TCONS_00063644 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00063644
Unique Name	TCONS_00063644
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2709

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_397:152892..170299+

transcript sequence

>TCONS_00063644 ID=TCONS_00063644|Name=TCONS_00063644|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2709bp
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transcript from alignment at scaffold_397:152892..170299+

Legend: exon

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>TCONS_00063644 ID=TCONS_00063644|Name=TCONS_00063644|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17408bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_397:152892..170299+ (Clytia hemisphaerica)
CAGTATTCGAAGAGCACTGGAGAACACAGCTTCCAAAATCGATGGTACGT
GTAGTGTGTGATACGATTTTTAAGTTAGCCTGAATATGGAGAAAAAGGGG
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GCACAGTCCAGTAAGGTTAATTATTCATTCTAAAGTAAAAGTGGCTGCCA
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tCACTGTAAATATTACACTAAATCCtcttattgaaaaatatataattttc
agGTTACTTTCATTGAATATTCCTTTCTATTTTGCAGGCAAATGGATAAG
GAAAAAGCATCTTATATCAATGCAACTTATAAATTGGTAAGCTCCCATTC
AAGAATATATTAATTgctatcaattttctttctttcattgcGTTCTAAAT
GAACGCCCTAAAATCGGTAATTGCTTCCCCCTTTTGCGCGTCATATGACG
TCATACCAGTGAGTTCCGTATAATGGTTAAGTAAGAGGTATGGGACTTAC
CGCATCATTTAAATTGAGATGCTCAAGCACATCAACAATGCGCAAAAATC
GTAGAAtgaatatttaatattttgatcACATCGATAGCGTCTAATCTAaa
gtatgtatgtatgtatgaaaatgaaataaatgtccgctaatcagagatGT
CCGCCATCTAAACTGTCCTGAGGTTTTACTGTACACGTAGTTGATGGACT
TCAACTTAACTTTTCTAGGGACTGGCAATATCAGATGGGTTACTTGAAGC
AAGACAATCAGGTATGTCAATAAATATTCCTTccaaaggaaaacaaaatt
atACAAATGTCTCCAAACTCACTGACTATAGTCTGTGTAAATTTATCTTT
TTAGATAATAAattctctttatttttctagAAGTCCCCACTGAGGAAGCT
GAATTCTCAAGTAAGTGGTTGAATtgatgatatgcaccactacaAGTAGT
TTATTAATGTCAGTGATTTGATTAATATATCTGGGACTTGAGTAAAAAAT
AGCAAACCTATCTCAAGAGTGAaatatatttgatatttttgggaCCCCTA
GAATttcttccaaaatttgggtcagTTTTGACTAAGTTTTAGTCTTGTTC
TGGGTCTGGTCTGGATTTTGTAAAATCGTAACCGTTTGAATTGAAAAGTA
TTTGGGAATCTTTCAGAGAGTGAGTTTAATTTTATAACCCTGAAGGAGAT
TAAGAGGAAAAGAGTACTCTGTCGCTCGCCAATAGTCTCATCATTCAAAG
TTCActcctttttaatgaaaatttactGTAAGGGCGACTTTGAAATGATC
AAATTAACGTTTAAATATTGGTTTCATGTGTTCTTTTCTAGTCGAACGGC
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AAGGTAGGCTTTTCCTACGATTTACTATTCATTGGGTGTTTTGATTATGC
TGCCAAAGCAGTGAGTCAGAAAACAGTAAGAGTATGAAATTTAGTCCCCA
AAATGTGACGATGCTCGACTCTGTAAGAGAAATTGGCGCAATTTCAGGTA
AAAATCGCTTGTTGAGCGTGTACTTTGAGCTTTATGCAAATAAGTTCTTG
TAGTTGATAGTTTAGTAGTTTAGATCTTCTTTTTAATTTCCTGCACAAAG
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TGGTATTAAGGTCCACAAAAATAACCCCTTTGATATCTAGTTGAATGATG
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TACGTGTTTTATACTTAAActtatgatttttttgctttattatactcaat
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TGATGCGTTAAGAATTTTTTACTagatatttttttctgtttgtAGATAAA
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ATTTGTTGCTAACTAGAAAAGATAATTGAgaataaattcaaatttaagAT
GAAAAGTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_039890	XLOC_039890	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_397	supercontig	scaffold_397:152892..170299 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.00023389	0.000220365	1.03358e-06	0.00102118	0.710561	1.73874e-05	2.98396e-06	0.000102616	0	0.311387	3.48869e-09	0.766493	0.467432	3.7044e-09	0.0353834	3.024e-05	1.6326e-06	3.97547e-05	1.62405e-06	0.410722	2.50832e-06	1.16355e-05	2.46716	9.81502e-08	0	0	4.52282	1.56712	0	0.0584871

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00063644 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TPP2 (Tripeptidyl-peptidase 2 OS=Homo sapiens GN=TPP2 PE=1 SV=4)

HSP 1 Score: 478.404 bits (1230), Expect = 5.604e-150
Identity = 264/785 (33.63%), Postives = 437/785 (55.67%), Query Frame = 2

Query:    2 SIRRALENTASKIDGLSNLVQGYGLLQVEKAFEFMKEWVAADKCANHIFYQIRTMEGKRGLYLREYKDHNIPEKQTVIITPKFHKNTDNNLKIEFNLNLSLVATQSWVICPAHLNLQNKERGLVIEVRKAGLTQGVHYAEVHAFDTENINMGPVFRIPVTVVIPENINRLLPTTTEFDLG--KLSYRPGQRLRKFFFVPHGATWAELVLSSDEKETDFRYIVHAVQLMADTAFIAYEFDKFLTVKANGTDNKMIFKVKGGSTMELCISRYWNLPGDSTLEGKLSFHGLKPDCGRIHMDGNQNYCRLNVTNEMSMEQISPKATLTHHVIPVAPKENVIRPLGEQDLLPDNEQIYSLEMTYNFNMAKAGEIIPMAPQFHDLLYENKYESQLWMLYDSNKYLIRSGDAFPIKYNYTCKVDKGDHVLRMQIRHSDLPSLEALKDMPIHLQVKLASNISCDVFSSRQDLLNKQKKFKEMTLNKEAFQPVYIAAPAEDKFPKGFKPGHKLIGTVSFSST-----ADKQSKYPFSMSAP-QSKNSAEKKE--NKPEKSLEEQYANGMDEFFAQWFPKLLDSAMEKDIMERFTGSLTAQEAVLNALDSSKERMKNLKKITEAAQKILADIDSEKLLSYFGAKAHQTDEQIKLKEQMDKEKASYINATYKLGLAISDGLL------------------EARQSVERLNECYHNLAKFVDSSDAKMQLLSARHGVAHGHYGRALKALLNHIDENGHTKEMASKVIEMVQKLGFAHIEEYLNKWQQVRFPNSYELF 2272
            S+RRALENTA K D +    QG+G++QV+KA++++   V     AN + + + T+   RG+YLR+      P    V I P F +NT+N+ KI   L+L+L +  SWV CP+HL L N+ R + I V   GL +G+HY EV  +D  + N GP+FR+P+T VI   +N     ++ +DL    + ++PGQ  R F  VP GATWAE+ + S   E   ++++HAVQL+   A+ ++EF KF ++   GT  +  F V GG  +E CI+R+W    D  ++  +SFHG+     ++++  ++   R +V + +  E ++P  TL + V  + P     +PLG +D+LP+N Q+Y + +TYNF+  K+GE+ P  P   +LLYE++++SQLW+++D NK  + SGDA+P  + Y+ K++KGD+ +R+QIRH  +  LE LKD+P  +  +L++ +S D+  +    L  +KK   +TL  +  QP ++ +  +DK PKG  PG  L G+++ S T     AD    + + +  P ++KN ++ KE  ++ EK L+E++   + +   QW  KL  S +  ++ E +   L    A L+ LD+ KERMK L +I +AA  +++ ID   L  Y   K     +   +K  MDK+K++ ++A  + G A++D LL                  E    ++ L E +    K+ D  D K+   + +H + +  YGR LK     ++E   TKE     I++++ LG+ H   +   W  + +P  Y +F
Sbjct:  477 SVRRALENTAVKADNIEVFAQGHGIIQVDKAYDYL---VQNTSFANKLGFTV-TVGNNRGIYLRDPVQVAAPSDHGVGIEPVFPENTENSEKISLQLHLALTSNSSWVQCPSHLELMNQCRHINIRVDPRGLREGLHYTEVCGYDIASPNAGPLFRVPITAVIAAKVNE----SSHYDLAFTDVHFKPGQIRRHFIEVPEGATWAEVTVCSCSSEVSAKFVLHAVQLVKQRAYRSHEFYKFCSLPEKGTLTEA-FPVLGGKAIEFCIARWWASLSDVNIDYTISFHGIVCTAPQLNIHASEGINRFDVQSSLKYEDLAPCITLKNWVQTLRPVSAKTKPLGSRDVLPNNRQLYEMVLTYNFHQPKSGEVTPSCPLLCELLYESEFDSQLWIIFDQNKRQMGSGDAYP--HQYSLKLEKGDYTIRLQIRHEQISDLERLKDLPFIVSHRLSNTLSLDIHENHSFALLGKKKSSNLTLPPKYNQPFFVTSLPDDKIPKGAGPGCYLAGSLTLSKTELGKKADVIPVHYYLIPPPTKTKNGSKDKEKDSEKEKDLKEEFTEALRDLKIQWMTKLDSSDIYNELKETYPNYLPLYVARLHQLDAEKERMKRLNEIVDAANAVISHIDQTALAVYIAMKTDPRPDAATIKNDMDKQKSTLVDALCRKGCALADHLLHTQAQDGAISTDAEGKEEEGESPLDSLAETFWETTKWTDLFDNKVLTFAYKHALVNKMYGRGLKFATKLVEEK-PTKENWKNCIQLMKLLGWTHCASFTENWLPIMYPPDYCVF 1249

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00063644 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00063644 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TPP2	5.604e-150	33.63	Tripeptidyl-peptidase 2 OS=Homo sapiens GN=TPP2 PE...	[more]

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TCONS_00063644 (transcript) - C. hemisphaerica