TCONS_00066873 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00066873
Unique NameTCONS_00066873
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2644

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00066873 ID=TCONS_00066873|Name=TCONS_00066873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2644bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_462:440787..486119+

Legend: exon
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>TCONS_00066873 ID=TCONS_00066873|Name=TCONS_00066873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=45333bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:440787..486119+ (Clytia hemisphaerica)
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scaffold_462supercontigscaffold_462:440787..486119 +
Expression

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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 0 2.79683 0 0.740491 0.288453 1.63934 0 0.23182 4.29016 3.13139 0.876987 0.344044 3.33096 3.77066 3.05003 6.18921 0.198277 1.16058 0 0 0 0.12855 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00066873 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SNX11 (Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 100.138 bits (248), Expect = 9.927e-23
Identity = 53/124 (42.74%), Postives = 72/124 (58.06%), Query Frame = 2
Query:  233 QEYIKITVRNPRTHISRDKALYTDYEIRIETNNIAFACTDSCVRRRYSDFQWLRNRLLSQFALERSLPELPPKKVFGRFKRQFLKNRQKGLQAFLEDITGQSTYLSDIAVHLFLQTSLSVSEIQ 604
            +E I + V++PR         Y DY+I + TN+ AF    SCVRRRY +F WLR +L     L   +PELP K  F     +F++ R++GLQ FLE +      LSD  +HLFLQ+ LSV EI+
Sbjct:   14 EEVITVRVQDPRVQNEGSWNSYVDYKIFLHTNSKAFTAKTSCVRRRYREFVWLRKQLQRNAGLV-PVPELPGKSTFFGTSDEFIEKRRQGLQHFLEKVLQSVVLLSDSQLHLFLQSQLSVPEIE 136          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00066873 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SNX119.927e-2342.74Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=... [more]
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