TCONS_00061883 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00061883
Unique Name	TCONS_00061883
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3240

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_361:482291..514335+

transcript sequence

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transcript from alignment at scaffold_361:482291..514335+

Legend: exon

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>TCONS_00061883 ID=TCONS_00061883|Name=TCONS_00061883|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32045bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_361:482291..514335+ (Clytia hemisphaerica)
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CCTTTGTGAGGTGTTGTGGTCACCTTCAAACCCTAATCGATTCATCAAGT
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GTGACTGTTTCGTTTGACCGCGTAAATTTCATCAAGATCACTCCCAAACA
ACACGATAAGAAATCGGATTGTTTCAAAAGATCTGATCAAATCTACTTTC
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GTCTCTGGGTACGAGGTTTGTGTCGGAACTTCTCGGGAAATCTCTTTCGC
CGAGTTGTCTTCGCAAACCTTGTTCCTAATAAGGGATTCCGTTtccattt
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TGGAGCTTAATATTCTGTTCTTGGCCTGTTTTAATAGTTGATAACGAGGT
GGAGACACACTTAACCAGTTCACTATGTTCGTTAGAATATTTCTCTTCCA
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GTTGCCAATTTCTCAAGTAGGGCTTCTGGTAGGACAGGTCCGGACTTTGC
TTGGTCTCCAGACGAAAAAATCTTCTGCACATACTCGTTCGACTGGGTTA
TTGACTCAACCGATGAATCCTTTGGTAAATCGTCATGACCAGCGGTGTAA
TTTTCAATTACCTCGCGAGAGGATGGTGTAGACAAAAGGCTTTCTGCCGA
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TCTCCAGAAAGGCTAGAAGCTGCTTGAAGAAGCGACTTATTCAACTGATC
AAGGTTTTCTTGaagaattttcttcttcatctcgGTGGGAGGTTTCGTAT
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AGAGTTTGATCAAAAGTAccatctttctttctttaaatttttcagtGATC
ACGTGGAATGTCCGGTAACAAGTTGTAATTGCGTGTGTAACGCCTTGGAT
CGTGTGTCCATGGTCACTCCACAAGAATTACcagtaaagaaaatttctat
gTGATGATGTAAGGACTCGTGTGATGGTgggcaagaaaaagtgaggcCAC
TTCCATGAATTGACGTAAGGACCTACTTGTCGTTGTTCAAAATGATTATT
CATCCTTTGGATTTTTTTTGGTGCGAATCCACTGAATCCTGGGATCGAAT
GCAATGACCTTCTTTCATTCGAAGGGAATCTTTAAAATGAATAGAATTCT
TAAATCTCTACTAAACACTTGCGCAGTGCAAGTGGCTCCAGTGGCTCCAT
TTCGGTCAGTTTCTTTCAGCTTTATATAGACCCTGGAGGCAGTTTCTCAA
ACCCGgacaagcaaaatattttgattggagtttttttttaaagtggtacC
CGCATCGAAAGCGCTAGATCTAAGTGATATTGCGCCGTTTGTCGCCATGC
AAAGATTTAACACTACAATGGTCCCGAGTTTATGAAGGTCAGTTTTAGCA
TATTCTATGCTTTTGtaggaaaaataataatattcgCTGCTAGAATAAGA
TGAACATATTCACACCGATCTGGATTCATATCGAGGTGAATTTGTAAaca
gtcaatttttttcaagagtATGGATTATTCATACTTTTGCTTAAa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_038812	XLOC_038812	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_361	supercontig	scaffold_361:482291..514335 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.65021	2.69616	0.673731	1.41712	3.58909	0.652227	2.74453	3.91794	0.973454	2.36324	3.30303	1.05029	0	1.35634	0	0.168198	8.74824	7.95674	6.2947e-09	0.612832	6.68336	7.15531	7.24566	6.54445	10.9355	10.5873	3.71556	6.6378	6.31872	6.62045

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00061883 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MIO (GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 533.487 bits (1373), Expect = 1.140e-172
Identity = 335/903 (37.10%), Postives = 511/903 (56.59%), Query Frame = 1

Query:   40 TKPDLCEVLWSPSNPNRFIKFDTGDGSNNISLYQVYRDRNLLSNKNQVVQLADNVYVQNIATNSDYNSIKCIAWCPKAELADHCVLATGLSNGRVSIHNLGSEPPSNSGLQLNQVLLPKMERVCHDVAWNSVEPNLIAVALDKVRVDCSLAVWDIAAQG-----PQQGVR-------------QPVFLHGSGESTFSVQWMPDSPNTLVAGVTKWIRLFDIRTQNQNPKLIAHTKAIYGICIDPNNPSRLASFAKGQKGVVVWDVRKPEKPIVTIN-QTNPVLKVQWCPKRSHMISVLQKDSNAVKYYDLQFSTSLQYNSNVDVDNDSILFERNIMLPKSTSSTVSSYDWNPDHEMTLLAVTKTGSLHYLKVFERIAMSWSPSSEVMWACGSQMF--LSDKPDPSMQDDISFVMKKRAEQGYGEAFVMKDDRKLNDVL---NEPALFNLWTWLKRAKKL-KDHDQRKVRK-----FFGVKAIIKGDLSM----GRNLQTLKEEKIGGNLIATQYSNDDRKLALFLCEW--DVTDETLRERLDQLVAKNEIERAAAVALFHNKLDWTIDILGSTQANQKKELP--IVAMALSGYNDSIKKGSMWIANCQRLGQQLTNPYLRAMFAFLTAEGEDFTSVLKENGMDLKDRIAFACRYLSDAKLTNYVENVTSKMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNYITKYGDVQTAVLIVLVMKYSDVMKDERVNDWIEYYRCLLDRWRMWHKRAQFDSLVQSMSLQRKIPNQISVTCTYCSKPVSLNMMAAGGLRSTRFLYGGAGGANRQNKAMSCPGCRQPLPRCSVCLINMGSLSTHQPRTGNQKPKL----ENNVNSFQNWFTWCQMCRHGGHAAHLADWFVDHVECPVTSCNCVCNALDRVSMVTPQE 2622
            TKPD   +LW+P + +RF+  D+      +SLY V    N    K   ++L+++     ++ NSD   +KC+AW    +    C+LA G +NGRV + +LG +  S     + +  +PK  R C+ +AWN ++ N +A  LDK R D S+ +WDI ++      P + V+             +P++  G  ++  S+ W+P     L+AG+ + + +FD+R  +Q  K+  +TKA+ G+ +DP    R+ASF +GQ  V +WD+RK EKP++T+  Q  P+ KV WCP R+ +++ L +DSN ++ YD+Q + +      +  + +  + ER++   +   + ++S+ W+P  +  ++ VT   ++    VFERI+++WSP + +MWACG  ++    ++ D S++ DI+  M+ RA   YG   +  +    N +L    +P L +LW  L   K+  +D DQ+         + G+K+I+K  L M      N   L ++    NL      N++R LAL LC W    TD  +   L+ LV + E ERAAAVALF+  +   I IL    +++K +L   +VAMALSGY D  +K S+W   C  L  QL NPYL  MFAFLT+E   +  VL EN + ++DR+AFAC++LSD +L  Y+E +T++M  +G LEG+LLTGLT DG+DL+E+Y+ + GDVQTA   +L     DV+KDERV  WIE YR LLD WR WHKRA+FD     +    K   Q+ V+C +C K +S +  A    +   F   G  G+  ++K  SCPGCR+PLPRC++CLINMG+  +  P       K+    +  +  F NWFTWC  CRHGGHA H+  WF DH ECPV++C C C  LD    + P E
Sbjct:    4 TKPD---ILWAPHHVDRFVVCDS-----ELSLYHVESTVNS-ELKAGSLRLSEDSAATLLSINSDTPYMKCVAWYLNYD--PECLLAVGQANGRVVLTSLGQDHNSKFKDLIGKEFVPKHARQCNTLAWNPLDSNWLAAGLDKHRADFSVLIWDICSKYTPDIVPMEKVKLSAGETETTLLVTKPLYELGQNDACLSLCWLPRDQKLLLAGMHRNLAIFDLRNTSQ--KMFVNTKAVQGVTVDPYFHDRVASFYEGQ--VAIWDLRKFEKPVLTLTEQPKPLTKVAWCPTRTGLLATLTRDSNIIRLYDMQHTPT-----PIGDETEPTIIERSV---QPCDNYIASFAWHPTSQNRMIVVTPNRTMSDFTVFERISLAWSPITSLMWACGRHLYECTEEENDNSLEKDIATKMRLRALSRYG---LDTEQVWRNHILAGNEDPQLKSLWYTLHFMKQYTEDMDQKSPGNKGSLVYAGIKSIVKSSLGMVESSRHNWSGLDKQSDIQNL------NEERILALQLCGWIKKGTDVDVGPFLNSLVQEGEWERAAAVALFNLDIRRAIQILNEGASSEKGDLNLNVVAMALSGYTD--EKNSLWREMCSTLRLQLNNPYLCVMFAFLTSETGSYDGVLYENKVAVRDRVAFACKFLSDTQLNRYIEKLTNEMKEAGNLEGILLTGLTKDGVDLMESYVDRTGDVQTASYCMLQGSPLDVLKDERVQYWIENYRNLLDAWRFWHKRAEFDIHRSKLDPSSKPLAQVFVSCNFCGKSISYSCSAVPH-QGRGFSQYGVSGSPTKSKVTSCPGCRKPLPRCALCLINMGTPVSSCPGGTKSDEKVDLSKDKKLAQFNNWFTWCHNCRHGGHAGHMLSWFRDHAECPVSACTCKCMQLDTTGNLVPAE 871

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00061883 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00061883 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
MIO	1.140e-172	37.10	GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS...	[more]

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TCONS_00061883 (transcript) - C. hemisphaerica