|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00061604 ID=TCONS_00061604|Name=TCONS_00061604|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1951bp
CTAGGTTTTTGCGTACGTGACATTTTCAGATCTGATATGCAGCTGAAATG
CCGTTGCCGCAAAGTTCAATGCgattatcatttttaaaaataatacaata
agttggttaatttcttttgttctaaatttgtataaaattcaAGGTATGTC
TCTTCTCAAATTAATTAACGTTTGAATGCAGCAGTAGTTTTAAAGTGAAA
AAAGCGATCTTTGTTACCAAGTAGAAGGCGTAAAAAGTAGAATTTGTCAT
TCTTCAATCAATCGGAACACAATTTGGTTATGATGCATAATATTACCTTA
AACTCCAATTCTTCGAGTTGGTGCGTTGAACTTCCAACAAGAAGTAATGG
CGGAACAACTTCTTTCTGTAACATCACTGAAGAATGGGTACCACGTATCA
CCAGTGAGGCAGTTTACATCGTCCCTGCCACATTGAGTGTATGTTTCTTT
ATCCTATTCATTATTATTGCAATAACAAAAGGATACTACAAGAAGAGCTT
TCTTAAAGATGCTTTCAGTTGGAAATGCAACTGTGGTAAAAAGAAATGGT
TGAGTCAAGAGGAGGGCCCCAAAACAGAGGTGGTTGTAGGCTGTGACAAG
TGTTGTGGTACCACGTGTTGTTGCACGTGCTTAACAGTAGATACCGGAGT
TCAATTCACTATTCTACTTTCACATGTAACTATCATTTTCGATATCTATG
ATGTTTATACGGATTGTGAATATCATTACAAGTATGAAAATTTCGGCCAA
GTTCACCGAGGGATTTATCGAAATGGTGCAGTCTCTATCGGTATTTTGGT
ATTCGCTATTTTTGGTATGGTCAAAGTAATTGTTAcagctttttatttta
ttattcttCGAAACTTGCCGGGTGATTACGGGGATCATCCGGATAATGAA
AGACGTCtcatcaaatatttcaaaaaagttgatAAAGCGATAGTTTTTAT
TGTAGAAGATTGTGCTGAAAACTTCCTGGGTTActtttatattgaaaagt
aTCTTGTTGGTGACGAGGCTTTGTCGAGTACAATGATTCTAAAGATATTG
ATCAATTCCATCAGGTATGGCATTAAATCTTGCAAAGGGCTGATGGAATT
TTATAAAGGGTGCAAGgctttgaagaagaagaaaaaagacttGGAAAAAG
AGGAACAGGATGGGTCCAAATACCTGGAACCAAAAAAGCAAAGTCTACTG
CGTGTGGTACTCAGACTTTTTAATTCACCTTTTCCAATGCTTTTCATATG
CTTTGGCAACTTTCTTCGTTTATTTGGTGCGTTTTACCAAAACCATTATG
GTAAACTGGATGACCACTGTGTAGCTGTCGTCAACGGTCGTCTGATACAG
ACACCGTTCACTAGTTACCCTGGAAACTGTATGAGGATATGGGAATATAT
TTTTATGGTCTGCAATTTCGTTCCGTTGCTGTTTTACATTGTTGGTTTAG
CATTGTTCATACGTTACATACGTAATTCAGACAAAGCAGAATTCGAGAAA
TTTGAGATGCaaagaccgcgtcaagaattttggaggtctggtaacccaga
cCTCGTTTTGGGGGATTCCAAAACCGATTAAGTGATGTTTAAAAAGCATT
ACATGTTACATTTAGAGCAGGCTAAAAATCTCCTTAGTTTGGTCttttaa
gagaaaaaaagatagaggtagggaaagtgggtttagATTTGTAGGACCAT
ATAATCTATACCAAAGCCACTTCATTTGATTTGGTTGAAGCCAATTTTTG
TAGCCTTTTTTTGTCCTTTGTAACTGGAATATTGTATCTTATCCATTGCT
GTTTGAGATATTAAAGTCCTTTCTGTATTGTCAAACAACTTTTATATTTA
gccaaaatttatattttttatttatccTGTAACTTAGTTTGATATATAAC
CATTATTCCAGATCTGTATATTTTGTGAATCAAAACTACTTCTCTTGATT
T Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_36:970587..979637+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00061604 ID=TCONS_00061604|Name=TCONS_00061604|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9051bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_36:970587..979637+ (Clytia hemisphaerica)
CTAGGTTTTTGCGTACGTGACATTTTCAGATCTGATATGCAGCTGAAATG
CCGTTGCCGCAAAGTTCAATGCgattatcatttttaaaaataatacaata
agttggttaatttcttttgttctaaatttgtataaaattcaAGGTATGTC
TCTTCTCAAATTAATTAACGTTTGAATGCAGCAGTAGTTTTAAAGTGAAA
AAAGCGATCTTTGTTACCAAGTAGAAGGCGTAAAAAGTAGAATTTGTCAT
TCTTCAATCAATCGGAACACAATTTGGTTATGATGCATAATATTACCTTA
AACTCCAATTCTTCGAGGTAGGCATACAACTTTTGTTTCAACATTtgcta
acgttatatgaacgttaaagAACGTCAGATAGACGTTGTTATGACGTTTG
GTACCAGCTGGCTCGGAGACTCCTTTAGACTCATTACCTGAATTACCTGA
ATTACCCTCCATGTATCTTCCAAAGtatccaatttttcactttttacacc
ttttaaaacaccttaaaacgatatctaatTACCTATAACCTTATTGAATT
TCTCTGTCCCCAAAGTGGTAAAATGCTCGTTTACATACTACTTACTGGAT
TAATTTCACTGACCTTGATATATCCCTCgaccaagctatatctgccctct
ttgattggttattttttggaattggtacccgagaggaaagccattgcaat
gttaaaaatattgatgtcagacggcgctacatcatcaaaagtaattCGAG
GAAACGTAGATCTAGCACTCTCGATGTattttcaccgctattgagtaatg
ccgccattagggtaccgaTTTCAAAGAAACTCCGATCAAACAAAGGTTGA
CCaggattgagtaacttggtccagggatatttAAAGGTCGGTGGTTTATT
TAGGCAAAAAGGGGTACGGGGATGTGCAGCCGGTCAGGGTAACTTTTCCA
CTTCCATGAGTTCCAAGTAggttcaaaaaacaaaaaaatattaagattGG
TCCCAGGTAGTACCTTTTTGGggataattttggaaaaaacggAAAACtct
gaggaaaattttgaatttcagtcccattcagggtcacttttttgccaatt
ttggcgaaattgtcaaaaaataaagaacccTGAATCTACTTGCTGAGATA
TATGGTTTTAAGATTATTCTAGCAAATGCAATTTcgagccggatgctcta
ccacttcACTACCATCGCAGATAAACAAAAGGATCGTACTAGCCcttatt
ttcagaaaatgattGTTTTCACTTGCAGGAATTTATCGTTTTGAAGTTCT
TTTTTGTGAATTGAATTAATTTTAGGATCTTCtcaattggaaatattttt
caaaaatcttactgAAAGCTTAAAGAAATTAATAgtttaaagataatttt
gaaaaataaataaagtacacccctttctcacagacccagtaggatttttt
CAGCcattggggataaaaataacggactaaaactcaattgggattgatat
tcccatattttttatgaccggtaatttcaattcttttgttttcaactcAA
AATGTTTAGTGGGGATTGTGAATAATatggtaaatattttgcagtgagga
ttggtttatttgatcattttcaatCCACCGGGGAGGATATTTCAGCCAAT
GGTCCCAGTGGGTTTGTAAGAAGGGGAGGGATGTAAAATGGTTTGAGGAT
CCCACTTGAATAAAGTTTCGAGGATCTTACTTGTGGATACTGATGCTTTT
CAAAATGATATTCCGAGAAGAAGTCTTTTCGACCTTTAGCAATCTTTTCA
TTCGGCTCAAAAAATATAAGTGTAGTTGCCGAAAGTAAAGAatattatcg
gcgatccaaaaaatatctgcaatctgattggttaaaaagagtacaatgtA
TCTTGCATTTTACATGTACAagatataaattgacgaaaagatgttgttgc
attgtagcggtagcagtAATCTAACGccactttgctacaaaaatgCCCTG
CGCTTTATTCCAAaacaaaaagtgtattttttgggtcaccgataaaccag
ttattaGATATTTGCTCATACAATATGGAAAAATTTCACTCGTTCCaaat
tttccgtatattttcctcgccttgtacggaaaaatctcggaactcgtaaa
atatttctcatattgtaatCGCAACTTTCCGATAACTGCTACATATGGCA
AGAGCTAATTAATATAAATAACACGGTGACCTTTCTGTGGGTAAAAGATA
ATTGAAAGCTGTGTTCATCGGCCCAACTTGAATGTCTGCAATTTCTTGAC
TATATCGACCAGTGTTCTCTATTGTTATATTACTGTAAGTTTGTTTGTGC
AACCTTTGGGTTATCATAAATAGGAtgtatttttactttatttttgtgat
aaattttagttataaagaaagaaaaggctCCTCAGGAAAAATGCCTTCTA
GAAAATTTGCCCCCACCCTCGGAAATTTGCCTCTCATATTTCAAAACGCT
AAAAGCTCTGAAGATCAAGCCAATTACTTTCAACTTTCGGGAGGTTTGGA
TTACACGCAATTCTACTTGATCAAGTAACAGATTTTGTAGAAGAGGTCAA
TATACCCAGCCCTCATTTTGGGGAAATTTTCTGGGACAATGGGCTTAGCT
GTAATTTTGTTCAGGTTGACACGATAGATAGACAATAAATAAAGCCGTTT
TTATAAGTAAATCTTGTCCCAATTTCTTAAAgggattttattttcattcc
ccCTGAGccttattaaattttgataatattttcagctgtcgaAGAgaaag
gccccttattttgctctaaatagcctgatcaaggatttattatacccTGG
ATATAGATTACctagtaacagatttttgccgatttcttgtgtactagctt
tgtccgcagtaatgatattattgttcaatgatttttgaagcatttttatt
gcatttcttatctaaaatcactcatccaattcccaaaagagaataaaaac
aatcctgtgagagtcagattcctCCACTTAATTGCTGATTATAAGTCGTT
ATATGACGTTTTAAGCtatgagaaagatgcaaaagacgtgttgtgtataa
gaaatttaatgttgacaccggaaattttcaaacttcaacctcaaaaaaac
caccaaaggattttcataccacagtggagccaagacactcaNacttcaac
ctcaaaaaaaccaccttacCACCACGTGTCTTtaatgtatgttaatttca
gctcttctgggcacagtcttggaaagatatttccaattgaaaatttcatg
tcactataagcattttgtatgaatttcttgtctaatgatttttttctcac
attagatttcacaaatataTCCAGCTTAGAAAGCTAGCCTTActtattca
aactttttttctgcaaatgtacaaaaagaaagagctagagaactttttga
aaataagactgataaacatttttaaaaatcagacatctttgagccgccat
gacagttgtcctttgcggacaaagctagaacatcaattgttttctgaaac
aatgaaaataacaatgatcgctctccacaTCGTTTTacgagtcgtttatc
cagtgtatgaTAAATCTTTCGCCTGATATTAGCCTATATTTAACCTTATT
ggtgggttttcagaagtacaatttcccccggcaattaggttaccccgttt
attaaatttaaaacattttccaacACCTGTGCACTAAAAAGAGCACAAAA
ATACCTTTCTATTAGTAGCAAAACCAATGTCTAACTCTCAAGATATGCTA
gttcgaaattttgaatttcaaaaaaaaaagttggatattttcaatttttt
cctaaaaattttacacttAAGGTGAAAGTcacatgaaattgaaaaagtgc
attttttacgggtttttttaacaacttttgatctactgaatattttgaaa
tgaaatttttctcaattgTAAAGTAACTATTgaggaaatcagaaaaaata
gcTAAGACGAGGGTAAAATCAATCTGGGGGTGAAGTACTATAAAAACACT
GTGGCAAGATCTATGACTTGtgataaaaaactattttttggaGGTGATCA
GTATTTTAGTTGTTTGCAACTTCCGTaggtattatttttaaattttgttg
tgaTACCGAGAAAaggaaattataaaataaaaaaatttaattctaAAAAT
CTTAGTTATGGAAGTTGCAACACATTGTAAGATGTAACTTTGCTAAAAAT
TTTAGGATCGTAGCTTTTTCCTGTCCTGAGAAAGCGTTGCCAAGGTGTGA
AAAAAAACCCTGAAAcctattttaataaaaaaatccgTATCCGTAAAGAA
ACTCAGAAGTATATATATCTCTGTAATAAATggaccgttttacaaaattc
tttctgTGTCTGATTGAAATGGAATAAAGTagggagggggagggggtact
agggttaaGAGATGacgggggggggtgccgcccgactttcaagtcttgga
cccttaccgggactgaaaagtagaaaaaagggaaaattttgtgaatttta
cgacccttattgggacaaatttgaccaattttgaccaaattttgatcttt
ccggtggtaaaaaaattaaattttcctatttctccaaCCCTTTGTGGagt
gaagtttgattttttattttttccgaCGCTTNagaaaaaagggaaaattt
cgtcaattttacgacccttattgggacaaattttaccaattttgaccaaa
ttttgatctttccggtggtaaaaaattgaactttcGTATTTCTCCGACCC
TTTGTGGGACTGAAgttcgattttttattttttctgacccttagtgggac
taagGAATCCAAAATGGCTACCCttcttaagggcggcacataccgtactc
tccatttgcctaagtaccccccggaGTACTttattgccaccggaggaagc
ctaaagcttctgaggatggcattcatagcttcacgcataaggaaatTGGG
CAAATATCTCATAATTTTgggcgcgtttttcagtattttagttccgctta
acggtagcattcttatcttacggtctctctattgttttatcatcatcaaa
aagacttttccggagttattttgatctgattactcgttttgaaatgtcag
tttgtcttttttttatccctggagagttaaatgaatctaaggaaattccc
tttgctgggaaattccctttttataccacaagtagttattaagcgctctt
catatacgctttttataggaaaaaccagtaagtcatatgattctggctgg
actgctcttaaatttatatgagtttttcagccttaaatgtcaatattaat
taaaatggaaacatgtacttctcagtaaatTCTGAAATCTAAgtttcaga
ttcttcttaatttgttcttaggttttggccaaatttcagcctcgtattct
tatgaaattgttcttataaaaaacgtgtaagacaaggcacggatgtcact
ctaagcagactgtaaatcactcccttgaaacatttgttagcatttgaaag
aattttgtctcagatgagaggtcactcttaacaaaaattactgtagggct
aagatcattccttttgaacgcaaattcaactctatgtgttcgttttgctg
cggtggcaccttaatgaaagttatggctagtaatAAGATAGCACAGACAC
atttgagaataaactctattgactTCCattagtttccaattccaaagatg
acCCCTCTCCCCCCACAGGACCCTAttttgtcatttcggccgaaatgagg
tttgacggttgcCTATTTTTAGAGGGAGCGCACTGGAACGGAGAGCagtg
aaatttggcacagacacccttgagaataaactttattgacttccaatagt
ttccagatgaccgctctcccccacggaccctattttttcatttcggccga
aatgaggtttgacggttgccaatttttagagggagtgcactgcgacggag
agcggtgaaatttggcacagacacCCTTGGGAGTAAACTCTATtgacttc
caatagtttccaattccaaagatgaccgctctcccccacaggaccCCATT
TTGTCATAttggccgaaatgaggtttgacggttgccaatttttagaggga
gcgcACTGCAACGGAGAGCggtgaaatttggcacagacacccttgagaat
aaactctattgactTCCAATAGTTTTCAATTCCAAAGATGACCCCTCTCC
CCCACAGGACCCCAttttgtcatttcggccgaaataaGGTTTGACCCGtt
gccaatttttagagggagcgcACAGCGACGGAGATCggtgaaatttggca
cataCACCCTTGggaataaactctattgactTTCATTAGTTTCCAATCCT
AAAATTATAGGTATATACTTTTAAAAGTAATCACAACATCACAGAAActt
taaaaaccaaatttgagaatatcaaacgaatatcaaacgaatatcaaacg
tcaaacgtagaatatcaaaccaaccTCAACTTAATCACAGTCGGCtagtc
cactttcggcagccatctttttctaaatactttcggttaatcaaatcaca
gtattatcggaatcagataatccgtttttattaaatcggaatagatcatc
ggattagataaacaaacaaaaaagtcttGACCGTCTGaggagagagaatt
taaggctcgtAGGCCGAAgcaatcagaaaaatttaaacccaaATTTGAAT
TATAGCTAAAACATGTccgaaatagagttttttttattaaaaaatgccCT
TTTTTGGTCCACTTTTTGGAAGGCCCTCTGCAGTAAAAGTTGGCTAATTT
TTGCTCCAATCAGCTTCACGAAAATTCAATAACTGTTTTTCTATAATTGC
TACAGAGGTCAGTGACCCCTCGTTTAAACGAAAAAAGacagagctttcca
aaaaactaagtttgatggggggggggggttgaaagtttgaaaattgggct
aaagtGCCTATtaaagagcaaaaaatgtcatcAGTCAATTCAACATTTCC
AAATTAAAGCAGCTTTCATAGTCAAAGACACTGCTGACAGCGTCCAAAAt
ttgtatgttttaaaaaaattatcacttCCTTGGTTACGATCTTTGATTAT
GTTTAGAGCAGCCAAAGAAATTAGTCCCTAGCAAcgggtatgatttttcg
ttgCTAGGGAAAATACTTGAGACTGGGGTCTAGAAAAAATCTTATACCTA
AAATGCTACacccttaaaattttcagtgtATGTTCAGAAAGGGTTTAGGG
TCATGAAACGCACAAAATCCCGAAAGCGACAATTTTTTCACCATGTCTCA
AAAGTTAATCTGAAGTATTTCATTATGcacatttttaaataatttattcT
ATTTCTTTTGATTACAGTTGGTGCGTTGAACTTCCAACAAGAAGTAATGG
CGGAACAACTTCTTTCTGTAACATCACTGAAGAATGGGTACCACGTATCA
CCAGTGAGGCAGTTTACATCGTCCCTGCCACATTGAGTGTATGTTTCTTT
ATCCTATTCATTATTATTGCAATAACAAAAGGATACTACAAGAAGAGCTT
TCTTAAAGATGCTTTCAGTTGGAAATGCAACTGTGGTAAAAAGAAATGGT
TGAGTCAAGAGGAGGGCCCCAAAACAGAGGTGGTTGTAGGCTGTGACAAG
TGTTGTGGTACCACGTGTTGTTGCACGTGCTTAACAGTAGATACCGGAGT
TCAATTCACTATTCTACTTTCACATGTAACTATCATTTTCGATATCTATG
ATGTTTATACGGATTGTGAATATCATTACAAGTATGAAAATTTCGGCCAA
GTTCACCGAGGGATTTATCGAAATGGTGCAGTCTCTATCGGTATTTTGGT
ATTCGCTATTTTTGGTATGGTCAAAGTAATTGTTAcagctttttatttta
ttattcttCGAAACTTGCCGGGTGATTACGGGGATCATCCGGATAATGAA
AGACGTCtcatcaaatatttcaaaaaagttgatAAAGCGATAGTTTTTAT
TGTAGAAGATTGTGCTGAAAACTTCCTGGGTTActtttatattgaaaagt
aTCTTGTTGGTGACGAGGCTTTGTCGAGTACAATGATTCTAAAGATATTG
ATCAATTCCATCAGGTATGGCATTAAATCTTGCAAAGGGCTGATGGAATT
TTATAAAGGGTGCAAGgctttgaagaagaagaaaaaagacttGGAAAAAG
AGGAACAGGATGGGTCCAAATACCTGGAACCAAAAAAGCAAAGTCTACTG
CGTGTGGTACTCAGACTTTTTAATTCACCTTTTCCAATGCTTTTCATATG
CTTTGGCAACTTTCTTCGTTTATTTGGTGCGTTTTACCAAAACCATTATG
GTAAACTGGATGACCACTGTGTAGCTGTCGTCAACGGTCGTCTGATACAG
ACACCGTTCACTAGTTACCCTGGAAACTGTATGAGGATATGGGAATATAT
TTTTATGGTCTGCAATTTCGTTCCGTTGCTGTTTTACATTGTTGGTTTAG
CATTGTTCATACGTTACATACGTAATTCAGACAAAGCAGAATTCGAGAAA
TTTGAGATGCaaagaccgcgtcaagaattttggaggtctggtaacccaga
cCTCGTTTTGGGGGATTCCAAAACCGATTAAGTGATGTTTAAAAAGCATT
ACATGTTACATTTAGAGCAGGCTAAAAATCTCCTTAGTTTGGTCttttaa
gagaaaaaaagatagaggtagggaaagtgggtttagATTTGTAGGACCAT
ATAATCTATACCAAAGCCACTTCATTTGATTTGGTTGAAGCCAATTTTTG
TAGCCTTTTTTTGTCCTTTGTAACTGGAATATTGTATCTTATCCATTGCT
GTTTGAGATATTAAAGTCCTTTCTGTATTGTCAAACAACTTTTATATTTA
gccaaaatttatattttttatttatccTGTAACTTAGTTTGATATATAAC
CATTATTCCAGATCTGTATATTTTGTGAATCAAAACTACTTCTCTTGATT
T
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1491911889:970587..970903 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1491911889:970587..970903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1510915933:970587..970903 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1510915933:970587..970903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1575043694:970587..970903 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1575043694:970587..970903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1491911889:978004..979637 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1491911889:978004..979637 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1510915933:978004..979637 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1510915933:978004..979637 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1575043694:978004..979637 | TCONS_00061604-exon-scaffold_36-1575043694:978004..979637 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_36 | supercontig | scaffold_36:970587..979637 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
