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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00063806 ID=TCONS_00063806|Name=TCONS_00063806|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2975bp
CTCAATTGTAATATTGCCAGATGTTGCAGCTCTTCTCTTGCGACGTTGCG
CAATATTTTGTGCACGTACATAAGTATCTGCAAGTCTGCGTTCCATTTGA
GATTTGAAAGTGTCGGAAGTCACATCCTCTGTTTGATCCCTGACTATGAT
GGTGAGCTCAACCAGGGTTTGATTGGTTGTTGGTGCAGTTGTGGGTGTTG
GTGGCTGGGTGGTAATTACTGTTGAAGTGGGCGGTTGTAAAGATTGTGTG
GCTAACAGTTCTgatgttttaaaagttttggtgGTGGGTGATTGGGAtac
taaaataaaatgtgtTGTAAATGAAACATAAGAAGGTGCAATAAAAACTG
GTGATGTGGTCAATAGTGGTTCTGTTGTGATCGTCATTACTGTAGTGCTT
TGGAGTTGTGTCATTGGTGCCAAGTGTGCTGTGCTTAGAGTGTTAATTGT
ACTTTGGTTTGTATGTGCAGTAGTTGCGAATGTTATTTCAGTGCTTGAAG
CAGTGTTTGTCAAAAGTGTTCTTTCTGTCAATGCTGGAGTAACTGTGCTA
ATCTGTAATGTGGAAATTATACCTTTTGTAAAGTCAATTGTAGTCAATGT
ATTATAATATGTTGTTAATGATGATGTCAATATAATTTTTGTCACTGTTA
ATTCTATTGATTGTAAGGTCGTGTAAATTTCTGTCATTGTCGTGATCGAT
GAAAAATCAGTTGATGTTTTACCTTCACTGGCATATATTGATGTCTTGAG
ACTTTGACCATGACAAATTGACGTAGTGACATATCTGGTGCAGTATGCAA
TGTTTGTGGATGATGGAAAGATTTGAGGTGAAGACATTCTGCTGCCTTGT
ATTGATGGTGAGATCTGTGAAGATGACATTGACTGAAGTGCAAGGGATGA
TTTGGTTGTATTTGGTAATGTAGTGCTCTGTGGTTCCAGCACTTCTAAAA
TTGTTGATATAGAAGCATTTAAAGGAGTCATCATCTCTGTCGTCTCTGGA
GGTTGCAGGTCCAAAATTGATGATGCATTGATGCTGTTGGAAAGTGTGAA
TTCCCCAATGGACGTTGTTGATGGAGAAATCTCTGGTAAATCAGTTGCAt
taatttcacttttcaaagcGGTTGTGGTTACAGTAGGAGAAACTGCACTT
GTCCCATTCATTATTTCATAACTTGGTAAAATGGTAGTTAAACTGCTTGA
ATCCAGACTAGGTGAAACACTTTGGGTGTTATTCATAATTGAATCCAAGC
TAGATGAGACACTTAGATAACTACTTATCGATTCAGAATTTAGTCTTATA
GATGATCCTGGTGTTGGTAAGACTGAGTTCACTAAATTTGACGTGACAGT
TGAATCATTAGTTATCAATGGTGAAATAGTTTGGGGTTGTATTGAAAAGG
ATGAACTATCTGATAAAGATGTTAGTAAAGTTTGTGACATCTCCATTGAT
ACTGATGATGTTGTGTTTATCTCATTGTTAACATTACGTCTTCTTCGCCT
CTTTGCAATAGCCGAGGATGAGTATATAACTGATTGGTGATCTAACGATG
TTGAAACTGAAACCGATTCAAAATCACCAGCGATAATGGAAGATAAACTA
CTTGATTCCAAAGCTTCATTAGATGAACTTAGTATAGAAGATTCGTTTCC
AAAAATTGATTCAGTTGACATAATTGATGAAGACAATGTATTTAGGACAG
GGTTTTCTCTACTGATGGTTGATCCTATTGATATTGCTACTGGTGATATT
GTTTGTATTGATGTCTCTATAGACAATGATTGTGAAATTGACGACGATGG
ATTTATATCCGATGAATTGTTAAAAATAGAAGATTCATGTCCAACAAAAT
AACTATTCGCAGATGATTGATCCTCTGAAATAAAGTTGGATGTTAGTTCT
ATACTCATGGTTGTGCCATTAGTAATTGATTGAATATCTgcataatttgt
tgaaaaactagactcaATGCTTGTTGGTAACATCGTCCCAGAACTCTCAA
TAGAAGTTTGTATTTGTGAAAAAGTCATGTTTGAATTTATCAGTATTGAT
TGGTTTCCTGTCACTGGAATACTAGAAGCTTCAATTACTGAGGTTGAATT
CACAATCTGTATATTTGACGAATGTATATGAATTGAAGTGGAGAAAGTAG
GAAAGTTATTAATAAGTGATGATGTGGGTGATAAACAAACTTCAGTAATA
GCAGTAACAAAATATGAACAAGATGCTTGTAGAATTTCTGTGcttgatga
aaaaaatcttgataaaaGTGAGCTTTGTACTGAATTTATGACTGTCTCTT
GTGAAGTTAAACTTTTTGATGGTGAAATCCCAGATGTTGGTTGAACTGAT
TCAACTATTGAACTCTCTCCTAAATTCAATTGGCTTGATATTGGAAGGAT
TTGTGAAGATTGTATTATATCACTTTCAATACTTTGGTCAACTCTACTTG
AAGAGGGAATGATGAGAGTTTTTGATTCCATTAACACATCCATTGAATGA
ATTGATTGCGACTCTAGCATACTTGATACAAAAATGTCTGACATAGAAAT
GGAAGTTACTTGTTCTGACACAGAACTTGATGGTAAAGAAAAATTGttca
ttgaatttgaaaatatatctACTAAAGAGCTTGAGTTTGATTGAATAAAA
CTGCTAGCTGAGCTTTGTAATGAAAATGTTTCGATTTTCGAAGTTTGCGT
GCTCTCTTTATTATTGAATTCACTTTCACTGAGAACCAAGCTTTGTGAAA
GGGACAATGTTTTTGATAAAGAAGGCTCAATCATGGACATCAAACTGGCT
GTTAAAGCCTCTGTTATGATAGAAGATGATGATATGTAGTCACTTGCTGT
ATAGAGCTCTATGGAACCAGTTGATGATATTGTCTGAGATATTGATATAG
AAGATTTGTTTGGTATGGTTGATGATGGATCAGAGAAAAATGATGATGCA
TCTTGTGTTGGAAGGATTGTTGATC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_400:132334..135360- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00063806 ID=TCONS_00063806|Name=TCONS_00063806|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3027bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_400:132334..135360- (Clytia hemisphaerica)
CTCAATTGTAATATTGCCAGATGTTGCAGCTCTTCTCTTGCGACGTTGCG
CAATATTTTGTGCACGTACATAAGTATCTGCAAGTCTGCGTTCCATTTGA
GATTTGAAAGTGTCGGAAGTCACATCCTCTGTTTGATCCCTGACTATGAT
GGTGAGCTCAACCAGGGTTTGATTGGTTGTTGGTGCAGTTGTGGGTGTTG
GTGGCTGGGTGGTAATTACTGTTGAAGTGGGCGGTTGTAAAGATTGTGTG
GCTAACAGTTCTGATGTTTTAAAAGTTTTGGTGGTGGGTGATTGGGATAC
TAAAATAAAATGTGTTGTAAATGAAACATAAGAAGGTGCAATAAAAACTG
GTGATGTGGTCAATAGTGGTTCTGTTGTGATCGTCATTACTGTAGTGCTT
TGGAGTTGTGTCATTGGTGCCAAGTGTGCTGTGCTTAGAGTGTTAATTGT
ACTTTGGTTTGTATGTGCAGTAGTTGCGAATGTTATTTCAGTGCTTGAAG
CAGTGTTTGTCAAAAGTGTTCTTTCTGTCAATGCTGGAGTAACTGTGCTA
ATCTGTAATGTGGAAATTATACCTTTTGTAAAGTCAATTGTAGTCAATGT
ATTATAATATGTTGTTAATGATGATGTCAATATAATTTTTGTCACTGTTA
ATTCTATTGATTGTAAGGTTGTGTAAATTTCTGTNCATTGTTGTCACTGT
TAATTCTATTGATTGTAAGGTCGTGTAAATTTCTGTCATTGTCGTGATCG
ATGAAAAATCAGTTGATGTTTTACCTTCACTGGCATATATTGATGTCTTG
AGACTTTGACCATGACAAATTGACGTAGTGACATATCTGGTGCAGTATGC
AATGTTTGTGGATGATGGAAAGATTTGAGGTGAAGACATTCTGCTGCCTT
GTATTGATGGTGAGATCTGTGAAGATGACATTGACTGAAGTGCAAGGGAT
GATTTGGTTGTATTTGGTAATGTAGTGCTCTGTGGTTCCAGCACTTCTAA
AATTGTTGATATAGAAGCATTTAAAGGAGTCATCATCTCTGTCGTCTCTG
GAGGTTGCAGGTCCAAAATTGATGATGCATTGATGCTGTTGGAAAGTGTG
AATTCCCCAATGGACGTTGTTGATGGAGAAATCTCTGGTAAATCAGTTGC
ATTAATTTCACTTTTCAAAGCGGTTGTGGTTACAGTAGGAGAAACTGCAC
TTGTCCCATTCATTATTTCATAACTTGGTAAAATGGTAGTTAAACTGCTT
GAATCCAGACTAGGTGAAACACTTTGGGTGTTATTCATAATTGAATCCAA
GCTAGATGAGACACTTAGATAACTACTTATCGATTCAGAATTTAGTCTTA
TAGATGATCCTGGTGTTGGTAAGACTGAGTTCACTAAATTTGACGTGACA
GTTGAATCATTAGTTATCAATGGTGAAATAGTTTGGGGTTGTATTGAAAA
GGATGAACTATCTGATAAAGATGTTAGTAAAGTTTGTGACATCTCCATTG
ATACTGATGATGTTGTGTTTATCTCATTGTTAACATTACGTCTTCTTCGC
CTCTTTGCAATAGCCGAGGATGAGTATATAACTGATTGGTGATCTAACGA
TGTTGAAACTGAAACCGATTCAAAATCACCAGCGATAATGGAAGATAAAC
TACTTGATTCCAAAGCTTCATTAGATGAACTTAGTATAGAAGATTCGTTT
CCAAAAATTGATTCAGTTGACATAATTGATGAAGACAATGTATTTAGGAC
AGGGTTTTCTCTACTGATGGTTGATCCTATTGATATTGCTACTGGTGATA
TTGTTTGTATTGATGTCTCTATAGACAATGATTGTGAAATTGACGACGAT
GGATTTATATCCGATGAATTGTTAAAAATAGAAGATTCATGTCCAACAAA
ATAACTATTCGCAGATGATTGATCCTCTGAAATAAAGTTGGATGTTAGTT
CTATACTCATGGTTGTGCCATTAGTAATTGATTGAATATCTGCATAATTT
GTTGAAAAACTAGACTCAATGCTTGTTGGTAACATCGTCCCAGAACTCTC
AATAGAAGTTTGTATTTGTGAAAAAGTCATGTTTGAATTTATCAGTATTG
ATTGGTTTCCTGTCACTGGAATACTAGAAGCTTCAATTACTGAGGTTGAA
TTCACAATCTGTATATTTGACGAATGTATATGAATTGAAGTGGAGAAAGT
AGGAAAGTTATTAATAAGTGATGATGTGGGTGATAAACAAACTTCAGTAA
TAGCAGTAACAAAATATGAACAAGATGCTTGTAGAATTTCTGTGCTTGAT
GAAAAAAATCTTGATAAAAGTGAGCTTTGTACTGAATTTATGACTGTCTC
TTGTGAAGTTAAACTTTTTGATGGTGAAATCCCAGATGTTGGTTGAACTG
ATTCAACTATTGAACTCTCTCCTAAATTCAATTGGCTTGATATTGGAAGG
ATTTGTGAAGATTGTATTATATCACTTTCAATACTTTGGTCAACTCTACT
TGAAGAGGGAATGATGAGAGTTTTTGATTCCATTAACACATCCATTGAAT
GAATTGATTGCGACTCTAGCATACTTGATACAAAAATGTCTGACATAGAA
ATGGAAGTTACTTGTTCTGACACAGAACTTGATGGTAAAGAAAAATTGTT
CATTGAATTTGAAAATATATCTACTAAAGAGCTTGAGTTTGATTGAATAA
AACTGCTAGCTGAGCTTTGTAATGAAAATGTTTCGATTTTCGAAGTTTGC
GTGCTCTCTTTATTATTGAATTCACTTTCACTGAGAACCAAGCTTTGTGA
AAGGGACAATGTTTTTGATAAAGAAGGCTCAATCATGGACATCAAACTGG
CTGTTAAAGCCTCTGTTATGATAGAAGATGATGATATGTAGTCACTTGCT
GTATAGAGCTCTATGGAACCAGTTGATGATATTGTCTGAGATATTGATAT
AGAAGATTTGTTTGGTATGGTTGATGATGGATCAGAGAAAAATGATGATG
CATCTTGTGTTGGAAGGATTGTTGATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1575043694:134694..135360 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1575043694:134694..135360 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1575043694:132334..134641 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1575043694:132334..134641 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1510915933:134694..135360 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1510915933:134694..135360 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1510915933:132334..134641 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1510915933:132334..134641 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1491911889:134694..135360 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1491911889:134694..135360 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1491911889:132334..134641 | TCONS_00063806-exon-scaffold_400-1491911889:132334..134641 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_400 | supercontig | scaffold_400:132334..135360 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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