TCONS_00061208 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00061208
Unique NameTCONS_00061208
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5535

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00061208 ID=TCONS_00061208|Name=TCONS_00061208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5535bp
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ATTCTTTATCTGTTCTCACCTTGGCTCCTTGTGAGTCATCCTTCTTAATA
ACGATTGGTTCAATTCCCTCGATCCAATCCTCAAG
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00061208-protein

>TCONS_00061208-protein ID=TCONS_00061208-protein|Name=TCONS_00061208-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=720bp
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IEVALEARSTTWFKLKPTTS
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_354:912117..922652-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00061208 ID=TCONS_00061208|Name=TCONS_00061208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10536bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_354:912117..922652- (Clytia hemisphaerica)
ATCCATCCCAAAAGTGTTTCTGATGCTTCAAGCAGAATGAATCTAAGGTC TATGTGAGGCGATATCAAAGGTATGTTTTTTAGGTTTGGGTATGTTTAGC GGCGAAAATATTTGGTAATGACTCCAAAAGCATTACATGTTAGCGTCAGA ATAACCTGAACGCGTCAATTTCTTTGCGATCAATTTCAATCATTATTGGT TGTAATGATTATGTAATTTTTTTGGAATGATTACGTAATGTTTTCATTGC TAATTTTTGGACGCCTTTTAAAAAAGGTTCTGAAGTCCTATTTTTATCTT TTTTCTACCATTTTTGAATAAACTTAGCGTCAAAATGTACCGTGGTGTAA CAGGTTTTTGTAGCTAGTTGTAGCATTGCTGTTAATTTGATACTAGAAAT TGTAAACTGTTTGTTTATGTAAGTAGTTTTGCACACGGGAATAATAGCAA TGCATGCTTTTAGCTTGTCTGAACGTTGTTGTTATAAATGGTTGTAATGT AGCTCGATGCTTTAATCTAGCCAGTTTGATCGAAATCTTTCATCAAAATC AAAGTATAGTTATTAAAACTAAGAGGTTTTTAAAATATTCATTGCGTAAT CCTTTTATAAAAAACGCCAAAAGCACAAGGGATTTACCATTAGTTTAATT GTTTTAATTTGGAGCAAGTGGCAAAAAACCCGGTTTCTTTCGGCTGTTCC TGTACTCAGGTTTGTTCGCCATCTCTTATCAAACTTATGATTTTCTTTCA ATTATTTTTGTTTAGATTTTCATAGAAAAATTATGCGACTTTTACCACTC TTATGTCTTATGGTCTTTATTCCATGTGTATTTTGCCGAACAAAAGACTG GCTTATCAATGACATCACTACCCCTTCTGATTGGCTGAAAAACGAAGATG GTAGCTATACATTGACCAATGGGCTAATCAGTAGAACCTTTTCTACAAGC 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AAGTCGCTGGCTCTTTTCAGCCGTTACTTAACGTCTCTAATAGTGTGCCA GTACCAGTGGTAAGCGTTGGGAAAGACGGTTACACATCATTTAAAGTGAA CGAACTTATACACTGCTCTGAAGATCCTACACGAAAATCGCTATCTAAGA ATCGACTTTTGAAGCTTTTGGCACCTCATGTTCAAGAGAATCCGATTTTT TTTCACATGACTGACTCGAGAAGTGAACAGTTTCGCGCGACTGTTGACCA ATTAGCTGAAGTGGGGTTTGAAATGATTATCTATAGTTTTGGGAGTGGCC TTTATATGGAGGAGGAGAACGAAACTTATTTGGATGGTGTTCGTAAAGAT GTAGCGTACGCTAACAGTAAAGGAATGGAGGTAGGTTTGTATTTTTTTTC TCTCGAAAGCTTCTTAACGCTCACTATTCAGGATATCTCTATTCATTCAT ATCTCTGATTTTACGTCACTTACAACCAATCACCTATTGGGTCTGTGATG TATGTCAGAAGACATTGCAGTGGTGTATATTATGAATTAGAAAACATTAA CTCAATGAACTATACTATGATTTATAGGGATCAGGACTCTTCAGGTTTGT CTGGGACTGGGATATTTACACAATATTCATTGGGGGAGACTTATTCTGAC TTATTCAAACTTTTCCAAGCATAAATTTTAACAGCCAACTATGTGTCCAC TTTCTGCCTACTCTAACAATTAGAATAGGCAGGGCAGAAAGTCGGCCGTC TAAACTAGAGCTTAAGATCCAGATAAAAAAAATCACCATCCAGTCTTTAG AAAAAGCTTTCAGTGGACCCCGGTTTATTATCAACCTTGAAAGCGCTAGG CGACTGGGTTCGACTTTACCAGGAAGCAATGATGTCAGAATCTTTACATT GGCATTCTTATAGACTAAGAATTTTAACCATGGCGTTCTATATTTCCTTG 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TGATCCGTGAGGGTTTAATAGCTGACAAAGGGCGCTCTTTACCATCCAGT TGGTGTTTTTCGATATCTCCAGGTAAGGGACTTTTGGTTGTCACTAGAGA CTGTTCGCTGTTTTTAACAGACACGTGATCCGATTGAGATATGTCGGTCA CTTCAAATGCTGAATCTTGTGAGGGTGAGATTTCAACTTTTAAAGGGTGT GTAGTGTTCGGATTGACCAATGAGCTCTCATCTTGCTCTGACATAATAGG TAATCCTAATCCGTGTATCCCGGCTTGACTTGCATTGTTTCGTCTAAAAC GACTCTCAAACACTGGAATCTTACTTCCAGTATTACAACCACTAAGCCAT TTAAAAACTTTATCAGAAGAGCTGATACGCCCAGGTGATGTCAACTGGCT TTTGATAGGCATTGGAATACGACATGGTAACGAAAGAGTTTTTAATAGTT TAATGTCTTTTCTGACGTCTTCCGTAGTCTTAGAGCCACGGACTCTAATT TGCTTTGTATCGTCTTTATGTAGAGCAGCGTATTTGCCTCCGTATCCCGA AGACTTGACGTCCGATAGGCTCTTATTGATACTTTCATTTGGTGTAGTAG ATGAGACGGAGCTTGACTTGACGGGACCAAAACAACAGTGTGACTTCATT AAGAATTTGCTGCTGTGCGATAAGCTGTTCTCTCTGGGTACTCCCGACGC TGAGGTAGGCCTACTTGTTGATGAGTTTGGACGTACCTTAGATTGGAGAC TTTGCGTTTTTTGTTTGTGCTTTGTCTTCTTTACTGGTTCCAGGCTAGTC TCCTCTACATCAGGATTAGTCTGGCAGTTGTCGTGCTGCTGAGAGTTTGA GCTAGTTGATTTACTTTTAGTAGCTTTCTTTTTGGTTTGAAAAGCTTTTT TCAGATAAACCTTCTCTCCAATTTTGATTGGTATTGCCTTTTGACGTTTA 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_354:912117..922652-

>TCONS_00061208 ID=TCONS_00061208|Name=TCONS_00061208|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=12978bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_354:912117..922652- (Clytia hemisphaerica)
GACTAGGTTACAATGAGAATCAATATAGTCTACCTCGTTGGATGGACCTT
GGTATCAGTCGGCAAACTGTTTTTGACCGTGTGTACTCAGTACCGCCAAC
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TCTACAAGAAATATCGAGCATTAGTTACGAGTGATATAATTCGAATTACG
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TGAAGACGATAAAGCCTTAGTAATGGTTTTTAATCCAACCGCTGAAAAAA
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AGTCACGTGTACTTTAGTTTCGATTGAGCTTTTAGCTGTCAATCAACCAT
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ATCAATGACATCACTACCCCTTCTGATTGGCTGAAAAACGAAGATGGTAG
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Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.422421 0.372426 0.173727 0.167948 0.081298 0.0546226 1.34109 1.35375 2.08088 1.44521 2.58053 2.04636 4.34599 4.0198 4.3734 8.97682 1.47025 1.98153 3.9572 2.74318 3.86878 4.22108 2.52053 2.67313 1.98109 1.56011 0.466845 0.744522 14.4963 13.8811
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00061208 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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