TCONS_00066871 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00066871
Unique NameTCONS_00066871
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2471

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00066871 ID=TCONS_00066871|Name=TCONS_00066871|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2471bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_462:436984..486119+

Legend: exon
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>TCONS_00066871 ID=TCONS_00066871|Name=TCONS_00066871|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=49136bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:436984..486119+ (Clytia hemisphaerica)
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:477113..477357TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:477113..477357Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:484243..486119TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:484243..486119Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_462supercontigscaffold_462:436984..486119 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.265106 0.0580073 0 4.58339 4.77042 1.75807 2.24339 2.46141 4.13893 0.323535 0.765966 9.61311 9.22687 6.35154 3.91507 0.405264 5.31788 13.0401 10.3153 1.13697 0.732457 0.544155 0.861132 1.52023 0 0.231952 0.734398 0.20508 1.32588
Blast
BLAST of TCONS_00066871 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SNX11 (Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 99.7525 bits (247), Expect = 1.258e-22
Identity = 53/123 (43.09%), Postives = 71/123 (57.72%), Query Frame = 3
Query:   63 EYIKITVRNPRTHISRDKALYTDYEIRIETNNIAFACTDSCVRRRYSDFQWLRNRLLSQFALERSLPELPPKKVFGRFKRQFLKNRQKGLQAFLEDITGQSTYLSDIAVHLFLQTSLSVSEIQ 431
            E I + V++PR         Y DY+I + TN+ AF    SCVRRRY +F WLR +L     L   +PELP K  F     +F++ R++GLQ FLE +      LSD  +HLFLQ+ LSV EI+
Sbjct:   15 EVITVRVQDPRVQNEGSWNSYVDYKIFLHTNSKAFTAKTSCVRRRYREFVWLRKQLQRNAGL-VPVPELPGKSTFFGTSDEFIEKRRQGLQHFLEKVLQSVVLLSDSQLHLFLQSQLSVPEIE 136          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00066871 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SNX111.258e-2243.09Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=... [more]
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