TCONS_00054357 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00054357
Unique Name	TCONS_00054357
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2510

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_242:777757..795439-

transcript sequence

>TCONS_00054357 ID=TCONS_00054357|Name=TCONS_00054357|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2510bp
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GCCATCCTACCAGCACTCATTGATCGTGATTTCACCCTAAGAAGTGATGC
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CCATCAGTCCCGGATCAATGAATTATATACATATTGATTACAGACAGTGG
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GGTCAAACAGCTATGGGAAACTCAAAAGTTTACAAAATGCTGAAACAAAA
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TTGGTATTCAAGCGCTTTATTGGTACTGCAAATACAAATTGAGTGACGAT
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CTGttgcaattttaaaatttggaaagCTGATGGTCGTACTCGTTGCTTTT
TTGATCTTCC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_242:777757..795439-

Legend: exon

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>TCONS_00054357 ID=TCONS_00054357|Name=TCONS_00054357|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17683bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_242:777757..795439- (Clytia hemisphaerica)
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AGGGACATGCAAGTCAACTGAATTGGCAACACTGATGTCGGATAGATCCA
TTTGGCGAAGACCACTGTTTGGCTAGCTATCGCAGGCATGGGCAGGTAAG
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GGCTGGAAAACAGTTTTAAAGCAATAGAAAATTATACCATTCACATTTTA
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ATAATTTGTTCCTTCCTTGACTCTCGCTGTGCGAGAATACCTCGTGATTA
ATAATAGAAACCACGGAAACTTTCGAATGCATACCACCAACTTCGTCAAA
GCGGTAACCTAATGACGTAAAATATTACCAACAGTCTGCTCCTCTAAAGT
ATCCTGCATTGTGACAAGCATGCGTAATTTATCGTTCTTTGAACTATATG
TAGTTAACCCCCGTGAAAAACAAAGAGGAATGAATACGTAGGGGTGGTAC
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AAAATTTGTCGTTATTTTTGTCTATTTTTAGTAAATGCAGGATTCCTTAG
ATAAACCATAGTATAAGAAAGCCGCGGCTGGAATATGTACCGCATTGTCT
TTTCAGTTAATTGCTGTTCCATCTCTGTCTCCGAGCTTTATAAGAACATC
AAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACATCAAAATTGTCAGTTTATT
ATTGGTAGATAGTTTTTGAAATTTTTCTCTTATTTTCCTTCACAAGAAGA
TTTTTTATTTCTAGATATCTTTGAATCTGATGAAATGAAAAAATGAATCT
TCACCCAATGAAACACTTTAACTGATTTTGGACATATTTTAGGGGTATTT
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AAGATAACAACTTTCCTGTCAGTTTGAATGATGAATTTTGAAGGTGCTGG
CTTGAAATTTTCACAGAACTATCTTGATGTACTATTTCATTGATTTCTAG
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TTTGAGTTCTTTCAGCCCAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNCTGAAATATTGTGAAGGCATTTCGAGGCACCTTATTAATTTTTTAG
TTCTTTCAGCCCAGCCATTTTGTGCTTGTTTAAATTTCTTATTGTTGATC
TTTTCTGCACAATGATATTATAATGCAAGTGTATTATCAAGGGCATATAA
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TTTACCATTAAAGATGCTACACTACATATTTCTTGATCAACAAATAGTCA
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GCTTATATCAGCATAATATAACAATAGACAGACACTGTACTGATATGAAA
TATGTGTCTGATATGAAATAGGAACACTTATGTAAAAATAAAACCTTTTA
ACTTGATTTTTTCCAGACTGAAAATTCAGATAAAATGAGGGAATGCAGGA
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TAAATGTTTTTTTCAGGGGGTGATTATACCAATGGAATTACAAGTATTTG
ACAATTATCATATTTACCGCAACACTAAAACGCTTATTCGTTTCTAATAG
ACGCTATTGTTGAAAAAGGATGCGCTAACTCATTCTTGTTTCTATAATTG
GTTTTTCACAAAAGCATTTGAATGCCTTTAAGATATTGGTTGTTTCTATA
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AAAAGCTTTGAGCTGCATTTTATATTATATTCGAATTCTTGGTATCACTA
CCTCAAGCCCAACCGAGCCTAACGATAGGTAAGATTATTTATAATTACGG
CATATTTCTTTGATTTATCTTTATATGGATACTGATTTGTATAATTACTC
TATTCCAAGAAGCAAGTAATTTCTTTAATTATTCATTGTTAACATCCAAT
TGAAGAGTTTCTTAATTAGGCATCAGTCACGCGTAGCTTCTGAATCATGT
GTATCTAAGGCTCATAACGTATTACTTTCCCAAATCTAATTTGCACATAG
TAGAACACCCCTGTGTTGCAGCACAAACCCACTGGGACCCCCACCACACT
GGAAAATTCGGCCAAAATCTCGTCCAAGGGATGATGAAAAGAAAAATTAT
TATTTTTTGAGATCGGGTTCATAATAATTTTACGTATCTCAGAGAAGAAT
GTATTGTAAATGTACTTGTCATTCATCCTCACGGCGATCTTTCATTGGAT
TAATCGGATTCAAAATTCCTTGTTTTAGCCAAATTTTATGAAATTGACTG
AGAAAAAATGTTTTCCTTTTTTTTTATCCTTTAAAGGGCAAATAAAAGTA
CATTCTGTGAAAATTTCAAGTCTCTAGCACTTTCCTATCCGGAATTATCT
TGATTCCGATTTAGAGCGATCTCACTCGGGATGAGGACGGGATAGAGGGA
TCTCTCGAAAACGAAAATGCCCAATAACTAGTGAACTACTTTTACATTGC
TATAAGGAGACTTCATATACCAAATTTAATATCCTTACGAGCACTACTTA
AGGAGTTACAAATGAAATTAGCCAAAATAATCCCGATATTACAAAAGTTC
CAAAGAACAATCACTGTGCCTCCCCCCAGCAGACCTTCAATTCACGCCAA
TCACGCAAATTTTTTCCCCAAATTCACAAAATGTTTTTTCACAATTCACG
CAATTTTGTTCATGCAAAGTTTTCCAATTCACGGATTCACGCAAGTGAAT
AAGCCCATTCAGATTCACGCATTCACGCAAACCACTGGGGGGGGCCCTTG
TATGGACAAAATCTCTCAGAATAAAAAGACTGATTCACTTATGCTAAAAT
AACAACTTCGCTGTCACAATTGGTTAAAGAGTTGAATTGGGAAATCTTCA
TTTGAGGTTGCGTGAATGCAAATTCGTTAGTAATTTACTCGTTGATCAGA
TTAGAGGATTGGCTTTAATTTTGGTATGATTGTGCAATAATTACGGCAAT
AATTTCATATTATCGTTTGGTATTATGAAGTGATCGTTATCTTGAATATG
ACTTGCAAGTCTGAAGGGCTATAGATAAGAAACTCCTGGATGCGAAATGA
AGTCGCTAAACGCGTAACCCGCGTAGTTTTCACACAAACGACAGATTTAA
AATACACGTTTTTTTATAAGAACATCCAAAATTGTTGAAGCCTTCGCATG
TTCTTAGCTTTTTTGAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTAACATGTTCAC
ATTTTGACCATTTTGTAGGTATTTTTGACCATTTCGTTAAGAAATAAGGT
GTTTTTGTCCACAAAGCCTTAAAATGTTCTGAATTTGTTCTTAACATTTT
GGCCATTGAAGCCTTATGTTTTTAAGGTTAAAGATTCATCCTTAGCCCCT
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AAATTTAGCATCCTTCCTTTAAGCTTTTTATAGACACCTATATTGCTTTT
GTAAAGTTATCCCGTCATCACATAATGATGGTATTTGTGTTTACAACGTT
AGAATATAATTGTATTGATCTTTAGGAAAATCCTCTTTTATGATGAACTA
ACTGACTCCAATATAATTAACTCAGGAAAAAACATGGGCATAAGCTATAT
ATGCACTGTCCCAAATAATTTTCACCGATCAATATGGCCATAATATACCT
TTTTTCTTCCATATTACAGATTAAGGTTATAATGTTAGGTTAGAATATGA
TCTTATAAACTTATGTGTCATTGACGCTCAAAATATTATTAACTTTGTAA
ATGTGGAATTGTAATTAAATCTTTCGATCAACTATCAAAATTATTAATGC
AGAAAAGAATGCGGAAAATATAGATAAACCTTGATTGCATCAGAATCGCA
AAAGTGTTGTTCAGCCCAAAGGGTGCAAAAGGCAAACGTACGCGCGAGGG
ATGTCAAATTTAACACCTGTGCCCAATGCCAAAATCAAAAAAATCAAAGT
CATATTCAGAAAAAACAAAAAATTAAAATCAAAGTAAGAAAAAATCAAGA
ACAAAGTCAGAAAAATCAAAAAAAATCAAAATCAGAATCAGAAAAATTGG
AAAAATAGAAAAATTCAAATTTGAAATAATTAAAATCAAAAAAATCAAAA
TAATTCAAAGAAAAAAATATCAAACAATAAAAAAAATCATGTTCACTTTT
TCGAATTGTTTTACCTAAAATACTAGTAATTCCTCCGTGAAATACCGTAT
TACTGTACTGGTAGAGTAAAAAAGTTCAATACCGGAAAACTGGAATTAAA
TCGGTAAATGTTAAAAGAATCTATTAAGAGTATATCAAATGGTATAAATA
ATCTCTTCTTTTTTTATTTTGAAGCTATGACTTAAGTGGTTAATTCTTTA
GTGAATTAATCAAGTTACATAATAAAATCTCAAATAAAAAACAAAAAAAA
CAGACAATGGAAAGAAAAGCTAATTAACATAATATAATATAAAGAAATTC
TTCGCAACTCTCATTTCTAGTTTTCAACTTGATATATTTTTCAAAGATCG
CAAAGAGTTTGTTTTTCTATCATGGAGGTAAGTTTAAAATTTTTACTAAT
ATATTCCCAACAATTTCAATTTTTCCAAGATTCAAGAGATTGAATTCTGT
AAATTATTCAATCTTAATATCAAAATTTTATTTAATTTTCCAAGAAAATA
TTTTACTGTGTAAATTCTAAGATAATCAAAGACATCAAAACTAATAGAAG
AAATTATTGACTCTTGAGCGGAAAGTGGGTGAAGCTGAACTACACCCTAA
ATCGAGATTACCCCTAGCTATTATAAAGATCACATAAGGATTAACTCCAT
TGTTGAGTTATTTAAAACCTAAATTAGAATCGTTAAATAAACAAAAAGTT
TGAAAGTGATCTTCCTGCAAATAGATCGTGAGGAGCCAATACCATGGAAA
AGGAAACTTGACCAAAAGTTTCAAAATATGTAGAAAATTCCAAAATTTAG
ACTTGGCTCCGAGCCTTATTTTTTCAGAGAATTTCAGCCTCGACGTTTGT
TATTTATTTCCTTATTTATTTAGTCGCTAAGGTTCGGTTTGCTAAGTCTG
TAACTTATATGTATACGTATAACAATAGACTACCGTACAGAAGAAAAATG
TTTATTAAATGTTACGTCAATACTTTGTCATCTTTTTGTTTAGGCTTTTC
TAAATGTGTGCAAGTTCCTAACTTGTTTTCTCATTCTCAGCCTGAGCAAT
TCATTAACAATGAAACAAAAAAAAACGTGTAATCTAATCATTTTTTTTTT
TTCATTTTTCAATTGATTATAATTGCAGTACTCTGTACCAGAGTGTATCT
CACGATTATCGTAGCGTAGTTTTGAAATTAGCCGTAGATATTGGGTTCCC
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NNNNNNNCCCCCGTCGGTCGACAAGGGTAGTACCCCCCCCGGGATTGGGT
TTGTGTACAGACAATAATTGCAGAGGCTGATCCGAATAATTTCTTGTGGG
AATTTATAAATTATGAATTATTTATAATTATGCTTTTATTAAAACGTAAT
TTCTCTGGAAAATTCAAAAATTGGTAATATAATCATGATATCACGCAATT
TTTTGTCTTCAATCACGATCACGCAAATCAGTAAAAAATGGACGGAAAAA
GTCCGAATCACGTATCACGGCTCAAAAATCTTTCAAATCACGATTATTCT
GACCTCTCATCATGCAATCATGAAGAAAAAATTCTAAATCACGTAAGCAC
GCTGCGAAAAAGTCTTTATCGCGTCATCACGAAAACTGCTCGGGGGCCTC
CTAAAAAGGGAGTCATTTTAGGAGGTGAGATAAATTTGAAACGATAGTTA
ACCTGGGTGTGGAGTAAGCAGTGTTCGAGGTGTTCACATGTTGTTCCAAA
CTTTAACACCGTTTTTTACCGTTAAACCCTCGCGCATATTTATTTTTCCC
CGTTTACTATCCCTCTAACGGGCAATAGCATCGTTTAGTTTAAGCGCAAA
TAACTTTAGAATAAAACTTTCTCTATATTAGAAATGTTTTCCAGAAATTG
CACTCTTTTAAAAGGAATAATTAAGATTTTTTCAATTTTCATCGTCCGTG
GGGAGGCTAAAAGTAGATTTTGTGATTTCCACAACTTTTGACGAAATTTT
GAATTTTGAAATTTGGAGCGCTAAAGATTTTTAGCTCATTTCTAGCTTTG
TGTTGATTTTACTTTTAAACCTTTAAAAAAAAGGCTACAGGATATGTCTA
AGAGAGAAAAATACATAGTTATAACTTTATAATTGAATTTTTGAAGTTAA
TATTTTCCATTATTTATCACGCTGCGTCCCGGATACTAAAATATAAGAAA
ATAGTTTAATATCAATTCAAGCTGTTTTCATTTCTTACTATTTAATTTCC
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TTCTTACCAAATTTGTGAACAGGAGACGGCCCGAAGAATCTGTATTGTCC
GAATATATCAACGATGGAGGATGTATGTAACATTTTAAAGACAGTTTCTA
AATATACGATAAATTTTTGATATTAGCACCCTTGTATTTTCGTTGTGTAC
AGGGGTGGGGTTACTTGATCACTTGATGAGTATATACTCCCCTGTTGCAG
TGATCTGGAGAGTTCTAGAGAGTGATCTAGAGAAAATAGGGTACACGTTT
TTTTTATAAGAACGTCAAAAATTTTCGAAGCCTTCGGATGTTCTTAATTT
TTTGGATTTGAAGCCTAAAAATGTTCTTAAAATGTTCTTATTTTCAGCAT
TTTTTGAGCATTTTGATGTAATTTCTTAAGAAATTGCATGTTTTTAAGTC
TCGAAAGCCTTAGTATGTTCTTAGAATGTTGTTAAATTTTTGGGCCTCGA
AGCCTTATGTTCTTATATAGTTTGTTCTTATAAAAAAAACGTGTGATGGA
AATATATAATCTGGCTTGTTTTTTGATGGGTGAGGATTACTTTCTTTACT
GCTCAAATCTGAGCTATAATAAATCAAAAATAAAAAGCTTGTTATACCAA
CGGGTCAAATCTACGTACACCGTCATTTAGTAACAATCAAATATCTTGGC
CAACAAATTATAAAATGCTATTTTAAAATAATGGTTGGAATGCCTAGAAA
AAAACAAGATGCTCAATTTTAATTGAAAAAAGTGTAGCAATTAGAGATAT
TTTGCTCATTTCCTCGCTTAATTGTGTCTAATCATGCCGGAAAAAGCAAG
TATGTAAAAATGCATATTTTGATTATTTCAGCATACTGTACTCATTATAA
AAAAACCCGGTCTGGCAATGTATTGTTTTAGCTTAATTGTCAATCATTCC
TTTGCTCTAAGTAATAGGCAAGTGGTGATTTGCTCACTTTTTGATCACTT
TTTTTGTGTTATTTTTGTAGCCCTACCTGGGACTTACGGAGGTGAATAAA
GATAACCTGAGCAGCGGCACATACCGTTAAATCTTATCAGAATTGTGAGT
TGGATTACTTCTTAAAGGACATAAACTCTGATACTTAAAAGAAGCCTGGA
GAATAACGACTTTGGTGATTGCAGGATGCAATGTATTATACGCATTTCTG
TGTACTTAACTTTGAGGTCTGAAAGCTTCCAGGGATATGTAATAGCGTAG
CTGGATAACGCACATTTGAAAAAGCCTTGTTCTATCTCTGTACGCTGACA
TTAAAATTTGGTATAAAATTTAACTTTTTTAATTACAAACTCGTGAAATT
TGAATTTCAATGATTCTGCTGCTGCATTTATCCTTCACGATTAAAATTAA
AGAGGAATCATGAAAAGCTTCTCAAATTCATGCAACACGCTGATAAAATT
AGATTTCATTTAAAGGAAGCTTTTGGGGTATCTTCTGAAAATATTATCTT
GATGAAAAGCAGGAACATCTTAGCAAAAAATGTGCAGACGTATAATGCAT
GAATAATTTGACTGCTTCAATTTTCTTAAAAAACAGAACACTCAAGGGGA
CAGAGATGGATTTCTATTATGAAGAGTTTACTATAGAAAAGACGCTAAGA
ATCAATCCGCTAAGGAATTCTCGTCCTTCATGGATCCAGCTACGCTATTA
CTTATCCCTGAAGTTTCTAAGGAATTACAGCGATGGGGTAAAGCATGTAA
ACTTGATGTCTGAAAGTTGAGACACAAAATATTTTTACTTAATGACAACG
ACATGTTTTGATCTAAGTTCTTTTCCTCAGGACACCCTGCATAAAAGTAG
GATTCTAGAGTTATGTTGGATTCGAAGGACTATCCTCTTTTAATATCACA
ATTACTAGTTAATTATATCGATCACGCTGAAAAATAATTACGATAATGAT
AAGTATCAATTTTAAAGTGACGTGTTGGCCATTAGAGAAAATCTTAATTG
CACGCTGTAATGAGGTTTTATTGCTACTTTTAGAAAGGGTAAAAGCATCA
TTAAAATGCCTGTTTAAAAGAGTTGATGAGCACGGTGCGGTCATATTTCT
TTGTGCTAACTGATTGTTGCAATTAAGTTTTAGCGATAAATAAGCTTTGA
TATAATAGCACAGCGCGACGAATCTAAAAATAGTAACAAATCTGTACAAA
TTTATTCGTTTGTACGAGTTGCAATCCCATCCTCCTTTGCGTTAATTGCT
CTTACAACAATAAAAGGTTATAACTTTTATGATTTTTCAATCATTTCGAA
ATGAACTGTGGAATTGGAACTCGTACAAATTTCAAACGCTATTAAAATTC
AAATCTTTACTTGGCTATTGAAGTGTTGCGTTGTGGTTGACCTAAGAATA
AGGGTTAGGGTAAGGGTCATCGCCTGATGGGGTACAAGTGTATGTAATTC
ACAAATCTAAGGGGGGGATTTAAGTTTATGGTCGGGTCCTTATATATGTA
GTCAGGGGGGATTCTGAGGAACGTTAGATTATTCATTTATGAGTCGTAGA
TACATACGTTCTTATTTTTTTGAGTATTTTTGTCCATTTTCTTAAGAAAT
ACGGTGTTTTAGAGTCCGCAAAGCCTTAGAATGTTCTTAACCGTTCTTAA
CATTTTGGCCACCAAAGCCTTATGTTCTTATATAGTTTTTTTCTTATAAA
AACGTGTTTTGGAGGTATATGTATACAAGTCTGCAATTTAAACTTTGAAG
AACCATCCCTCAATCAGAGGCGCCGGTAACGATATTTCCTCAATCAAAGT
TTTACGTTATATTTTCATTGATTATTCAATGAAGGTGATGTTATTCTTAA
TTCATTTATTTCAAGTTAGTTTATGATTTATAGATAGATAGGCAAGATTT
ACACAATTACATCAGTAAGGAAAATTTAAAAGAAATAAGTTTGATAAATG
TTGCAAATGTCAAAAATGCGTTGATCTAGGCTTAACCTTTAACAAACTAC
ATTTACTGTTGGAAATATTGCACACTTTAGCAAACAAAATTTACAAGTGG
AAAATTATATGGAATTCTTTAGCTTATCCAAAAGTTTTACTATTCACAAA
ATCTTTACTTGAAATTGAAAAGAATTGAAGTCATGGCGTACGGTCAAGAA
CTTCTTTTGGACAGAACGATTTTTAAAATGAAGGTATATGCTTTTCCTAG
ACGGAGACAGCCATAAAATAGAATGCATCCCTTATCGGGGAAAACTTCGT
CGGGGAAAAGTGACGAAATTTTGGACAAATGACGAATATTTTCCCCGACG
AAAATTTTCCCCGGCCTTTGGTCTAATTTCTTAGGAAATCGGGTGTTTTA
GAGTACACAAAGCCTTAAAATGTTCTTAATTTTTATGTATTCTTATCTTC
TTTAAAAAACGTGTATGAGATTAAAAACGAGTGAATTCGCTGCAAGAATT
AACCTTTTTGTGACTTGAAAGGTTTATCACACCCCCTTCTCACAGACTCC
GTAGGATTTTTTCATTCAGTGGGAATAAAAATAACGGACTGAAACTTGAT
GAGGGTTTCAATTCTTTTGTTTTCGACAGAAAATCCAGTGGGGATCGGAA
AAATAGCATAATATTTTGATTATTTTCAGTGGGAACAAAAATTGGTCGGA
GAATTTTCTACCGCGGGGACGATATTTTGGACAATTGGTGGATTGCCTTA
GTCTTATCCTCCTTTTGGTCTTGCAACTTGTCAATTTTTTTTGAAATTTT
CAATTTCTAAAGAAGGCTTTAAACTAGTGTAGATGTTATGCGAAGTACTA
GGTACAATGGATAATGGCATATCATGTCTCTTTAAACTTTATTATTTCCA
AAGTATCTTTAACCAACATGCTTTTGTATAGCACGTTATCTGCGTTCGAG
CTTTAAACCACAAATTCTGTTAAATATTTTTTTTGATGTTATATCCACTT
TCGGTTACATAAGTATATAGAAAGCGTAAAGTCTATCTAGTAGTGGTAAA
TATATTCGACCTCTTATCTTTAAACCCTAAAGCAAGACAAAAACTACCGC
TATATCTTTACCAAATAAATGTGTTCTATAACTACGATAGAGTGCCTTTA
ACTCGAATTTTCCATCGCACTTTTCCAACAACACCGTCACTTTAGCTTTC
TGATTTAGGTTCCTTTTCCAGTTTTGATATATCAGTCAAAAAAAATTCTA
TCAAAATAACATTAATTTACTGAAAAAGGTGGTGTTGCCTGAAAAAGAAA
TATAATTTTCATTGCCCTCCCAGCGGATTTTATTAAAGCTACTTCCTATT
CATAAAAATTGGTAATTGTTTGGATACGAGGCAAGTGATGTTCGTGCAGG
GGAGGGTACTAAGGTTACGATCTGACGGGTATGTGTCGCCCGACTTTCGA
CCCTTGAATCCTTAGTGGGACTAAAAAGGAGAAAAAATAGGAAAATTCTG
CGATTTTTTCGACCCTTATTGGGACTAATTTGACCAAATTTTGTTCTTTC
AAAGAGCAAAAAGTATTTTTCTGTTTTTCCGACCCTTAGTGGGACTGAAA
TTTAATTTTCTGGTTTTTCCAACCCTTACAGGGACTTTAAGGTCCCAAAA
AGGCACCCTTAAGGGCGGTACATACGCGTATCCTTCACTTGCCTAAGCCC
CCCCGGGTGTTCGTGACGGAATTTTAATAAAAGGTCTATTCATTTCTGAT
GTTCCTGATTCAGAAAATCAAATTATTTCGGGGATTTAATTCTCTTAGGG
GTTAGAAAAGATTACGTTATACACTTTCTAGACATTGGAAAGGAAAATCT
AATGAGTTACTGTTCTTTTTTCTTAGAAATCAGCGTTCCTGATCGACAAC
TCCCACAAAATGGAGGGACAAAAAGCAAAGGAGAAATTAAAGACAAAATG
GAAAGATTTGTATTCAAGTTGCAGTTTTGATGGTTTTCATTACATCTTTG
ACGAGCGTGGTTTTCTTCGAATCTTTTGGTTATTGATGGTCCTGGGTGCA
ACAGCTCTCAGCATTGTGCTTTTCTATGGTGTCATCGAAGAATATTATAA
CTTTAAATCTCACACAAGTATTGAAGAAGTATTAAGCAATGATAAGGTTG
AATTTCCAACTGTAACTATTTGTAATATAAACGCTGTCTCTAAGAGGAAA
ATTGAAAAAGCAGGGTACAATTCAAGTGTAGAGGAAATTGTCTCATTTTA
CCAGGACTTACGAGAAGGTCATTTCAACGCCAATAAAAGTAATAAGGTTT
TGGAAGAGCTGAAAGCGAACGGGTTAACAAAAATGGGTGATCTTTTGAAA
CACTTTGAATACACATTTGGTGAGATTATGGAAGATTCCGTTTTAAAAGA
TATAGCACCAAGACCATGTATGTTTAAGGACCGAGAATGCAATAAGGATG
AATTTACAGAAGTCATTTCTGCCCACTATGGTTTGTGTTATCAATTCAAC
TCCATCTACTTGGAAATGAATCGTCTCTATGCAAACGAAGCTGGAGAAGG
AGCCGGTTTGAGATTATATTTGAACATTGACGAAGAAGATCTGTTGGTCA
GTAATGTTCCATTTACTGGATTACAAGTTTTCGTTCATCCCTTTGGAGAG
CCGTTTGAATCTGCAATTGCCAGAAGAGTCCCCATCAGTCCCGGATCAAT
GAATTATATACATATTGATTACAGACAGGTAACATATTCTTAATTTTCAT
CCTTGAGGTTTCCGTTCATGATCTTACGTAAATATGCTTTCAAATGAAGT
CATAGTAAGCTCGTGTGCCTTTCTCAATGAATATAATAACAGAGATATTC
CTTTGCAATCATTATCATACACGTCCCATTCTGCATGTAGAAAGAAAGAA
CCATTCTAACATTTATGGTCACATACTTCCTTGGTTAGAATTGTTCTAAT
AGGATATTGAATTGAGACAAGGGTGTCATTTTCATATCATTCATTCACAA
CCAGTATATATAATCAATCATTTCCTTTGGCTTTTTAGTGGGAGTTATTA
GAATCACCATATGCTTCAGCTTGCGCTTCCAAAAACTACAATCTGGTCAA
GAAAATTGTCCCATACTCACAATCGATGTGCTCGGTCGACTGCACCATGT
CAAAGATGATGGATAAATGTGGTTGTGTTTCTGAAGAGTTCGCAAACCAT
TTAGGTAATTCTGATCCATCTGCTCAACTTAGCTCAACTCTCTCAAAAAC
TCTTAGTCGAGATGTGTTGAAACCAAAATAATAATAATTATTTTGCTTTC
CAGGATTTTTAACACCCCTGAAAAGTTTGGTCTACGGTGAAATCAATAGC
CTGAAATTTTGTGGATGGGCTTTTACCGCAAATGAGTAAAATTTTGAAAA
TTTGGATTGAAATAGATTTCAAAAAGTTCAACTCGTTTGGAAATGAAACT
CATTTGATTAATTTCCATCCTCACTGAGCCTCATTTCCCTTGTCTTGAGA
AAAGGTTTAAAATCTTATACTAAATTTGCAATATTTTTCTCTTTTATTTA
CAGAGGATAAAAACAAGACTTGCAAATACAATCAAATCCAATGTGTCGAA
CAAATGCTTGGTAAGCACCTCCAAATGTCTTTGTAGTGTTTAAAAAAATA
GGATATAAAAAATCTTTCTTTTTCCCTGAGGCTCATTCCCGACTAAATAG
AAAAATATTATCAAAGGCATTTAATACATGTATAATACATGTAAAACGGG
CTCTTCCAGAAAAAAACCATTCATGGGGGGTGGAGGATATATTGTCCAGG
GGTAAATATTTGTGTCCAGGGGGTCAATTCGATGCTTGTCCAGGGGTGAA
ACACGTGTCCAGGGGGTGAAAAATCGAAATGTCCAGGGGTAGATCAAAGA
CAAAATAATATATCCTCCACCCCCCATGAACGAATTTTTTCTGGAAGAGC
CCAACTTACTTACTGTATGACCAACAATAGTTGAGAATTTTCGGAGATCT
TTTTGCCATTAAAATTTTCTAACATAAAGCGTGTGAAGTAAAAGGAATAT
TTTAGTCTTAATCGCAGACCTTTATAGATATACTTCCTATAAGGAACTAT
TTTCGCTAGAGGATAGGCAGAAGTCTAGAAACATTTTGATACAAAGATAT
TTATAATGAATTTTACTTATGCGTTCTTCCTAATCAGGAAATCTCCAACA
AATGCTACATACATGCAGAGTCCAATGTCCCCGGCAATGTTTGGTCACCA
AGTATGGAATCTCAACTGGTCAAACAGCTATGGGAAACTCAAAAGTTTAC
AAAATGCTGAAACAAAAACACAATAAAACCATAGATGAAGGATACGCCTT
CATAAAGTAAGTTGATGTTATGATGACTCATCGCTTACCAAACACGATTC
TAACCTTCTTACTTTCTGAATCAAAAAGATATGAGCATCCACGTGCTTCA
GTTTTTTTTACATCCTCATAAAACTCGGCAAAATACTTCTTCTTAGTATT
GTCTAATAAGAACTGATTAAATCAAAAATCAATTTTTAATACAGTTGAAA
CTCCGTAACTCGAACACCCCGGCTCGGAAACGCACGGAAGACACTAATTT
GCTCGAGTAATAGAGTAACGTTTATAACGCAGTGTAAACTGTAAGTGACC
ATGAGACTTGTTCGAGTTAAGGAGACATTCGAGTTATAGAGGTTCGAGTT
ATTGATACTTCACTGTATTTGTTTTTTTTCTCGTAGTAAAAATGTATTTG
GAATTGATGTCACATTCTCTGATATCGTCTACTTGAAAGAAACCATGTCA
CCTGCTCAAAACTGGATCTCTGTATTGAGTGAGTATTAAACTATTTATAT
TTGTAACTTTAATATGGAAAATTGTGCCTGCTTATAATGCAAAGTCTTTT
TCTGATCTATTCATTCTTGTATTCGTTTAATTTTTTCACATTTGAGTTAA
TGATTACATCAGGGTCAAAAATAATGTAGCACCGAAATCAAATCAAACGC
TCCTTTTGACAGTCCGCAGCATATCTTCTTAACCCTTTGAGTGCGTTTTT
TTTTTGAAAAAGTTGAAATTTTTTTAATTTTTCTTTTGAAACTTAAAACT
CTAAACTGCCATAAAAGCTTGTAGCTTATGATTTAGAAGATGGTTTTGGT
ACCATATTAGAAAGCTATTTGTACACTCTTTCTAAAAACATTCGGTTTAT
GCCCCTTTAAATCGAGTGGTCAAGAGCTATGACCTAAAGTCTGAGACTCA
GTATTTTGGCTTGTTTTGAACGCATATGCGCGTCTCTAATATGGTCTAAG
GGTTAATTAAGTTAATATTCATCTGGTGGTTGTTGGTGGAGCAGGGAGTT
AGGGAGTCTATACCCTATTCATTTCATACCGAGTTTATGTATGTGTGCTT
TTCAGCGACGGAGACGGTAAGGTTCTGATTTGACTAGATCATGACCAACT
GAGGACGACGGTAAATCAGTACTTTTACCGTCCTCGATTTTGCGGGTCAG
AATTGTGGGTTTTCCCAAATCACTTCAGTCACTTTACCGTCCTCAAAAGT
GCAAATACATAAACTCGATTATGCTAGACCTGGGAGGTCTTTAAGAGTCT
TTTGTTGTTAACAATATCCACTAGCTTATAATTGTTTGTATTTTTCTTTC
TCAGGTACTATTGGAGGAAGTTTAGGACTTGCAATGGGATGTAGTGTTGT
CACTTTCATCGAATTTATTGTTTTTGGTATTCAAGCGCTTTATTGGTACT
GCAAATACAAATTGAGTGACGATTGTACGTCCCCACAAAAAGCTAATGCC
ATACAAACTTAAAAATGACACAAATCTTTGATCAAAATTCCTTTTTTAGT
GAGTTAAGCACCCCTTTTTCCCAAGCCTCGTGGGACCCCTACCAAAATTT
GCCAAAGTATCGTCCCCTGCGCGAAATTAATCTAATGTTTATCCTCGCTA
GAATGAAATAATCTGAAAAATAATATGCATTTGGCGACTTTTTTCACAAG
AACTGATACTTTTGCCTGGATCTTGGCTGTCATATATATTTTTCATGATT
TTTAGAATCGAATCTAGTTCTTAAGAAACTCTTTTTGCTCTGGGCTGAGA
AAGAAAATGGATGAATTCTCAAATATTATGCATTATGCATTATGCAATAT
GCATTATGTTTCATGCATTTTGGACCTGCCGTTTTCTTATTCTTATTTTA
TACCAGTGGCTCAATTTAGTAATAAATTAAACGCAGTAGGATTCCTTAGA
CTTTTAGTAACCTTTTTGTTTCCCTGCCGTCCATTTAAAAACTACAATTT
ATACTGTAATGTTGTAAGTAATGCAATGTGTGTTTTCAATTTAAAAATTG
TGGTATTTTATAACAAAATTTTTCTTTTTATGTATTTTAAACGTGTATTT
TGTAGATTTATCAATAACATCATATAATTATTTATCAACTAAAGACCTAC
ATGGTCTCATCCGTTTTAGTAGCTAAAGAAATACAGTAACTATATATTTT
TTACAGATCATGCAGGGTCATTTTATTTTCCTTTCATTTCTATATGACAC
TGTGTGTATTCATTTTGACCAGACTGTTGCAATTTTAAAATTTGGAAAGC
TGATGGTCGTACTCGTTGCTTTTTTGATCTTCC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_034273	XLOC_034273	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_242	supercontig	scaffold_242:777757..795439 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.425942	0.288991	0	2.32106e-07	4.21682e-07	4.21171e-10	1.93279e-10	0	0	0	0	0.660722	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2.17574	1.61801	0	0	0	1.95482e-10

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00054357 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ASIC1 (Acid-sensing ion channel 1 OS=Homo sapiens GN=ASIC1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 112.849 bits (281), Expect = 6.506e-26
Identity = 119/472 (25.21%), Postives = 204/472 (43.22%), Query Frame = 1

Query:  283 SSCSFDGFHYIFD-ERGFL-RIFWLLMVLGATALSIVLFYGVIEEYYNFKSHTSIEEVLSNDKVEFPTVTICNIN-----AVSKRKIEKAGYNSSVEEIVSFYQDLREGHFNANKSNKVLEEL--KAN--GLTKMGDLLKHFEYTFGEIMEDSVLKDIAPRPCMFKDRECNKDEFTEVISAHYGLCYQFNSIYLEMNRLYANEAGEGAGLRLYLNIDEEDLL-----VSNVPF-TGLQVFVHPFGEP-FESAIARRVPISPGSMNYIHIDYRQWELLESPYASACASKNYNLVKKIVPYSQSMCSVDCTMSKMMDKCGCVSEEFANHLEDKNKTCKYNQI-QCVEQMLGNLQQMLHTCRVQCPRQCLVTKYGISTGQTAMGNSKVYKMLKQKHNKTIDEGYAFINKNVFGIDVTFSDIVYLKETMSPAQNWISVLSTIGGSLGLAMGCSVVTFIEFIVFGIQALYWYCKYKL 1641
            SS +  G  +IF  ER  L R  W L  LG+ A+ + +    ++ Y+++   T ++EV ++ ++ FP VT+CN+N      VSK  +  AG      E+++   +  E         K LE L  KAN          ++ F    G  + D +L       C F+   C+ ++F +V+   YG CY FNS      RL   + G G GL + L+I +++ L          F  G++V +H   EP F   +     ++PG   ++    ++   L  P+ +  A    + +     YS + C +DC    +++ C C       H+      C   Q  +C +  L  L +      V C   C +T+YG       + +    K L +K NK+      +I +N+  +D+ F  + Y       A     +L  IGG +GL +G S++T +E   +  + +    K+KL
Sbjct:   23 SSSTLHGLAHIFSYERLSLKRALWALCFLGSLAVLLCVCTERVQYYFHYHHVTKLDEVAAS-QLTFPAVTLCNLNEFRFSQVSKNDLYHAG------ELLALLNNRYEIPDTQMADEKQLEILQDKANFRSFKPKPFNMREFYDRAGHDIRDMLLS------CHFRGEVCSAEDF-KVVFTRYGKCYTFNSGRDGRPRLKTMKGGTGNGLEIMLDIQQDEYLPVWGETDETSFEAGIKVQIHSQDEPPFIDQLG--FGVAPGFQTFVACQEQRLIYLPPPWGTCKAVTMDSDLDFFDSYSITACRIDCETRYLVENCNCR----MVHMPGDAPYCTPEQYKECADPALDFLVEKDQEYCV-CEMPCNLTRYGKELSMVKIPSKASAKYLAKKFNKS----EQYIGENILVLDIFFEVLNYETIEQKKAYEIAGLLGDIGGQMGLFIGASILTVLELFDYAYEVI----KHKL 465

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00054357 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00054357 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ASIC1	6.506e-26	25.21	Acid-sensing ion channel 1 OS=Homo sapiens GN=ASIC...	[more]

You are here

TCONS_00054357 (transcript) - C. hemisphaerica