 138.658 bits (348), Expect = 1.708e-36 Identity = 82/222 (36.94%), Postives = 121/222 (54.50%), Query Frame = 3
Query: 420 SMVYSSTARSCLELLERGFTLDGVYKI-LTVGEEKEVYCDMT--GRGWTTIQRRLNGDIDFNRGWQSHKEGFGDVNGDLWIGLETIREMSALLNNTLIRIQGESFNGDRRFIIAKGFYIEDEQKKYKLHAGTMINDEWDIGHDWTYHGGSMFTTRDDDNDKKGGSNCAQKYPCAWWYVNCYALNANRAPAKQQQTTYADGISWPAWLGDFQSLKTINMAIKK 1076
S ++ R+C +LL+RG+ L G + I L V CDM G GWT QRR++G +DF R W ++K+GFG G+ W+G + I ++A ++ L R+ F G+ +F K F + DE +KYKL G + G+ T H + F+T+D DND SNCA+K+ AWWY +C+A N N +YA+GI+W A G S K M ++
Sbjct: 108 SQSCATGPRNCKDLLDRGYFLSGWHTIYLPDCRPLTVLCDMDTDGGGWTVFQRRMDGSVDFYRDWAAYKQGFGSQLGEFWLGNDNIHALTAQGSSEL-RVDLVDFEGNHQFAKYKSFKVADEAEKYKLVLGAFVGGS--AGNSLTGHNNNFFSTKDQDNDVS-SSNCAEKFQGAWWYADCHASNLNGLYLMGPHESYANGINWSAAKGYKYSYKVSEMKVRP 325
The following BLAST results are available for this feature:
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