TCONS_00066407 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00066407
Unique Name	TCONS_00066407
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2599

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_455:221368..239221+

transcript sequence

>TCONS_00066407 ID=TCONS_00066407|Name=TCONS_00066407|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2599bp
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transcript from alignment at scaffold_455:221368..239221+

Legend: exon

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>TCONS_00066407 ID=TCONS_00066407|Name=TCONS_00066407|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17854bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_455:221368..239221+ (Clytia hemisphaerica)
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AATG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_041559	XLOC_041559	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_455	supercontig	scaffold_455:221368..239221 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0581264	0	0.116779	0.309047	0.229975	0	3.55669	3.27817	3.95072	3.02645	2.19186	1.95372	2.68675	2.41812	1.26896	1.24609	2.55523	1.90172	4.37131	4.49049	2.87288	2.45952	1.32932	2.61122	3.01583	3.49469	8.2739	6.72146	0	0.176261

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00066407 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: F149B (Protein FAM149B1 OS=Homo sapiens GN=FAM149B1 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 87.8113 bits (216), Expect = 8.564e-18
Identity = 125/513 (24.37%), Postives = 205/513 (39.96%), Query Frame = 2

Query:  578 TLGNTSTGRSSVYSWGNDDEFDKQAANKVWDIFEDVDQCLFQNSIKEGQGDPMKEECFDWKSSFKYIRVTGRQ-LTPDHEEGTQIIPTALPTSHRNSDIDEDDDILSVNDGFYGDDEIESDTTSLGVYGNK--------------------AGILLDSEDVLPHLNEEVFAQHGQVEEFFAFDEKTIET---SRDSCKDMKMKRRAIPPITPQALARDMALSECFDHVWSQAVKTLSDLLKLYIKARSVDRENKYSNVRDDLLESALTLHGTHDPYKMP--PQ------------LHSQMKMKPDLSDLKDVMTIRSVSLKQRAPSTSMYRHEDDGQSRLGTSSSTMT------QKTFGGKTSSFLYDRMMSAK--TPKRTIRLQPLQPPKTAGHVDSNIGEI-RGTRLSNV--TVGNGQQSWVARNGTLPPLDRLGTTEELRKSPKR-------NTRASSAVNAPSKHSSQRDRGGGGISMLPD--SRPNTNHSYRSD--------VRTPHQ 1918
            T    ST  SS +SWG   E D+ A  KV  +F  +D+ L++  +       ++EEC  W +SF ++R+ GRQ +TP   EG ++ P + P+              +V+  +      E D+T  G+ G K                      +  D ED        +    G +EE+ AFD   IE     + S    + ++   PPI P    ++  L+  FD VW + V  +  L + + +  + D E+  +  R D  ES+  L   H P  +P  PQ            L    + +P+++DL     +  + L+ R  S      + D +  +   SST+        +     TSS  Y    + +   P RT  L P+    +      ++ EI RG R+     ++ +   + ++RN  LPP+            P+R       ++RA SAV     +   ++R      +LPD   RPNT  S+  D        V  PHQ
Sbjct:   77 TGAGISTEGSSDFSWGYG-ELDQNATEKVQTMFTAIDELLYEQKLSV-HTKSLQEECQQWTASFPHLRILGRQIITPS--EGYRLYPRS-PS--------------AVSASYETTLSQERDSTIFGIRGKKLHFSSSYAHKASSIAKSSSFCSMERDEED-------SIIVSEGIIEEYLAFDHIDIEEGFHGKKSEAATEKQKLGYPPIAPFYCMKEDVLAYVFDSVWCKVVSCMEQLTRSHWEGFASDDESNVAVTRPD-SESSCVLSELH-PLVLPRVPQSKVLYITSNPMSLCQASRHQPNVNDL----LVHGMPLQPRNLSLMDKLLDLDDKLLMRPGSSTILSTRNWPNRAVEFSTSSLSYTVQSTRRRNPPPRT--LHPISTSHSCAETPRSVEEILRGARVPVAPDSLSSPSPTPLSRNNLLPPIGTAEVEHVSTVGPQRQMKPHGDSSRAQSAVVDEPNYQQPQER-----LLLPDFFPRPNTTQSFLLDTQYRRSCAVEYPHQ 550

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00066407 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00066407 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
F149B	8.564e-18	24.37	Protein FAM149B1 OS=Homo sapiens GN=FAM149B1 PE=2 ...	[more]

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TCONS_00066407 (transcript) - C. hemisphaerica