TCONS_00057367 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00057367
Unique NameTCONS_00057367
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2268

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00057367 ID=TCONS_00057367|Name=TCONS_00057367|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2268bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_288:400884..424007-

Legend: exon
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>TCONS_00057367 ID=TCONS_00057367|Name=TCONS_00057367|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=23124bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_288:400884..424007- (Clytia hemisphaerica)
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TACCCATGATTCATTTTGATTGTGAAATGCCCTAAACACCTGTCATCTCC TGAAAGTTTTTCGTCCATATTAGTGCCATGAACCTATAAATTTCAATAAG TATACACATGTTATTCTTAATTTTTACAACAATGCACCAATAACGCTCGA ATCACGTTCGATGGGCATTGTAACAACTTCTCCTAATTCTGTCAATAGAG AGCGTNGGGGATTTTTATCAAAGCGAGACTGATACACGCGGTCAAACGAG GGCTACTGACAAAAAGACATTATGTATACTTTATTGGTAGCAGGAATATT TTTAACGACTTTAACAACGGCTTATGAAGCCAATCGTAAATGTGAACCCA ACAGGGCGGCGCTTTGCAAAAACTTATACAACTCGACACGGTTTCCGAAT TTCGTGAAACATCGGTCACAGGTAGATGCAATTATCGAATTAAACCAGTA TAAACAACTCATTGATATCGAGTGTGCGCCTCATTTGAGATTGTTTTTAT GTTCAGTTTTGATGCCAATGTGTACTATGCTTGAAGAAAATATTTTACCA TGTAGATCGCTCTGTGAAGAGTCAAAAGCTGGTTGCGAAACAGTTTTATT GAACTTTGTGGGCTTACCGTGGCCTGATAGGTTGAAATGCGATCAGTTTC CTGTCAGTGGTAGCGGACAAGTTTGCGTGGAGAACAAGAATGCTCAGCCT AACAAAAAAACGTGGGGTAAGAATCAATTTTTCGTTTCCCAACTGATATG TTACGTCAAGACAACGTTCATTTAACGCCTATAGGCTATTTCAAAGTCGC AAAGCGTAATGGGAAATCAGTACCTCTGCGCGCTAATGACGACTTTTGGT CCAAAGTTTTGAAAATTCTCAAAGATTGTTGCATCTAGCCAACTGGAAGT CGTTACTAGAGTGCAACCAGTCCTGATTACCCATGATTCATTTTGATTGT 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CTATTTTCTTTTTAGTGGACCCCAACAAGCGAAGTAAAATGACTGAAAAA GAGAAAGCCATTCTTATTTGTAGTAAAGGCCAAAAGATTCGGTTCCGTAA GATAGTCCACGAAAATAAAAATTGCAAGCGTCACATCTCTCAAGAAGCGA TACGTAAGAAATGTGATGGGGAACATACTTGTGAGTTCACGCTCAAAGAC CTCACCAATGAAAGAGGACAAGGGAAAGGTTNTGGCAAATTCTTGATATT ATGTAAAATTATAATCAAACTTCTGCTCACCATCCAAAACAAACATTATC GAGCTATCATTTCTATTTTCTTTTTAGTGGACCCCAACAAGCGAAGCAAA ATGACTGAAAAAGAGAAAGCCATTCTTATTTGTAGTAAAGGCCAAAAGAT TCGGTTCCGTAAGATAGTGCACGAAAATAAAAATTGCAAGCGTCACATCT CTCAAGAAGCGATACGTAAGAAATGTGATGGGGAACATACTTGTGAGTTC ACGCTCAAAGACCTCACCAATGAAAGAGGACAAGGGAAAGGTTGCAGACC CGGTAAAATTGGTTCAGCGAGCATCAAGTACCAATGTTATAAAGGTAAGC GAGACAGAGTTTGTTTTTTTGTATTGACTTGATTCCTAGGTGGAGAGGCC GCCTTTAAGGTTAAGTCTTTCAGGCTTCAAAAGTGCACTGTAAGGGTCAA TATTAGAGAAAGTGCACTCGAAGGGTGTAAAAATTGAGTAAAAACTATTA GCTGTGAAATTCTGGAAAAACGGACCTTTTGTTGCCTTCTAATGGAAAAA AACCTTCGAGAAAATGCATCGCGAGGGTCGATTTTCAAAATTTGGCTTAA TTTAAGAGCTCTAAGGGCTAGACGTGATTTCTAAATCGCCTTCACTTTTA AGACATTTTGTCTGGTATTTGAACCAATATGCAAGCAGCTACTTATCGAT CATAAAAACAAACTTTAGGAAGAAAAAATCTTCTCACGTTACCATTTGCG TTCAAAAATTATTATTGACTCAATCTAACGTTACTTTAAACCTATATTAC AGAATTGCACACGCCATTATAGATTTTATCTTTTTGTAAAAGAAACCTTT CTATTCTCAAACTAGAAATTCAAGAAGATTTCGATGGTTTTGTGACGAAC TCCAATAGACGATATCGGCTTTCCGAATTCTCCCCGAATGATTACCCATG ATGCATTGCGCAAAAAAATTCACGGACAATATTGACTTACTGAATTTGTT TGCGCAATGCATCATGGGTAATCATTCGGGAGAATTTCGTTAAGCCGATA TCGTCTATTGATATAATATCCTTTATCCTTATAGGAATCTAAACTTATTC ATGATATTTACGACGCAATGTTTTTCTACAGAAACACCCCTGTTTTGACA GTGGCGGAAATTTATGCTAGAGAAAATTTGTTTAAAATTGTCATTACTGG AAAAAACCGGGGTGTTTCTGTAGAAAACATCATTGAATGAATATCATAAA CTAAGTGGTTTTTAAGGCCTAAAACGTTTATAATTTTCACTAAATTATCA AATTGTTGTCAATCTCTTCTAGACAAACCGCCAAAGCAGATCCATTTGAA ATATCGCCAAGATGCATTCCTTCTCTGCAAAAGCGCTAATCGAAGAATCA ATATCTTGAAAGTTCAGTACCGCGACGAGAAAGCGGCCGACACCTGCATC ACACCGAACGCCTTCTGTAGCGTAACACAATCNCGACGAGAAAGCGGCTG ACACCTGCATCACACCGAACGCCTTCTGTAGCGTAACACAATCATGTACT GGAAAACAGAATTGCGCTTTGTATTCCGATAACTCATTTATACCCAGTCC CTGTAAAAATCTAAAACCGAAACTCATTGTTGATTATGAATGTGAAAAAA CATTACCTGGTAAGCTTTTTCTCTTTCATCCCTGGGGACGAATACTTAAA TTCGTAGGGTCAGCCTCGTTCTCATTTCTGATTGACACTTCTGATAAGGC AATTATTTACGGCTATGTTTGACATTTGGAAGGTGGGTGGAACTGCTTCA CTTTTACTTTGAGTTCTGTAACTCACTTGAGTAATGCACTTGGAACAATG TTAGAATGGTATGGGGACTACTCAAATATATTCTTCACTGAAATGGATTT AGATTATTAAGTACCTTTGAAAAATTCGGGTAAAAATTTATAATATTTTC TCTTTGTTGTCTTTTCTTATAGATGAAAAAGTTGTTCAAGACTTTTGGGA AAACATCGAGTTAAAATGTCCTGCGGGTAAACTGTTGAACATTGTGCGGG CTGAGTACATTGGATCGTTATGCAGTAGTAAGAACATTCACTGTGCTGTC AATTTATATTGTAAGAAGAAACAAAACTGTATTCTTAAAAATTCTGATCA GCGAGCTGTCCAATGTAAAGACGAGCGGAGTAAAGTTAGTATCCGCTACG CGTGTACTTGAAGAAAAGCCGTGTTTTCAGGTGATGATAGAAATAGAGTG TTTTTGCGAAGCCCTTTCCGCTTTAATGAAAAATTCTCTTTGGAAAGTCG CGAAAACGTATTAAAATTTGGGATTAATGCAACAATGAATGACTCAATGA TGGTGATGATGACTCAATGATGGTCAGGTTGGTTTGACGTCGCATTGATG GAAAAGTGATATTTCTTTCCAAAAGACTTTCTGTTGCAAGATGGATACAG AATTTGATGTTATTGTTTCAGTGAATTTTATCTTGATAAACGATAATTTT ACGATAATTTCTAGATTTTATAAATATCTCTAGATATATAGCAGACTGAA GCAAATTTTCCGTCAATTCCTAATAGATTCGAGACTGTTAGCAGGTCTGT CTTTAGTCTGAATCGCAGACCTCTACAAAACCCCAGGTAGTATAAGGAGC ACGAATCCGTTAGTGGATGCCAGCAGCCTAGTCTGTCTTAGAAAAGGGGC GCATTTTTAAGACAAAAATGTTTTGCTTTTTTCACATTTTGATTTACTTG ATGAAGAAAGACCCAGGGACGATTTTTTTTATTTTTTTAATAAAATATCC AAATGACATTTTTTGTTTAAAATTGTAAATTTTTAAGAATTAATTAATTT TTTTTATTTTCATACATTTTGTTTTTTTTTCTTCGGAATGTAAAAAGATA GTAAAGTTAGTGACGTAGTTAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_036146XLOC_036146Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_288supercontigscaffold_288:400884..424007 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.798258 1.24106 0.158435 0 49.9462 42.2327 28.1527 28.7889 19.3361 31.4641 9.54117 16.7754 7.13635 8.18317 1.92578 2.55359 6.5267 6.10954 12.078 9.11125 2.0065 5.36762 7.86994 8.32013 7.94874 11.0658 27.4105 9.71545 2.52049 1.3933
Blast
BLAST of TCONS_00057367 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FZD7 (Frizzled-7 OS=Homo sapiens GN=FZD7 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 124.79 bits (312), Expect = 8.789e-30
Identity = 54/119 (45.38%), Postives = 82/119 (68.91%), Query Frame = 1
Query:  337 CEPNRAALCKNL-YNSTRFPNFVKHRSQVDAIIELNQYKQLIDIECAPHLRLFLCSVLMPMCTMLEENILPCRSLCEESKAGCETVLLNFVGLPWPDRLKCDQFPVSGSGQVCVENKNA 690
            C+P    LC ++ YN T  PN + H +Q DA +E++Q+  L+ ++C+P LR FLCS+  P+CT+L++ I PCRSLCE ++ GCE  L+N  G  WP+RL+C+ FPV G+G++CV    +
Sbjct:   49 CQPISIPLCTDIAYNQTILPNLLGHTNQEDAGLEVHQFYPLVKVQCSPELRFFLCSMYAPVCTVLDQAIPPCRSLCERARQGCEA-LMNKFGFQWPERLRCENFPVHGAGEICVGQNTS 166          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00057367 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
FZD78.789e-3045.38Frizzled-7 OS=Homo sapiens GN=FZD7 PE=1 SV=2[more]
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