TCONS_00059337 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00059337
Unique NameTCONS_00059337
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3274

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_326:217444..256910+

Legend: exon
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>TCONS_00059337 ID=TCONS_00059337|Name=TCONS_00059337|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=39467bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_326:217444..256910+ (Clytia hemisphaerica)
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TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1575043694:251867..251973TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1575043694:251867..251973Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:252540..252608TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:252540..252608Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1510915933:252540..252608TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1510915933:252540..252608Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:253747..253950TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:253747..253950Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1510915933:253747..253950TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1510915933:253747..253950Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:254353..254418TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:254353..254418Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:255641..256910TCONS_00059337-exon-scaffold_326-1491911889:255641..256910Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_326supercontigscaffold_326:217444..256910 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 3.49005e-08 0.329683 0.000258869 0.00111083 0.000689488 0.000775631 0 0 0 0 3.84381 3.86384 7.21762e-06 2.59063e-08 4.21149 1.67511 11.4012 0.0515384 0.00151665 6.16667 0.362243 0.0006316 0.0165475 0.000283948 0 3.88658e-05 1.03343e-06 0.000208477
Blast
BLAST of TCONS_00059337 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RAI14 (Ankycorbin OS=Homo sapiens GN=RAI14 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 163.696 bits (413), Expect = 6.534e-41
Identity = 88/228 (38.60%), Postives = 128/228 (56.14%), Query Frame = 1
Query:   40 MKRLKGKFRLSSTTSLPATVVLDEWTKYDERLIDAAYKSDRERIKETIRKKGASPVKVSRDGQTALHISVKKGMLDCVEFMLAENPDLSTIDLQGRTVYHIAASKGDPVMLKKLLDYSRWCLEVKDTKEMTALHYAVASGENECVKLLINNNSPVDLRDGEGRTPLLTAIMNGYEKIAMTLVLHGVDVNAPDYKERTPIFMACIQGMRDVVALLISKGADSKLVDAEG 723
            MK LK KFR S T         +EW K D+RL+ A    D E++   + KKGAS  K   +G+TA H++  KG ++C+  M+    D++  D  G +  H+AA       ++KLL  S+   E  D+   TALHYA A G  + V++L  + SP++L+D +G  PLL A+ NG+ +I   L+ HG DVN+ +   RT + +AC  G  + V  LI KGAD  LVD+ G
Sbjct:    1 MKSLKAKFRKSDT---------NEWNKNDDRLLQAVENGDAEKVASLLGKKGASATKHDSEGKTAFHLAAAKGHVECLRVMITHGVDVTAQDTTGHSALHLAAKNSHHECIRKLLQ-SKCPAESVDSSGKTALHYAAAQGCLQAVQILCEHKSPINLKDLDGNIPLLLAVQNGHSEICHFLLDHGADVNSRNKSGRTALMLACEIGSSNAVEALIKKGADLNLVDSLG 218          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00059337 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
RAI146.534e-4138.60Ankycorbin OS=Homo sapiens GN=RAI14 PE=1 SV=2[more]
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