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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00067731 ID=TCONS_00067731|Name=TCONS_00067731|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2490bp
AATCTTTGAATTGCAATGCACTCTTATTGAACTGTCAAAAGAAGGGGAAC
GTGTTGATTATATCCCCTACCCTGCAGCCTCAGGACGTTGTAAGTCTAAG
ACACGTGCTATAACATcgccattcttataaaaagtaaacatGACATCATC
AACAAGACGTCATCAACAAGttaattgtttttgttgttATTGTCATGTCA
ATGGCTTTAGAGATGTTGAGAGAAAGGAGAGAGCAGAATCTACCAAACAG
ACAGTGTTTTTAAGAGAATTCAAACTCCTTCGTAGACCTTTTGTTAAGAG
TATTACCATATGTTCAATACATGTTTTCACTTGACAACCTGTTAAGTGAT
GATGGCATATAAAAAGTTGACGGaccaaactttctttttattgttcAAGT
AAGATTACCTTGAGACACAGTGCTCAGTTGAGATCTAATAGAAAGATAAC
GAAGAAAGGAAAACATGCAGATAAAATTTTGTATTGCACCTATCGATCGC
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acAAACAATAAACAGTAGTAGTGAATCCAGCGATTCCGAATCGGATTCTA
CCTTACCAAGAACACTGACAGCTCCAACGAAGCTTGATCGCCATGGATTC
ATTGTCGGGCACCGTTTACATGATAAAGTATCTTCATTGCCTAACCCAGG
GTACACAACAACCATCGGCAAACGTCGGGAACGAAAATGGCTTTCTATGT
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CGATGTCGCAAAGGGATTCCACAGGCCGTCCGCTCACTAGCCTGGCAACA
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GTTAGGTGCAGGTCAACTTTATCAAGTTTTATTAGCGTTCAGTGCGCATG
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TTGACGGTCTCATTTTCGAGCGCTTATTACGTAAATATTTACCGTACATT
TACAGACACATGAAATCGTATAATATTGATCCTTTGATGTATATTGTCGA
ATGGTTTGTATGTGTTTTTGCAAGGTGTCTACCTTTCCAGACAGTTCTAC
GTGTATGGGATGTGTTCTTTTGTGAAGGTGTGAAAGTACTGTTCAAAGTT
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TAAAGACGATTTCCAAACGACGCAGATTTTATTAGATTTACCTAAAGACG
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ATTGAGTTTGAGTCGATATTTTTCCTTAAATGTCAAATTGGATGAACAGG
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TAATCAATGAACTTTAATAAAACAAGTTTATTGGCCTAATGGAACCAATT
TtcgtggaactaatttttgcgatcGGGGTTTCTAAATtaattggcatttt
tggaagAATTTTGCCCACTCTTTGCCtaaattctttaattttctcagggt
ttttgcgaattttcaataaatgttGTATTTCGTGGTGGAAATTTAATTAT
TactgtttttttaaatagaaaaaaCGTATAACTCCCCGTATTTCGATTTT
TatagaacaaaaaaattaagataattTTTTAACCTAGAGTTTCATTTTTC
CGCTCTTTTTCAAATTCCTTCCGTGTAAGtattgtttatattttcattat
atttttaaaatttggtcaGTCAGTTGTTTATAAATGCAATTTTTGTATAG
TTTAAAACGGAAAATATTCAAACTTACAGCTTAACAAGCG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_473:135588..140647- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00067731 ID=TCONS_00067731|Name=TCONS_00067731|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5060bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_473:135588..140647- (Clytia hemisphaerica)
AATCTTTGAATTGCAATGCACTCTTATTGAACTGTCAAAAGAAGGGGAAC
GTGTTGATTATATCCCCTACCCTGCAGCCTCAGGACGTTGTAAGTCTAAG
ACACGTGCTATAACATCGCCATTCTTATAAAAAGTAAACATGACATCATC
AACAAGACGTCATCAACAAGTTAATTGTTTTTGTTGTTATTGTCATGTCA
ATGGCTTTAGAGATGTTGAGAGAAAGGAGAGAGCAGAATCTACCAAACAG
ACAGTGTTTTTAAGAGAATTCAAACTCCTTCGTAGACCTTTTGTTAAGAG
TATTACCATATGTTCAATACATGTTTTCACTTGACAACCTGTTAAGTGAT
GATGGCATATAAAAAGTTGACGGACCAAACTTTCTTTTTATTGTTCAAGT
AAGATTACCTTGAGACACAGTGCTCAGTTGAGATCTAATAGAAAGATAAC
GAAGAAAGGAAAACATGCAGGTTTGTTACTTTATTCATACTTTATGCTCT
ATAGACATGTGCTGCCCATTTTTGGATTTTTAGAAGGATTTTAATGATAG
GTTGTCGACGTGAATTAATTTGAGAGGATAATGCTGATTGCAATTAAAGT
TATCAATTCGTTAACAGCGAGGAGAAAATTAGATTTTAATATTTCATGAC
CACCGCTTATATAGCCTCTCCTGTCTTTTGGATATGTTGTGATTTGAATG
TAATGGCCGTTACTTTTGACTATATGAGAAGCTTTCTGACTATATTTACT
TCAAAGTCGTTTAGGATTTGGATCTTTTGAGATTTGATCTTAGAAATAAC
GTTATATTTTTTTTGTTGTGTACTTACCTTCATCAATTGAACGTTTAAAG
ATAACCATATACACATTCCTTTCCTCGGTGACCCGATGGGAATGTGGGAC
TGGGATATGCTAAAGTGTCTACGTGATTCCTGATAATTATGACCAGGGTT
CAGTAGTATTTTCTATTGAGGATTAACTTCAGGGTATTTTTATCAGTCAA
TAAGATTTTTTGGCTGATTTCGGGGACAACACGGCTTTCAACCTTTAGAA
ACGGGTTTTTCATTTACCAATGCATGTGTTTTTGGTTTTTCCATGACATG
TGACTATAAACAGGGAAAATTTAATTCGATGCTCCTATGTAAATACAGCA
TTTAGATAGCTTTTCCCTGTTTTGTTCCATTTTGAACTTTGGTATTGGTT
AACGAGGGATAACCCATGGAAAATGTTTGTATGTATAAAATAAAATCAGA
GTAAAGTCTAAAGTCCCTTCGGGAGACATCCTTTTAAGAATTCCCTTTGT
AATTACTGCCTACCAATACAAAGTATATTTTAGGACTTTCGACTGTTTTC
GAGTAGATTTTCATCCCCGCCAGAACGCGACTCGAAGAGCTGTTAAGAAG
CTGCGAAATACCAAAAACGAATTTGAGAGTTTCTCGTTACTTCGCTACTT
TTACTAATGATTGGAGGTTTTTTTTGGTAAGGTACTCGTTGAGTTTCTTA
AAACCATTTGCAACGTTTTTTTAATACGAAATCGGGGTTTACCTTGTATT
ATGTGTATTGTATCCAGAATAGATCAGACTGTAGTTGATATAGTGCTGGA
AATGTTAATAATTATGACTTTGTGTATCAACCATCATGAATTTAGAAAGT
TCACACCCTTTCCTCTCCTTTGCTTCCTCTGTAATTTTCTGGTGGTAAAA
ACCTCTATTCCTTTAAAGAAAAGGTATGGTTTCCACGCCTCTCCTTAAAA
ACTTGATCCTCACTTTGGAGAATCATTTTAAAGCTGTTTTGTTTACGTTT
TGCGAACGTGATTTGGGTAAAAACAACAACTCTAAAAAAGGCTCAAAATA
TTTATTTTTAGCAGCTCTGTGTTGTGACTTGTTCGATAATCCTGGATGTA
CTCCAACCTTTTGTTTACACTTTACAAAATAAAAGTATAATCTTTCGTTT
ACTTTTGACCTTCTTATTGCATGGATTCTTTTTAGAAGGGCGTTATACAC
CCTGGGGTGGCCAAAATTTCGTTCCTGTTGTGAAAAATACTATGCAGTTT
CAATCTTAATTTGGAAATTGACTTAGACTCCATCATTTGAAATTCAATGG
AAAACTTTCATCCCCATTCTGGGATTTCCACCGTGGCTGCGAGACAAGAG
TGTCCTTATTAAAAAACACTATTAACAGCTCTTGCTCGTTTGAGCCATTT
GAGACCCAAAGATAGAATTTTTTAAAGGATTTTCCGTTTGGTTTTACTAA
TTCAGCATTATATCAATTCAAAAGTGCTTTCAAGTCATTTCTATTTTGAT
GAGGTCATCATGATGTCTCTGTAAGCACGTCCATAACAGTTTGATGTCTG
TCGTAATCTAGTTAATGTTTTATTCCGTATGAAAAAAGGCTTTTTGTTTA
CTTATCCACTCAAAGTTACGGGCTTACAACCTATTTTTTCCTCTTATGAA
ATATTCCTTTTCCTTGATAATATTGAAGATTGATAGCCACATAAACTTTA
CACGAAGAGTGAAATTTCTTGGCTTTTTTCTGCTAGTAGAAATCATGTTT
TTATTATCATTCGCTCATCGATTCATACAAGGCTTGTTATAATTTGAGAT
TGACAAAGGGCGTAGAATTTGATAAAGGGAGAAAACCAATTAACATTTTT
CAGCAATTTTCATTCTATTTCTGATAGAATTTTTGTTTGTGACATTAGGT
AACGCTAGAGATACTCAAAGACTTCGTCATTTTTTAAAAGAGTTCATGAA
AAGTGCAAAAATTAATTTTGGATTTCTTGTACGTTTTATTTTTGTTGAGT
AAGATTAGAGATTGCTGTCAAATCAGTGGGGCTCTGAGAAAGGAATCCTA
AAATCCTCAAAAGCTCTAACATTGAAAGTTTCGTATTTGCTTGCCTTTAT
TAAAGCAATCATTCTGATGTATTGGGTTTATTGTTCTTTTATATTTTTGG
CTTTAAACTTTCTCCTCAAGATTCTAATTGTATAGCCTTCCCTCCTTATT
TCTTATGTTAACATCTTAATATTAATTTCATCTTCTTCAGATAAAATTTT
GTATTGCACCTATCGATCGCTCAAAGATGGACATTGAGGTTGAGCAAAAC
GAAAAAGAAAATGATGAAGAACAAACAATAAACAGTAGTAGTGAATCCAG
CGATTCCGAATCGGATTCTACCTTACCAAGAACACTGACAGCTCCAACGA
AGCTTGATCGCCATGGATTCATTGTCGGGCACCGTTTACATGATAAAGTA
TCTTCATTGCCTAACCCAGGGTACACAACAACCATCGGCAAACGTCGGGA
ACGAAAATGGCTTTCTATGTTCGTAAACTGGGACTCGTATATACGTCGGA
ATCCTAAACAGTTACGACGCCGATGTCGCAAAGGGATTCCACAGGCCGTC
CGCTCACTAGCCTGGCAACATTTGTGTGGTGCACACAAATTACATGAACA
AAATCCAAAACTTTTTGACAAACTATTAGAATCAGAAGAAGGTTCTAAAT
GGAGTAACATTATTAAAAGAGACATCCCTCGCACATTTCGTCATCACACC
ATGTTTAAAGAAGACAAAGGGTTAGGTGCAGGTCAACTTTATCAAGTTTT
ATTAGCGTTCAGTGCGCATGTACCTACTATAGGATATAACCAAGCGTTAG
CTCCTCTTGCAGCTGTGATGTTAATGCATATGCCTCCAGATGAATGCTTT
TGGGTTCTCGTCTCCGTCTGCAGGTATTACGTACCTGGATATTACGGAGA
TAAAATGGAAGCTATGAGACTTGACGGTCTCATTTTCGAGCGCTTATTAC
GTAAATATTTACCGTACATTTACAGACACATGAAATCGTATAATATTGAT
CCTTTGATGTATATTGTCGAATGGTTTGTATGTGTTTTTGCAAGGTGTCT
ACCTTTCCAGACAGTTCTACGTGTATGGGATGTGTTCTTTTGTGAAGGTG
TGAAAGTACTGTTCAAAGTTGGGCTAGCTATACTAAAGCTAGTGTTCCCT
AGCGCCAGTTCACTATCTGATAAAGACGATTTCCAAACGACGCAGATTTT
ATTAGATTTACCTAAAGACGTGACAATAGACACCATTTTGATTCCAGAGG
TTTTGAAATATAATATTGAGGAAAGAGAATTTCAAAAGTTTCATCAAGAC
GTTTATCGGGAAAATCCAGAATTGAGTTTGAGTCGATATTTTTCCTTAAA
TGTCAAATTGGATGAACAGGACGAAGAATCGGATTGATTTTTCGGATTTT
ATTGGAATTTTCGGATTTTATCGGAAACTGAGGATATGGTGATGATGATT
TCTTAATAAGATTTTTTAAATGATTTTTATTACCTTATTATAATTACAAT
GCAAGATTTTAGTATTTTACCTTAAAGCTGGGTGTCCACTAAAGAAAAAG
TTCATTGGAAATGATGAATCTAAACAAAAAAAAATTCAGACATATATCTA
GAATTAAAAGTCTATTGTCCTTATTTTGACAGAAGAAAAATGATAAGCGA
TGAAGAACAGTTTATTGTTGATTTATTTCCGCCATAGCGCAAATAAAACA
AAGTATTTTTAATTTCAGTACTTCAGACATATGTATGTCTGGATTATTTT
TTGCGACAAACAAATTTGCCTAATCAATGAACTTTAATAAAACAAGTTTA
TTGGCCTAATGGAACCAATTTTCGTGGAACTAATTTTTGCGATCGGGGTT
TCTAAATTAATTGGCATTTTTGGAAGAATTTTGCCCACTCTTTGCCTAAA
TTCTTTAATTTTCTCAGGGTTTTTGCGAATTTTCAATAAATGTTGTATTT
CGTGGTGGAAATTTAATTATTACTGTTTTTTTAAATAGAAAAAACGTATA
ACTCCCCGTATTTCGATTTTTATAGAACAAAAAAATTAAGATAATTTTTT
AACCTAGAGTTTCATTTTTCCGCTCTTTTTCAAATTCCTTCCGTGTAAGT
ATTGTTTATATTTTCATTATATTTTTAAAATTTGGTCAGTCAGTTGTTTA
TAAATGCAATTTTTGTATAGTTTAAAACGGAAAATATTCAAACTTACAGC
TTAACAAGCG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1575043694:140178..140647 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1575043694:140178..140647 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1575043694:135588..137607 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1575043694:135588..137607 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1510915933:140178..140647 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1510915933:140178..140647 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1510915933:135588..137607 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1510915933:135588..137607 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1491911889:140178..140647 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1491911889:140178..140647 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1491911889:135588..137607 | TCONS_00067731-exon-scaffold_473-1491911889:135588..137607 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_473 | supercontig | scaffold_473:135588..140647 - |
Blast
BLAST of TCONS_00067731 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TB10A (TBC1 domain family member 10A OS=Homo sapiens GN=TBC1D10A PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 275.404 bits (703), Expect = 3.835e-82 Identity = 133/320 (41.56%), Postives = 201/320 (62.81%), Query Frame = 3
Query: 621 APTKLDRHGFIVGHR-LHDKVSSLPNPGYTTTIGKRRERKWLSMFVNWDSYIRRNPKQLRRRCRKGIPQAVRSLAWQHLCGAHKLHEQNPKLFDKLLESEEGSKWSNIIKRDIPRTFRHHTMFKEDKGLGAGQLYQVLLAFSAHVPTIGYNQALAPLAAVMLMHMPPDECFWVLVSVCRYYVPGYYGDKMEAMRLDGLIFERLLRKYLPYIYRHMKSYNIDPLMYIVEWFVCVFARCLPFQTVLRVWDVFFCEGVKVLFKVGLAILKLVFPSASSLSD-KDDFQTTQILLDLPKDVTIDTILIPEVLKYNIEEREFQKFH 1574
A ++D+ GFIVG + + +P + ++RE KWL M NWD ++ + K++R RC+KGIP ++R AWQ+L G +QNP FD+L S KW ++I+RD+ R F H MF G G L++VL A++ + P GY QA AP+AAV+LMHMP ++ FW LV +C Y+PGYY +K+EA++LDG I LL+K P ++H+ IDPL+Y+ EWF+C F+R LP+ +VLRVWD+FFCEGVK++F+VGL +LK S + + ++T + L L + + L+ EV++ + ER+ ++ H
Sbjct: 51 AERRIDKFGFIVGSQGAEGALEEVP-----LEVLRQRESKWLDMLNNWDKWMAKKHKKIRLRCQKGIPPSLRGRAWQYLSGGKVKLQQNPGKFDELDMSPGDPKWLDVIERDLHRQFPFHEMFVSRGGHGQQDLFRVLKAYTLYRPEEGYCQAQAPIAAVLLMHMPAEQAFWCLVQICEKYLPGYYSEKLEAIQLDGEILFSLLQKVSPVAHKHLSRQKIDPLLYMTEWFMCAFSRTLPWSSVLRVWDMFFCEGVKIIFRVGLVLLKHALGSPEKVKACQGQYETIERLRSLSPKIMQEAFLVQEVVELPVTERQIEREH 365
The following BLAST results are available for this feature:
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