TCONS_00060998 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00060998
Unique Name	TCONS_00060998
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2713

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_352:98635..111457+

transcript sequence

>TCONS_00060998 ID=TCONS_00060998|Name=TCONS_00060998|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2713bp
CCCCTTCTCACCTTCTCTATCTTATCCTTTTTCGCGGTTTAGAGACTGGG
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TATGTTCGCGGAGGATGTCGATTTCTGGCATATACCTGTGTCTGTGGAAG
TGGTACAAACTCGGCAACATTGCATTATGGACATGCAGGTGCGCCTAATG
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GTTTACAGAACAGCAGAAGGGAATTTATAATGCGGTTTTGAAATCGAGTC
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CCAAGGAGATGTCGATGAAATGATGAAAGTTCGTTTAGGTGCTGTCTTCA
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GGATACCCTGATGGCGACAAAGAACACAGACCAAAGGAAGAAGGATTAAA
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AACCTGGAATTTACTTTATTGAACAGTGGATTCGACGTGCACTTGCCAAC
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TTTCGGTGGGGTGAGAATCGAAGACGACATAGCGGTGACAGAGGAAGGGT
GTGAACTGATGACCAATGTTCCCAGGACTGTCGAAGAAATTGAATCACTC
ATGGCTGAAGGACGCCAATCCAACGTCAAAGTTATGTTTTAAGTCTGTTT
GATGATAAATATCTTAAACTTCACGTGCGCCGAAAACACCGACCATCATA
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GTGTTTTTCAGATCTGGATCGTGGATGGTTGTAATTACCTGTTTTTTTTA
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TGGTACGGAATATTCCTTATCTAGAAATCATATTTCCATACTTCCACACA
TGGGGGTGTTTCTTCCGATGGATGTGCATTTTGAATAATTCATGTTGTAT
GTGTAGCATAGGGTTTTAGGGTGTGTTAGACAATTGAATAAGGCCGACAC
CCTTTCTTTTTGGTTAAGTCTATTGTTGTTTCATTAAAACTGTAAAGAAC
GACAAAACAAAAACTTCGTCCTAATAAAAAGGAACCTAAAAACATTTTGT
ATTGCTTGCGgctttttttaaacaagaaTAACTCTAAAAGGAAATAGGGT
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actgatgaactaaactcaaaaactaaaactttaccataaatttacattac
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tccacacggtttt

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_352:98635..111457+

Legend: exon

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>TCONS_00060998 ID=TCONS_00060998|Name=TCONS_00060998|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12823bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_352:98635..111457+ (Clytia hemisphaerica)
CCCCTTCTCACCTTCTCTATCTTATCCTTTTTCGCGGTTTAGAGACTGGG
GCTAGGCTTGTCATGTGATACTTTTCTCGGAAcgtcaacaaaaacaaaca
ggaCGGCTGCAAAAGCGAAAGGTCTTTCTGATCGCATGACTCTCGTTCGT
TGGGAAAACTCCAAACatcaaaatactttttcatctttttcttgCAAAGT
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cattacccccgtcttttgccagttcgatTTGTCGatatccgtcttctaat
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ttctgctgggcTACatattattcaacagggtggcctctttgaaaaaaggt
ctattccgacaccctttttatcagctgaaattgatagaaaggttgaaact
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AACTTCGCATTCCCATGCAAATGGTTCTagcaaagtgtttttttttttac
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TTGACACTTTGACAGGGTATACTGTTTTGCTTTTCCAGAATAGAGCTACT
ACCAGTATCATATtccaatcaatttttttcattcaaggAATCATACTTTC
ACTGGGCATTTGGATGTCGAGAGCCAGACTGTTATGGTGCAATTGAAGTT
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TGTTTGGATGGGACAGTATGAGATTTTGTTTCTATCATCTTTTTATATAT
AGCACTTAAAATAATGGTGGGACATGggcattgtccgacccaaatagctC
CTTGTCCAACCCTAgaattataatttttataattttctctAATCAGACAT
TTTTTGCGATCActtatttttttaagcttatgagtTATTCCAAGCCATCT
TTATATTAATGAGCATAGAATTTCTAATAGACAGACTATTTGGATTAAGA
AAAAGTATGATATAATATACATTATTGAATCTGAAAATCTAGTTCCACTG
TTTGTTTTCTAGAATCCATCcaaaagaacattttcagaaGCTCTATGAAG
TAGATGAAGTTTATTTTACAAACGAGGTAtgcctttcaattttttgagaa
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ACCAGAAAAAAACCTTTTATACGCTTTCTACATGAATGAAATAATGACAT
CATTTTGATAAATCATTGCCTTGTCTTTAGATTGCCAAAGTTCTTGAAGA
TAAAAAACCGAAAACACTATTAACATTGGTAAGAAAAATTGATCTCAGTT
AAATCAACTCCCAAAGATCTCCAAAAATCTTCATTGATTCACTATTCAAA
ATATGATCTGTTAACTACACCAAGAATGGATTAAAGGATTTCTTGTGGGA
AATTACTCCAAAATCAAAGCATTTGCTAAGATTCTTATAAGTGATTACTA
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AGTGAAATCTGGTCAGTAAATTGAATAAAAGCATTCTTAGTTAACATTTT
TTACCAGCGTTTTTACTGGTAAAATGCTACATTGGGTACCCATAGGTGCA
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TTTAATGATTTTTCGACACTGTAGTACCCTTTTATGCTGGAAGAACATAC
CCATTTACCCATTGCTATACGTTTTCCCAGGCAAACCCTTAGGTTTAAGG
CAGTTTTTAAGCTTTAAATTAAAGATAAAGTGGCTGTAGCTTGGGGAAAG
AGCATCCAGCTACAGTACACAACCACAGATATCTGTAAAGCccgaagggc
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TTACACCTCAGACATCACTTGTTCTTTCCCAGCAAATGGAAAGTTTACAG
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TTGAACAGCGTAAAACCAGGTAATAACTCTCTTCCTAAGTTAAACTGTTT
GGCTCTTATAATCAAAGAGCAAATGTGATTTAAATGAAGGGAGGGTTTAG
CTATAGGGATATAATATGATACACTAGAGTCTTCATAaatcgaacctcta
taattcgaatatctccttaactcgaaaaagtgaTCCCTTCAGTTACCagt
ctccgtaactcgaaatttccaaaattcaaacaaattcgTTTTCCCCATGC
tcgtttgagttatggagacgcCACTGTATATGAACATAATATGGAATAGG
CTAGCAGAGTTAAgaccctaaaatagcttttaataTACCCAGGGTCGTTG
TTGTTGgatgatttttgaagattttttgcaTGTGCAAGTCATGATACGGT
CAATTGATGTTTTGTAACATTAAAGTGTATTAAAAGTGTATTAAGAATCT
CTTTGGCTATAGaggtcccggggggggggggggtactaggttttgCGAGG
TTTGCtaataattgaaaaaatatatcataTGTCTGAGCGAAATTTCTAAA
ATCGATCCTTTGAGAACTGAATTTCGATGTTTATGCCTCTCTTTGAGaaa
ctattttttcaatttgtaGCTCAAAATAACCAgattttatgaccctttga
gggagtcgatttttgatatttcataattttggaccctttcagagacttaa
ttgctcgcacatacccgacatCCCCCCCCGGGTAGAGGTTTTTCAGGTTG
ACAAAGTTACGTAGTTACCATTATGgaagaaaacattgattttttCGCAA
GGAGTTGTCTCtacaaattcgaaaaatgttacacgtttttttaagaacat
ccaaattttttgaagccttcggatgttcttaactttttgagttttaagcc
atgttttatgttcttatttttgtcattttgtgagtattttagtccaattt
cctaagaaattggtcgtttagagtccgcaaaaccttaaaatgttctaagt
tgttcttaatattttggccatcaaagtctaatgttcttatatagtttgtt
cttgtaaaaaaaatgtgttattTTTCTAAGGGGTCAGTTGGAAAGAAATG
CACTTACTTGCCGACAAAACAAACTTGGAAGAGATGAAGAAACTTGGAAT
CGTCCAAGGAGATGTCGATGAAATGATGAAAGTTCGTTTAGGTGCTGTCT
TCATGCCTCATGGCTTGGGACATTTTATGGGCTGTGATGTCCATGATGTT
CATGGATACCCTGATGTAAGTTTTCTATAGAAAAGGTTGTTAAAATTGTT
TGAGATATCAAGACAAAATAAAGGGTAACGGTCTGTCTTCATGCCTCATG
GTTTGGGTCATTTTATGGGCTACGATGTCCATGATGTTCATGGATACCCC
GATGTAAGTTTCCTATagaaaaaactgttaaaatagtTTGGGATATCGAG
ACAAAATAAAGAATTAAATTCTGTTTGAGAATTGTTGCTCTGTATCAAAG
TTCAGGTTATTTTATGGGCTGTGTTAACCACGATGTTCATGGTTACCCTG
ATGTAAGTTTCCTATAGAAAAGTCTGCTAAAATTGTTAGGGATATTGAGA
CAAAACAAAGGATAGTAGTATGTTTGGAAATTTCGTCACGGTTTGGGTCA
TTTTACGGGCTGGGATATCCGTGATGTTCATGGGTACCATGATGTAACTT
TCCTATAGAAGAGACTGTTAAGATATATCAAGACAAATCAAAGAATGAGA
GTCTGTTTGAGAATTTTGCTCTGCATCACGGTTTTGATTATTTGATGGGG
TGTTGAGTAATACAACTCTAAATCAATTAAAGCATTATGCTGCTCTGGGC
TACTTTAGATAAtgtttcacctttcaaagttttCTTCTTGGCTTAGATTT
TAAGCATAGATTTCCAGAAGTATCGTCAGTCATGTGGTGATATCTCGATA
ATTATTCACAGAATATTTGATTTATCCACCACAGGGCGACAAAGAACACA
GACCAAAGGAAGAAGGATTAAAAAGTTTACGAACAACACGTACTTTACAA
CAAAGCATGGTTCTCACCATCGAACCTGGAATTTACTTTATTGAACAGGT
ACAATGGAATTCTAGTGTAAAAAAGCTCTTATCAACTCGAAAGGATTGTA
TGTACGAAGGCTGTCAACATCCCTCTAATGCGTTTTGttataaaatcttt
ttcaagaATAAACACAGCCTAGGTTTACGAACGTAAATTTCGTTAACCTC
CAATAATTTACTGtgcaatttaaaaaatcttggccaaaagttttataaaa
acattggCCTCgactaaaaaaaaacttaaaaagctAATTTTGAAAACACT
TCCAGCTTTTCAAAGTAGTTTAGTCAACATAGGTCTATtgtgagaacatt
ttaagaaaatgttAGCCTGCATTTATAGCCTATTATTATACAAATCAATa
actaaaattgttcttcttctttttccagTGGATTCGACGTGCACTTGCCA
ACCCAGCTCAAGCTTGTTTCATTGTACAAAATGTCGTGGAGCAATACTTT
AATTTCGGTGGGGTAAGGATCATTTCGTTCATTGATATCGGGGGGTATAG
TCTGGTCCGGTCAATTTGTAATTTAAGCTAGTTGCTTAAGTTTGTACTTC
TATATTATGTGTGGTTTCAGTTCAACCTCAAATTAAGTCGAATCAGGATg
cgaaagtttttgaaattcacCTGGCTAGACACAACCCTAAGAggattcat
tttcaaattttcatttttgtgaaatttatcctggtgaaaatttaaaatca
ggattttttgccaaaactcGTATGAGAATTAAAGAAATTAggtgaaaaag
aggctgattcgcaaaattttgtCAACGCGAAAAGTTTAGTTCTTCGATTC
GCGAAAAAAGGTTCGTGCGAAAATCTATTCACTTAGATAAAACAATTACC
TTACTATATCTCATTAACAGGTGAGAATCGAAGACGACATAGCGGTGACA
GAGGAAGGGTGTGAACTGATGACCAATGTTCCCAGGACTGTCGAAGAAAT
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GACCATCATAATCAAGCAAATTCGACGTTCCTGGATCAGTGATAACTGTT
GAAATGCGGTTTATTTGACTTAAAACTGGTTAGATATAAGGTACTTTCTC
TGGGTTAAGCTGGAGTCAAAGCTACCAAGAAAAAAAAGGATAGCTTTCTA
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tttacattacgacaatttaaaaatctatctttaatagcaacaaagaaata
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aggtatagagctttcaaaatttgaaaacagacactgcattggttactaca
agacatactatccacacggtttt

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_038294	XLOC_038294	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_352	supercontig	scaffold_352:98635..111457 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2.54818e-10	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00060998 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PEPD (Xaa-Pro dipeptidase OS=Homo sapiens GN=PEPD PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 369.007 bits (946), Expect = 1.045e-116
Identity = 170/259 (65.64%), Postives = 209/259 (80.69%), Query Frame = 2

Query:  980 SLFQHYCYVRGGCRFLAYTCVCGSGTNSATLHYGHAGAPNDKLIQDGDMCLFDMGGEYYCYTSDITCSFPANGKFTEQQKGIYNAVLKSSRAVLNSVKPGVSWKEMHLLADKTNLEEMKKLGIVQGDVDEMMKVRLGAVFMPHGLGHFMGCDVHDVHGYPDGDKEHRPKEEGLKSLRTTRTLQQSMVLTIEPGIYFIEQWIRRALANPAQACFIVQNVVEQYFNFGGVRIEDDIAVTEEGCELMTNVPRTVEEIESLMA 1756
            SLF+HYCY RGG R  +YTC+CGSG NSA LHYGHAGAPND+ IQ+GDMCLFDMGGEYYC+ SDITCSFPANGKFT  QK +Y AVL+SSRAV+ ++KPGV W +MH LAD+ +LEE+  +GI+ G VD M++  LGAVFMPHGLGHF+G DVHDV GYP+G +  R  E GL+SLRT R LQ  MVLT+EPGIYFI+  +  ALA+PA+A F+ + V++++  FGGVRIE+D+ VT+ G EL+T VPRTVEEIE+ MA
Sbjct:  224 SLFEHYCYSRGGMRHSSYTCICGSGENSAVLHYGHAGAPNDRTIQNGDMCLFDMGGEYYCFASDITCSFPANGKFTADQKAVYEAVLRSSRAVMGAMKPGVWWPDMHRLADRIHLEELAHMGILSGSVDAMVQAHLGAVFMPHGLGHFLGIDVHDVGGYPEGVE--RIDEPGLRSLRTARHLQPGMVLTVEPGIYFIDHLLDEALADPARASFLNREVLQRFRGFGGVRIEEDVVVTDSGIELLTCVPRTVEEIEACMA 480

HSP 2 Score: 302.753 bits (774), Expect = 8.174e-92
Identity = 143/243 (58.85%), Postives = 176/243 (72.43%), Query Frame = 1

Query:  217 ASSSDHHMGQETMKVSRKLHGMNRDRLVTELRNDENTKSG-IVVIQGGESETLHSSDREVAFRQESYFHWAFGCREPDCYGAIEVDTGRCILFVPELPQEYIVWMGQIHPKEHFQKLYEVDEVYFTNEIAKVLEDKKPKTLLTLRGRNTDSGKYTKEAAFDGISNFTVNNEILFPVMSECRVFKTEYELDVIRYANKISSEAHKEVMKHIRPGMTEYQLESLFQHYCYARGGCRFVSYTCICG 942
            A+     +G ET+KV   L  +NR RL   LR +   ++G IVV+QGGE    + +D  V FRQES+FHWAFG  EP CYG I+VDTG+  LFVP LP  +  WMG+IH KEHF++ Y VD+V + +EIA VL  +KP  LLTLRG NTDSG   +EA+FDGIS F VNN IL P + ECRVFKT+ EL+V+RY NKISSEAH+EVMK ++ GM EY+LESLF+HYCY+RGG R  SYTCICG
Sbjct:    4 ATGPSFWLGNETLKVPLALFALNRQRLCERLRKNPAVQAGSIVVLQGGEETQRYCTDTGVLFRQESFFHWAFGVTEPGCYGVIDVDTGKSTLFVPRLPASHATWMGKIHSKEHFKEKYAVDDVQYVDEIASVLTSQKPSVLLTLRGVNTDSGSVCREASFDGISKFEVNNTILHPEIVECRVFKTDMELEVLRYTNKISSEAHREVMKAVKVGMKEYELESLFEHYCYSRGGMRHSSYTCICG 246

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00060998 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00060998 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PEPD	1.045e-116	65.64	Xaa-Pro dipeptidase OS=Homo sapiens GN=PEPD PE=1 S...	[more]

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TCONS_00060998 (transcript) - C. hemisphaerica