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transcript sequence >TCONS_00066565 ID=TCONS_00066565|Name=TCONS_00066565|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2244bp
TTGCTTGTCCTTTTCAATTGCACACATCATCAATCAAAAACAATAAATCA
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acaaggcaagtgatgttcgtgacgtaatttatgaaaaggtctactagctg
tatttttattgtttctctttaggttatctttccaacgagatttt Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_456:567652..583068- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00066565 ID=TCONS_00066565|Name=TCONS_00066565|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15417bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_456:567652..583068- (Clytia hemisphaerica)
TTGCTTGTCCTTTTCAATTGCACACATCATCAATCAAAAGTATGGGTTAT
TTTTTGAAGATTTTTGTGCACTTAGGATTTAGAAATACTGAGAAATATGC
TAGTTTTTAATTTTTTGTAACTGACCTTTTGAGGACGTTACAGGACGGTA
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TAGTTGGTAAACGCATAAGGTAGCTAGAGGATTTAACTCGATTTAATCAC
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TTAAAAAATTTATCGAAGTTTAAGCACATTGAGTTTGTGCATCAACCATT
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AAGATCTAGTGCGACTTTCGGTGCGTCTGTTGGTTGAAATTCTCCGAATC
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GAAGACGAAAGCTGCTAAGTTAAGTTTAGTGGGTAGGATTTAATGAAAAA
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TCTAAGTGAGCAAAACTCAAAAATGAACAGTTTCAGAATTTGCTTTGTTT
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TTTTGGATTTTTTGGTATTATAGAGGGATACATACAGCTTCAGTTAACGC
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TTTTTCTTTGACTTTTGGACTTTTTTGACTTTTTTTTTGACTTTTTGTAG
AGGTGTACGATAATTTTTCGAGTGATTTACCCCTCGAGGCTGCTCGAGGG
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TTAGAGAGCGTCAACTGTAATTTTATCGACACATTGTAGCTTTTATCCTT
TAATTTAGACGCTTGCTTTGTTCTCTACATTTGTAACTTCTTTCTTCAAG
TCCTTTAATTAACCCATAGTACTACGATTTCAGGGGAATTTGTATTTGCC
AAACAAAGCGTTAATTAGGAAATCATTTTAAGAAAGTCAAACTTCCTAGT
TAAGTTTCAAATATTGAAAATACCTTCCGAACGTAATGGGAATCTAAAGA
AATATTGACTATTCAAAGGAAAGAATCGGACTGGTCGAGAGAGAGAATCG
GCTCTAAAGGACCATTATTCTTAGCTTCAGTTGAGCTAGAACCTCATAAT
GTCTGTGTGTATGTTACTTCAAAACTTTGGAACAGGATGGAGACTTCAAA
AATGATCCGATTTGTCTGAAATTTGCACATTTGTTCCTTGGGTGAATATC
TGGGGATGGTTTTTCATTTTTTGAAAATTTTGGTTTTTAGGGGCGTGGTC
ACGAGTTTTTCGCCAAAACGAGGCTAAATCATTGGGGCAGGATGGAGACT
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AATATCTAGGGACGCTTTTTTCATTTTTTGAAAATTTTGGTTTTTAGATG
CGTGGTCACGAGTTTTTCTCTGTAAACTTCAAAAAACGGTCCGATTTCTC
TGAAATTTTGCACACTTGTTCCTTGGTTGAATATCTGGGGTTTTCTTTTT
CATTTTCTCAAAATTTTAATTTAAAGGGCGTGGTCACGAACTTTTCGCCA
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GATTCTTTATCTTTTATGTTTACAATTGGGGCTACAAGTAATTTAAATGA
TACTGAAGTTGAGCCAGTGCGGTTAGCACTTTCGATAGTTGGCAGTCTGA
CAACATTATTGACTGACTTATTTGATAATTGCTTTAAAAAAAAACGCAAG
TGATTAATTTCACAACAAAACTTATTGGGGCTTTTGCACAACAGTCCTCA
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AATAAAATTATAATTACAAATCTCTTCATTTCGACATGGTCTAAAACTGC
CTAGATGCTTATGGTTTTGTAATTTAAAAAATTTAAACACGCCCTTAACT
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TACCATCATGAAGTATATCCTCTGTTGAGGAGGTCCATCCCTCTGTGGCT
GGAAATGTTGTAACCCCCTGGAATTCCCGGCAATTTCAGGTTTAAACCCC
TCCAGAATTCTGAATGTTAGTAAGATTTAAAAAGCTACCCCCATGGAATT
CCAGTTGCTTTTGACAAATTTTTGTATCTCCCTATGGAATTCCACCACAT
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TACGACTTTTTTCTGGAAAAACCGAATGGTTAAACGTTCAGTTTTTTCCT
CTTCGTTTTTCTACTTCATTTTCAAACATGAATCAGGGTGGCCACGCATG
CTGGAAAAACTGGAAAACCTGGAAAACCTGGAAAAATGCCCTTTTTCAGA
AAATTAGCTGGAAAAACTGGAAATAGGTACATTTTCCAAAGAGGAAAGCT
GGAAAAACTGGAAAAGTTTTTTTGATAGTTTAAGTTTTGATAGTTTTTCT
TGACTAACCAAATTTTCCAATTTTGAATCAAATCTTTTCATTCAGAAGAC
TTCATAACTTTTTCTGCCTTTCCCTTTTCACCCAGTTTGCTTCTTGTACA
CTGTACTTCACAGTGAAGGAGAGCAAGCCAGGAGAAGAATATATATATTT
TGCTGACCAAGGGAGTAACTCAAAGTTGGGGGACTACTTTAGAATTCTAA
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TTTTGGGGTGCCTGAACCATGGAGGACCCTGTGGCTTAGATCTGTATAAT
CGATTTGAAAGAAATAGTAGGGGGGGATTTGTTCGTTTTTTTGAGGTCAC
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GGTAGGGGAATCAAAATAACTTGGGTGCCAATTTTTTTTCGGACACTTTG
GTGTGATTTTTGGACAAATACGACGGTCTCAAGCAAAAATCATAGGGTGA
AAAATTAATGATTGGAAAGCTCTCAAAAAATTAAGATAAGTGATATATTG
CCAGTATAGGTGATTTCTTTACCTAACTCGAGATATTAATCCTTAAAAAT
AGTGTTTTTCAGTGTTTTTCAGCCAGAAACAGCTGTTTTGTCCAGTTTTT
GCGCTTTCGGAAGCTCAATATCTCGAGTTAGGTACTGAAATCTCCTATNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNTCAGCCAGAAACAGCTGTTTTGTCCAGTTTTTGCGCTTTCG
GAAGCTCAATATCTCGAGTTAGGTACTGAAATCACCTATACTCGCAATAT
ATCATTAATCTTATTTTTTTGAGATCTTTCCAAAAATATACAACAGGTCT
CCGTTTTCTCTTGAAAGCTAAAATTTTCATTAATTTTTCACCCTATGATT
TTTGCTTGAGACCGTTGTATTTGTCCGAAAATCACACCAAAGTGTCCGAA
AAAAAATTGGCACCCAAGTTATTTTGATTCCCCTACCCCTTAGCTTTCCA
AAAATGTATAACAAGTGCTTTGACTAAAAAGTTCGAGCGATTTTACAAAT
TTCCCCCTACTAAAATGTCTATTGAAAATCTAGAAGTACCAGTGGATACC
CCTTAAAATCTACAAAGTTGCACTTCGGGCTCTCTTAGCCACCAAACTTA
ATTTAATAATGTTCAGTTCACTTTTTTACAACCTCTTAATGTACTTTCAT
AATCATAAAAAAACCTAATTTTGAGAATTTCACTTATCGCAAAGTGTTAT
AAAATTCGAAGTTATCGCAATTTTATCAAGAATCCCTTCAAAAAATGAAG
TTTCTCGGATCTAGAGATTACACAATTGTATTTTAGGGTCATAAAACCTA
TACTTTTTTGGTACCTATATTTATGGCAGGTATGAAAAAATCATTTTCTT
TTTCATGGTTAGACCCCAGAGAAATCTTTAGGCCCTCAAAGTTCTAATTT
AGGTTTTAAGGTGTATTTTTATTCTAACATACAGTCTTGAAAATATTACG
GTCCCAATGATCTAATTGCAACATTAGTTACTTTACAGTGAATCACTGCT
CAAAATTTGAGACCAAAAGGACTATTATATAAAAAGTTATTGGAGAAAAA
CCATTTTGTAGGATGGTAATAATTTTGCACTCGCTTATAACTGGAAAATG
TACAGATTTTTAGGTGAAGGCTGGAAAAAGGTACATTTTTCAGCTCAAAA
TACCTGGAAAAAAGGATGTTTTTGACCAAAAAAGCTGGATTTTTCATCTA
AAATAAGCGTGGCCACCCTGATGAATGCACTTAAAGCTATTGGACTTCAG
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TTAGAGGGATCAGATATAAACATATAAACGTCCCATAACTTCTTATGACG
ATAATTACTATCGCGGTTGGAACTTGTACAGAGTCGCAGAAAAAGCGAAT
GCTAAGCGGTTCATTGAGACAGGGGTTAAAACAAAGTACATAAAGAATGA
CAAGAAAGCCTTAAAAACTGTACTAATAAGGTTTAATGCCCAGCTTAATT
TAGCACTACATTTTTCACTATATTGAATGTTTTTTTCTGCCTTTGGTATT
ATACGCGTAAGTTTCGAATATACAGAATTTTATCAATAATCTGCGCACTA
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ATTATCAAAGTATTATATCAGTAATACTTATACAATCTCATGGAATTTTT
TGTAGAAATAATTTTAAGAGCAGCGGATTTTCTAAATATATAGCGTACGT
CAACATGGTGTTTAATGTTTTTGAATGTGCCCGATAAAAATTTTATGAAG
TTGATTCCTCTACTCAATATATGAATATTTTCGTCACTGGAGAGGTGCAC
TGGTATTTGTAAAAATAGGTCATTGTAACGATTTATTACTCTCAGGAACT
ATTTTTGCCGAGGCGAGAACTAGTTTTTACAAAATTTGTTTTCAGAAAGT
TTAAAAGAATTGCTACCTCGCTTCAAGTTTATTTTTAGGACTTTTCCTGC
TTGTCAAAATGAGTTCACTTAAGGTAATAGGAATTGGTTCAATTTAGCTT
GGTGGCAGAAATTGGAAGGTGCGCTCATGCCTAGGCTTCGGTGAGGAGGG
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TTGTTTATTCACCATCATTTTCACTATTTCAGCACACGATCTAATTTAAG
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TTTAAGTGTCACTCATCAAAGCCTATCCTTGTTTACATTTTGATCTTGTA
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AACACATTTTTTATAAAAATTATTCTAATGATACTGCGACTGTTCATATT
TTATCGATATTCAGTCTTAGCCAGTGGAGCTAGAATCTGAGAATGTCTGT
CTGTGTCACTGTGTGTGTCTGTGTGTCTCAAAAACCTTGGGGCAGCCTGG
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AGTGAATATCTGGGGATGGTTTTTTTACTTTTCAAAAATTTTGACATTCA
AAGGCCTGGGTACTAATCTTTTGTTTTCTTTGCTACAATCGGGTCTATGA
ATAATTTGAAGCATCTCAAGTTGAGCCCAGTGCATCGCCCACATTAAACT
ATATTTCAATCGCTCTTCCAAATTTTTTTATATCTTCGTTCAAGCTAAAA
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ATATGTTGTGATATAAAAGAAAGTTTGCTAGGATTTTATATGATAACATA
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TTAGAACATCGGAAGGCTTCAAAAATTTTCGACGTTCTTATAAAAAAAAA
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CTATTTTGGATATTTTCAAATGACCCTGAATGACACTAATAATCACTAAA
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TGGATTTGTAAATGAGGAATGATAATCTATATATTTGTCATTAATATGTT
AAGAAGACTGTTGTTTGTATACACTCTTTTTTATAAGAATAAACTATATA
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TTTGAGGACTATAAAACACGCCATTTTCTTGCTTGTTACTGTAGGAACAT
TTTTAGGCTTCAAATTCGTGAAAAAGAAGTTAAAGAACATCCGAAGGCTT
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TTATATCAATCCCAATCTCCTTGAAAAATTGTTGCGAAAACAAATCATGG
ATGATGTTTGAGATGTGTGAGAGCGCATAGAGAGACAGTTTATTGGAGTG
GGTGAGATTTCTTGTATTTGCATGGATTTCAACTTATACTGTAAGGCCCT
TTAACGGTTTGTATGATGGCGTGATTAGTATGAGGGTCTTCACTTATTAA
TTAGACATTCTTTTATATATAGTGGAGTCTACAAAACTCGAACAAGCACG
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GTTTTGTAAGGTTTTGGCAATTGAAGGGGTCATAAAACTTGGTTGAGCTA
CAACATACTGTTGACTCTCCACTCAAACTTGAGTTAAAAAACATTCGAGT
TATAGAGGTTCGAATTAAGGAGACTCTACTGTACAATTTGTTCGAGTTAA
GGAGACATTCGAATTATAGAGGTTCGAGTTATAGAGACTTTACGGTAGAG
TTTTGACAAGGTTTTGAGAAAGATTTATCAAAGGTACGCAAATTAACGTC
GTTAAGACCATGCCCAACAGTAAAATCGAGCCCTAATTAAGATTAAATTC
AATTAAAGAGAGGTATATAGAAAAAGTAGCTGCAAGGAATATCATTTATT
ACATAAGGTTGATCTTTGCATGGTATTATGAGGGGAAGTCGCTAATCTTG
GTTATGTCGGTGTTCAACTTAAATGCGAAACGCTTTTTTATAACAGCTAG
TAAATCATGTCCTCAGCTGGTCTTATTTTATGTGTTTTTTGGATAAATTG
TTCTCAAGCTGTTCTTACTGTGCTGTACTGTTCTTCATGTAATGCTTAAG
CTTTAAGAGCATCCAGATATATAGTATATGCTTATTATCAAGTTAGTTAT
TTTTCTATCGTGGTACATGCTTATATCGTCCCTCACATGACTAAAGGTTC
AATCTCAAAATAAGCTTAATAGCTTAGGAAACTGCTTGAAAGCAGAAATC
TAAAAATGTGAAATAAAAATCGCTTCGTTTTAAAACACAACATCACATCC
TGTATGTATATGTAGCAAGATAAAACGAACAATAAATTTGATTTGAAACC
AGGTTGATGAATAAAAACACACAGGGCTTGAATATCCCACAGCAAGGGGG
TGCAAACAAGGCTAAATTCGTATCTTTCATTCTAGACAATAAATCACCAA
CACTGAAATCACCAAATGAATCATGACGACATTCACACCGAGGCTTGATC
GAATCATTGAAGATGAAGAATCATCAAAACATCCAGATGATCCAATCGAT
TTTGATGATAATATTTTGGAGGAATATGATTTGCTGACTGAGCAAGATTT
ATTCATTGCTCTTGAAATCAATCCGAAGAAATTCAAAGATGGTGAATACT
TAAATGGTGTTACTTATAAGAAAGATGGTGACGATCAAAGTGAAGATGAC
GATTCGAATTTTACGGAATCCGATGATGAATTTGATGGTTGCCATATCAA
CGGGCCAAGCACCCTTAGTAACGGACATAATGGCGCTGTAGACCACTTTT
CGAAATTACATAGTGGGACTCAGGCTAAGAATTTTGAGATTATGCAACGC
TATCAATCACCAATAGACTGTGTTCGTAATACTTCGAGTAGTGCTGACTC
GGCAAATAATGATGAAGTATCAAGTATGATCAGTGATTCATCCAGTTTAT
CCAAAATTTCGCGACGACGTAAAATATCTGGTCATTCGAATCCATTTTCA
CCGATAACACGAGGTCAAGATTTGTTGAAAAAATATTTGAGCAACTACGA
AGGTTATGAGTTTGATTCGAAAAACGGCCGTAAAATATTCGTGAAAGCCA
TCTTGAAAAAATACATGACAATGTATTACGTCATTTCCCCACCCAAGATC
ACTGCAGCAGATATTGATAATAGTGGTGTTTCAACTTTAATGGCGATACG
CAACGCCTTGAAAATTAAGGAGGATAAATTAGTAACGGAACAAAATGGCG
GTGATAATAACGACAGTTTAATTACGTCATGTCTAATGTTTGACTACCAG
AATAACGACGAGTTGAATTTTGATGAATTTGCTTGTATCGCGAAATTAAA
TGCTTTGAATGTTGAAGCTGTTGTTGCACACTCGGATTCAAACATCAAAG
AGTTCAGGTGAGNTGAATGTTGAAGCTGTTGTTGCACACTCGGATTCAAA
CATCAAAGAATTCAGGTGAGAAATTTTATCATTGTGGGAAGGTTACCTAT
CGTTACCTGCTATTTGAGTTTTAAGCATAAACATGTTCTTAGTTTTAGCT
TTTTGAAAGTATTTTAGTTTCTAAAGGTTTTATGATTTTTTTTGGCCTGG
TTCCATGTTTTTCTTATACCTTATTGAAAGAGAATTTAATTTTTGAAATT
TCAAGAATCTTTATCCCCAGCAAGAATTTTGACCAGTTTTTCTATTAGAT
AAGGGCCTCATCAGGAACTGTGATAAATCCCTTTATCTGTCTTTAGTTAT
AAAGGATCTAGCCTAACTAGTGAAATCGTCGATTTTACTTAAAGATTCTA
AATAACTCGCAACTCTCTTTTCTAGGAGAGACATCAAGCTCTCGTGTCAA
ACGGACAGTCGAATATGCGTTTGTTATTACACTTCCAACGACCTCTTCCA
GTGCTCCGGTTCCTATTTTACATTAGTCGGTGGATATTCCAAAGAGAAAG
ATCTGGTCCTGCTTTTCGATGCTTCCAGTCATAAAATTCCGCCATTTTGG
ATACCGTTACCAATACTGTTCAAATCCATTCAAAGCAAACCGATCGATGA
GACTAATATCAAAGGTATGGCATGTTCTTAAAAATCAATCCTTAGCTCTT
TGCACCCTTGTATCTGTGGCCCCGTTCTGAGCGTTTTTTTGCAGTGTGGG
TAAAATGAATTAAGTAACTAAATACCAACAGGGGTGTAAAATTCGTTTGA
CTTTAATAGCTATGGAATTAAATACATAGTTACTGTAAATATTGTTTGAG
GATGCTTATTCGGCATCTAAAGTTTTCTCCATTTAAAGCTCCTTGATTTA
ATAGAGAATGAGTGAAAGTAGGATGATTGATTATTACTGAAATAACAGTG
CCGTAGCTGCGGGCAAGGGGGGGGCTGTGCCCCACAATAATTTTTTCAAA
AATGGTTATTTTGCAAAATACAAAGTTTTTCTTGTTTTTTCTTGAAAGCA
TTTTGTTTTGAGTGCATTTTCAAGCAATCTAGAGCTTAAATTTTCAAAAT
TTCCCCCCTCGGGCCAAACCATGGTTGGCCCTCGCGCCCCCCAATAAGAA
ATTGCTTCCTACGGCACAGAATAAGCGCCTGGGAGAAACTCAAATTTTGA
GCCGAATCAATTAGCAGATCTTCATTTACGCGGGGCTTAAGTGTATATTG
TTGGTGGAGTCTTACGGTCTGGTAACCCTGTTTCATAAACATAACATAAA
CACGGTCAGAAACGGAAATTTACTTTTCTAAGCCTGAAAAGTAAAGGACT
ATAATCTTATTTTAATCTGGATATTTTCTGTTGACAAATGATTTGTTTTC
TTATTTTCTCGCTTACTGTTTAGAATTCAAACTGGGTTATTTTCTTTTGG
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TCTGTCTTGTTAAACGCTCCCGATGAACATTATGAGAAATTATGTAACAT
GAAAGATGATTGGGAAATGTGGTTAATATCTCCACTATCCACATCTAGAA
AAGATGACATCCTCAGACTTGCGGTTGATAATATTATGGAGATAATAAAG
AAACAAACTTTAAGAACAGTCCGTGTCAAAGAAGAGCAAGCTAAGTTAAC
ATACAAACAAGGCAGTTTAGTTGACTCGCTAACAAAAACAAAAATTTTCC
CTGTAATCGAGAAATTCGTATCGAATATGAATAATGATTCCTTATCGAAA
CTAACAATTTTCTCCGAATGGGTCTTAGAGACCGTCTTCATTATGCGAAA
AAGTGATAAAAACAAAAACAAATTTGCTGCTCCTACAAAGAAAAAGAAAA
AGAAGTTGGTTCGTACTAACGTTAATATGAACACTTTCAACAACACGACA
ATGTTAGCTACCTGGTTGTTATTCTGGCCGTACGCGCATAAGAAATTTGA
TTCGAACAGTACGTCACTCTCTGAATGCATTGAAAACGATTTAAAAATAT
TTCCATCTAAATTGGTAGAGACTTTTCATCATCAAATGGATTTTGTTATC
AAAGTAGTTCAATCTTCTACTATGAATGTTGTCAAAAGGAAAGCCAGAAA
AAATGGAACTTTGCCACATGGTTTATGATGATTTTTCTTATTTTATTCTA
GCTTGATGAACCTTTTCATAAATAACGTTACGAACATCACTTGCGTCGTT
TTGACTTCCTATTTACAAAAAAATAATTTAACCATGTCTCATGAGACATA
ATCACCATGGTAATTGTTTGAATACAAGGCAAGTGATGTTCGTGACGTAA
TTTATGAAAAGGTCTACTAGCTGTATTTTTATTGTTTCTCTTTAGGTTAT
CTTTCCAACGAGATTTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:583030..583068 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:583030..583068 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:570062..571033 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:570062..571033 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:569405..569643 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:569405..569643 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:567652..568645 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1575043694:567652..568645 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:583030..583068 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:583030..583068 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:570062..571033 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:570062..571033 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:569405..569643 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:569405..569643 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:567652..568645 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1510915933:567652..568645 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:583030..583068 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:583030..583068 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:570062..571033 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:570062..571033 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:569405..569643 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:569405..569643 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:567652..568645 | TCONS_00066565-exon-scaffold_456-1491911889:567652..568645 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_456 | supercontig | scaffold_456:567652..583068 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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