TCONS_00063563 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00063563
Unique NameTCONS_00063563
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length479

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00063563 ID=TCONS_00063563|Name=TCONS_00063563|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=479bp
CACCACGTGAATCAGACGTCATCATGGAACGTATTATTACTGGTGATGTC
ACAGATATGGACTTGATTATAAACGCTGTCAAAGAAAAGCTTTCCAAAGT
ACCCATTGGTCCATTGTGCCAGTATGTAGACAAGTCATTGCTGGGaaagt
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CCATCAGCTCACACAttTTCATTTGATGAGGAAAATCAATTCAACGACTC
TAGTCTTGAAGATGATTGCAGTCTGATTATCAGTCAAAGCATTTACAGAA
ATGATGCCAACAATAACATTAACAACAGG
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00063563-protein

>TCONS_00063563-protein ID=TCONS_00063563-protein|Name=TCONS_00063563-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=159bp
PRESDVIMERIITGDVTDMDLIINAVKEKLSKVPIGPLCQYVDKSLLGKF
FNYYIANNGADFGIICDASKKLKIQQPNLIIYGHDEEEQSPQWAILFPDV
ECPAVVSNVILHYMSDPSAHTFSFDEENQFNDSSLEDDCSLIISQSIYRN
DANNNINNR
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_393:75629..93040-

Legend: exonfive_prime_UTRCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00063563 ID=TCONS_00063563|Name=TCONS_00063563|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17412bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_393:75629..93040- (Clytia hemisphaerica)
CACCACGTGAATCAGACGTCATCATGGAACGTATTATTACTGGTGATGTC
ACAGATATGGACTTGATTATAAACGCTGTCAAAGAAAAGGTGAATTGATT
TCTTTTATGATTTGCACTCATGCCAAGAAACATGTTATGTTTAGGAAGTC
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TGATGGTTCCTAAAAAGTGATGGAGCCCAATTTTTGAAAAAAGAATATGC
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ATCAATAGACGATATCGGCTTTCCAAATTCTCCCCGAATGATTACCCATG
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GCACTATATGAGTGATCCATCAGCTCACACAGTAAGATTACTTTTTTATA
TCATTTAGATTGGAACAGTGACAATACTTTTTCTGTTTTCAGGGCGTTGA
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CAAGCCTGACCAAGGGGTATGCCCCACTTGCTTATAAAAAAAAAAACATG
TAGTCATTTAAAAAAAGCCGAAAAGAATCTAGAATCATGAACTCTATGCA
TGAAAGATTTTATTACAAACTCCATAAAAGATGAATGACGAATTTTCGAC
CAAGATTATTTGAAAATATTACTTAAAGCCTGATTCCCTTCCTTCCAACT
GACCGACTGACTTTTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGTGACCTG
TTGTATACTGACTGCTACTTGTTTTCAATATTATTTTTAAATGCAAACAA
AAATTTATTTTCTAGTTTTCATTTGATGAGGAAAATCAATTCAACGACTC
TAGGTATGTCAGATATGTTATATTGTCGGTTTCTCCATTTAAAGTACATA
AAATAAATTTTCCCAATAAATAAGTCCTTAAAAAGCAACAATGCAGTATT
TTGCAACATGCCTGTTTTAATGGACCCTAAATTATTTTGAAAATCATGCT
AAAGAGTTTCTAAAAGATCTCATTCCTTATCCCATCAACCTGGCGGAGAC
CAATTAAAGTGATTAGATTTTATTTTGTCTTTGTAGTCTTGAAGATGATT
GCAGTCTGATTATCAGTCAAAGCATTTACAGAAATGATGCCAACAATAAC
ATTAACAACAGG

Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_393:75629..93040-

>TCONS_00063563 ID=TCONS_00063563|Name=TCONS_00063563|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1908bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_393:75629..93040- (Clytia hemisphaerica)
TCTTGAAGATGATTGCAGTCTGATTATCAGTCAAAGCATTTACAGAAATG
ATGCCAACAATAACATTAACAACAGGTTTTCATTTGATGAGGAAAATCAA
TTCAACGACTCTAGCTTTCCAAAGTACCCATTGGTCCATTGTGCCAGTAT
GTAGACAAGTCATTGCTGGGAAAGTTTTTTAATTATTATATTGCCAACAA
TGGTGCCGACTTTGGCATAATCTGTGACGCATCGAAGAAATTGAAAATAC
AGCAGCCAAATTTGATAATATATGGGCATGATGAGGAAGAACAATCACCC
CAATGGGCAATTTTATTTCCCGATGTTGAATGCCCAGCTGTTGTATCTAA
CGTGATTTTGCACTATATGAGTGATCCATCAGCTCACACACCACGTGAAT
CAGACGTCATCATGGAACGTATTATTACTGGTGATGTCACAGATATGGAC
TTGATTATAAACGCTGTCAAAGAAAAGTCTTGAAGATGATTGCAGTCTGA
TTATCAGTCAAAGCATTTACAGAAATGATGCCAACAATAACATTAACAAC
AGGTTTTCATTTGATGAGGAAAATCAATTCAACGACTCTAGCTTTCCAAA
GTACCCATTGGTCCATTGTGCCAGTATGTAGACAAGTCATTGCTGGGAAA
GTTTTTTAATTATTATATTGCCAACAATGGTGCCGACTTTGGCATAATCT
GTGACGCATCGAAGAAATTGAAAATACAGCAGCCAAATTTGATAATATAT
GGGCATGATGAGGAAGAACAATCACCCCAATGGGCAATTTTATTTCCCGA
TGTTGAATGCCCAGCTGTTGTATCTAACGTGATTTTGCACTATATGAGTG
ATCCATCAGCTCACACACCACGTGAATCAGACGTCATCATGGAACGTATT
ATTACTGGTGATGTCACAGATATGGACTTGATTATAAACGCTGTCAAAGA
AAAGTCTTGAAGATGATTGCAGTCTGATTATCAGTCAAAGCATTTACAGA
AATGATGCCAACAATAACATTAACAACAGGTTTTCATTTGATGAGGAAAA
TCAATTCAACGACTCTAGCTTTCCAAAGTACCCATTGGTCCATTGTGCCA
GTATGTAGACAAGTCATTGCTGGGAAAGTTTTTTAATTATTATATTGCCA
ACAATGGTGCCGACTTTGGCATAATCTGTGACGCATCGAAGAAATTGAAA
ATACAGCAGCCAAATTTGATAATATATGGGCATGATGAGGAAGAACAATC
ACCCCAATGGGCAATTTTATTTCCCGATGTTGAATGCCCAGCTGTTGTAT
CTAACGTGATTTTGCACTATATGAGTGATCCATCAGCTCACACACCACGT
GAATCAGACGTCATCATGGAACGTATTATTACTGGTGATGTCACAGATAT
GGACTTGATTATAAACGCTGTCAAAGAAAAGTCTTGAAGATGATTGCAGT
CTGATTATCAGTCAAAGCATTTACAGAAATGATGCCAACAATAACATTAA
CAACAGGTTTTCATTTGATGAGGAAAATCAATTCAACGACTCTAGCTTTC
CAAAGTACCCATTGGTCCATTGTGCCAGTATGTAGACAAGTCATTGCTGG
GAAAGTTTTTTAATTATTATATTGCCAACAATGGTGCCGACTTTGGCATA
ATCTGTGACGCATCGAAGAAATTGAAAATACAGCAGCCAAATTTGATAAT
ATATGGGCATGATGAGGAAGAACAATCACCCCAATGGGCAATTTTATTTC
CCGATGTTGAATGCCCAGCTGTTGTATCTAACGTGATTTTGCACTATATG
AGTGATCCATCAGCTCACACACCACGTGAATCAGACGTCATCATGGAACG
TATTATTACTGGTGATGTCACAGATATGGACTTGATTATAAACGCTGTCA
AAGAAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039849XLOC_039849Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:92952..93040TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:92952..93040Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:78960..79235TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:78960..79235Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:75938..75975TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:75938..75975Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:75629..75704TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1575043694:75629..75704Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:92952..93040TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:92952..93040Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:75938..75975TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:75938..75975Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:75629..75704TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1510915933:75629..75704Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:92952..93040TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:92952..93040Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:78960..79235TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:78960..79235Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:75938..75975TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:75938..75975Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:75629..75704TCONS_00063563-exon-scaffold_393-1491911889:75629..75704Clytia hemisphaericaexon
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00063563-proteinTCONS_00063563-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_393supercontigscaffold_393:75629..93040 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.192781	0.230364	0.145555	4.3257	4.99026	4.01492	4.11057	3.2582	3.89761	3.62226	3.56119	2.94444	3.68864	0	0.43573	0	0.101104	0	0	0.254088	0	0.15066	0	0.514592	2.79023	0.180174	0	0.145843	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00063563 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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