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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00057835 ID=TCONS_00057835|Name=TCONS_00057835|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=671bp
CAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATCAAGTACATCATGGAATTGAT
TTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATGGACACAAGGCGAGCAGCTAT
CTAGTGGAGTTTACGGACAGATCCAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTGTTT
CCATATCCTTTCACAATACGAAAGTTCagaaatgagtgaaaaaaagcTGT
TGTCATGAAAACAAGACAGGAGGAGCTGGTTCTCAACTTGCAAGCTATTA
TGTTTATCAAGATATGAGATTGATGTTGTATACCAATTTTGGAGATTATT
TTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTAAGCATATCTTCCAAA
ATGTAATTTCATACTCTTGTTCCAAccaaaacttttgatgaaaccCTGGG
GTGTGCTTATTATGCctattaaaaatttcaaatttttgtaaattcatttT
GATCAGAAATTGCAGATcacttgatttgattttttcagcAAAACAAAATG
CATGCGCTTCTGTCAAATATCAACCTTGTAatataaaaatgattttacaa
TTTCACGTATTAACATTTTATTGATGGGCTTTTATAGAAATTGTCGGTAT
TGAAGTTATTCATTTTTGAGCTTCACAGCCCCCTGGATGTATGGCTTAAA
AATAAAGATCTCCTGATGGTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_299:156416..163444- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00057835 ID=TCONS_00057835|Name=TCONS_00057835|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7029bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_299:156416..163444- (Clytia hemisphaerica)
CAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATCAAGTACATCATGGAATTGAT
TTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATGGTAAGATAATTACTTGTGTA
CTGTTATTTCACATCAATAATCTGCTTACTCTCCAGGTGATNATTACTTG
TGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACTCTCCAGGTGATTAAGG
CAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTACAAATCATTTTCGTAG
GCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTAAGTAGAATAAGATTCA
GTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTGGATAATTTATTCAAAA
CCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTACAATCATGATGGCATC
AGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAAAAGTGATGACATGATC
AAATTAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAAAATTTCAATTTATTTCA
TTAATTATNAAAGTGAAAAAGTATTTCAGAGTCATTGTGTCTAAAGGAAA
CACAACTAAAGGATATCCCCCGGGAAAAGTGACCATCGTCCATGCGAAGG
CAATAACCGATTGTACTCAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATCAAG
TACATCATGGAATTGATTTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATGGTA
AGATGATTACTTGTGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACTCTC
CAGGTGATTAAGGCAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTACAA
ATCATTTTCGTAGGCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTAAGT
AGAATAAGATTCAGTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTGGAT
AATTTATTCAAAACCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTACAA
TCATGATGGCATCAGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAAAAG
TGATGACATGATCAAATTAAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAAAAT
TTCAATTTATTTCATTAATTATGCCGGCAATTCTGTAGCAATATTTAATT
TTTTGAATTTTTAGTTCAATTCAATCTTTGATCCTGATATTTAGTTCAAT
TCAATCCCTCATATTTGTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGATATT
TGTTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCAAT
CCTTCATATTCAAATTCAATACTTCATATTCAAATTTCATCCTTCATATT
CNATTACTTGTGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACTCTCCAG
GTGATTAAGGCAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTACAAATC
ATTTTCGTAGGCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTAAGTAGA
ATAAGATTCAGTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTGGATAAT
TTATTCAAAACCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTACAATCA
TGATGGCATCAGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAAAAGTGA
TGACATGATCAAATTAAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAAAATTTC
AATTTATTTCATTAATTATGCCGGCAATTCTGTAGCAATATTTAATTTTT
TGAATTTTTAGTTCAATTCAATCTTTGATCCTGATATTTAGTTCAATTCA
ATCCCTCATATTTGTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGATATTTGT
TTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCAATCCTTCATGTTCAAATTCAATC
TTTTTCATTCAAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCAATCTTTTTCATTC
AAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCAATC
NTTCAAAGGGCAGCTACTAATGCAAGTAGCATGTTAAGTGATAAAATTCA
TCAGTTATTATTATCCCCGAAAAAAAAGAAAAACATAAAGTACGCGGCTG
GGCGGAAGAATTTGAATAAAGAAGATTGAATTTGAATAAAGAAGGTTGAA
TTTGAATAAAGAAGGATTGAATTTGAATAGGGAGGATTGAATTTGAATAG
GAAGGATTGAATTTGAATGAAAAAGATTGAATTGAACAAAATACGAAGGA
TTGGATTGAACCAAATATCGGGATTGAACCAAATATGAGGTTTTGGATTG
AAATAAATATCAGGATCAAAAGATTGAATTGAACTAAATATCAGGATCAA
AAGATTGAATTGAACTAAATATTCAAAAGATTGAATATTGCTACAGAATG
GCCGGCATGATTAATTATATCAAAATTTATAGAGTTTCAATTTTTATGAT
CATCAAAATAGCAAAAATCTATGCAAAATCAGATTTTTATTTCAACCGTA
GTATTTCGAGGTTTAATAGAAAATAGCACCTATCAATCATTTTATTATCA
CTTTTTCAGCCTTGGGGCAGGCTGGAGACTTCAAAAAATGGTCTGATATA
TCAAAAAATGGTCTGATATATCAAAAAATGGTCTGATATATCAAAAAATG
GTCTGATATATCAAAAATTTCCTTTTGGTGTTTACAATTGCGCCTACAAA
TAATTTAAATAATACTGAAGTTGAGCAAGTGCGGTTAGCACGTAGGACGT
TTTTATACTCAGAATTCAACTCAGCTCACTTTACTTTATTTAAAAAAAAG
AAAATCATGTGATTAGTTGGTTCATGTAGGCTTATCTGCTTTGGACTTTT
TAATCTAAACTTGAATGGAATGGGTGTTTTCAGTGTAGCTGACAGAGTGA
CCAATCTTTCACAATGTATAATTGAAATACGAACCTCTTGGTATGTTTTT
ATTACAGGACACAAGGCGAGCAGCTATCTAGTGGAGTTTACGGACAGATC
CAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTGTTTCCATATCCTTTCACAATACGAAA
GTTCAGAAATGAGTGAAAAAAAGCTGTTGTCATGAAAACAAGACAGGAGG
AGCTGGTTCTCAACATGCAAGGTTAGTTCTTGGTTCATAAATTGCCTTCT
CTTTCGAAATTTCCTATACAGAAGGATCTCAATAACTTGAATCGTGTTTT
GCGCAGTTATGTAATTTTTGCGCAGATGTGTAATTATTTTGCGCAGTCAT
GTAAATTCTGCGCAGATAATGTAATCATTTTGCGCAGATATGTAATTTCC
AAGCTGCGCAGTTATGTAATTATTTTCTGCGCAGTTATGTAATTAGAACG
GTTTTATGNAACCTCTTGGTATGTTTTTATTACAGGACACAAGGCGAGCA
GCTATCTAGTGGAGTTTACGGACAGATCCAAGAGGAGGGTGGCATCCAGC
TGTTTCCATATCCTTTCACAATACGAAAGTTCAGAAATGAGTGAAAAAAA
GCTGTTGTCATGAAAACAAGACAGGAGGAGCTGGTTCTCAACTTGCAAGG
TTAGTTCTTGGTTCATAAATTGCCTCGAAATTTCCTATACAGAAGGATCT
CAATAACTTGAATCGTGTTTTGCGCAGTTATGTAATTTTTGCGCAGATGT
GTAATTATTTTGCGCAGTCATGTAAATTCTGCGCAGATAATGTAATCATT
TTGCGCAGATATGTAATTTCCAAGCTGCGCAGTTATGTAATTATTTTCTG
CGCAGTTATGTAATTAGAACGGTTTTATGATTACATTTTTGTGAATTTCA
GTTATAATATGTGAAAAAAAATTCATCTTGTGGACTTATAGTTTTTTGTG
AAGTTTATCTCAGGAGACATGTTATATACCACTTAATATTCAACGTCCAC
TTAACATTCATTTAACGTCTTTTTTATGATAATTAATGATTGGGATTGAA
TTTTTAAATGAAACTTAGCACAGTAGGGCTTTGGTACAAACCACACCCTT
TACAACGTCCATTTAACATCCATTTAACGTCTTTTTCGTGATAATTACTG
ATAACGATGGAATTTTGAAATGGAATTTAACTTAATCCATTTAACCTCTT
TTTTCATGATAACAAGCATTGAATTTTCAAATTTCGATGGTTTATACATG
TATTCATTTCTAGGTTATTTAGATGTATTTTCAAATAAGGTTTCACACAA
GAGATTTCGAGTATTACAGTATAACTTTTTTGAAATGTGAAAACACTATG
AAAAAGTGAAACACTTGTGTTTTTTTTTCGTTTAACTTTTTATTTCAAAC
ACACGTTACACACGTTTTCAAAAAATATACAGAAAATTATTTTCAATATC
AACAGAATGAACCCTGATAATATCAATCCAATATACCCCTGTGTCACGTC
TCCGCTGGAAGAAAACGCTTTAAATTCCATCCCCATTGGAAAAAATGAAA
TATTACACTACTAGGTCAAAAAACATTGACTAGGCCCATGTTCAATGTAT
TTCATCGACTGTCGTCAAGTTTTATTTACTGTCAATTGTAAATTATCGAC
AACAAATTTTTTGCATCAACCATCAATATTTCCTTTCTTACAGTCAATGA
TTTGTTTAGACTGTCAATTATTTTGTTGGCAGCTGTCATTGTAAGTAATG
AACGGTCAATGCAAAAAATTGTCAATATATTCTTTTAATTTTCAAGAAAA
TTAATTGATCAGTGTTAAACATTTTTTGTCAATTTGATTTTGACAGTCAA
TAAAACTTGCTGACAGTCAATGAAAAACATTGAACATGGGCCTAATCAAT
GTTTTTTGACCTACCTTAAGGGAATTAATTCTCGCGGCAACTAATTTTTG
CGAGACAGCTTCCCACGCAAATAATTTAATTTTTGCAGGACTTATTTTCG
ACTGTAAATTTTCGCGAATTGGCGAATTTTTTCAGATTTTCAGATTTTTT
GTTAGTTTGATTACGTGATTTTGTCTGTACAGTAGAGTCTCCACAACTCA
AACGGCTACGAGGAATGAAAATTATTCAAATTATAGAGATATTCGAGTAA
TGGAGACTCATTCAAGAGAGTTTCTTAGCTGAAAGAATTTTTAGCGTAAA
AAACTTAATTTTCGCGAGGGATTATTTTTCGCAACAAAGGCAAAATTCGC
GAAATATAATCCCCGCAAAAATTTAGACCCTTAAGGTAGTAGTAGTGTCC
AGTGTAAAAATAAATCTTAATTTCCCATCCCTACTGGGTACTTGTGATTG
AAAACACTAAAAATCAATATCCCAATCATAAAATGAAAGGGATTTTCACA
TCCCCATATTTTTCCTCAATTTATCCCCCTTGGCGATAATAAAAATTATA
AAAAAGACGTTGGACGGATACTAAATGGAAGTTACATACCAGGGGTCTAT
CATAGTTTCATTTAAAAACTTTCTTAGAAGCTATCATAAATGGATGTTAA
ATGGACGTTATCATTTTCAAAGGGTGTGGTATATACCAAAGTCCTATCAT
GCCAAGTTTCGTTTAAAAATTTATTCCCAATCATTAATTATCATGAAAAG
ACGTTAAATTGATGTTAAATGGACGTTGTCATTTTCAAGTAGTGTGGTAT
TATACCTAAGTCCTACCATGCCAAGTTTTATTTAGAAATTTAATCCCAAT
CATTAATTATCATGGAAAAGACATTAAATGGATGTGAAATGGACGTTGTC
ATTTTCAAACGGTGTGGTATGTACCTAAGCCCTACCATGCTAAATTTCAT
TTAAAAATTCAATCCGAATCATTAATCATTATGAAAAAGACATTAAATCT
GATTAAATGGATGTTAAATGGACAAAATCATTTGTAAAGGGTGTGGTATG
TACTTAAGCCTTATCGTGCTAAATTTCATAAGATAAAAGTTATTTTACAT
GCTGACTGAGATTCGCAAAAATATTATCATAAAACCGTTCGCTAATTACA
TAACTGCACAGAAAATAATTACATTGCTACGCAGCTCGAAAATTACATAT
CTCCACAAAATAATTACATATCTGTGCAAGGCAATTACATATCTGCGCAG
AAATTACATATCTGTGCAAAAATTACATAACTGCGCATCTCAAAAAATCT
CTATATATCTCAAATTGTTCCCTGACTTGTACAGATTTAACACCCCTTGT
TTATTTGATGGGTTTTTTTTTTGAATTCTCATCTTATTTTCAAAGTAATA
ACATGAGATACACAGGTTTAGTTAAATTTAAAAATAGTAATTCCCAAAAA
TGTGACAGAGCACAATTTTTGAAGAAAAGTATATTTTGTTTTTAGGATTT
TCTTATTAGAATTTTCTGATTTCTTTTATTTTTTATTATAAGACTAATTA
AATAATCCATCATGACACATGAATTTTCAGCTGGGATTTGGAAATCTATT
TATATGTCCCTAACTAAAGTTTCAGCCTTTTTAAAGGTTTTTTTTAAGGT
ATTCCAATCAAATTTTAGGTTTTAAAGCATTTTATTCTTGTTTTGGCATT
TTCTTTATATTTTAGTGCCAATTAAATTTAATGACCATCCTTCTTCTCCT
AGATAGTGCCTCAATATTTTTAGGGTTCATCTGTTCTCATGGATTCGTAG
TTTCAATCTTATGTTCAATGTTGAGTATAACTTGTTTCTTCTTTATTCAT
AGCTATTATGTTTATCAAGATATGAGATTGATGTTGTATACCAATTTTGG
AGATTATTTTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTAAGCATAT
CTTCCAAAATGTAATTTCATACTCTTGTTCCAACCAAAACTTTTGATGAA
ACCCTGGGGTGTGCTTATTATGCCTATTAAAAATTTCAAATTTTTGTAAA
TTCATTTTGATCAGAAATTGCAGATCACTTGATTTGATTTTTTCAGCAAA
ACAAAATGCATGCGCTTCTGTCAAATATCAACCTTGTAATATAAAAATGA
TTTTACAATTTCACGTATTAACATTTTATTGATGGGCTTTTATAGAAATT
GTCGGTATTGAAGTTATTCATTTTTGAGCTTCACAGCCCCCTGGATGTAT
GGCTTAAAAATAAAGATCTCCTGATGGTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:163365..163444 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:163365..163444 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:159946..160109 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:159946..160109 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:156416..156842 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1575043694:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:163365..163444 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:163365..163444 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:159946..160109 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:159946..160109 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:156416..156842 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1510915933:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:163365..163444 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:163365..163444 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:159946..160109 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:159946..160109 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:156416..156842 | TCONS_00057835-exon-scaffold_299-1491911889:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_299 | supercontig | scaffold_299:156416..163444 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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