TCONS_00053804 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00053804
Unique NameTCONS_00053804
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4121

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00053804 ID=TCONS_00053804|Name=TCONS_00053804|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4121bp
TCGGTTTtaatgataaaatatattacgttgcaaaatattttacaaaaaat
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GAGGACTGATATCAGATATATTTTAAATGGAtttaaacattcaaaatttc
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AAGCTTCGTTCATGTCTTGGGGAAGCCAGGGCTGATTCCATGCGTTGTTC
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TCATTGCCACCGGCTAGTGTTTCAGCAGAAAAGTTTGAGAAAGCTGCAGA
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GCTGAGAAAATCTTAGAGCTTGCTGCCCCTAAGTTATTCGAGTTTGTTTT
GGGTGTTTTTGGTAAGTGTTCAGTATTGGATGCTGAAGATTGTTTGTAAT
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GAAAAAATTATTGGCTTGGTGTCTGACACCTTTGACGAGTTAGTGGTGGT
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CTTGTAGTAGCTTTTAAAGTATTGATGACTTTAATAGGAGCTGGTGTTGT
AATATTTGAGTATTTCGGTGTTTCTTTGNCATTAGAATTTGTTGGAATAG
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TGTCCTTAAAGTTCGTTTATTGATCACTTTTTTCGCTGACGAAGAAAGAG
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GTTTGAGGTTTTGGAGGCTACAACGTTTTGggttaaactttttttcaact
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GTATAACTAAGTGGATGTGTAGCGGATGTTGAATATCACTTTGTATAGAA
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TATAACtcaaaaattacaaagcaaTTCTAGAAAAGAGTTTTATCTTACAG
CAGCttggatttggatttttttcacgTTGGTGGATATATTCATAAGATTT
TTCCAATATTGTACGCTTAgt
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_234:275662..279909+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00053804 ID=TCONS_00053804|Name=TCONS_00053804|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4248bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_234:275662..279909+ (Clytia hemisphaerica)
TCGGTTTtaatgataaaatatattacgttgcaaaatattttacaaaaaat
atcaacatttaaaaaaattgtttttccaaTTTAGTTTAGTTCAAATTTTT
GAGGACTGATATCAGATATATTTTAAATGGAtttaaacattcaaaatttc
tctcaaagAGATTCAATTAAAAAGATTAGCACAGAAGAGTTGTGTCTCTT
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TCATAAGAGCTGAAGAGACTTAAAAATTGCTACCCGATTAAAAGCATTAT
AAGACATGCCTATTTTACTATATCATATCTATAGACTTAGATTTATAGGT
TCTGTCttaatataaagtttttttgctataagcataacgtttataagcat
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gaaaGCTAGGCATAATGCCTGATATAGAGGCAGAcccttgcttataaaaa
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TAGGTCCAATAGGGCCGGATGGTCCAGTAGTACGATCTTTAGTCATTAAT
TTATCATTTTGGTTCAGATTTAGGTTTGTATGGAGTGGATTATTCCCATC
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ATGCTTGGCCAGACATatttgaattattcgaattccGTTGCATGTAAGGA
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GTTTGTTGTTGCTGACGATTCTGCTGTTGTTGACTCTGCTGTAAAGTCTG
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TTGAATTGCTATCAAATTGGAAATTGGAAGGGTTATTAGTTGCGGCTCCT
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TTCCATGCGTTGTTCCCTTGATTCATCTGAGCAAAAGGTACTTGGGGTTC
ATTGCCACTCCCAATTAAACTGTCAGCTGAGAAATTTGTAAAAAGTTGAG
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GAACCATCCATCATTTCATTGCCACCGGCTAGTGTTTCAGCAGAAAAGTT
TGAGAAAGCTGCAGAAGGGAATGTTTGTTGTTGACTCATTTGCGTGGTTG
GAACTGGGGCTGGagcaaaaatattcaaaatggtaggtaaactgTTAGAA
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GGATTGGGATTTCTTAAACGGTTTGTCTTTTTTAGAAGAGTTTGTATTTG
GTATATCTTTGTTGTCATGTTTAGGCTTTTTAGCACCCTTATTTGAAGAT
CTCGATAATGATTCTGCTGAGAAAATCTTAGAGCTTGCTGCCCCTAAGTT
ATTCGAGTTTGTTTTGGGTGTTTTTGGTAAGTGTTCAGTATTGGATGCTG
AAGATTGTTTGTAATTAGAATTGGAAGTCAATTTGCGCTTCCGTTTACTA
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TTGTCTTTGCGGTCAACGTGGTAGTTATCGCTGTTGAAGGTGCAAGNCCG
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TGACACCTTTGACGAGTTAGTGGTGGTTTGGTTATCCTTTACTGGGAGAG
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GATGACTTTAATAGGAGCTGGTGTTGTAATATTTGAGTATTTCGGTGTTT
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TCACTTTTTTCGCTGACGAAGAAAGAGTGAATGAAGATAACAGATATTTA
TCACTGTTCTGTGCGCTTTCCACGAAACTCCCCCAACGTGGACCAGGCGT
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acgTTGGTGGATATATTCATAAGATTTTTCCAATATTGTACGCTTAgt
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_033955XLOC_033955Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:275662..276475TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:275662..276475Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1510915933:275662..276475TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1510915933:275662..276475Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:275662..276475TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:275662..276475Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:276541..277750TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:276541..277750Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1510915933:276541..277750TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1510915933:276541..277750Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:276541..277750TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:276541..277750Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:277813..279909TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1491911889:277813..279909Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:277813..279909TCONS_00053804-exon-scaffold_234-1575043694:277813..279909Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_234supercontigscaffold_234:275662..279909 +
Expression

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Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00053804 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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