TCONS_00052578 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00052578
Unique NameTCONS_00052578
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1852

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00052578 ID=TCONS_00052578|Name=TCONS_00052578|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1852bp
ATATTTGTTCTGGTGCAACACGTCTCATTGCCCCCTTAAGAAAATATAAG
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TC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_218:393481..407774+

Legend: exon
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>TCONS_00052578 ID=TCONS_00052578|Name=TCONS_00052578|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14294bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_218:393481..407774+ (Clytia hemisphaerica)
ATATTTGTTCTGGTGCAACACGTCTCATTGCCCCCTTAAGTAAGTGATAT
GTCTTTCTCTATTCATTTTTTTAGGATCTCAAGGCTGTTCACAGTTAATC
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TCTCTCTCTCTTTGCAGATGTATGCATCAATCGTAATATCGACGTCGCTG
GTCGTATTGCAGATGTTCACGTTAAAGACACCAATGCTTGCGTAAGTTGG
TTTGATTTAAACTTGCAATGTCACCGCTTTAGGGTCTGGTACAAAAATGG
TATATGTTTGATAACACACTAACACACTAAAAATTTGCAGTACCTTACAG
GGTAGACCCAAATATGCAATGTAAATAATCTACAAGTTTTTTGCAAAGAT
ACTTTTGAGATATCACTTTTCTATAAAAGCTCTCCAAGTcaaacttttaa
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GCCCAAGCCTCAAATATAACCACTATCGTTTCGCACTTGAAATAAAATCG
GCGCGTGGACCTCTTCAGAATCTCGNAATCAAACAATCTCGAATTTCAAC
CTTCCCTGAAAACATCTAGGGTTCGTTTGGAATTACATTAAGCTACCGTA
ACTTTGAAACATCCTTGTAATTAAAAGCTACTATTCTAAATCAACGGCAA
TTAAACCTAATTTAAGGCGCACAATTGAGGAAGCCATTTAAACTGTGGGC
TTTCTATCAGAGAACTATTCGATTCCAAGAATCTTTAGTTTCGATTCACT
CACTGAAACCTGTAGCTTTGAACTAACACTTTCTCTCTTTCTTTACAGAT
GTATGCATCAATCGTAATATCGACGTCGCTGGTCGTATTGCAGATGTTCA
TGTTAAAGACACCAATGCTTGCGTAAGTTAGTTTGATTTAAACTTGCAAT
GTCACCGCTTTAGGGTCTGGTACAAAAATGGTATATGTTTGATAACACAC
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CTATAAAAGCTCTCCAAGTCAAACTTTTAAGAAATGTTCGTTTAAAAAAT
GCTTATTACAAAAATGGAAGGCTAGGTTTTTTCTTGGATAGTGCCCAAGC
CTCAAATATAACCACTATCGTTTCGCACTTGAAATAAAATCGGCGCGTGG
ACCTCTTCAAAATCTCAAATAGAACCCttgaaaaaccgtttttctacTAG
TACAAACTTGTTCATCAAAATTATTGCAACCTGACACCCGGCTTTGCGTC
ACTGTGCACATAATCTCTTTCTCAAGGAGTATGTTGTCAAACTGTCTTGA
GTACTAAAGGATGTTAAGTCATGTTGACCACTTTATCCCTGTCGGAAATG
AAATCGTTATCTCCCTAGTTTTTTGTTATGTGATGTCATGAAATGTAAAC
ACGTGGGCTCGTTAAGTACTAGTCTCAAGAACTTTGACCACCCCATTTGG
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gACACATAATGAAAAGCTATTTGCTGCCAGGTTGAAGTAATCATTTTAGA
AAAGGGGTGGAGATTTTAAACAATCTGCTAAAGTAATTAatacaaaactc
taaaaaattCCTTAAGGAATCCTAAAAAGACTAAAAAGACCAGCATTATA
TTAACTTCTCTCAATCTTTATTACTGATTTGAAAACCTTACTATTAATAA
CGGATGTTTTAAGTGTATGATTCTGTGATTCTAAATTTCCTTTGCCCTTG
TTCATTTACAGGATTGGTTAAAAGGTCCGTCAGCATTAATTGGTTGGTCG
ACGGCTATCGCTATCATTTATTCCGTCACCGATAAGAAAAGCTTCGAACT
CGCTACTTATATATTAAGTCAATTAAACATCACTAAAAGACTAGAAGCTG
ATAATGTATTACTATTAGCCAACAAATGCGACTTAGAACATCTCCGACAA
GTGAGTCGTGATAAGGGAAAAGAACTAGCCATGAAGTACGGTACACAATT
TTACGAAACATCCGCAGCGAACGATTTAAACGGCGTACAGCATGCTTTCG
AACGGTTACTATTCTCAGCTTTATCCAGTCAAGAATGTAAAGTACAATTT
AATAATTATACTGAACAAACGTTTCCGGTACAGCAACGGAAGTGCAATCG
AGTGCAGCGTGACTTCAGACGTGACAATAGTGCACGTTCTAATAAACAAT
TACGTCGTATGTCGACGGGTTCGCATAGCTCTTCAGTCGATACAATGTCT
ACGATATCGGATGATGATCGCTTTTACGCTTTTAATATAGACTCTTCACA
TTCATCGACCTTCTCCACACCCGATCAATCACCGACGACGTCGCCCGTCC
CATCTGCTGGACGACGAAAAATTTCGTTACCAGTCTTGTTAGAGAAAATG
GGTCTGACGTCATCTTCATCTTCCAATCATCAACATTCGAGCCGTAAAGT
TTCAATGGCTCCAAGAATAAGGTGACGGTAAAGAGAAAGAAAGTTGCACA
AGAAGATCTAACGACAAGGAGtaatttttgacagattttggTGACCACGA
GAAGGTGGAAATGCTTGGAGATTTCAATAAATGGTTGAGGCATTCGAATC
AGAAATATAACCAACAACTTGGAACCCATATGTGTGCGGAACACAAAAAC
TGATAAATGGATCTTCAAATCAGAGGAAAGAAAACACGTTATAAAGAACA
AGGTACAATTGTTAGGCTTGTCAAGACAATGTGGAGGCTATCATATACCT
GTTTTTAGAATTTACCTCATAAAGACGTTAAAATGTCTTGAAATTGACTT
TAAGAATTTTAAGAATTCATGCAATGTGTACCATTTCTCCTTGTGACCGA
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TCAATGCTAGATGTCTTCATGTGTCTCTGCACGAATATGACCTCTACTTA
TTTACAATAGAGAGGTTACAATCTATCTGTTCTTAGAAAGAAATTGTGTC
CCTTCGTTTTTGAGTCACCTTAAATATGCTTGCTTTGGGTAAGGAAGTGC
TTTTCACCTCTACGCCCCTCTACGCTCAACCAGTATCcgaaaaaaacaat
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ttattattaatgaaaaatttttgtgaatattttataTTGTTGTTGATAAA
TCATCGACTTTTACAGAATTCGAAATGTATGATAAAAAAATCTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_033245XLOC_033245Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:393481..393519TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:393481..393519Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1510915933:393481..393519TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1510915933:393481..393519Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:393481..393519TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:393481..393519Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:401268..401466TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:401268..401466Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:401268..401466TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:401268..401466Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:402387..402443TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:402387..402443Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:404598..404671TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1491911889:404598..404671Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:406292..407774TCONS_00052578-exon-scaffold_218-1575043694:406292..407774Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_218supercontigscaffold_218:393481..407774 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0165937	0	0	0	0	0	0	0.105752	0	0	0	0	0	0	0	0.0980293	0	2.03666	0
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00052578 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RSLBB (Ras-like protein family member 11B OS=Homo sapiens GN=RASL11B PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 110.153 bits (274), Expect = 1.372e-26
Identity = 62/167 (37.13%), Postives = 95/167 (56.89%), Query Frame = 1 
Query:  196 LNLAVVGSKGAGKSAITVRFLTRRFIGEYASQADVCINRNIDVAGRIADVHVKDT-------NACDWLKGPSALIGWSTAIAIIYSVTDKKSFELATYI---LSQLNITKRLEADNVLLLANKCDLEHLRQVSRDKGKELAMKYGTQFYETSAANDLNGVQHAFERL 666
            + +AVVG+ G GK+A+ VRFLT+RFIG+Y   A     R + + G    + V+DT       N+    +  +  I W+ A+ I++S+TD KS+EL + +   + QL++  RL    V+++ANK DL H++QV    G +LA   G  FYE S + + N V  AF  L
Sbjct:   34 VKIAVVGASGVGKTALVVRFLTKRFIGDYERNAGNLYTRQVQIEGETLALQVQDTPGIQVHENSLSCSEQLNRCIRWADAVVIVFSITDYKSYELISQLHQHVQQLHLGTRLP---VVVVANKADLLHIKQVDPQLGLQLASMLGCSFYEVSVSENYNDVYSAFHVL 197
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00052578 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
RSLBB1.372e-2637.13Ras-like protein family member 11B OS=Homo sapiens... [more]
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