|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00050688 ID=TCONS_00050688|Name=TCONS_00050688|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3617bp
ATTTTCGCGGGTACTAAATATTCACAAATTGCGACTTTTCATGATGACCA
CTCTCTGGAATTTTTCGCGTTTCACTAAATTGgttatttttcaagaaaag
gtTCAAAACAATACCTGACGGTCGCAGTACCAAAAGAAGGTCTAAGTAGG
AAATAAAGAGAAAAGCGACTTTGCTgtatataaatttaaaatttatttcc
tAAAGAAAAAgtaactgaaaataattttaccCATACATTATTAAATTAAA
ATCATTTCCACTTTCAATTCAATTTAGACCAAATTAGCTAATAAATGAGG
ACTAGGTTGGTTAAAGAAAGGTATAAAATATATACTTTAgcaataaatca
aaataaagtgaaaataatAGCGACGACGAcagacgaaaaatgtaataggt
gAGTGagtttcgaccaatcaaatctcGTATTTAGACTAGCCTGTTACAAT
TTTCgcccgtcgtcgtgattatcctggtaaaATCTCAATAATATAGAAAC
TTTTGGACGGGTGTATCACACTTGATGCACTTTCGTTGAGGAATGATCTC
TCgttatttcaaaccaaaacTTAGATGTTGCCCCAGGAATGAGAAAGGGT
GAGAAAGTTTAGCTATCCAATGGTATAATTGGGGCGATAGCTTCGGGTGT
AGACCTCTGTCAAAAATGGTGTGTAAAGGACCGATTCTTTTTATTCGCTT
CATACAGTATCTGAGGTAAGACTCGactttaattgaaaaaaataattgga
aatcaaaattaattagTTATGCTTTGTAAGATATGCATAGTGTGCACCCA
AAATAGTGGGGTGGGGTGGAGGGTTGGTGTTTTGGGTCGAAACCAGgtgg
gatttggaaattttcaggttttaggtGGGAAAAACAAGTTAGGGTGGGGA
TTAATTTCTTTGGGtgggatttttggtgttttggtaaaagttaatgttaa
ttttttcttatttccaatttaattttaattttttcaaaattttatattat
ataaataattcttttactatactaaacttttctccttttaaTTATTAAGC
CTTAAACAGTAAGAATTTTTGTTTCGTACCTCGAATTAGTATAATTTTTC
GTGGGGATGGCATTTTAGGGTGTGACCTGGATTTTTAGGTGTGACCTGGA
ACAcccttgcacactatgataTGAAGAAAGtaacgaggggtaaatcactc
gaatAATTTTGTTCAAGATTTTGATTATTGACTtacttttgatttctgat
ttatttctgatttatttctgatttattatTGATTTATTATTGATTTATTA
TTGACTTATGATTAAATTTTGATTTATTTTTTTTTTAGGATTTTTTTATT
TATCAATCATATTTATATTCATGTTGCTAGGGTGAAAAATGAAGACAATG
AAAAGTTTTGTTTTATTGTTTTACATGGTGGTCGTTCAATCATGTAACAA
GAAATGGGTGACGGAAGGGATAGATGACTTTCATCCTACTTTAAGGGCAG
AAACTTTCGCGGGCAGAAACTTTCGCGTTTTTGGCATTTTTTCGCGAAAG
TTTCTGCCAGGTAAAGAATTAAACAAGAAATTGGCGAAAGTTAATTTCGC
GAAAAATGAAATTTTCCTAAAATCGCGAAAGTTTTTTCCAAGTTTTAAAA
GCCGAAAAATCGAAATAAACATAGGTAACCAGTATTTACTGCCAATCGCA
GATATATCTCCGGAGGAATTTGAATTATTATGCGGAATGAGAGTCGATAT
TACCGCCGAATATAGCAGTGACGAGGATTTGGAATTGGAGGAAGAAGTGt
aaatagtttatttttcatttattagcatatcactctttcaattgaagaaa
aaaatgagatttaaaataattctttattcactttccctagccattcgcga
aagttattgctactaaaattgaacattcacaaaaaaccgcgaaagtttct
tccgtaaattttcttcaaaaagtaaaaatcgcgaaacttaaatccgcgaa
atttcgcgacttttcggtTTCTgtccgcgaaagtttctgcccttaaagta
gtaACATCGACCGGCCGGATTGCCAGTTCTTCAgagatttaatttatttt
tagatttttgattaaatttggatttattttttatatttgatttacgattt
actttttaatttatcaattaattaatttatttatCAATCATATTTATATT
CATGTTGTTAGGGTGAAAAATGAAGACaatgaaaagttttgtttaATTGT
TTTACATGGTGATCGTTCacttcgattacgttcaatcATGTAACAAGAAA
TTGGTGACGGAAGGGATAGATGACTTTCATCCTAGCAACATCAGCCTGCC
GGATTGCTAATGGTTCAgagatttaatttatttttgattaaattttgatt
tattttttatatttgatttacaatttattttcgatttatgatttactttt
taatttatcaattaattaatttatttaCCAATCATATTTATCAATCATAT
TTATATTCATGTTGTTAGGGTGAAAAATGAAGACaatgaaaagttttgtt
ttattgttttacaTGGTGGTCGTTCacttcgattacgttcaatcATGTAA
CAAGAATGGGTGACGGAAGGGGTAGATGACTTTCATCCTAGCAACATCAG
CCTGTCGGATCCATGGAAAACTCTTTGTTGACAGGGAATGTAGATCgttt
aatgattgttttttctAACAAGACATCATATGTCACAATTCCTGTATATT
CACCCTTAATTCACGCAGCGGCCAATGTGAAATAGAAGATGGATGGTCCG
GATCAGGAGAAGCGAAATACAAATGCAAATGTTACAAAGCTGACGAAAGC
GCTGGATTCAACAACGTTACACCCTCATGCATCAAAAGGACTGATGGGAA
GGAATTGATAAATGTATTGGAAAATATGCCACATAATAACAATACTAaca
aacaaacgattttcttttTGGCTGATGGGTTCGGAGTAATCAAGCAAGCT
CAAAGAATGTGGGAACGAAAAGAAAGCGATCTCGTGGATTTATGGAGTTT
ATGGAAACCTTGGACTTTTCATGATGATGAGAAGTTGTGCAAGAAATGTA
AGGTCGATCTTTAATCtattaaaaattattattaCGTTATTAGTTATTTA
ATCTATTAATAGTAAAACTCTTTCAATAACAACAGGTTCAgggaaaaatg
aagatattaattacattcgaaagaGCAGATGGATGGTCCGGATCAGGAGA
AGCGAAATACAAATGCAAATGTTACAAAGCTGACAACAGCACTGGATTCA
ACAACGTTTGAAAATCTCTAAAGCTGACAAAATGATGTCACTTAAGTTGa
taatgatgtaatgataatggTGCACATAATTCATGATATCCATGACGTGA
TGTTTTGTACGGAAAGatcccggtttttgccagtagtgacaactttaaac
tagacaaaagttaagtataaaatttgccactactggcaaaaaccggggtc
tttccttAGAAAACATCACGTCGTGAACATCATGAATACGAACAAAGACG
TACATTCTTGCAACCTAATTGAACAATGgaactctattgttccaaggtat
GATTTAATTACCAATGA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_183:11399..15525+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00050688 ID=TCONS_00050688|Name=TCONS_00050688|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4127bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_183:11399..15525+ (Clytia hemisphaerica)
ATTTTCGCGGGTACTAAATATTCACAAATTGCGAATTTTCATgaggtcgt
ggcttcttcgtaaagacgaaagacagatctggacttatttcgtactttcc
agtctcctgttcgtagtttttctgactttctggttctgtgtgagttattt
actatgttttctaacttactgaatgacttaccgacagatcgccaccggtg
ggattcgaacccactaaatgcaaagttccgatgaatttgaaacccaatgc
cttatccactgcgccacggattcatgccgaaAGAGCGTTTCTgatggcta
tttatattgtataaactgcagaccagactgtattaagagaaaatcacaaa
agagtgcttttttcgaactccaaccctaaccctaactgataataacccaa
ttcctagccaatctgatacgtaaccacacccaaaccacacccaaacccaa
ccctaccaggtcgtctgcaggtcctgacactattcccgcataccggatcc
gaaaaatagatacatgtctttcgtctttacgaagaagcttTCACCTTTTC
ATGATGACCACTCTCTGGAATTTTTCGCGTTTCACTAAATTGgttatttt
tcaagaaaaggtTCAAAACAATACCTGACGGTCGCAGTACCAAAAGAAGG
TCTAAGTAGGAAATAAAGAGAAAAGCGACTTTGCTgtatataaatttaaa
atttatttcctAAAGAAAAAgtaactgaaaataattttaccCATACATTA
TTAAATTAAAATCATTTCCACTTTCAATTCAATTTAGACCAAATTAGCTA
ATAAATGAGGACTAGGTTGGTTAAAGAAAGGTATAAAATATATACTTTAg
caataaatcaaaataaagtgaaaataatAGCGACGACGAcagacgaaaaa
tgtaataggtgAGTGagtttcgaccaatcaaatctcGTATTTAGACTAGC
CTGTTACAATTTTCgcccgtcgtcgtgattatcctggtaaaATCTCAATA
ATATAGAAACTTTTGGACGGGTGTATCACACTTGATGCACTTTCGTTGAG
GAATGATCTCTCgttatttcaaaccaaaacTTAGATGTTGCCCCAGGAAT
GAGAAAGGGTGAGAAAGTTTAGCTATCCAATGGTATAATTGGGGCGATAG
CTTCGGGTGTAGACCTCTGTCAAAAATGGTGTGTAAAGGACCGATTCTTT
TTATTCGCTTCATACAGTATCTGAGGTAAGACTCGactttaattgaaaaa
aataattggaaatcaaaattaattagTTATGCTTTGTAAGATATGCATAG
TGTGCACCCAAAATAGTGGGGTGGGGTGGAGGGTTGGTGTTTTGGGTCGA
AACCAGgtgggatttggaaattttcaggttttaggtGGGAAAAACAAGTT
AGGGTGGGGATTAATTTCTTTGGGtgggatttttggtgttttggtaaaag
ttaatgttaattttttcttatttccaatttaattttaattttttcaaaat
tttatattatataaataattcttttactatactaaacttttctcctttta
aTTATTAAGCCTTAAACAGTAAGAATTTTTGTTTCGTACCTCGAATTAGT
ATAATTTTTCGTGGGGATGGCATTTTAGGGTGTGACCTGGATTTTTAGGT
GTGACCTGGAACAcccttgcacactatgataTGAAGAAAGtaacgagggg
taaatcactcgaatAATTTTGTTCAAGATTTTGATTATTGACTtactttt
gatttctgatttatttctgatttatttctgatttattatTGATTTATTAT
TGATTTATTATTGACTTATGATTAAATTTTGATTTATTTTTTTTTTAGGA
TTTTTTTATTTATCAATCATATTTATATTCATGTTGCTAGGGTGAAAAAT
GAAGACAATGAAAAGTTTTGTTTTATTGTTTTACATGGTGGTCGTTCAAT
CATGTAACAAGAAATGGGTGACGGAAGGGATAGATGACTTTCATCCTACT
TTAAGGGCAGAAACTTTCGCGGGCAGAAACTTTCGCGTTTTTGGCATTTT
TTCGCGAAAGTTTCTGCCAGGTAAAGAATTAAACAAGAAATTGGCGAAAG
TTAATTTCGCGAAAAATGAAATTTTCCTAAAATCGCGAAAGTTTTTTCCA
AGTTTTAAAAGCCGAAAAATCGAAATAAACATAGGTAACCAGTATTTACT
GCCAATCGCAGATATATCTCCGGAGGAATTTGAATTATTATGCGGAATGA
GAGTCGATATTACCGCCGAATATAGCAGTGACGAGGATTTGGAATTGGAG
GAAGAAGTGtaaatagtttatttttcatttattagcatatcactctttca
attgaagaaaaaaatgagatttaaaataattctttattcactttccctag
ccattcgcgaaagttattgctactaaaattgaacattcacaaaaaaccgc
gaaagtttcttccgtaaattttcttcaaaaagtaaaaatcgcgaaactta
aatccgcgaaatttcgcgacttttcggtTTCTgtccgcgaaagtttctgc
ccttaaagtagtaACATCGACCGGCCGGATTGCCAGTTCTTCAgagattt
aatttatttttagatttttgattaaatttggatttattttttatatttga
tttacgatttactttttaatttatcaattaattaatttatttatCAATCA
TATTTATATTCATGTTGTTAGGGTGAAAAATGAAGACaatgaaaagtttt
gtttaATTGTTTTACATGGTGATCGTTCacttcgattacgttcaatcATG
TAACAAGAAATTGGTGACGGAAGGGATAGATGACTTTCATCCTAGCAACA
TCAGCCTGCCGGATTGCTAATGGTTCAgagatttaatttatttttgatta
aattttgatttattttttatatttgatttacaatttattttcgatttatg
atttactttttaatttatcaattaattaatttatttaCCAATCATATTTA
TCAATCATATTTATATTCATGTTGTTAGGGTGAAAAATGAAGACaatgaa
aagttttgttttattgttttacaTGGTGGTCGTTCacttcgattacgttc
aatcATGTAACAAGAATGGGTGACGGAAGGGGTAGATGACTTTCATCCTA
GCAACATCAGCCTGTCGGATCCATGGAAAACTCTTTGTTGACAGGGAATG
TAGATCgtttaatgattgttttttctAACAAGACATCATATGTCACAATT
CCTGTATATTCACCCTTAATTCACGCAGCGGCCAATGTGAAATAGAAGAT
GGATGGTCCGGATCAGGAGAAGCGAAATACAAATGCAAATGTTACAAAGC
TGACGAAAGCGCTGGATTCAACAACGTTACACCCTCATGCATCAAAAGGA
CTGATGGGAAGGAATTGATAAATGTATTGGAAAATATGCCACATAATAAC
AATACTAacaaacaaacgattttcttttTGGCTGATGGGTTCGGAGTAAT
CAAGCAAGCTCAAAGAATGTGGGAACGAAAAGAAAGCGATCTCGTGGATT
TATGGAGTTTATGGAAACCTTGGACTTTTCATGATGATGAGAAGTTGTGC
AAGAAATGTAAGGTCGATCTTTAATCtattaaaaattattattaCGTTAT
TAGTTATTTAATCTATTAATAGTAAAACTCTTTCAATAACAACAGGTTCA
gggaaaaatgaagatattaattacattcgaaagaGCAGATGGATGGTCCG
GATCAGGAGAAGCGAAATACAAATGCAAATGTTACAAAGCTGACAACAGC
ACTGGATTCAACAACGTTTGAAAATCTCTAAAGCTGACAAAATGATGTCA
CTTAAGTTGataatgatgtaatgataatggTGCACATAATTCATGATATC
CATGACGTGATGTTTTGTACGGAAAGatcccggtttttgccagtagtgac
aactttaaactagacaaaagttaagtataaaatttgccactactggcaaa
aaccggggtctttccttAGAAAACATCACGTCGTGAACATCATGAATACG
AACAAAGACGTACATTCTTGCAACCTAATTGAACAATGgaactctattgt
tccaaggtatGATTTAATTACCAATGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1491911889:11399..11432 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1491911889:11399..11432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1510915933:11399..11432 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1510915933:11399..11432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1575043694:11399..11432 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1575043694:11399..11432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1491911889:11943..15525 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1491911889:11943..15525 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1510915933:11943..15525 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1510915933:11943..15525 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1575043694:11943..15525 | TCONS_00050688-exon-scaffold_183-1575043694:11943..15525 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_183 | supercontig | scaffold_183:11399..15525 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
