TCONS_00058565 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00058565
Unique NameTCONS_00058565
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length718

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00058565 ID=TCONS_00058565|Name=TCONS_00058565|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=718bp
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TATTAGATTAGATCCAGC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_311:1063701..1076423-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00058565 ID=TCONS_00058565|Name=TCONS_00058565|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12723bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_311:1063701..1076423- (Clytia hemisphaerica)
AATGTATTGGTTGGTGAATCGTTGCAAATCATTTTGTAAGGTGTGTGCTA ATGTCTACCTTTTTTTCAAAATACATACTGTTTGACTTGGAAATTCTAGC TGCGTGAAAAATGTCTCCTGCGCAACAGACCTTTCTGATCCGAGAAATTA AATTCCATAAAAAAAGCGAAATTTCAAGGTAGTAGCCTGCCTGTCACTGT CACTTGCTCCCTGTCGCGATGCGCTACTGTTGGGAGGAGTTATCAGAACT TTGGCAACAGTGCAGAGTACCTTCTTTTACACCTCAAACGTCTCTCTAGG TGTTTCTGTTTAGGTTCCTATAATCACAAACATTCAAATTCTGCTCTCGC AAAGAGGTCATAACTTTCTGAAATTTTGACCAAGTTCGGCGAAAACTTTT TTCTCTATTATAAGGATCGATTTTCGACATGGACATTCGCGTTACATTGT ATTACGCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCATCCATTCGGAGGAAAAATCA TGAATTTCAAGGAATGCGTTCTCAGCCGTCAAGCAAAAGGGTCTACCGGT ATAGTCACCACAAAATTTACCACAGATTCATTCTTCATACGCAGGCAATC AATAGCCTTGCAAAATGTCAAAAAAAGAGGTTTTTCGCCGACGGATCCAG ATTAAACGCAATACAAACCCGTTGACGTAAGGTTTTCTTGCAGCGACAGC AATAACTGTCACTCATCAGTGGTTAGATTTGTATACCGTCACTTCCCGGT AATGAAAAAAAATAAAAGAAAAATATGTGGAAAATATTGTTGTTAAGAAA GAAACTTAAAAGAAATGAAAGTGAATTTATTTACAAAGGAAAACCACCCA AGTTTTTGACATTTCTAATGAACGATAATTACCCTTAAAAGTAGATTTAG CGGTTCTATTGATCTGTTTTTAATCAAACTCTACAATGACGTCATCAAAT 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TCTTGGAATCAAGGAAACTGATCTATAAAATCTTCCATTAGATCGAATCT TGTTTCCTTTCAAGTCTCTCTTGGACGGTCCTTGTTTTGATGTTTTGTTT TTATCTTCGGCGGCAATCTAGAACAGTCGGTTACTCTAATGAAAAAAAAA GAATACTAATGAGAAATTTGCATTGCAATCGAAGGTCCTAATCTAGGTCT TTCCATTTGGGTCCCCGAAATTCTTATCAATTCCTCTTAAATTAAAAACT CAGACATAACATTGAGAGATAACGCTTACCGCCCTCTTATATTAGAGTGG TCGAAGAATGAAGGAAAGTTTGCGCTTTTCTGAGATGGTACTTTGACCAG GTTGATGAAGTTTGAGAAATTTGACCATCTTGCCAGTTTTGGTCCGGATG TTCTTTTATCAGTACAAAATATGGTAGAGTTATACGTATATCATGACTTA GTAGCTAAACAATTTCAGTCATTTTATTGCCTTTAGGTTTTACCGACTGT TATCAACAAACTTTATGCATCCCTGTTAATTTTGTGTCGAAACCTGTTTG TCTATAAACTTTTGAATGTTTGCGGACGTCATTCGCTGTCATTTTCAAAT TTAATGTTTTTGTTTTTAAAAAATGGTTTTCGGCAAAAAACATCATCTTC AAAGACACACAAGGAACAAAATGAAAAAAGCATTTTTTGCGTCTCACTCA TATTTTAGTGTTTCTCTAAAAACAATCTGTTTAAATGACGTCTGTGCCTT ATATTATTGTTTGGATATACTAATTATCATAATCTTGTGCGTTGACATCA AAATAAATAGATTTTCCAACAATACACCTTACGCAGATCGAAATTTTAGT TTTGTAAAAAAAAAATGTGACTCAAAAATGTCAAAAATAAGAACAATTTA AGAACAAATTAAGGACCTGAGCCTGGAACGACTGAATTTTAAACAAATTA 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CCAGTAGTGGCAAATTTTATACAATTTACTTCAATTTGCCACTACTGGCT AAAACCGGGGTATTTTAGTAGAAAACATTACGTCATGAATATCATGAATT TGTATTATCATAAATGTGTGGCGTGCAAATAGAAATAAGTCTTAGTGTGC TACCATTATTGATGTTAAAAATATTATGTGGACATTATTGCTTAGCATGT AAGGATAGATGCGCTGAATGAATCGATTTAATCGGGTAACATTTCGTTGG TTTTAGTAAGGATATGGGACGGGGCTAATCTAAAGAATCCTACATTTACT AAAGATAGACAAAAGAACGACAAATCCGCCGTCCACAGCCCCGACGCGGT TAATTTGTCCACCCCAGTGTTTCGATTCATCTCTGTATATTACGAAGATT AAACCACTTATGGTTAAAGAACGACAAATTACGCATGCGTGTTACAATGC AGGATTCTTTACAGGAACAGATAGACTATAGAGTCTACTTTTGGCTGAAC TTTGCTTTTTGATAATTTATTATGACGCTGATTCCAGTGAATCGCGCCAT CCAGTCTATAAAAAAAGATTTAAGTGGACCTCGGGCTAAGGAAAAGACTG ATAGGTCCGAGGGCTTCATTTTCTGACCCGACTTCTTAGCCTTATAGCGA TGATTTGATTGCAACTTACTTGAAGTGCATACGTGATTACCCTCTTATCC ACCACTTGTCGGCTCTTCCTTGTCACATATCATGGGTTGGCTTTTAAGTT GCGTGGGCCTTAGGGTTGATATGTCACTTAGTGGTATGTTTCTTGATTGT TTTCTTTTGACTTGTATTATCTGGGTTCACAATTTTTGGTATTTTTACAG TATCTGCTCGCTTGTCAATAAAAGGTGGTACTAATTTCAAATGGTTTTCA TTTGTCGAGCTACAGCGGACTTTGATAGATTGGATCATCTAAAAGATAAT GACTCCATGTATAAACGGATTATAATTCTTTTGTTTAGTAGCTGTCAATT ATTTTGTTTGTTTTAGGGTTTTTTGGTCAGCTTTTCCCGTTGATTGACGT AATAAGTTCTACAGTTTTGTTGTTAAACTTTCTGAAATGCCTGAGAACTT TTTCCAGTATTGCACTTTAAAAAGATCTAATCAAAATACTGGCTTTTGTT GGAAGTAAAATCCGTAATTTTTCGGCATCATATACTTGTAAAGCGAATAT GAAATTAGAAAGTGGTTTAAAAGTTGTTATAACATATCTTTAAGAGCTAT TAGAAACATTATTAACTCTCTTCTGTCCAATATTGACCATCGATCAATCA AAACTTTCAAAGATTTTAATGAGGCTGGCTTATCCCCTAGTATGTTTGTA GTTCAAGTTTAGTTCAAGTTTGGCGAAGGTGGTGGCTGTTGCTACATCGT TTTTCCTATACTAAGGTAGTGGTTAAGCCGCTTTGCGGCTGTAGTTTTGT TTAGTTTTTTTTCTTTCAGATATGCTGTCTCAATGATGTAATATGGTTGC AAGACATTGCATTGATGCTATATTCAAAATACTCAAAAAATTATAAAAGT TACAGTATGAGATGAGCTTGATTTAGATACATTTATGTGTGTCTTTTCGT TATTATTTGGCACGTAATCAGATCAAATGGAGGGTAATTACGGAACATTA CAACTTCTTAAATGATTGAACAGCAGGACATCAAAAAAGCCGAAACTTTT TGTCTTCCGTCATGATCTGCAATAGCCGTTCCTTAAAACTGGCTGAAGGA AATTTCAGATAATTACTTTTGTCTCATTTTTTATCTTTTCTTCTTTTTTA TTTTTTGAAGAGCAGTGTTTTTCTGATTTCCGATGTCGTCCTTGTCATCT ATATCCACCACTATATCTTTATCGAGTTTTTTTCTTTATTTTTTTTTTGA AAAATACAATAAGAAACATTGTTAAAAGTTATTCAATCTACCCTTTGTTC CTTTGTTTTTAAACTCTTAAAAACCATGCATACATATATAAATATAATCA ATGGATCTTGCAGACAATTTCTAAGTTCGATGCTACCGCTACAAATTAAC TTTACCTTTGGAAAATGAAAGTTCAATCATAGATATTAGGAGCGATCTTA ATCTGCGATTCTAGTAAGACTTTGAGGAAGCCAATGCCGACATTTCGAAT GTGTTTGAGCTGTCTAAGCCTATCAATACCCGCTGTGGAGTAATATATTG GTATAGCGGCCGCGCTTTCGTTTTAGAAGCTTTAGAACAGTGAATTTCAA ATACGGACACATTGTAAATTAGAGAGGAGCTACGCGATAAGTGCAACTCT ATAATGTCGCTTTTTTTGCTTTGATCAATTGTTACAGAAGTTTATTACAA ATTTGATATTTCTTGTTTGATCTTCTCTTGTAAAAGTTATTTCTTCAAAA GAGAAAGGTTAGTGCGCGTCGTATAAATGCATCTTTTTGTGAGGTGTAGC AATTAGTTTGACACTAAGTTGTTTATTTCAGTCATTTTCTCTGTTATTTT CCAGACAATAATTAGTTTTTTATTGTTCTTTTAGATAGCTAATTAGAGAG GTCGTAAAAAGGAACAAAAGGTCAAGAATTTAATAGTTGGTTTTGATGAC TTGGCCCACCGTCAGAGTCAAAGTAGATCAATTTTTAGAGGCAGTCAGTC TTTACATCGGCTTATAGAGAACCACTTTAGGATTGTCCGGTTTAATGTGC CATTAAAAGTAATCTATATCAATTAGGCTAATTAATTGAGCTGAGATATA CAGTATAGCGCTGTGATCGTTTTACCATTTGTACAGGGCGGTAAAGTCTG TGTAGTCATAGATCCAATGTAATATGCTCTTTACGTGAAAATTCTGATAT CTCTGTAAAAGCTATTGTATTGTCTAGCATATTATCAAATTATAAAACTC ATCTGCAGCTATATGATTATCGTCCCTATATATTGATTTTATCTTTCATT TCAGGCTGACAATATACATTTGAAAACATTCAACGATAGACGCAACAACG ATAACAACAATAGTAAAAAATCATGAAGATGCAAACGCTATTGAACACAA CTATCACCATTTTGGCTTTGTTTTGTACAGTCATTGTCTGTATACCAGTA CCTACCGGTGACTCCAGCGCTGGAGAACGTTGCTGGGAAGTAACCACAAC AGTAACTCGATCAATTCCTGGTACCAACTGCGCACGCGTGGATGTCCCTA CCAAAGGATGCAGTGGACTTTGTAATTCATTTTATTTTCCAACCATGGAT GGTGCTATCCAAGTCTGTAGAAGATGTCAACCGACTTGGTCACTCAAAAA CGAGACTGTAGCTTGTGTTCAAGGTGGTAATAGTGTTATAATGGTTGTTG AACTTGAAACGAAGCTAGAAAGTTGTGATTGCCAACAAATCGATTGTAAC GGTCGGAGATGAAAGGATGGCGGCGTTGTGGTTTGATTTCTCTATAAGTA AAAAAGAGTTATTTTATGGTGGTAAAATGATGCCAAATGCTACTGTCACT GGTGTGGTGTATCGCAGCTTACCTAGTTAGTAGTACGATACAAAGATATC GTGAGGATATTAACAAACGCAATGTCTACGATGTAAAACCTTTACTACTG ATGGGCGTCGAGAACACTAATGGATAACCGACACATCCTAAAAAGCTGCT TCCAAAACGATTCAGATACCAAGCTAGCTGTTTACAGGGAAAGGACTATC CCCTGAGAAAAACACGTAAAACATGACTGGTTACGATTGAATAAGTTCAG CACAGGCATTTTGCCTAATCCTAATTTTTCTATTATTTGACAAAATGATT 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CATAGAATTCAGCTACTGAACCTCAGACTATGCGTTTTTAAAGAATTCCC CCACTACAGTAATGCTAACGACAATCTTAGTTCTTGAGTGTAAGATGAGA GGTGTAACGAGTACAATTTGCGCTTGGTAAGATCTTACTGGGGTTTAAAA CCGTGCAGATTTTCGTCGGTCTCACATTCCCTTATGAAAAAGTAAAGGAT CAACCTAATTGTGAAGTCATGCACGTTTTTTTGTTACCACAACCTATTAA AAAAGGCTGAGCCTTAATGTACTTGTTTTTGTGTGCCTTAAATGTTTTTA TTGAAGTTCTTAAAATACAGAAGTTCGGGTCATAAAAATTGGCCCTCGAA AAATTGGCCCTCAAATCGAACAAATCTGCTCTTATTTAAACTTGAGAAAT ATTACTGCAATTGCAAAATTTTCTTAAAATTCAGATAATTTTCCGATAAT TTTGAGCAAAATTTGGCTAATTTCTTCGAATCTCAGGCTACGATATTCTT ACCTTCAGCCCAAAATTTTAGCAAAAATCTTCTTTTGAACTGGGTTTTAT TCAAGAAAACTTTATAACGAAGAAGAAGAGGATGAGTTCTTTGGGAAAAT TTGTTACAGTATTATCAACACCAATTTCTTCTTCGTCATTTTCAGGTAGT CAAGATGAAGCCAGCTGTTCTTTGTATTCTACTGGTGTTCGTTCATTTTC ACAGCGCTTTACCTCAAAAAGGACTTAAAGAGCTCGTCACTACATCTCCG TCACAGCTTATAATGCCGGGTGAAGATTATCGACGTGACCGATGCTACAA AAAGAAGTTTCGGGAGACGCTTTACATTGAAGGTTGTAATCCCGTCTTTT TTGAGAATAATTATTGTTACGGTGGTTGTAATTCAATCTATTTACCGTCG TATAAGAAATCTAGTTATAAATATTGTACAGCTTGTATACCGAGTAAATT TACTAAACGGAAAATTGTTTTTAAATGTATGAAAAATGGTATGGAACACA AGCTAGAGAAAACAGTGACCGTTATTGAGGATTGTAAATGCAAGACCGTC AGTTGTACAAAAAAGAAATGAAAAACATTTCCCACTAACATGGTGTTTTT TGCCATATATGGTGCAACTAAAATCTAGTTAAACGAGCTGAGATTTAATG TCCGGATAGATACTTTGGCGTGGTAGTTTTTTTCATGGGTTTCGAATAGT ATAAAATAAATAGATTTGTGGATTGGACTCTTGGACGCTTTTTTATCTGG TTTTATCAACAAGGTTTATTGTTTTAAAAAGTCCAGATTTGAACTTTCGT AAAATTATTAGATTAGATCCAGC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_036888XLOC_036888Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1575043694:1076384..1076423TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1575043694:1076384..1076423Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1575043694:1063701..1064378TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1575043694:1063701..1064378Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1510915933:1076384..1076423TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1510915933:1076384..1076423Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1510915933:1063701..1064378TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1510915933:1063701..1064378Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1491911889:1076384..1076423TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1491911889:1076384..1076423Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1491911889:1063701..1064378TCONS_00058565-exon-scaffold_311-1491911889:1063701..1064378Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_311supercontigscaffold_311:1063701..1076423 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.00358237 0.442807 0 0 2.15791 0.553445 0 2.7572e-09 0.264449 0.581727 1.20313e-06 0.0632606 2.289 0.20688 0 0.450574 1.17634 1.91812 0 2.17743 0.587657 1.26205 0 2.93743 0 0 1.0552 1.59052 0 0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00058565 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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