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transcript sequence >TCONS_00057457 ID=TCONS_00057457|Name=TCONS_00057457|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3174bp GCCACATTTCGaaattttatacaaattaaCAATCTTATTATTTTCGTTTT AGCATTAAATTTACAAATTCAATAGagtaaataaaaataatcaataatTA CACACATAGTTGGCATCGAAACCCAGATATTCATTATCTGTCTCTTGTTC TTCGGATCTGTTGCTCGCGGTTGAATAGCAGCACAAATACTTTGTTGATA GGCTCAACATGTCTTTGGAGCTTTAATTTTGAACGCTTTTATCATTGCCC AATGGCCGTGTTTCGACCTTTACAAAGCGTTCGGCAATTTACCACACGTA TCGTTGTCAACGAACAATTTGTCCGGCAAAGAATCCTGGGAGATAAAGAA GCATTaataaaaagattgaaaagaGGGGGTCGTTTTCGTTTCACCCGACC ACCCAAAAATGCGGCCGTTGTAATACCGTTGTGCGAAATGGACGGCCGGT TGTCGATTCTTTTCACACTTAGGAGCCCCCATCTTTATAACCATGGAGGA CAAGTCAGttTCCCTGGAGGTAAGGTTGACGATACAGATGCCTCGCGTTC CCATACAGCTGTCCGAGAATGTGTTGAGGAACTTGGTATTAATCGAGACA AAATTGATGTTTGGGTAGAACTACAAGAGTTCCCTGACAGGACACGGACT TTTTGTATCACACCAGTACTATGTTTTATCAATGATTTGGAATTGGAAGA ACTGAAACCTAGTGAAGAAGAAGTTGGAGATATTTTCACGACACCGATAA CTAGCCTTTTACATCCATCAAACCAAGGCTACACAAGTTTCCGAAACGGA TGGACTTTCCCCGTTTTTCCGAATTGTAAACATCAAGTGTGGGGTATGAC CGCCGTAATGACAGAAGTCCTACTTGCCAATGCTTTCTCGGAATTCTATA AAATGAAACTTCGTCTACCGGACAAAAAACGGAAACCCTTTGAGAAATGG CTATGATAAATTGGATAGACTTTATTAAGAATCTAAGCCATTGAAATTGC TTCATCCAATGCCTGCTCTAAAAGAGAAGAAATCGTTTAAAGAAAAGACC TCTCAAGATATCACGAAACAAAGAAAGAATAACACACAAAGATGCGATGC ATCATCTTTTTATACATTCTTCTACCAGCAGTTTTATCTGTCGATTTGCA TTACAAAAACTTGGCTGATTATGCCAAAAAATGGCAGAAAGGACGATCCA AACCCATCAAATGCACAGTGCATCTTATAGGTTGGAACAATAACCCTCCT TACTTTTACCAGAGTGACGTACCAGGAGATTCGGAACATGACAAAGAGAT CTGGATAACAACTACCGGAATCATACCAGAGATTCTTACCCGGATACTCC ATAAAACGGAACATTGGTCTAAGGAGAAATTGAATGTGAAGTATGCATAT GAAATTCAGAATGAAACTTTCTCGTTCACTACGGAACAAGAATTGATTGA TTTGGTAAGCAACAGAGATGTCAAAAGACCTTTAAATACCTTTAATGTGA GTGCAAGCTCCAATGAGGTTTTCATCCTTGCAGGAACGACGTTTTACACG GAAAATGAGAAACTTTACAAACGCATGAAAATTGTTACTACTGAGAATTC AGTTATTATCGTACGGACAAAAGATATTTTATTGTTACATCGCTTCTTTA ATGGGATTTGGAAATGCAAAGGTGTTATATTTTTTGCTGTTACGTGTGCC GTCAATTTAGCGGCCGTTATTTGGGTCATCGAACGTCAATCAAATATGGg atttgaaaaaacatttggTGCTGGACTTTGGACTTCGTTTTGGTATTGTT TTGTTACCATGACAACAGTTGGTTACGGAGATAAAGTTCCAAAACATTTT ATAAGCCGTTTTCTCTGTCTAGCCTGGATGCTTTTTGGATTAATGTTAAC GGCTATTATTACGACGACCATTATGGAAGCAGTCCAAGAAGAATTCCCAA AAGTTGGTAAAAGAATCGCCGTCAAAAACGATTCGACACAACAAGCTGTT TTGACCACaaaaatttccgcgtttcccgtTCCTTACCAAACCGCTGAAGA AGTCCTGGAAGCCGTTCGCAGGGAAGAAGTCGACGCTGGATTTTTAGATT CTCCAATTGCTGCTTATCTCTTCAAAGAACACAAAATAGAAGATCTCAAA ATCGAAAGTCGCTTTTTAGTGAAGAGCTGGGTCTTTGGATATGTCTTTCA AGCTGTATGGGATGAATGCTCTGCTTTCTTTCTCAATCAAACTTTACCGG AAGATACAATGTCTAGTTACAAGTCTATCTTCGTACCAACATACCACATA AAACATTACTATGCACGTGACTTTTTAGAATTCTTTATCACATCGAATGA TGAGGGTCTAGTCTATTATATGACCATATTTGCAGCCATTCTCATCTTTT TAGGTGTGTTGACAGAGCTGCTTATCAAACTAAATAATTGGTATCAGGTT AGGCAGCAATATGGAGGAAACTGTATGACCGCTACAATGATCAGGAGACA AAGACTTCGATCGGATCGAGAAAGTCTTCTACAGAAAGAGGCCGAGGACG AGATTATGAAGGAACTCGAAACGGAAGTGTTCGATAAAATACAAGAATTG AAAGAAAGATTGATGCAGGTTAACAATCATGAACAAATCATTATTGGCAA AGAAACTCAAGCTTAAAGTAgttgttgtgttttttttaccattttattgG GAATGTACCATAGAAAACCATGGTCAAACTTCGTGATTCCAAGACTTCTT TACATATGGTGTATTTATTGTCGTGGTATTGAGAATCGCATATATTTTGA CTTCATTATGTCGTTTGTAGAAAAAACATTCTTTATACTCCTGTCTCATA CTCAGGAAGGTTCTTTagtatattttttgactttattcaatacacctttt cgaccgtagccgccaattgccgcgtgggcattttttgttcgttttatcac cctaaaaccgtcccagccttttttttttttgcacttaaagacaatagaaa aaagtgtaaaaaaagattggatcgagtttagggtggtaaattaaataata aaatggcacgcgcctgaccgcgcgactacggtcgaaaaggtgtatttatg CTGTAAATGTAGTTATATTTTTGTATCACTTTTCAATGAGTATTCATTTA TACAAAACATATATTCATTTCATC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00057457-protein >TCONS_00057457-protein ID=TCONS_00057457-protein|Name=TCONS_00057457-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=524bp
MRCIIFLYILLPAVLSVDLHYKNLADYAKKWQKGRSKPIKCTVHLIGWNN NPPYFYQSDVPGDSEHDKEIWITTTGIIPEILTRILHKTEHWSKEKLNVK YAYEIQNETFSFTTEQELIDLVSNRDVKRPLNTFNVSASSNEVFILAGTT FYTENEKLYKRMKIVTTENSVIIVRTKDILLLHRFFNGIWKCKGVIFFAV TCAVNLAAVIWVIERQSNMGFEKTFGAGLWTSFWYCFVTMTTVGYGDKVP KHFISRFLCLAWMLFGLMLTAIITTTIMEAVQEEFPKVGKRIAVKNDSTQ QAVLTTKISAFPVPYQTAEEVLEAVRREEVDAGFLDSPIAAYLFKEHKIE DLKIESRFLVKSWVFGYVFQAVWDECSAFFLNQTLPEDTMSSYKSIFVPT YHIKHYYARDFLEFFITSNDEGLVYYMTIFAAILIFLGVLTELLIKLNNW YQVRQQYGGNCMTATMIRRQRLRSDRESLLQKEAEDEIMKELETEVFDKI QELKERLMQVNNHEQIIIGKETQA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_289:45154..74552+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00057457 ID=TCONS_00057457|Name=TCONS_00057457|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=29399bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_289:45154..74552+ (Clytia hemisphaerica) GCCACATTTCGaaattttatacaaattaaCAATCTTATTATTTTCGTTTT
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TCACTTTTCAATGAGTATTCATTTATACAAAACATATATTCATTTCATC Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_289:45154..74552+ >TCONS_00057457 ID=TCONS_00057457|Name=TCONS_00057457|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1575bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_289:45154..74552+ (Clytia hemisphaerica) ATGCGATGCATCATCTTTTTATACATTCTTCTACCAGCAGTTTTATCTGT CGATTTGCATTACAAAAACTTGGCTGATTATGCCAAAAAATGGCAGAAAG GACGATCCAAACCCATCAAATGCACAGTGCATCTTATAGGTTGGAACAAT AACCCTCCTTACTTTTACCAGAGTGACGTACCAGGAGATTCGGAACATGA CAAAGAGATCTGGATAACAACTACCGGAATCATACCAGAGATTCTTACCC GGATACTCCATAAAACGGAACATTGGTCTAAGGAGAAATTGAATGTGAAG TATGCATATGAAATTCAGAATGAAACTTTCTCGTTCACTACGGAACAAGA ATTGATTGATTTGGTAAGCAACAGAGATGTCAAAAGACCTTTAAATACCT TTAATGTGAGTGCAAGCTCCAATGAGGTTTTCATCCTTGCAGGAACGACG TTTTACACGGAAAATGAGAAACTTTACAAACGCATGAAAATTGTTACTAC TGAGAATTCAGTTATTATCGTACGGACAAAAGATATTTTATTGTTACATC GCTTCTTTAATGGGATTTGGAAATGCAAAGGTGTTATATTTTTTGCTGTT ACGTGTGCCGTCAATTTAGCGGCCGTTATTTGGGTCATCGAACGTCAATC AAATATGGgatttgaaaaaacatttggTGCTGGACTTTGGACTTCGTTTT GGTATTGTTTTGTTACCATGACAACAGTTGGTTACGGAGATAAAGTTCCA AAACATTTTATAAGCCGTTTTCTCTGTCTAGCCTGGATGCTTTTTGGATT AATGTTAACGGCTATTATTACGACGACCATTATGGAAGCAGTCCAAGAAG AATTCCCAAAAGTTGGTAAAAGAATCGCCGTCAAAAACGATTCGACACAA CAAGCTGTTTTGACCACaaaaatttccgcgtttcccgtTCCTTACCAAAC CGCTGAAGAAGTCCTGGAAGCCGTTCGCAGGGAAGAAGTCGACGCTGGAT TTTTAGATTCTCCAATTGCTGCTTATCTCTTCAAAGAACACAAAATAGAA GATCTCAAAATCGAAAGTCGCTTTTTAGTGAAGAGCTGGGTCTTTGGATA TGTCTTTCAAGCTGTATGGGATGAATGCTCTGCTTTCTTTCTCAATCAAA CTTTACCGGAAGATACAATGTCTAGTTACAAGTCTATCTTCGTACCAACA TACCACATAAAACATTACTATGCACGTGACTTTTTAGAATTCTTTATCAC ATCGAATGATGAGGGTCTAGTCTATTATATGACCATATTTGCAGCCATTC TCATCTTTTTAGGTGTGTTGACAGAGCTGCTTATCAAACTAAATAATTGG TATCAGGTTAGGCAGCAATATGGAGGAAACTGTATGACCGCTACAATGAT CAGGAGACAAAGACTTCGATCGGATCGAGAAAGTCTTCTACAGAAAGAGG CCGAGGACGAGATTATGAAGGAACTCGAAACGGAAGTGTTCGATAAAATA CAAGAATTGAAAGAAAGATTGATGCAGGTTAACAATCATGAACAAATCAT TATTGGCAAAGAAACTCAAGCTTAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:45154..45354 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:45154..45354 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:45154..45354 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:45154..45354 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:48459..48765 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:48459..48765 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:51671..51751 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:51671..51751 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:53725..53794 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:53725..53794 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:72436..74552 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1491911889:72436..74552 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1510915933:72436..74552 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1510915933:72436..74552 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:72436..74552 | TCONS_00057457-exon-scaffold_289-1575043694:72436..74552 | Clytia hemisphaerica | exon |
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_289 | supercontig | scaffold_289:45154..74552 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
Term | Definition |
GO:0004970 | ionotropic glutamate receptor activity |
Vocabulary: Cellular Component
Term | Definition |
GO:0016020 | membrane |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category |
Term Accession |
Term Name |
cellular_component |
GO:0016020 |
membrane |
molecular_function |
GO:0004970 |
ionotropic glutamate receptor activity |
Blast
BLAST of TCONS_00057457 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: NUDT8 (Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 8 OS=Homo sapiens GN=NUDT8 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 120.939 bits (302), Expect = 8.204e-30 Identity = 79/195 (40.51%), Postives = 109/195 (55.90%), Query Frame = 3
Query: 342 DKEALIKRLKRGGRFRFTRPPKNAAVVIPLCEMDGRLSILFTLRSPHLYN-HGGQVSFPGGKVDDTDASRSHTAVRECVEELGINRDKIDVWVELQEFPDRTRTFCITPVLCFINDXXXXXXXXXXXXVGDIFTTPITSLLHPSNQGYTSFRNG----WTFPVFPNCKHQVWGMTAVMTEVLLANAFSEFYKMKL 911
+ E +RL G R P +AAV++PLC + G ++L+TLRS L H G VSFPGGK D D HTA+RE EELG+ + VW L+ D + + PVL + L+ + L+P+ EEV ++F P+ LL NQGYT F G +T PVF + H+VWG+TAV+TE L Y+ +L
Sbjct: 9 EGELRCRRLLAGATARLRARPASAAVLVPLCSVRGVPALLYTLRSSRLTGRHKGDVSFPGGKCDPADQDVVHTALRETREELGLAVPEEHVWGLLRPVYDPQKA-TVVPVLAGVGPLDPQSLRPNSEEVDEVFALPLAHLLQTQNQGYTHFCRGGHFRYTLPVFLHGPHRVWGLTAVITEFALQLLAPGTYQPRL 202
The following BLAST results are available for this feature:
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