TCONS_00066933 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00066933
Unique Name	TCONS_00066933
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	6025

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_462:852463..874531+

transcript sequence

>TCONS_00066933 ID=TCONS_00066933|Name=TCONS_00066933|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6025bp
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transcript from alignment at scaffold_462:852463..874531+

Legend: exon

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>TCONS_00066933 ID=TCONS_00066933|Name=TCONS_00066933|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22069bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:852463..874531+ (Clytia hemisphaerica)
AACCTCAATCACAGACCGTCATCGAGGGAGATCCAATTGCAATTATGACG
TGTATTTCTACTGGTGTACCCACACCCAAAACGTATTGGAAATTCACCAG
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GCACCAAAGAAACTGTGACAGTAAGTTGCTTCACACTAATTCCTTTTTTA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
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Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00066933 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AGRL3 (Adhesion G protein-coupled receptor L3 OS=Homo sapiens GN=ADGRL3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 120.939 bits (302), Expect = 5.056e-27
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Query: 1140 RVVDRALNVTVSQV--LVDAVPNSDARNLIKLNGLISNSLMDTRYQKEWNEI--NEKSCGTICLMKYLEEYSMKIASKMSKGFKENILFNFDALSMKISSVNETFKYTDFEMSMMKTRDEGNTVLLPKENYELLKDSASVSIQYKTLSELMP--TPEIKEIDEGQ----------ILSDVFSLSFTKLHSKKNTTLKSPAQIIFKVPKDQEAHKEGVCVYWDFEK-GQHGSWSTEGCEVANTTDTEVICQCNHLTNFAVIVPTPPLK---MIHLQISLAVAVGVGLCIFLA-FLACLSHVCCSPYADSDRKAILVNITLTIIFCLMIFTGAVFLSTMELVPAKYGQYFCYTLIGCLQLFGCAFFAWIFAEAIHLYLSTRLVIDKGDGRLALFYFIGWGIPIMIVAVTGVLVYFNKFDLQSRCVVNISLYLVGIIIGGPVLLYILGTLIVYILIRVSLASDRELL-NAKILFHAKGAIYCSFCLMLLHLLVLGSATMFLKYNGEILYHYFFAALTAAEGLYLVFYHCYVDRR 2666
            R +D+ + +   Q+  L     +S AR+L K      N+L+  +    W ++  +++      L+  +EE +  +A  + K   + +  N D + ++++ ++      D +    +    G+T+ L     +    +  + + +   + L P  + E   +  G           + S V + +  K  S K   L  P     K  K  E +    C +W + K    G WST+GC +  T  T   C CNHLTNFAV++    +K    +H  + L V   VG+ + L   L C+   C      SDR  I  N+ +++    ++F   +  +   +         C      L  F  A F W+F E + LY+    V +    R   FY +G+G+P +IVAV+  + Y   +     C + +  Y +   IG   L+ +L  + + I +         L   +  L + K  +  +  L+ L  L      M++     ++  Y F    + +G+++  +HC + ++
Sbjct:  593 RAMDQLVGLLDVQLRNLTPGGKDSAARSLNKAMVETVNNLLQPQALNAWRDLTTSDQLRAATMLLHTVEESAFVLADNLLK--TDIVRENTDNIKLEVARLSTEGNLEDLKFP--ENMGHGSTIQLSANTLKQNGRNGEIRVAFVLYNNLGPYLSTENASMKLGTEALSTNHSVIVNSPVITAAINKEFSNK-VYLADPVVFTVKHIKQSEENFNPNCSFWSYSKRTMTGYWSTQGCRLLTTNKTHTTCSCNHLTNFAVLMAHVEVKHSDAVH-DLLLDVITWVGILLSLVCLLICIFTFCFFRGLQSDRNTIHKNLCISLFVAELLFLIGINRTDQPIA--------CAVFAALLHFFFLAAFTWMFLEGVQLYIMLVEVFESEHSRRKYFYLVGYGMPALIVAVSAAVDY-RSYGTDKVCWLRLDTYFIWSFIGPATLIIMLNVIFLGIALYKMFHHTAILKPESGCLDNIKSWVIGAIALLCLLGLTWAFGLMYIN-ESTVIMAYLFTIFNSLQGMFIFIFHCVLQKK 1107

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00066933 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00066933 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AGRL3	5.056e-27	21.66	Adhesion G protein-coupled receptor L3 OS=Homo sap...	[more]

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TCONS_00066933 (transcript) - C. hemisphaerica