TCONS_00061867 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00061867
Unique Name	TCONS_00061867
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2338

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_361:250728..256941+

transcript sequence

>TCONS_00061867 ID=TCONS_00061867|Name=TCONS_00061867|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2338bp
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ACACTACTCTGGGTGGAATGAGAGCGGTTATATGGACAGACGTCTTCCAA
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ACAATGCACTAACGTCACCAAACctgatttgaaatttatctATCCAGCAG
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GGTCAGCTTATGTCATGGACGTTGCAACAAGGAAGAGTTTGTTGACAAGA
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GATTTCAACTCGCCAATTATTATAAATTTCACTTTAAAACATTGTGTTAT
TTTAAACAGCAACAAAACCACTCAAGAAACTTGTCCTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_361:250728..256941+

Legend: exon

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>TCONS_00061867 ID=TCONS_00061867|Name=TCONS_00061867|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6214bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_361:250728..256941+ (Clytia hemisphaerica)
TGTGCCTTTGATGGCAACCATCATCACCACTGGACTTGTTTGCACATTCT
ACACTACTCTGGTAAGctcatttcatttttcaatctacTGAATTATTTAT
TTACCACAAAAAAATATCCTCTGCCATACACTTAACCAACtactttttta
actttaatttaTTAACTGAAAAATTGCTTTCTTCAATTTACGATAACATA
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TTCTTAtggatttatgtaaaaacaatcaaaacaactATCTGCTGTTAAAA
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TGGACTCTTGTTGATTGGAGCATTCTTAACGACACTTGCTATTGTCATCT
TTGCAACATATGCTGAGTGTGATCTATTGAAATCTGGAAAAATCAAGAGC
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TTATATCCAAGAACCTNAACATCATTGATTCGCCTAACCTAAATTAgatt
aaaaattattaaaacccGACACAATAAGAAATGATATTGCTATCTTACAG
GGTGGAATGAGAGCGGTTATATGGACAGACGTCTTCCAATCAATGGTCAT
GGTCATTGGGCTGGGAACTAGTTTGGTCATTGGTGTGATAAATATTGGTT
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GAGTAAGTACGGATTAAAAAAATCTTCCTTTTAGAATCGAAGGAGTATCT
CTGATCTTTCTCATACACATGTGGTTATGTAAATTATGCAAATCAAAACG
TGTGTGTATTCTctgtcataatattttgatttattttattaCTTGCAGTA
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GGGACTTTCTCTATCATGGCTGCTTGGACGATTTCACAACCAACTATGCA
GCGAGTCATTGCTGCCAGAAGCCTGGGCGATGCAAAAAAGtatgaagaat
ttttttaaagcgaCGTATTTTTTGCATGCTTTTTCTTAtggatttattta
aaaacaatcgAAACAACCATCTGCTGTTAAAATCAAAGTGACTTCTTTCA
CTATTCTCCAGAGCTCTTTATGGTGCATATGTTGGACTCTTGTTGATTGG
AGCATTCTTAACGACACTTGCTATTGTCATCTTTGCAACATATGCTGAGT
GTGATCTATTGAAATCTGGAAAAATCAAGAGCCCTGATCAGGTAGATATA
TAGATTTTTAAATGTTGTTTGTCATAAAGTTGTTATATCCAAGAACCGTG
CCGTCCCTTAGAACTGCCAGTATAATATgagattcttttgtaaaaatttt
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ATGTTATACCTTTAATGCCCAGCCATTATTTCTCTCATATTTTTCAGCTT
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TTCTGTAATAGGACTCCTGGTAGGAATTGCAATGATGGTCGGTCAATGGT
TCTATCCACCTGGCAAAAATCTACCACCTGTGTCAATGGCACAATGCACT
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TATTGCTTACACTGCCCAACTAGTGCTAGAATCTATAGTCTCTTTAGTCA
TTGGTTGTGGTATACACGAgtgttttctgaatttttttctaaattcttgt
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GGATGTTGCGGAGGATGTTGCAGCTGTTGTGATGGGGATGGAGAAACAAG
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TTCTCGCCAAAGTTAAATATATTATTCACTCAAAAATTTACGACGAAGAT
ATGAGGTTTCAATGTTTTGCCACAATGTTGTCACAGCAATTATTGTtaca
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AAGTGGAAGGAACccaataaaatcaatcaaaaattatgTTACAATAATAT
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TAAAGTTGTATTGAAATTATACTGTTGTTTAAGAAAGTCCAGTTGTGGCA
AATAAGAATATGCCACgtgaccaactttttttttaagtctACGTTGACTG
AACTACATTTTCATAAAGTCATGATGACGCTACCTTTACTAGGTCTAGCA
AGAGTTTATTTTGATTATGCTTAGGGGATAGCGTAGTGAAGgtgattttt
atttcaaatttttattttttagcttttaatagaaataattttagatattT
GTTTAAGTTTCGCAAAGGGGAGTATATTTTTGTCATCtttaatttttgaa
ttattcATGCATTGCTTTGTCTTTTCCACTGTATATTTTGTATACAAATG
CTTTAGATTTCTATTCAAATGTTTTATGCTTAAAGTTTTATCGATTGTTT
TGATACTACATagaaatttttgtacaaaaatgtCTTGTTTATAACTTGTA
TATAAattttatctttgtttttgtAGGATTTCAACTCGCCAATTATTATA
AATTTCACTTTAAAACATTGTGTTATTTTAAACAGCAACAAAACCACTCA
AGAAACTTGTCCTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_038803	XLOC_038803	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_361	supercontig	scaffold_361:250728..256941 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.178446	0.247846	0.0289989	0.0212803	0.0718443	0	0.370535	0.0677727	0.0951503	0.0991197	0.0621767	0.254211	0.162648	0.0452383	0.216734	0.352045	0.145278	0.295698	0.430911	0.197371	0.595526	0.518549	0.330725	0.0755403	0	0.102351	0.648915	0.363109	0.206036	0.0852073

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00061867 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SC5AC (Sodium-coupled monocarboxylate transporter 2 OS=Homo sapiens GN=SLC5A12 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 187.193 bits (474), Expect = 2.754e-50
Identity = 106/278 (38.13%), Postives = 173/278 (62.23%), Query Frame = 2

Query:    8 LMATIITTGLVCTFYTTLGGMRAVIWTDVFQSMVMVIGLGTSLVIGVINIGSFEKIYNVTSEFKRFDI-DINPDPRGHQTVWGVTIGGTFSIMAAWTISQPTMQRVIAARSLGDAKKALYGAYVGLLLIGAFLTTLAIVIFATYAECDLLKSGKIKSPDQVLPYYVVDNFSHIPGVTGVFIACXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEDIVKSFNPVLSETFQTRVSKIVACVLGVVITGLAFVVPLIGNSIIKLVIQLFGIVSGPYFGLFVLGIFFKKSN 838
            L  ++  TG+VCTFY TLGG++AV+WTD FQ +VM++G  T L+ G  + G F  +   ++   R  I D + DP    T W +T+GGTF+ +  + ++Q T+QR I+ ++   AK ALY   +GL +I        +++++ + +CD   SG I +PDQ++PY+V++ F+ +PG+ G+F+AC FS ++ST++S++N+LA V  ED VKS  P LS+   T +SK +  + GV+ T +A    ++G  +++  + + G+  GP  GLF LGI F   N
Sbjct:  158 LWGSVFATGIVCTFYCTLGGLKAVVWTDAFQMVVMIVGFLTVLIQGSTHAGGFHNVLEQSTNGSRLHIFDFDVDPLRRHTFWTITVGGTFTWLGIYGVNQSTIQRCISCKTEKHAKLALYFNLLGLWIILVCAVFSGLIMYSHFKDCDPWTSGIISAPDQLMPYFVMEIFATMPGLPGLFVACAFSGTLSTVASSINALATVTFEDFVKSCFPHLSDKLSTWISKGLCLLFGVMCTSMAVAASVMGG-VVQASLSIHGMCGGPMLGLFSLGIVFPFVN 434

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00061867 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00061867 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SC5AC	2.754e-50	38.13	Sodium-coupled monocarboxylate transporter 2 OS=Ho...	[more]

You are here

TCONS_00061867 (transcript) - C. hemisphaerica