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transcript sequence >TCONS_00066871 ID=TCONS_00066871|Name=TCONS_00066871|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2471bp GGAAGTAGAAAGGAGAAGAAAAGCATACATAACTTTTTTATCGACTTATG GAATTAAGACGGGAGTACATTAAAATCACAGTACGAAACCCAAGAACGCA TATCAGTCGTGATAAAGCATTATACACTGACTACGAAATCCGCATTGAGA CAAATAATATCGCATTTGCTTGTACAGACTCATGCGTCAGGAGAAGGTAT TCGGATTTCCAATGGCTTCGAAATAGACTACTCAGCCAATTTGCTTTAGA aagGTCATTACCAGAGCTTCCACCAAAGAAAGTGTTTGGAAGATTCAAAA GGCAATTTCTAAAGAATCGACAGAAAGGACTGCAGGCATTTCTAGAAGAT ATTACCGGACAATCAACATATCTATCGGACATTGCAGTGCACCTGTTTTT ACAAACATCATTAAGTGTGTCAGAGATccaagacaaaatgacaaatgGTA CTGACTCTGGTGGTGAGCTATTAGAGGAATATCAATCACCGTCAATACAT GGTGGATGCACGTCGTTATCAAGGAGTTGTTCAGCTTATGAGGATCACGA CTCCGGATTCAGCTACAGCACAGCAAGCTCGTTAAATGATTGTGTGGCAC CTCACACTTCATGTGATTCAACAATCGATGGATGCGATATAATGAACCCT AAAGATGTCGAGCAGAATCTATCATGCTACGCTGACAGTACTGAACACGA GACGACGTTACAATCGTTAAATCCAATCTCTCAAGAGGTGTCGGGTAATG ATACAGACCCAGATAACGTTTCATCGAATTATTATTTCACGTCGGACGAT GAAGGTTATTGCTGTAGTAACTATGATGCCGACGACGAGGACATTTACCG ACAATCACCGAGAGACGAGGAAAACAATAACCGAGTACCGAGTCTTGCCG AGGATGATGACGACGActctttattttgttttcgCATTAAATCCGACCAT ACCATTTACACAATAAATGATGCTATGGAGATTTTAAAACAACGACCAAA ATTAACCGATCGTTTGTATTGTCAAGAAGATAGCGACGACTGTTTCCGAG AATCAGAGTACGACGTCATCGATACCGACGATTCTGATAATGCTGATATT GTTGAAGTGATCAATGGTACGACCAATAATCCGGATACTTCAAGAATCGA AATAAAAGTTCGAGCACATACATTAAACGATGAAGGACGTCTTATTGAAG TTAAAACTACTCCTGTTCGAGACAAAAATAAACTCAAAATCGGTAAAGTC AGATCGTTACCCGGTATCCGTTTTCCAATCCGAAACGGGAAATCTAAATG TTATCGCTCAACATCAGAAATATCATTAGTTTCAGcaaaaagtcagcaaa aactCGATACAGTTTACGATGAActtattttaaaagaaagttacCTAACG ACATGTACTACTCCAACAAAGTCACACCGCTCGGAATCTTCTGATGCTGA TTACCTTACAACAATAAATCGCTGTTACAGCGCAGACAGTCAAATAGATA CAAATATAGAAACTCAAACAGAAGACACTGCACCTACCAAATTCTTTTCA ATGCTTAAGTTGAatagcaaaaaacgtaaaaaaactaTACAACGCTTAGA GTTTCAAACACAAGATCATTCTTCTAAAGGACGTTTTCAAGTAACTACAG TTGACGAAGTTGCAACTccagaaaatgaagtcaaatTTACACTTGGTGGA AAACACTCCTTACTAACATCAAGTACAACAGATGAAAAACAATTAGTTAA TGGCAGCTTGAAAATGCATAATCGTGATCTCTTTGAACATTGCTTTTTAA AATCATACGAAATCCTTTAAATTTCAACTGCCgattattttaaaactttt atgttATATTTTATCGAACAATATATACGATATGTTGCTGGAACCTTCAT TAATGTTTGCTGGTCAAAACTTTTAATacaattatttctaaaaaaaagat ttgtatATAATGTCAAATTTGTTTACAAAATCGAAAGTCATTAAGAATCT TCGATCTGACAGTAAACTTTAACCCATGAACAAACAATAAGTTAAATCAA GCCAAGGTCCTACAATTTAACAAATCTTACTTACCCTTTTTCAGTAGCTG GTCTATTGTAGAAAGGGCTCggtctttttattttaaaataaggCCTCAAG GCTTGAGGACgaaaatgtttgttttggaTAAAAGTTAatagtcaaaaata ttttacatccATTAATTTTATTAGTCAAAAACCataaaatctaattttaa aaacgttttattttatatattttaatttaTCAATTTCCTTCTCGCCACAC TAACTTTTATACCTTAACCAAACTTTGTACATAAATTTCTcatatattat tttttagatacgccaattaaaattaaaataacttaaaaatttcatgaaaa ataaatactttCTTGAATTTGGTTGGCCAACATACCTCCATctcctcgtt gaaaagataattttaagcgaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_462:436984..486119+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00066871 ID=TCONS_00066871|Name=TCONS_00066871|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=49136bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:436984..486119+ (Clytia hemisphaerica) GGAAGTAGAAAGGAGAAGAAAAGCATACATAACTTTTTTATCGACTTATG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:473094..473197 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:473094..473197 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1510915933:473094..473197 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1510915933:473094..473197 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1510915933:477113..477357 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1510915933:477113..477357 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1575043694:477113..477357 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1575043694:477113..477357 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:484243..486119 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1491911889:484243..486119 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1575043694:484243..486119 | TCONS_00066871-exon-scaffold_462-1575043694:484243..486119 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_462 | supercontig | scaffold_462:436984..486119 + |
Blast
BLAST of TCONS_00066871 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SNX11 (Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 99.7525 bits (247), Expect = 1.258e-22 Identity = 53/123 (43.09%), Postives = 71/123 (57.72%), Query Frame = 3
Query: 63 EYIKITVRNPRTHISRDKALYTDYEIRIETNNIAFACTDSCVRRRYSDFQWLRNRLLSQFALERSLPELPPKKVFGRFKRQFLKNRQKGLQAFLEDITGQSTYLSDIAVHLFLQTSLSVSEIQ 431
E I + V++PR Y DY+I + TN+ AF SCVRRRY +F WLR +L L +PELP K F +F++ R++GLQ FLE + LSD +HLFLQ+ LSV EI+
Sbjct: 15 EVITVRVQDPRVQNEGSWNSYVDYKIFLHTNSKAFTAKTSCVRRRYREFVWLRKQLQRNAGL-VPVPELPGKSTFFGTSDEFIEKRRQGLQHFLEKVLQSVVLLSDSQLHLFLQSQLSVPEIE 136
The following BLAST results are available for this feature:
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