TCONS_00065186 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00065186
Unique Name	TCONS_00065186
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2127

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_433:8394..17469-

transcript sequence

>TCONS_00065186 ID=TCONS_00065186|Name=TCONS_00065186|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2127bp
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CTTTCGATAGTTTTCGAGATAAGTCACGCATTCGTTTTCACCAACAAAAA
GATAAAACATGTACTCCGTTCTTGTTTGGACATTAAAAGGTAATGAAGAG
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ATTCATCCACTTCGACAGGGGCGATGAACCGTGATACATCCACTTCGACA
GGGGCAATGAACTATAATACTTCCACTTTGACAGGGGCAATGCGTCGTAA
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CGTCCACCTGGACAGGGGCAATGAGCCATAATGAAAAACAgGATACTAGC
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GTCAGCAGCTATGAACAAATTACCTGGTGGATCACCTGACATAATCAATA
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GCTTCTTCGTGTGatgaatgtgaaaaaaaaacgcaagaaataaataaatt
gagaGGCTTACTTGCTCAAATCCATGGACTGGCTGGCAACCACGACAGAC
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GTATCAACTTCAAATATTACTCCACAGCGAGCCATCAGCTTGATCCCGCT
CGTTAAAGAGGAAACTTTGTTAGTGCCAAAGCTGGAATTCTTCAACATGA
AGAGTGATGCACTGACGAAGCATAATCCAGGCAAATACCTCCTGAATGAG
TTGATCAAGCTTGTTTTTACGGTCGATGAACTAGCCAGCCACAAAGCTAC
TCACAGTCGCTCAGTAAAAAGCCAGCGTCCTGGTTTAGATGAAACTAAAT
GCAATACTATACGAGCCTTTATCAATAAGTTCACTGGAGAGAATTGTCCA
ACAAAGCCACTGTCGTCGGAAGAAATGAGAAAAGTTTTTGAGTCTCAAAT
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CAAGATTTCCTCTTGCATTAATCTCGGCTGTATCATGGTTATTTCTTGGT
TATTTCCCTTGTTTTGAACGGCATTTTCAGGTCTTTTGCGCATTAGCGTT
AGTGGGTAAAATTCTCGTTAACGACCG

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_433:8394..17469-

Legend: exon

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>TCONS_00065186 ID=TCONS_00065186|Name=TCONS_00065186|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9076bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_433:8394..17469- (Clytia hemisphaerica)
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CTTTCGATAGTTTTCGAGATAAGTCACGCATTCGTTTTCACCAACAAAAA
GATAAAAGTAAGTTGAAAATGCATTGAATATATATAGAATAAAGGCTCAT
TGAAACAAGGAAAATCACATAGTCTATTTTATAAAAAGTGGTACAAAATA
GATTATTTCCATTTGTATTCGATCATTCCGATTTTTCATCTTGCAGTCAG
GCAAATCCTAATAATCCTTGCATTTATGCACGGGAGCGAGATCCAATACT
ACGTTGCAAATAATGGTTCTAAAGCTCTAAATTTACATGAAAGGAATGTT
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CTGTTCAAAATCTATTGCATTGTAAGCGTTGTCCTTTGATTTTCCAGGCT
TGCCCGATAGCTCACTCCATTTCACTGGATGTGTCAACATTTATAAAGAA
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AATTACAAAAATCAACCCAATAATCGAAAAAGTACCTAATAAATTTTAAT
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TTATTTACTTTGTTTTCAGCATGTACTCCGTTCTTGTTTGGACATTAAAA
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GAGGTGTTCTAAGATAATAACGGTTTCCAATTACCTGAAAAGAAATATTC
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CAAGCGTTAAAGCGAGCTGAAGTTGTTAAGGGTATTGAAAGCTTAAAATG
TGATAGCCGGCCGAAACGTCGATTAATACCAAAACGATTTCTAGAAGAAG
GAGAAGAAGAAGAAGCAGAAGAACAACAAGAAGAAGAGCTGCAAAATGCT
GTTGTTTTATGTGAAATTGATGTGGTAATTGTTCAGAAAATATTTTATTA
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TTAGGATTTTTGCTGCTCCCTAAAATTAGTTCTCTCCAAAATAAAACTCC
CTTAAATGTAATTATTGATGGCGGTCATTTGTTTTTTGCAAACTTGAGTT
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TTGAGTGAAGACCGGCTGTGACATCAATTTTTGTAATGGAATGTTTGTGT
CAATCTTTTCAAGTGAAAACAAAAAGTTGTTGTGAGTTGAAAAGGGTTTC
ATAATATACAAAATAGGCAAACTTTGGTAATCTATATACTAACTGTTTGT
TTTGGAATACTGTAAATATTGACATCTTTCAAACATATTGCCCTCACAAG
CTTGCGTTCATACTTTATGACATCTGTCAATATTTTACAGTTTTGCCCTT
ATTATTACAATTTTTTTAGTTTATTTTTTAAGTCAGGACCAATAGTAATA
TCAGTTATTTGTAACTGTCTGCATTATCCTGTAAAAATATTCAATAAAAA
AAACAAAATCAAAACAGTTAGTATAGGGTTAAGCAGGGTTAGGACATTAA
TTCTGTTTTTTTTTTTGAAAGATGACCCGTAATGCAAAAAAGGATCTAAA
ATGGATGTAGTAAATGAAGTTTATATTCTATTAACATACCCTTGCTTTTT
ATAATTATAGACCACCCCTCAAAAGAAAAAAAAGAAACGAATTGCAAACA
CTCAGAAAGCTAAAAAACAAACACAGAAAGTAAGTAAAAGTACACTACAG
TTGCTGCTCTCTAATTTGATTTTCAAGAGGATTGAATTTTCATCCCTAAT
CTAATAAACACAAATTAAATAAATGAATTATAGAGCAAGGGAAGAAGAAT
ACTACAAAAAAAGATTGGTAACATAAAATACAACAAATAATGTGTTATTT
ACAATAGTTTCTTAAAAAAAATGACTGAGAGCTTGAATTTAATCAAATAC
TGGAGCTTATCAAATGATAGGATGTTGAATTAGAGTCTCAACTAAAAATT
TAGATAATTTAATTTTTAATTTAATTCAGGCATCAAAACCCTCAAAGAAG
GTTGATCAAAATCAGGATGGTTTGTCTCGTTTGGTTAAAACAATACATCC
AGAAAAAGTAAGCTTTACATTTCATCACTGGTGGCCTGGTAAGGGTGCAC
TGTTAGGTGGATCAATTTTTGGAATGGATTTAAGAGGCTCCTAACAGACC
TAAAAATCTAAAATTAGCGAGTTGGGGGCGTTTATTTGGCACCAAGAGTA
TTGTCCTTGGCCTTATGGGGTAGGTTTCAATTTTTAAAGATCAACCAGTG
TTTATACAGATCTTATCACTCATTTTAGTTAATTTTGTTTATCAGGTAGT
AGAAGAATGTACATTCTCAGATATCCTGAAAACTATCAATCCAAGCATTG
TAAGAATTTCTTTTGTACACAAGTATTACTCTTGGATACCTAATAGATGG
GGATAGGAATAAGCAGGGGGTTAAAAAATCTCAAAACTTAGTAAACAGAG
AGGTTGGGATTAAAATTTGCAGGGTGGAAAATATGGAAAAGGCAGCTAAT
CTATATTATAATACCCAAAAATCAAAACTATCCAATTCTTGCATCATGCT
TTTTCGCTTTTTAAAGCACACAGCATTTTTTCCCGAATTTTAGTATGTAG
GGGCAATGAGCCATAATACATATCTTCAGTAAAATGTGGGTTATTGACAC
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ATTGCACTTTGGTCGTGAAATTAATTCTAACTTGCCCTCCTTCCTACGAT
TATTAGAACCAATTATTTTCTTTTTTAGAATGATTTGTCCACTTCGACAG
GGGTAACAAACCGTAATACATCCACTTTGACAGGGGCAACGAACCGTGAT
ACATCCACTTTGACAGGGGCAACGAACCATGCTACATCCCCTTCGACAGG
GGGAACGAACCATGCTACATCCCCTTCGACAGGGGCAACGAACCGTGATA
CATCCACTCCGACAGGGGCAATGAACCGTGATACATCCACTTCGACAGGG
GCTATGAACTATAATACTTCCACTTTAACAGGGGCAATGAGTCGTAATGA
AAAACATGTGAATATCATTATTTTTTTCCTACAATTGATAGAACATTTGA
ATATGTACTAGTAATAACATGGTTTAGAGGGTGATTTGGGATTAATAACC
CCGAGGTTCATTGAAAATATTTAAAAATAGCTCGAACGTAGTGAAAACTA
TAAAAAACATTCGACTGACACGCTTATTTTGATTGGCTTAAAAATTTTAT
ACAATATTTTGTTAACCAATCAAAATATCGTACGATACTTTTCTTTCAAC
CAATAGAAATTTTTGTTTACATCAGGGTGATTACAAAAAAGCGGGCTATT
ACGGATTTATCGCCCTGCTCGTCCTTTACAAATCTAAGCTAAATGTAATC
AACCATATAATTAGGGTCAGTAAAATGCTTGAGTTATTGACACTTTATAC
TAGAAGCAAGGTTAATTTCTTGGGAAAGGGATTTGTAAAATTTAAGACAT
GAAAAGGGTGGTAAGAAAATGTTTTTTTTCCAAAAATGAATAACCTGCTG
TCGCTCGTGCAATTTGACTACACTTTGGTCGTGAAATTAATTCTAGCTTC
TACCCTCCTTCCTATATACGATTATTAGAAGCAATTATTTTCTTTTTTAG
AATGATTTGTCCACCTCGATAGGGGCAACGAACCGTGATTCATCCACTTC
AACAGGGGCAACGAACCATGATTCATCCACTTCGACAGGGGCAACGAACC
ATGATTCATCCACTTCGACAGGGGCGATGAACCGTGATACATCCACTTCG
ACAGGGGCAATGAACTATAATACTTCCACTTTGACAGGGGCAATGCGTCG
TAATGAAAAACAGGTGAATTTTCATTATCTTTTTCCTACAATTGATAGAA
CATTTGAATATGGGTCAGTAAAATGCTTGAGTTATCGACACTTTATACTG
AAAGCACGGTTAATTTCTTGGGAAAGGGATTTGTAAAATTTAAGACATGA
GAAGGGTGGTAAGAAAATGTTGTTTTTTTTCAAAAAAATTAATAACCTGC
TGTCGCTCGTGCAATTTGATTACACTTTGGTCGTGAAATTAATTCTAACT
TGCCCTCCTTCCTATACGATTATCAGTACCAATTATTTTCTTTTTTAGAA
TGATTTGTCCTTTATATGATTCACCTTTATAGCCCTAGCTTTTAAGGTAC
TACCTTAAAAGAAGAAATTTTGGCAGAAAGAAAATTTGAAGGATTTGGAT
TTACTCAAAATCTGCCAAATTAGGCCAAAAAGCCAAAATTAATATTCTCC
ATCATCCGCTAAATTAAATTCCCGCCAAATTTAAATTTTTTTATTGACAT
CCTAAATTTGTGCTATTTCAAGCCTCAAAACTGGTTTTTCGCTTACTTAA
TAACGCTTAATTCGCTAAATTAAATTCTGCCAAATTTTATTTTCTCAGCC
ATCCGTCAAATTAAATTCCCTCCAAAATTTCTTCCTTTAAGGTATTATCA
ATCCAATTATTTTCATTTTTAGAGAGATACATCCACCTTGACAGGGGCAA
TGAGCCATGATACGTCCACCTGGACAGGGGCAATGAGCCATAATGAAAAA
CAGGTGAAATTTTGTTGTTTTTCTCCTACAATTGGTGTCTTGAAGGTAGA
AATTTTGACGGAAAATTTGGTGGATTTGGCGGAGTTAGCACGCACTGTAT
ACTTCAAGTAAGGTGAATTCCTTGAGAGAGGGTTCTGTAAGTTTTAAGAC
ATAGAAAGAATATTTTATCACCATATCAGAATTGGTTTACATTGGCTTTT
TCAGTGTAAGTTTTGATATTACTTTTGCAATCAAGTTTCAATTAAAGGGA
ACGACCGCTTATAAATATAGGGCATTGAGGAAACTGCCAGTTTCTAGGTA
TACTCTGAAATAAGTGCTAACGTCAGCAGGCAATCTAATTGGTTTATCTG
AAATTCGAAAGTTGTTTTGAAACATGTTTATTAAAAAGAAGACATTGCAA
TGCAACGGTAAACAAAAAATCGTTAAAAGGGAAACCCCAAAAAAGCAAGG
ACAAAACTCGAATAAAACAAAACCGAGTATTTTCAGATAAAAAGAGTTAT
ACTTATATTTTTCAATATGATTCATCTCACAAGGGTTTATTTTAAAGCTG
TGGTAATTCTTGTCTCATAAAATGATGAATCCGTTCACTTTCTAAAATGT
ATTTTTCTGATAAGCTCGATTTTGTTTTTTGGGTTTTCCAAAGAGAAGAA
CTGACATTTGTAGTTATTCCCTTTAATCCAATAATTTTTTTAAGTTTTGA
TATTACTTTTGCAATCAAGTTTCAATTAATCCAATAATTTTTTATGGTTT
TCACTAGGATACTAGCTTCACATTTTCAAGTGACGAAGACGAGAACGATG
AAAATGTGCCGGTAAATTCTTGTTATTTTCTTTGTATGGTATAATTTGAC
ACAGAGTTGAACACTTAGCTGCACGAATTTTGTCATCTACTTGACAAAAA
CGCAATGTTTGGCAATAAAAAATGTTATTTCTCATAAACGGGCTTAAATT
GGATAGGGTTTGTTAACGAATTATTTATACCAGCTATCTCTGGCATTACC
TAGCATTAAAAAGCATAGACAAATCCTTGAGCATATTCGAGACTGAAATT
CAAAAGATTCTTAACAATTTTAGGCCAAGGTTGTCGGCCCCTAATTTTTC
TCACAAGTTAAAAGCTTCTCCTTCCCCTTACAGGACGTTCAAAGAACACC
ACAGGTATTTTTTAATTATTTTGCCTGACTACAGTAAGCCAATTCTCTCA
GAAATATGTGAAAACTTTGATGATTTAAAGAATAATTAAAATTAATAGTT
TTTACAGTTTTATTTCAAAAGTACGTAAATGGCCTTGAATACCTCCTTCT
GTTTTTTTCTACATTCAGGGTTAAAGTTTTATGGAAGTAAATTTGTTTTT
GTACATTTAGGTTGCGTCAGCAGCTATGAACAAATTACCTGGTGGATCAC
CTGACATAATCAATAAATTCAAAAGCCGGCTTCAATCAAAGGAGCTATTT
CAAAAGAAGACGTCTGCTTCTTCGTGTGATGAATGTGAAAAAAAAACGCA
AGAAATAAATAAATTGAGAGGTATCTTATACCACTATGACTTTATTTTAA
ACCATTGTATTTTGCTTGTATTTCTCATTTGCATAATACTACATTTTGAT
ATAATTTGGTCTGAGTAAGTTAAAATTACAGTTGTTGGGGATAAAAATAC
TTTACTTTATTATAATTCGTTCTAGGCTTACTTGCTCAAATCCATGGACT
GGCTGGCAACCACGACAGACCATCCCAAAACAGCCCTACAGCGAGCCCTA
TTCCATTTAATAATAGCTTGGTATCAACTTCAAATATTACTCCACAGGTA
CTATTTTACTAACTCTTTTGTCCCTAATTGTAGGGGGTGAGTTTTTTGGA
AGAAATTACTTAAAATGACCCCCCGTCATAATAAATTGATATTGGAGTGA
TTTTAGTGATTTTCCCTAGGAAAATGAAGGTTTTGACACTTTTTGGGCAA
AAAGTCATAAAATGGGGGGTCATAATTAAATGCTATTGGGGGTGAAAAAT
TTCGAAAATTGCAAAATGACCCCCCTCCTACAATTAGGGACAAAAGAATA
ATGATAGGATGAGAATCCCATTCACGTTTGTTCATTTTATGCATTGTTGA
TGTGTTGATGTTTTGTTGTTTTTCTTCAACGTTCATTATTGTTAAACGCT
TTGGTGAAACATACACTGAACATCTTCATTCCATTTTTATTAATACATAT
TATATTTTAGTATGATTGAACTTTTTCTGCCTTATTTACAGAAGCGACAC
ATTTTTCTCTGGAAGAAAATAGCGGAGTGACTTTAAAAAAGCAGTCATGT
TTATTAAGTGGCGACTATTTTTTTTTCTGGGGTGCGCAGTCTCAAACAAA
CTGTTCGTATTTTTTATTTCAGCGAGCCATCAGCTTGATCCCGCTCGTTA
AAGAGGAAACTTTGTTAGTGCCAAAGCTGGAATTCTTCAACATGAAGAGT
GATGCACTGACGAAGCATAATCCAGGCAAATACCTCCTGAATGAGTTGAT
CAAGCTTGTTTTTACGGTCGATGAACTAGCCAGCCACAAAGCTACTCACA
GTCGCTCAGTAAAAAGCCAGCGTCCTGGTTTAGATGAAACTAAATGCAAT
ACTATACGAGGTTTGGAACGTTTTGTATTCATTTTCTCTTTTCCTGAGAT
TAGAAAATCTGTATGGGGCCGTCCATATAGTACGTACGCAAAGATTTTCC
AAAAATTGGATACCCCTCCCCCCCTTGTACGCAGAGAACAATAGAGAGGA
TGTCATTTAAACAATAGATGTACGCTTTTGCTAACCCCCCCTCTCCCCCC
TTCACTGCGTACGTACTATATGGATGGCCCCTATTCAACACTATATTATT
AACAATGAAATAAAACAATATAATTATTTCAGGTACTCTTTTTTTGTGGC
CATGTTAAAAAGGAAACTTAATTTCACCCCCTACAATTATGCACACAAAA
GTAGGAAATTTAAGCCGTTACAAAATACGGTTGACGTACGCAAGCTAGGA
AGGAAAACATCAGGCGAATCAAGCACGCTCCGCTATGATTTTTAGCCCGC
GCGGGTGAATATATTTGTCCGCCCGTAGACCTCATACGTCAAGTACAAGA
TCGCAGTGTAGCTCACACAACCCTTTCTCTACGTGTATATACTTAATTTT
TTTTATTTCTACAGCCTTTATCAATAAGTTCACTGGAGAGAATTGTCCAA
CAAAGCCACTGTCGTCGGAAGAAATGAGAAAAGTTTTTGAGTCTCAAATC
GGTGCGGCAAGGAAGAAGAAAAAAAATTCGCTTGTCCCATATGTTCCTAG
TTCCGAATAAATTGTAAATTTGTTTAATTTGTAATTAACAATAATTTCGC
AAGATTTCCTCTTGCATTAATCTCGGCTGTATCATGGTTATTTCTTGGTT
ATTTCCCTTGTTTTGAACGGCATTTTCAGGTCTTTTGCGCATTAGCGTTA
GTGGGTAAAATTCTCGTTAACGACCG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_040869	XLOC_040869	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_433	supercontig	scaffold_433:8394..17469 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
7.03683e-06	0	0	0	0	0	0	0	0.38579	0.989018	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1.75965e-05

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00065186 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00065186 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00065186 (transcript) - C. hemisphaerica