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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00057736 ID=TCONS_00057736|Name=TCONS_00057736|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2199bp
agaaaattaagaaaacatAGTCAATAATACACGAAGTTGCTTTTGGATGT
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tcctaagaaattggatgttttagagtctgcaaagcctgaaaatgttgaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_298:85506..98946+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00057736 ID=TCONS_00057736|Name=TCONS_00057736|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13441bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_298:85506..98946+ (Clytia hemisphaerica)
agaaaattaagaaaacatAGTCAATAATACACGAAGTTGCTTTTGGATGT
agaaagataaagaaaatgtgtCGTAAAAACAAAATGATTACGTCATCAGG
TTTGATGACTTGGAAAACGTCAAATTCAGGAAAATTAAGAAAGTTGCTAG
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GTGTATGTCTACCATCTTTCTTTATCAAGTCAAATTTATCTTTctaaacc
tttttttataagaacaaaatatatatgACCATAAAGCTTCGAAGGCCAAa
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AAGCTTTACTAGTTCTTATTAGAAAGCTTGCAACTATTGTCTGATTTTAT
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GAAAAGGACTGAGCTACGCGCGTCacctttttctttgattttctcacgAA
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GGTGTATAGTGATGTAATAGCTGCCTTTTATTTTACGGAGGACGCCCGGC
TCTGTATTGAATGGTCTAGGAGTCGTCTCGTTAGAACCGTCTTACGCTGT
AGTTTATACTGCCTGCAATCTTGCGAAACACTGTCACACAGTTTTTTGGA
TCGAGTGCGTTAATCTGGTGTGAACCACCAGGGAATAAGGCCAGCGTACT
CGACCCTCATCCAATTGATACTTAACACAGTCACATAAAGTCttcttgag
tttctgtctacctaattcccctcacatggcatgggttggccCGGGCAAAA
GTAAACTCACTTGCCAACTGATTCACAGTCCCTTGTGGGAGTCGAGCACC
AACGATGCGAATCGATACCAACTACACTATTGCGCCTTTTAGTGTTTTGT
AAAACTTACATAAGTCAATGAATACTTTATCCTTTTTTTTCTCTAGTCGC
AAGTTATTAAAAATGATGACTACATACAACAACAGCTCAACCAGACAAAA
TGGTGGAATCTCTAATACCAATATCACGGCAACCGAAGCTCTAAATGGTT
TGTCAGATGGATTGTCATTGGCAACCAAATTAAGCATCTTATGTATCATC
TTAACGTTCGCGTTGCTTGGAAAcgtcattttgattgtttctaTATTAAA
GACACCACGCATGCGTAAATCATTGACCAATCAACTGATTCTAAATCTAG
CATTGTGTGACGTAGTAATCGTTATTACAGGTATTCCAGGCGAAATCATT
AACCAGACATTAGGAACCTGGGTACTAGGAGAGATCGGATGCCGTTTACT
ATATCCCGTATCAACCTACGCCGTAATTGCTGCCGTCACCACGTTACTTA
TGATCGGCGTAGACCGCTTCTTTGCGGCTTCCTATCCGTTCCGGTACCGT
ACCCTGAAATCGAAATCACATCTTACGCTTGTTATAGTGCACGTGTACGC
TCTCGCTTGCGTCGTCCCGTATGCCTTTCATTTGACGTTAACGGAAGATG
ACGGCGTCATTATATGCGACGAGACGTGGTCAGATTCTACAAGCACTATT
TATACTATATTTTTATTCGTGATTCAATACGGCGCTCCTCTTCCCATTAT
CGTTGCGTTATACGCTAAAACGTGGATACGGATCAAACACCAAAACGATA
GCGTCATCAAAAACGCGGAGAGTATGCATCGTGGGAGTATGAAACGTCAA
GACGATAGAAAACGGGAGAGTGGAGAATACGCCCGGCAAAGTCTTTTATC
CGTCGATGATAATTCGTTAGCCCCAAATCACAGCACCCGGCGTCGATCAC
GGTCACTTTTAGATGCAATACGTGAAAGTTTCATTTCCCTTACGGGGGAA
GACGGGGAACACTCGCATAAATACGTTTCACAGACGGCGATAGATCGACA
TAAACAGACAACGAAACTGTTGAAGCTTTTCATCTGTGTTATTCTTGTGT
TTGCAATTTGTATGTTACCTTATCATATCATTTGGTTAAATATCGCTATA
ACGGGtaaatcacttttatcaaatgaaaCTCATTATCTAATAGCGTATTT
GTTAACATACGTTAATTCCGTAATTAATCCGATTATATACGGAATTCACC
CACGTTTCCGTATTCTTTATAAAAATTGTATAAAAGAGGTTTTAAATTGT
TGTACTAATGTATGTTTCAAAAGACAATTTTATGAAACGGAGGAGATACG
TGGCAGTACTGCAGACTCTGTCTATTCCGTTTGGACACCAGAAACATTTC
GGAAACGGATTTCCCGGACGTTTTCCACCGGTTCAAAGTCTTCACTGAAA
AAGCGGAACAAAAGCCGATCAGACAGTTTACCTAAAAATGGAACGTCTAG
GCGACGGAGTAAGACTGTTCCACCGACAAATATTCCCGTCAAAAAACGAA
GTTTAACGATACCACAAATCACGGTGACGGATATTGAACACGATATAGGC
GACGTTTTTACCGACGAGAACCGATTAAAAGTGTCGGTGTCGTCGAGTTG
TAGTAGCGAGAACGATGACGTTTTCGTTACGAACAATCAAGCTTTAACAG
AATATCGAGCATCTTTTTTTAACAGTAACGATGAAGGGAATTCGAAATTT
GACCAACGTGGTTTATTATATATTGACAAAGATTTTGTCATGTCTAGAGA
CGGTTTACTATTACTTGAGACAATGTCCGAAAGTGATTGCTAATTATCAG
AGATTGATAAAGAATAGTACACGATTTTTTAtgagagcatccaaaatttt
tgaagccttcggatgctcttaactttttaagttttaagcctaaaaatgtt
cttaacatgttctcaccattttttgagaatttttgtccattttcctaaga
aattggatgttttagagtctgcaaagcctgaaaatgttgaa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1491911889:85506..85759 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1491911889:85506..85759 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1510915933:85506..85759 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1510915933:85506..85759 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1575043694:85506..85759 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1575043694:85506..85759 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1491911889:97002..98946 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1491911889:97002..98946 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1510915933:97002..98946 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1510915933:97002..98946 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1575043694:97002..98946 | TCONS_00057736-exon-scaffold_298-1575043694:97002..98946 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_298 | supercontig | scaffold_298:85506..98946 + |
Blast
BLAST of TCONS_00057736 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: OX2R (Orexin receptor type 2 OS=Homo sapiens GN=HCRTR2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 110.923 bits (276), Expect = 8.550e-26 Identity = 99/392 (25.26%), Postives = 173/392 (44.13%), Query Frame = 1
Query: 403 IILTFALLGNVILIVSILKTPRMRKSLTNQLILNLALCDVVIVITGIPGEIINQTLGTWVLGEIGCRLLYPVSTYAVIAAVTTLLMIGVDRFFAASYPFRYRTLKSKSHLTLVIVHVYALACVVPYA--------FHLTLTEDDGVIICDETWSDST-STIYTIFLFVIQYGAPLPIIV----ALYAKTWIRIKHQNDSVIKNAESMHRGSMKRQDDRKRESGEYARQSLLSVDDNSLAPNHSTRRRSRSLLDAIRESFISLTGEDGEHSHKYVSQTAIDRHKQTTKLLKLFICVILVFAICMLPYHIIWLNIAITGKSLLSNETHYLIAYL-----LTYVNSVINPIIYG-IHPRFRILYKNCIKEVLNCCTNVCFKRQFYETEEIRGSTA 1521
I+ AL+GNV++ V++ K MR ++TN I+NL+L DV++ IT +P ++ TW G+ C+++ + T +V +V TL I +DR++A +P +++ ++ ++VI+ + + ++P A F + +CDE W +Y I F++ Y APL ++V ++ K W R SV++ RK + + Q P T+ R ++ I++ I ++T ++L + V+LVFAIC LP I+ + + G + + + A+ L Y NS NPIIY + +FR + K +CC RQ E RG T+
Sbjct: 63 IVFVVALIGNVLVCVAVWKNHHMR-TVTNYFIVNLSLADVLVTITCLPATLVVDITETWFFGQSLCKVIPYLQTVSVSVSVLTLSCIALDRWYAICHPLMFKSTAKRARNSIVIIWIVSCIIMIPQAIVMECSTVFPGLANKTTLFTVCDERWGGEIYPKMYHICFFLVTYMAPLCLMVLAYLQIFRKLWCRQIPGTSSVVQ---------------RKWKPLQPVSQ--------PRGPGQPTKSRMSAVAAEIKQ---------------------IRARRKTARMLMI---VLLVFAICYLPISILNVLKRVFGMFAHTEDRETVYAWFTFSHWLVYANSAANPIIYNFLSGKFREEF----KAAFSCCCLGVHHRQ--EDRLTRGRTS 400
The following BLAST results are available for this feature:
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