TCONS_00058165 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00058165
Unique NameTCONS_00058165
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2106

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00058165 ID=TCONS_00058165|Name=TCONS_00058165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2106bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_307:189935..226882-

Legend: exon
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>TCONS_00058165 ID=TCONS_00058165|Name=TCONS_00058165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=36948bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_307:189935..226882- (Clytia hemisphaerica)
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AGAAAATATAAATTACTGTTTTGCCAGCATTTTACCAAAGCTGTTTTATC GGTCGGACTTTCCAGTCATACCAGCTCATCTCCCATTAAAATATTTCCCG AGATCGGTAACTAGAAGCACGACGTTACCTTGGAAAGTACCAAAACACAT GCTGGCTTTAGATACGTTACGACTATGCGTATTGTGTTATGATCGCCAAC TCGGTGGTTCGAATATGGTTTTTCANGATCACCTTGTAACATACCTGAGT TTGATTTCTTCGGATTTAAGGTATTGTGAAGTTCAACAGCTTGAGATATA GTCTCGATTTGGCTTGCAATTTCATCAAATCTTCCATCGATTTCGTCTTT AGTGTGAGCAATATCATTGTTGATGTCGGTGATACTTTGATCTTGGCTTT CTATGTTGGTCTCTATTTCTGTGACCTTAGTGGAAATATCATTTTTAATG CTGGAAACTTCGTTCTGTACATCCTTAACATCGCTTTGAAGGGTTTGAAT CCCTTTAGAAAGAGCTTTTTGGTTTGATTTTAATTTTTCTAAGCACGATT TCAATGCTTTAAGAACAAGATGGTGCTTTGGGTCCAGAGGCATAGTTTCC AGAAATTTTGTGTTGTATTGGTAATGAAGACCATTGACGATGTCACATCC TTCCTGCCATTTCTGTTGGAAAAGTAAAAGGTCGATTATCTTTGCATCGA TATGATTGATGAAATTTCTCCATTCACGAGCTCTTATGACGAAAGCAGCT AAAGATGTATCTGTTAGGGAAGGATTTTTGGTTTTCCAGCCTTTCTTTGG TTGTAGGGTAGTGAAGTATTGTATGAGTAAAGTTATGAGCGTAACATCAA ATTCTGATGAGAATGTTTGATTTCCTCCTTGCGGTAGAAGTAGATCAAGC TGCTCTTTTTTAAGCAATTTCTTCTTGACAAGTTGATTCAAAGTGTTTTT GTTGTTCAAAAAGAATTGATACAATGCAACAGGGTTGTCAGGGATTCCTT GGTAAGATGGATCCTTCAACTTGTTGTGAAGCACTTGAAGTAAAGCATTC TTTATAGGATCATGTAGGAAGCATGTCAACCGAAGCCAATGCTCGAATTC TTTGATAGCATTGGCCACAGAAACGTACGAAGACATTTTTCACCTAACCC ATTCTGAAACGACAAATAATAGTTAGATACCATGATAGACATTACGCAAG ACGTTTTTTTAACATTAACACTCAGTTATTCGGATGATTGATGCATCATA GACGTTTTTTTAACGTTGGGTAATGGCTTGATAGGTTTTCAGAAATAAGT TAACCCTGAAAAACTAGCGTGACCTTCAATTTTCGAGGTTTGAAAAGGAT GAAAAAAGATGACAGTATTTTCAATAAAAAATAAATTTGCTTACTTCAGA TATTCGTTCGACTTGGCTTTGTCCTCCATTACTCCTTCTGTCGATCATGC AATATGTCTGCTAAGTGGCGTACAAAATAATAAATATTGAAAGATGATAA GATCACTTTCTATTTTAATCCCAATTTTGTTTGCATGTGAAAGTAATAAA AAACGGATTTGAATCTATTTTTTTTTATAAGAATGAACAATGCTTAAAAT TTAAAATAAGGTCAAAGAAGACCGCTGTCATATATGACAAATATCTTTTT AAAGTATTTCATTGGAAGCTCAAAATGGTCAGAACTGTGTCAACATGGGC GTGGTGTGAGACACCCCAAAATTATTACTAAGAATTACCGTAATACTTCG AATAAACGTCCACTTATTTTAAACGCCCTCTTCAAATGAACACCAAAATA TTTAATAAACGCCCGGGGCGTTATTCGAAGTAGTACGGTAAATGGTATCA AGCAAGTTTAGAATTTAGAAAGTGTTAATAAATAACACTAAAAGTCTTAC TGACGTCAATGATTGACCAAACAGACATCATTTCTTTTGCATTATTGGAT TTTATGGATTATATATTCAATCATTCTACCCGTAAAAGTCATCAATGAAA TCATTTCGAAATTTGATGATTTAAAGGTTTTTGTTTCTCATACCGAAAAT TGTAATTACTCAAACCCGGGGGGGGGGGGACTAGGGTTGGCGGATGAAGA GTATGTGCGGATGGGACCTCCAAAAAACGACCCTTATAGAGACTGATTTT GCTGAAAAGATGACTCTTAGAGATACTTTTTTGGAAAATTTTCTTCAACT TTTGAAAAATTCCTTACCCTTAGAGAGACGTTTTTACAATTCTTTCATTC TAAATCAAAAGAATTTCTTAGAAATCGTGAATTTTCCGACCCTTAGAGAC TTTGAAAAGTGAAAAAACCGATCCTTACCGCCTATTTGTTTGGAAAATCA GACAAAAATGTCCATAGAATATTGAAACTAAGAACATTCTAAGAACATTT ATAAGTTTAAAACTCAAAAAGTTAAGAACATCCTAAAGCTTCGAAAATTC GAACATGAAATATTTACATCTTCAAACTGAGCAAGGCGTAACTAAATAAC CCTATGCATATTTTCTCTGCTATTTCTCAGAAAAATGGCTGATCATGGGT GGAAATGACGTCACACAAAATCGGTAAATTACCCTTTCCTCTTTCTCTTT ATTTCAGCCACTGTTTGTGAAGAAGTCGATAGTTCAGCTACAGAAAGAAA TGCAAAAAATTCACTCATCGAGACGGAAGAAATCCATACTAAATCGGGAA ATGTTCAGCGAGAATTGAAAACCGAATCGGGAAATACTAACCAAGACGTG AATACCGAATCGGGTGATTTGGACTTTGAAAAACAAATAAAGTTTGATAA AGAGTGTAAAACTGATTTTGATTTACGAAACTTAAGTCCAACATTGGAAT CCATTTCGCCCGTTTCGGATTCAGACGGAAACACGACCTCAAGCACTGGG GACGAGGAAGTTAATGCGAACCCATTGTTAAAAAAGAAACTAAAAGTGAA CAATAGTGACGGCCATGTGTCTGATGAATTCAAAGTACGTACAGACAGTG TCAGTTTAAAACAAAGAGATAATGTTATTTATAACGACAGTAATAAAGAT AATGAAGCTATTAAAGAGCAGGAAGAAAACCCTTCAAATCAATCACGTGA TGGCGAGGTTCAGAACAACGGAAGAGAGGAGAAATGCGAGTGTAATTTAA ATTTGAATTCCGGACATCAACAACAACTACCGGACGAATGTAACAAACAG ACTATGAAAAAGTCGAATCAAAACAATCAGAATAAGAAAACCCAGCGTAA TTACGGTAGTAAACATTTATCCAATCGCCAGCGTAAAGAACTCGCTAAAC AAGAACGAAAAAAGAGACGCGAAGAGTTGAAAAAAGACGGTGCGAATATT TTGACCGTTGCTAATGGTGATGGTGATGAAGTGGCGGTTGTTCCAAAAGA TATTCAAGTCATTGCTATCTAAAAGGTAAAAAATATACTTTTATATATCT GTATATTATCAGGAACCAGGATAGTTCAGCGGTGGCAAATTGTTATAAAG TTTACTTTGATATTAGGTTGCACGCTGATATATTTTGATATAGGAGATGC GTGTCGTGTATAAGATTCTTGTCCAAGAGTCGCCCAAATTTTGGGGTAAC TTGTTTCAATTTTCTTAAAAAGCTTCAGAAATCCGCTGATTTTATTAACC TCAATCTTTTATATAAAACTTACTAATCAAGCTAATCAAGTTTCTAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_036648XLOC_036648Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_307supercontigscaffold_307:189935..226882 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.56078 4.88282 2.47805 0.592361 2.30064 2.1917 2.31366 1.85659 1.73313 2.68344 1.82138 0.856086 0.939448 2.26709 1.04695 2.26018 0.623911 2.8341 0.895923 0 0.90405 0.813093 3.83861 5.76583 2.77439 5.17318 2.90581 2.74671 3.42703 4.80908
Blast
BLAST of TCONS_00058165 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: OTUD3 (OTU domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=OTUD3 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 171.014 bits (432), Expect = 1.874e-46
Identity = 90/212 (42.45%), Postives = 127/212 (59.91%), Query Frame = 1
Query:   28 RKMTKRGNKGKGSTRAKQNKGRQQHEPHTKDAVERKRDERTQKNXXXXXXXXXXFHGDYTDDD--FVKFKRQLEYQGFKLREIQGDGNCLFRALADQLNGDDKLHMRHRKDVVEYMKNHEDDFAPFLDETVTFEKYLKNLSSTGTYGGNDSIVAFARKNSVDVVIHQYDSPAFIINGSEGGCTIKVHLAYHTMEHYSSVRTAGDPGDGPAHM 657
            RK   +   G GS +A+                ERKRDER  +  L KERR +   G     +  FV F  QL+  G KLRE+ GDGNCLFRAL DQL G  + H++HR++ V+YM    +DF PF+++ + FEK++ +L+  GT+ GND+IVAFAR + ++VVIHQ ++P + I G+E     ++H+AY   EHY SVR   D  + PAH+
Sbjct:    3 RKQAAKSRPGSGSRKAE---------------AERKRDERAARRALAKERRNRPESGGGGGCEEEFVSFANQLQALGLKLREVPGDGNCLFRALGDQLEGHSRNHLKHRQETVDYMIKQREDFEPFVEDDIPFEKHVASLAKPGTFAGNDAIVAFARNHQLNVVIHQLNAPLWQIRGTEKSSVRELHIAYRYGEHYDSVRRINDNSEAPAHL 199          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00058165 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
OTUD31.874e-4642.45OTU domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN... [more]
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