TCONS_00054761 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00054761
Unique Name	TCONS_00054761
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4166

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_245:196595..231755+

transcript sequence

>TCONS_00054761 ID=TCONS_00054761|Name=TCONS_00054761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4166bp
CTGAAGGAGTGAGTgaacaaattttacaaatatcgGGTGACTTTTTAATC
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CACCGGTTTGTTTGTG

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transcript from alignment at scaffold_245:196595..231755+

Legend: exon

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>TCONS_00054761 ID=TCONS_00054761|Name=TCONS_00054761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=35161bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_245:196595..231755+ (Clytia hemisphaerica)
CTGAAGGAGTGAGTgaacaaattttacaaatatcgGGTGACTTTTTAATC
CTAACCCTCTATAGGTACATCCTTGCTACTGGAACTTGTATCCTCATATT
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GCGCATACTTGACCTCCCCACGCTTGAATTCAGGAGACTCTTTTGTGATA
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TTCTTTTTTCTATAATATTTATATTAGTAATGAAAGAAGACTTCTAATTG
CAGACCTGAACCAATACTCTCAACTCATTGACTCAAATTACTTTTAATTT
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ATTGGAAGCCATGAATAAATTGGTTGATATTATTGGAAACGAGGTATTGT
TAATTTGCTGTGTTTTAGTTAATTTGGTAACTTTTGGATCTTCTTTTTCT
ATTAACCTGTTCTCACGAGATGTTCTATAGTAACTTCATTACACCTCGTT
TTTCTAATCATAAAGTTTTTTATCCTATTTCTTAACTCGAATGTGAtatt
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CTTTAATAATTTAAtgataataaaataattttttttaggccATCCAAACG
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tttttttatttccatattttttggacctacctcagaggtcctttaaatta
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AGTACACAAAAAGCGATAAtgcccaattttctaaaaaaagtttttaggca
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CTTTCTGGTTTTAATAAATGGTCGAAAATCGGGGCAGAATCTTGTCCGAA
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GTGCGCTTTTTTATTGTATTGTAGAGGAAAACAGGAGGATTTTCAATGAA
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TGCAATTAGAAAAGTTGATGATGGAATCTTtccattgggctcttccagaa
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TTGCTCCTCCTTGCCTTGGTTTCTTACATTTACCATGGTAACCTAAACCC
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TTCTTTATTTAACTTTTAAATCCATCAAAGTTTTAGTTCAAATTACATAA
GATGAAAAAGAATATTAGATTAAATTAACATAAGACCTATACTAAGTAAC
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GGAACTGAGGCTGGTATTGGTCAGAGTTATTCCATACTTAGGTCTTTTTA
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TCCAAGTGGACTTTGTATCAGACCAAATCCCTCTGTTATTCCAAGTATTA
ATGCCAACCTAATACAAATTGTACGAATTTTAACTTGGTTTTTGATATTC
CGTAACACTTGTCTCGTTCGATTACGACTTTGGTGGATAATGCGCGCGAT
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AATTTATTCAACTTTCTTGCCTCCGATTACTCCCTTTCTTCGAAGTAATA
AACAGTCTGCTCCTTCTATTACTTCTGATCTCATACCTGCTTCAAAACAA
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TTGCCCCCCCCCCGTGAGATTTGTACATGTCCCTCCATTTCTTGGTCTGA
AATACCtatttttacttgaatttcATTTAACTGTTAGTTCTTTGTGTAAG
CGCAACAAGCGCAACAAGACTTCTGTTTTGTTGTCTTTGTCTGAAACTTA
ATTACTGCGTACGGTTGGCATCTGCCTCATAACTTTTAGGAAGGATGGAG
TATTCTCAATTCTCGACTACCGAGTTGTTTTTTCCTCTCATCTCATACTA
CTGTGTCATCGAGACATTATTGTATTGTTCTTCATTCATGATATCCGCAA
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TACTTAAGGGGGGgggagaaattttcatgaataaGTTTTTTTAGTTCCTT
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GTCAATAAGAAACGCAACCTTACCgattcatcttcatttttgatttcttc
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TTTTCAAACTTGGTCGTCTGCCATCACTACCCATGATGGATGCCATCTCT
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CTATTACTATAGATTTCTTATTTTGCATTTTGTCACAATCATTGATATCA
AAGTTATATATATCCaccattatttttcttttcctaatATGAATTCCTCT
TGCTAAGGAAATTCAGTTGCTTGCGTAAGGTGTTGCTATGGGTAACCACT
GGTTGCTTGCTTGACCATCCCTCATGAATGAGTTTAACTTAATTAACTAT
TCATAACGCCATAAATGCTTTCAATAAAACTTTGCTGAATTAAGCAGACT
CTTTCACCTTTCATTCGAATAAAAAAACTGAACATTCGATTCCCTTATGC
TTATTTTAAGAACACATTTTCATGACAGTTTACAAAGGTAATACAGATAT
CTCACCATTGTATCTAACATGATAATaaagttttcaataaaatctCAACG
TATTAAAAAGGGAAGATTATTTGGTTCGTaatatttcatcaaatattTGG
TTCTGATTAAGAAGATTGTTGAAAATGTGTTTCACTTaggaatgttctta
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TTATTTTCTATCGATTCATTAATGTAACCAgttctatttttgaatgaaat
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TACAGGAGTTCAATCTAAGGGGTTGATTTTGAGGCGGAGCCTGTGAGAAC
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TTAATGGGGATGAATCAAAATCCATTTCCTAGTGGAGATGAAATATTAGG
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GGGTCCAAGCGGGGTCTGTGACACCAGGTGTTATATTGGAGGGATGAATG
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TGTATTGGAAAATTTTACTCGaacaattttgagaattttaccaCGATTTC
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CCTCCCCCAACCTACCTTCAAAAACACtgtttttcatgatttctaGACTG
GTCAACCAATTTTGCCACCTAAAGTCTTTGTTGTTGACCTAATGCACAAC
CCTGGCGAACTATTTCCCAAAGGATCACCCGAAGCGGTCAAATATCAACG
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CGAAGTTTGTGTAAATAAAGCGTTACTTTTTGGTATGATTCagaattaat
ttatttttctgcAAGATATTTTAATATAAGTaagtttaaatatttttttt
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GTATGTACAGTAAAGATACCACACATCTTTATGAATTCCAACCAGCCTTT
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AATGTCCCAATACTTCGTTCAGAACTTCGAAATTTCGATCGGTTGGTTAA
GACCTTGTTCTCAGCTCGACTAATTCCTTTAGTGAAGAGTACATAAGCCA
CGATCACTGATATGATAGCCATCGTATCGATGAAAAGTACAATTGCGTTC
GACACCGCTGAGAAACCATACAAGCTGCCAGTCAGGAAAAGAACGCCTTC
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TCGTACGCCGTGAGGACGATGCCGTAAGATGAGAGATGGCCAACAACCAC
TAACGCGAAAAGAGTCATCAACTCTAACTCGTAATAGCATGAATCGGAGT
AACTCGTCAAAAGCATAGTTAGGAAAGTCAAAGTGGCTAATGCGCCAACG
ATATCTGACATGCTAATAAAAAGCACTAGTCTCATGGCGGTGATTTGTGT
TTGTTTAGTCAGAATCAGGCTAACAACAACAGCCAAATTTGCCAGCATGC
TTGCCAAGCCATTAACGATGACGTTGTAAACAGCCaatgatattttttga
ctgCTTAACATGTGAAATCGTGGGTAAGGCGTTGAACAGGCAAGTGTAGT
GTTGTTCATCTTGAGTTGCCAGTGGAGTATTGTTGATGCTAAAGTCACCG
GTTTGTTTGTG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_034500	XLOC_034500	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_245	supercontig	scaffold_245:196595..231755 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.54318	2.97112	35.0573	38.7883	39.2713	34.0215	6.01342	13.0285	14.5427	10.4747	5.22242	10.7032	1.00822	0.954558	0.860831	1.66301	1.15053	2.56555	1.52806	1.31051	1.31469	2.14732	0.000901871	3.10757	30.4192	21.2935	2.11536	3.92824	0.673116	1.71451

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00054761 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ARMC3 (Armadillo repeat-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=ARMC3 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 558.91 bits (1439), Expect = 3.403e-179
Identity = 342/868 (39.40%), Postives = 529/868 (60.94%), Query Frame = 1

Query:  181 PLKEEFDPVELVTKKPQTVTLMLQSAEESVLQTVCDSLYKYAEKSQENKAQMVNLGVLEHLPRLISHEDKLVKRSAIMCIGSMSSENSCKKILRRIGCVKPLLQLLSPDEEIICHEFSTLALSNLAETFTSKIEIFEQNGLQLLVNHLSSTDCDVQKNTVHAVSLLVEEFQNRAAMKDLHGFEPLLKLLDSDYPVIQELALSTLITCSQDAENRGALRELEAMNKLVDIIGNETWSDLHILALQCLANLLEDTETLRAIQTTGVFDKLLAFITGSSSSPEIQQFTMIVIAAASRLEENRRIFNEQETEKTLITLLTSDNIQVSISAVKAIAALSENLSSRDKIGRLDGIPNIMKLLSHENEEAREIATLALSNLTNANQNNCNILMDKNSLDVIVKLLSDKKYEIQSNTAVLLSNLAMNESWRNEIKKHGVVKALMEPLKSESEQVQLDACQALAAFLCDVDARNKLLTLDEGILNVVNLLRSPNGSVQRNAAWVLAMCAVDENIAEEITKYGGLELLQQIQHSSTRKNPVVDMAWSRLLNNNLPAKYALTGELGFDNTLESLFFDVGKIRGDSQFLPLPLLFNEEVNNKRPVILVNPKKNATSGSNSKRANKDEEKHTASPSKPASVEKPEKQRTRTRNDRRMSKSRVGRDNREEPIISGGTNTVSEKPLVE-----------------TIPSLPALSKFVTSISATE------DKELLNMVQTVQSTIGGLSDLSEQITSLALFVSDRMGGNVERSDFTNFSFELHISELKTELASNVIPIGRIKCGIYYHRALLFKVLADQIALRCSLMRGEYGRAWNEVQIMERSETG--QPILPPKVFVVDLMHNPGELFPKGSPEAVKYQRI 2709
            P K+ FDP+ + +KK  TV LML S EE +L   C+++YK+A K +ENK  ++ LG +E L +L++HEDK+V+R+A M  G ++S N  KK+LR +  +  ++  L+P+EE++ HEF++L L+N++  +TSK++IFE  GL+ L+  LSS D DV+KN++  +  LV++FQ RA +++L+   P+L LL S+YPVIQ LAL TL   + D E+R  LR+ + ++ L+ I+  +  +DLHI AL  +AN LED +T+  IQ TG   KLL+F   +S+ P+IQ+     I  A+   ENR++F+EQE EK L+ LL S+N    I+A +AI+A+ EN  S+D      GIP +++LL  +NEE RE A LAL+NLT  N  N N   + + +D ++ LLS K+    +N A +L+N+AM E  R  I+ H ++ A++ PL+S +  VQ  A  A+ A  CDV+AR +L     G+  +V LLRS N  V+++A+W + +CA DE  A E+ + G L++L+++  S TRKN   + A+++LLNNNL  KY+ TG L   N +   F+D G+I   ++ LPL  L  +E ++ R V+L+N K   +  S+ +  +K +  +  S S  +S+ +  K++ +  +    +      +++ EP  + G NTV  K   +                     +  + KFV   S+ +      D +    V  V  +I  ++++ EQI  LA +V+++MGG + +    +FS+ELHISELK +L SNVIPIG +K GI+YHRALLFK LAD+I + CSL+RGEYGRAWNEV +   S  G    +  P+++V+DLM +PG L    S EA  Y+ I
Sbjct:   12 PPKDVFDPLMIESKKAATVVLMLNSPEEEILAKACEAIYKFALKGEENKTTLLELGAVEPLTKLLTHEDKIVRRNATMIFGILASNNDVKKLLRELDVMNSVIAQLAPEEEVVIHEFASLCLANMSAEYTSKVQIFEHGGLEPLIRLLSSPDPDVKKNSMECIYNLVQDFQCRAKLQELNAIPPILDLLKSEYPVIQLLALKTLGVIANDKESRTMLRDNQGLDHLIKILETKELNDLHIEALAVIANCLEDMDTMVQIQQTGGLKKLLSFAE-NSTIPDIQKNAAKAITKAAYDPENRKLFHEQEVEKCLVALLGSENDGTKIAASQAISAMCENSGSKDFFNN-QGIPQLIQLLKSDNEEVREAAALALANLTTCNPANANAAAEADGIDPLINLLSSKRDGAIANAATVLTNMAMQEPLRLNIQNHDIMHAIISPLRSANTVVQSKAALAVTATACDVEARTELRN-SGGLEPLVELLRSKNDEVRKHASWAVMVCAGDELTANELCRLGALDILEEVNVSGTRKNKFSEAAYNKLLNNNLSLKYSQTGYLSSSNIINDGFYDYGRINPGTKLLPLKELCLQEPSDLRAVLLINSKSYVSPPSSME--DKSDVGYGRSISSSSSLRRSSKEKNKKNSYHFSAGFGSPIEDKSEP--ASGRNTVLSKSATKEKGWRKSKGKKEEEKVKEEEEVMVVPKFVGEGSSDKEWCPPSDPDFSMYVYEVTKSILPITNIKEQIEDLAKYVAEKMGGKIPKEKLPDFSWELHISELKFQLKSNVIPIGHVKKGIFYHRALLFKALADRIGIGCSLVRGEYGRAWNEVMLQNDSRKGVIGGLPAPEMYVIDLMFHPGGLMKLRSREADLYRFI 872

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00054761 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00054761 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ARMC3	3.403e-179	39.40	Armadillo repeat-containing protein 3 OS=Homo sapi...	[more]

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TCONS_00054761 (transcript) - C. hemisphaerica