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transcript sequence >TCONS_00058165 ID=TCONS_00058165|Name=TCONS_00058165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2106bp TATAGTATGATAAAtaattaagaaaaaagaaaaatgacaaaaagaggCAA TAAAGGGAAAGGTTCTACACGTGCCAAACAAAACAAAGGTCGACAGCAAC ATGAGCCTCATACCAAAGATGCTGTAGAACGGAAAAGGGATGAACGAACA CAAAAGAACAAATTAAAGAAAGAGAGGAGGCTAAAAGAATTTCATGGTGA TTATACTGATGATGATTTTGTGAAGTTCAAACGTCAATTAGAGTATCAAG GATTCAAATTAAGAGAGATACAAGGAGATGGGAATTGTTTGTTTCGGGCA CTAGCTGACCAGCTGAACGGTGACGACAAACTACACATGAGACATCGTAA AGATGTTGTTGAATATATGAAGAACCATGAGGATGATTTTGCTCCTTTTC TTGATGAAACTGTcacctttgaaaaatattTGAAGAATTTATCATCAACT GGTACATACGGAGGGAACGATTCCATTGTGGCTTTTGCAAGAAAGAATTC TGTTGATGTGGTCATTCACCAGTATGACAGTCCAGCATTCATTATCAACG GTTCGGAAGGTGGATGCACCATCAAAGTTCATTTAGCTTACCATACAATG GAACATTATTCATCAGTACGAACTGCTGGTGACCCAGGAGATGGGCCTGC TCATATGTTCCATACCACTAAACTTCTCACAAAACAGTCAAATAGTGAGA AgccaaaagaagaaaagaagaagtCTGCGACCGCCCGTGAAGAAGAAAGG ATAgcgaaagagaaagaaaaagatcggaaatttcaagaaaatctcaACAG AGCATGCGCGAAATCTTTGGATGATGAAGGAGGAGACGATAGTGATGGAT ATGTTAACGTTCGTCAAGAGAGAATCGAAATGATCAAACAAACCACTGGC TTTCATgATGAGAGAAAGATTGAcgaatatttgaaagaaaatgaggaAGA TGTCGATTCTACCATGAGTTTCATTCTACAAATGATGGCATTGTCTGAGG CTTCTGATGACAAAGCCACTGTTTGTGAAGAAGTCGATAGTTCAGCTACA GaaagaaatgcaaaaaattcaCTCATCGAGACGGAAGAAATCCATACTAA ATCGGGAAATGTTCAGCGAGAATTGAAAACCGAATCGGGAAATACTAACC AAGACGTGAATACCGAATCGGGTGATTTGGactttgaaaaacaaataaag ttTGATAAAGAGTGTAAAACTGATTTTGATTTACGAAACTTAAGTCCAAC ATTGGAATCCATTTCGCCCGTTTCGGATTCAGACGGAAACACGACCTCAA GCACTGGGGACGAGGAAGTTAATGCGAACCCATTGTTAAAAAAGAAACTA AAAGTGAACAATAGTGACGGCCATGTGTCTGATGAATTCAAAGTACGTAC AGACAGTGTCAGTTTAAAACAAAGAGATAATGTTATTTATAACGACAGTA ATAAAGATAATGAAGCTATTAAAGAGCAGGAAGAAAACCCTTCAAATCAA TCACGTGATGGCGAGGTTCAGAACAACGGAAGAGAGGAGAAATGCGAGTg taatttaaatttgaattcCGGACATCAACAACAACTACCGGACGAATGTA ACAAACAGACTATGAAAAAGTCGAATCAAAACAATCAGAATAAGAAAACC CAGCGTAATTACGGTAGTAAACATTTATCCAATCGCCAGCGTAAAGAACT CGCTAAACAAGAACGAAAAAAGAGACGCGAAGAGTTGAAAAAAGACGGTG CGAATATTTTGACCGTTGCTAATGGTGATGGTGATGAAGTGGCGGTTGTT CCAAAAGATATTCAAGTCATTGCTATctaaaaggtaaaaaatatACTTTT ATATATCTGTATATTATCAGGAACCAGGATAGTTCAGCGGTGGCAAATTG TTATAAAGTTTACTTTGATATTAGGTTGCACGCTGATATATTTTGATATA GGAGATGCGTGTCGTGTATAAGATTCTTGTCCAAGAGTCGCCCAAATTTT GGGGTAacttgtttcaattttcttaaaaagcttCAGAAATCCGCTGATTT TATTAACCtcaatcttttatataaaacttactaatcaagctaatcaagtt tctaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_307:189935..226882- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00058165 ID=TCONS_00058165|Name=TCONS_00058165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=36948bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_307:189935..226882- (Clytia hemisphaerica) TATAGTATGATAAATAATTAAGAAAAAAGAAAAATGACAAAAAGAGGCAA
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GTCTTCGCGTTTTTATTTTCGTTTTTATGAGCTTAACACGTCTTGAAGTA
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GGTAGTGAAAAATCTAAGAAATTTGTCTTGTCCGGGGTAAACTGATGCTT
GTCCGGGGGGTTAGACCTGCTGTCCGGGGGTTAAATCTCTAAAAAATTTT
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CTTGAGATCGAATTAGAGACAGGCAACCGTATATACGTATATAAGTTCAA
GCTCAATATGATAACATTACGTTAGGCATTGTGTCTCAGGCGAATTTGTA
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GTCTGAAAGTCACGTCCCGATATCTTTTGCTTTAATACTATCATTGATTT
TCCTCTATTTTACAAGATAGCGACTATCCAGTTTCTAATCTGTTGGTATG
ATCTGATAAAGCATTGTTCCTTTCTCCGACTAAAAAACACTTAGATGATT
TGGAATTGTCAATCATTGCCCGCAAATCGTTATTTATAATTCGATGAAAT
TCATGCCAGAGCTACAAATATACTACGATATGATAGTCAACCATCAACCT
CCTTCATAATCCAGAACACTTAAGGGTGATAAGCTTCCTTCATTCCTCTC
TCTTTTGCTTTATACTTGAAAAAATCGGTGACCATCAAACAAAAGCTTGA
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ATGTTTCTCACATGACAAATATTTAGAGCCTTAAATTTCTTTTGATCAAA
GCCGATGTTACCTTAATTCTTGTCGAAGCAAGATGACAAGTGTTTGAATT
TATTTGGATATACAGTCAACCCTCTCTAATCCGAATCTTTCTATAGTCTG
AATCTTTCTGTAATTTGAAATAAAGCATTGGTCCCCTCAGCGGAAAAGTA
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ATGCCTCACTTCCTTGAAGATCGAATTAGAAAGAGGTGACTGAAGTGATA
CTTTCTTGCTTTGGAACCCAAAATTGCCAACTAAGGCAGAAAATAAATCA
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CTCTTGGAGAATGATTCAGAACCAGACAAGCATTGCTCTTGGAAAATCAA
TCTCATAACTATCAATACAGTATGAAGTCACCTCTCTTTGTCATCTTTGA
CATAAGTGTTGGCAACACTCATAACGAAAGACGTATCTTAAGAAGTGGCT
GAATGACGAAAGTGACCTCTTTAGAAGTAAAACATACAAGAAAAACAAAA
CGGTCGAAATCTTGATGGAGTTGGAAAATGCTGAATGGAATTTCTTTTCG
AAACAAAACCTTTTCAGCAGATATCGCTACTGAATGATAGTGTTCATTTT
AGTGTATTTTACCTCTAGTCGCCTGTACAATTTATGTAAGAATAACTCAA
ATGTCATCAGGTATTTGCCTACCCTGCCAAAATATGATTTTTATTTTAAA
ATCACGTCCCATTGCCGGATACCCTTCAGCACAAGAGATATGTTTTAGTC
TTATTTGGAGATTTGTGATCAACTTTCTGATAGTTGGATTTATAGCGGTT
AGCCAGTAGTCGTTGTGGTTTGAATCTCCGCTGACGTCATCTCCTTATTA
ACCAAATATCAAGAAGGGAAGAAGGAAGCTACATATTAGAAAATTCATTT
CACAATTTCTCAAGAAAAAATACAATTCTACCTTCCTGCCCAATCAGAAG
TCACATAATCAGTTTTGATATCAAATTAAAAATAGTTTGCTGTTTTTGGC
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TTATAAGCATACATAAATCCAAAAACTGGCTCGGAGATGCTAAGATCGGA
GAGATTGACGAGCCTGAAAAATGCTTGAAGGATTCTTATATCCTGAGCAA
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AAAAAAAATTCATTACACAACAAAAACGATCAAATCAAATTTTCACTCTC
CTCAGTACCAGTAGTAGTTCCCGAAGAAGGAGGTTCATTCAAATGTTGTT
CACTTTTGAAATCTTTAATGGAACGACCAAGTCCCAATAATTTTTGCGCC
AAATCCATATCTTGGCTCCTAAGAGATTTCAAATCCCCCATCACTTTATC
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ATTCTGATGAGAATGTTTGATTTCCTCCTTGCGGTAGAAGTAGATCAAGC
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GTTGTTCAAAAAGAATTGATACAATGCAACAGGGTTGTCAGGGATTCCTT
GGTAAGATGGATCCTTCAACTTGTTGTGAAGCACTTGAAGTAAAGCATTC
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TTTGATAGCATTGGCCACAGAAACGTACGAAGACATTTTTCACCTAACCC
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AGCAAGTTTAGAATTTAGAAAGTGTTAATAAATAACACTAAAAGTCTTAC
TGACGTCAATGATTGACCAAACAGACATCATTTCTTTTGCATTATTGGAT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00058165-exon-scaffold_307-1575043694:224902..225001 | TCONS_00058165-exon-scaffold_307-1575043694:224902..225001 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00058165-exon-scaffold_307-1575043694:223518..223674 | TCONS_00058165-exon-scaffold_307-1575043694:223518..223674 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_307 | supercontig | scaffold_307:189935..226882 - |
Blast
BLAST of TCONS_00058165 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: OTUD3 (OTU domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=OTUD3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 171.014 bits (432), Expect = 1.874e-46 Identity = 90/212 (42.45%), Postives = 127/212 (59.91%), Query Frame = 1
Query: 28 RKMTKRGNKGKGSTRAKQNKGRQQHEPHTKDAVERKRDERTQKNXXXXXXXXXXFHGDYTDDD--FVKFKRQLEYQGFKLREIQGDGNCLFRALADQLNGDDKLHMRHRKDVVEYMKNHEDDFAPFLDETVTFEKYLKNLSSTGTYGGNDSIVAFARKNSVDVVIHQYDSPAFIINGSEGGCTIKVHLAYHTMEHYSSVRTAGDPGDGPAHM 657
RK + G GS +A+ ERKRDER + L KERR + G + FV F QL+ G KLRE+ GDGNCLFRAL DQL G + H++HR++ V+YM +DF PF+++ + FEK++ +L+ GT+ GND+IVAFAR + ++VVIHQ ++P + I G+E ++H+AY EHY SVR D + PAH+
Sbjct: 3 RKQAAKSRPGSGSRKAE---------------AERKRDERAARRALAKERRNRPESGGGGGCEEEFVSFANQLQALGLKLREVPGDGNCLFRALGDQLEGHSRNHLKHRQETVDYMIKQREDFEPFVEDDIPFEKHVASLAKPGTFAGNDAIVAFARNHQLNVVIHQLNAPLWQIRGTEKSSVRELHIAYRYGEHYDSVRRINDNSEAPAHL 199
The following BLAST results are available for this feature:
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