TCONS_00049609 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00049609
Unique Name	TCONS_00049609
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1910

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_161:208825..218701-

transcript sequence

>TCONS_00049609 ID=TCONS_00049609|Name=TCONS_00049609|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1910bp
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ttttttggttttgaacattaaaaggTATGCAACCTTAGGTAGCTCATGAT
GAAAGCTGCCTCTCATATTTACAAACTTTGAAATCCCCACAACTTTCTAT
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CAGATTTAACTACGGTTTATTATATAGCAACAGTATTTTATTATGATCTG
GATTTTCAGGTAGTATAATTTCGAGTCATACAATATGCACACACTccttt
tattcattcattcactcCAGTGACCTTCCCTTTTCCCAAAGGTAATTTCT
AGACGACTGC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_161:208825..218701-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00049609 ID=TCONS_00049609|Name=TCONS_00049609|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9877bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_161:208825..218701- (Clytia hemisphaerica)
GTGGCGACTTCTGAAAACTCCTTTCTAATAACAAGACTTTTCAGTTTCAG
TTTTTTGGTTTTGAACATTAAAAGGTATGCAACCTTAGGTAGCTCATGAT
GAAAGCTGCCTCTCATATTTACAAACTTTGAAATCCCCACAACTTTCTAT
AAATTGCAATTGAAGTTGATGGCAAATTTCTTTGATCTTTGACTTCTCTT
TCAACAGCACAATTCTAAGAAAAAAACCTCATGGCTCACTACTACCGTCT
ACCATCTTTTTAGAATGTAAATAGATCAATTGTTACTACTAACAACGTGT
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CTTGAGCAAGTAAGAATTAATCCCTCTCTGAGAATTTTATATGTGTCTTT
TTTTATCTTTCTTTAATTTTCTTTCTTTTTTTCTATATTATTTTCATTCA
ATATCATCACGACCCTGCCGGTGCACCCGACACTCAGGTGCTGTTTTCGG
GTGTTCTAAGTTGGAAATTTAAACACCAGACAGTTGGGTGCACTTTGTCG
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TTTTATTGTTCTAATGATTATAATATTTTCTTATAAGATGCTTTGTTGTC
TTTTTAATCTTTGTGTAAACTTGCATATGTTTTGCATACTTTCCAACTAA
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CAGAAAGTGAGTTTCCTGCGTTTTATAAATAAGATGTCCATTTAAGATGT
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CCCCTGAGTAAGTCAAGAGCTCAATCTTTCTTTCCCACCTAAATGGAACA
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ATGTTGTGTTCGGGTCGTCTGACCGGCTGTTTATTTACAAGAAAACTCGA
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ATTTGGTACCGACCGACCGACTCGTTTTTATGTCATTTTAGGACCAGAAC
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GATTGTGTTCGATTGCGTTTGAGGAAGGTTAGACAGTTCCATCAATATGC
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AATATTTATAACTTCTCACAACAATATCAAAATTCTCACAACAATATTAC
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AACAATATCAAAACTATGGCAACAATATCAAAATTTTCACAACAATATCA
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ACAGTGATTTTTCTACGTCTTGTTGATGATGAAAAATCTTCCTTGAGGAC
AAAGTCAGAGGACAAACCTCGAGGCGCCTGCATGTGGCCAAATATTTTAT
ATGGCAATTGAATCCGTCATACAGTTACAATAAATTTACGGATATTCTGG
TAGTCGTCATGGATTGCCGTGGAAAAGTCCACGATGGCAACTGATGCACG
GAATGTAGGAGTAGACTGCACCACATTTATCTTATATATGTATTCGATCG
TAAGTATTTTCTGATTAATCTTTAGAAGTTGGTCCATACTGTCCATAAAG
CTTATGATTATGGTTTCTCTGGAAGTCGGGAACCTTTGCAGCTAAACACC
AAAGGCTTAATTTCTTTTCAATCGCAAGGTGATAACCTACTCTGGGTGTA
CCAGAGGCCAAGTTTTCAGAGATATTGATTCAAGCTGCGCTACCCACGGT
AGGGACAACTACGTGGAATACACACACAGGCGCCTCCTATGTGTAATAAC
TTAAGGCGGAAGTTTTTTTCATCATCATCATGAGATGTAATAAATCACTG
AGGGAGGAGCACTTTAGGTTTCCCAATTCCCATGTTGCTTTGAGAATTTT
GGTTTTGTTGTGAGAATTTTGATATTGTAGTGAAAGTTTGTAATATTGTT
GTGAGAATTAGGATATTGTTGTGAGAATTTTGATATTGTAGTGAAAGTTT
GTAATATTGTTGTGAGAATTAGGATATTGTTGTGAGAATTTTGATATTGT
TGTGAAAGTTTGTAATATTGTTGTGAAAATTTTGATATTGTTGTGAGGGT
TTGAAATATTGTTGTGAGTGATTTATATTGTTGTGAGAAATGTTGTTGAT
GTGGCCGCTCAGGGCTTCCGTAGATTTTAGCTTTTTGAGTTTTCTTGTTT
TCTAAAAGTTTACATTGAGGTTTCCCCAGCAGTACCAGTAACTTTGATTA
CGATATCACACAATGTTTTCTGAAGAAACTATTTCCAAATCACTTTAACC
AGACAGTGTCAATCGAACAACTTTGAACAAAAATTGCAATCAAGGTAATG
GAACGCGATCGAATAATTGAACAGCTGATTCCTGGGTAATATTATAGTAA
GGTTAGATTGGTTTGATTGAAATTTGACTATGTTCGATTAGTTCGATTAA
ATTGGATCACAACGTTAGGGCTTTTTAGCGTGGACGGCCAAGCGCTTAAT
AAGTACCGTACCAAAGCCGAATACCATCGAACGAAATCAAAGCAATCAAG
CAGCAAATCCTGGGTAATATTCCATTGCGTTCAATTGATTCAGCATTCGA
TTTGTTTGATTGACACCGTCTGGACATAATCACTCTAGAAAAAAGTCCCT
ATTATAAAATCACGCAAACTGCTTCGGGGGCCTCTTGCAATGTTCAGCAG
GTGATCTCAATCTGTAGAGGTGCCAACCAACTCTCACACGTAAATTGAGG
TGTGAGATCCACATTCTCTCACGTAATTTTTGAAAAGTTTGAAATTCCCT
GGAAAATTTCCCTTTTCCTAATATTCTGCATTTTGGAATTATCTGATTGA
AGTTCCACTTTCAATTACGCAATATAATCTCAATCGAACACGGAATTCTA
CCGGGTGACCCACGAAAAAGTTCAGACGTTTCCCGGCGTCTAGAGGCCGA
ACAAATGTCCCAAAGTGCTTGGAGTTTTGATATTTAGAAAGTAGATATCC
TAACTTAAAATTTGAGCCATCACTTTTTAAATTCGACCAACTTGCTCTCT
ACTTATGAGCTTTTAAAGTGGGTCACCTGGTAGGTATCAATTGATTTGAT
TGAGATTGTTGCATTTGATTGAGATTCAATCAGATTTGATGTTCCTGACG
TCATTTGTATTTCATTTCTGCCAATGAAGTTTCATACCCATTGATTATTT
TTTTTATGCTAGCTGGTTTGCTAGCTAGGCTGTAAAATAATTGGCATAAG
GCCAAAATTTACAGGTATAATATACCGTAAGTTGGTCATTTCTAACCACA
AAATGATATCCATAGCACCCTTATTATATAATATCAACAGTATGAACTTT
GAGATGATTTGTTTCAAAGTTATCAGCAAAATGAAACCTTTAAACTTGAA
AAATGGATTTATAAGTTTGTCTTGCACATTGGATACAGGAATTTCCAAAT
GAATCATTTTCAAAATATCAGTCCCTTTTGCAGGAATTAAAAAAGCCAAA
AAAATCTAGACAAAGAGGGTGGGGGTAAATAATTGAACAGCAAACCATTA
AGTAAGACTTTTAGTGCTCAAAATACAAAAATTATATAAATTAATCTCAT
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CAAAGCAACCAGCGGCCTTGGTTATACATCTGCCATTTGATGTTTTTTAT
TTGGGGACATCATATTTTAGGGAAGGGGGCCTTTCTTTAAAGTTTTTATA
TATAACATAAGATTTTCTATGCAAATTTTTTTTGGCTTTTCATTAAGTTG
CCGTTATTGATTTTGTTTCCTAAATTTTTATCTGGTCTCACTTAACGACT
CTTTTACACTCTTTTCTAGGTTGAAGCTGCATTACTGATTGATGAAAATA
ATGAAGACCTTCTGAAATTAAAACAAGATCTACTGGTAAGCTAAAAAAAT
TCAGTCAATGCTCTCACAATTAAAATCTTAGTTGTCCATTACTAACAATA
CGATTTCTGTATAAACAAAGTTGAAAAAAAAACTCAAGATCAAAGTGCTG
TGGGAATTGGTGGTACATTTTTGACCAAATAGTCATATTTTAAATCCAAG
GCAGAGACTTTCAATTTTTAGTTGATTTGTTTTAATAAAAGTTCTTTTTG
TAATTTCACTTTAATTATTATTTAAATGTTTATTCTCATCTATTTCAGGA
AGTGATCTCTTTGTCAGAAGAATTGGAAGAGATTAATGAGGTTTTTAAAA
TTATATTTATTTTGCTGTAAATGTTTTTATCTTTCCTCCTGTGCTTGATA
ATATCAAAGTCTATAAGTCTATACTTTGTGAACATAATTTTTCAAAATTT
TGCTTTGTAATTTTGAACCTTTTTGCAAAGGTTGTCTTGAAAATGCTCAT
GGTCCTATTCTAGAAAATTTATGCTTTTCTATTTTTTATAGAATTCAACC
CCTAGATGGTACTACCTCTCTAATGAAAAATATTTTGATGTTTTTTTTTT
GCTATCGCACCCTGTTGTATAGTAATGTTGTTTTCATATAGAATTTTCTT
TGAAATTAGATACCAGAAGGTACAAGCTATGAAGAACCAAAGAAAGAAGA
AAAGCATAAATGGAAGCAGGGTGATCGTGTTCAAGCTGAAAGAAAAGCTG
ATGGAAAGTAAGTCCCTCTATCCATCAATTTTTTTCATTTCATTTATCAA
TTTGCCATCACTGTTATGTTGTTGAATTCAATTGGAAAATTATAGTAGGT
TTTTTCTACATTTAGAAAATTTTTGCCAATTAATACACACTTCTTGAAGT
GCATAAAATCCTTGAGCTTTATTTTTAAGATATTGTCACCAAGATTCTAT
TATATTATTAAAAAATTAAATCAAAAAATACTTCTTGCTATCGTATCAAA
ATTGATAACCATGTATTGGCTATACATATTTAGTTTTTAAAAGTTGTTTG
GCTGCAATGATTTTGTAATGCCTGCCTTGGTTGTCTTTCCATTTGTTTAG
TTACAAATTTTTTTTCTAATAAAACAGGGCTTGATTAATTGGAAAAAGTA
CACATTGTATTTTTCATTATTGACCCTTATCCTGAAGAATAGTTCTTTCT
TTTATGGATTTCACGAGATCTTTTGGATTTATTTCAGGCCGAGTTGCGAT
TTAAAATGTCTTCTATTGTCCATTGTTTAATTGATGTAAGTATCCAGAAA
TATCTCAGTCCCTTCTTCCAGCAGGATTGTGTTCATTGTTATAAGTTCTT
ACAAAAGCACAAAAACAAATATTTCCTTCTTGAGATTCACCAATTTTCAA
ATTTCTTGTGTAAGGAAAACTTTGCTTTAATCACACTGAATGATTTGACA
TTAAAGGAGTTGACTTTTAAGACACTTTGGCTCATAACCACCTTATTCTC
TTTAAATATATTTTTAATTATGAAATTTAGGCTGGAGGATGCCTTGCCTT
TTTAAAAGCTCTTTTTATTCACTGACGTGTAAAAAAACAAAATATCTCCT
GGCCAAATTTTGAAATAAATTCATCTCGAATGACTTTCTATATGTATCTA
TCATTACGCTTTTCTTCCAGGGTGCACAATGCGAAGATTGAAATGATTGC
TGATGATGGATTAACATGTGTTGTTAAATTTGATAATATCGGTGCCGTTG
AAGTTGTCCAGGTCGGTTTGAAATCTCATCTCATGATATCCTCATAATTA
GAAATCACTTAGATACTCTTTACTATTAAAACAAGGGTTTTATTTTATGT
TGCAGTCGCCTGGCTTTTTATTTCACCACTGTCCAGTCCTATCAGATTAC
TTACATAATCGATTGGTAACTATCATTCTCTTGATCATCACCCCAGGAAT
TCTTTCTGCTCTACAATATGTATATTAGGACAATATGCACATTCTATGAG
GACTGGAAGTGGTGTCTTTTAATGTGATGTAAGATCCAGTTTTTCACCTT
TTTCTTTTCCACTATAGATCACAGGTCTACAGGCAGCAACTGAATCAACG
GAACCTTCGCAAGAAGCATCTTCATCAACAACCAACCCTCAAGGTCAACA
AAATAATACACAAAAACAAGGAAAACTTACAAGGTTTGATGAAATTATTA
TAGCTGGTTCACAATCAACCCTTTCTACTTTTTTTCAAATATCGATTGAA
GTTATAAATATATTCCTGCATTTGACGTTTCAAGTCAATGTTTGCTCCCT
CAAGTGATGCACAGGGCCCTACTTAGGCTATCCTCTACTTGAAAATGAGT
TGACGGTCTTACACAGCTTCATGAATAACGTAATGATTTAGCCTGGTGCA
GAATAAATCATAGTAGATGTGACAACCAAACACAACAAAATATTACCAAC
ATTTTTCTATAGGGAAGAATTAGAAAGGCGAAAGGAAATTAAGAAAAAGA
AATTATTGAAGAAAAAGCAAAGGATGAAGGTACAAATTTTCAATCTTTAG
TAAAGTTTTCAGTAGTGTATTCTATTGAAACTTCATCCTATAATGATATC
CTGTTCCCATTTGGCTGACATTTATGAGGAGCTGCATCGTGGGTCACGTT
GGCTTTAGCCAGAATACCTTTTTTTCAAAGTAAAACATTGTATACAGTTT
ATACAGTAGTACTACTGTAGTTAAAGGGGCATTAAATAAATTAGTAAAAT
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CCAAAACAAAACAATTGAACAATCAAAATTAGCCACATTTGGTTTTATTT
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TATATTTGCATCACGTGAAGATGGCAAAGGAAAGGTCAGGCAATTCTTTT
TCATGATTTATTTAGATTCTTATCTACATCAAAGATAACTAACTAGTATA
TGCTTTCAGGTAGCTTTTAAAAACTCTTAGTAAGTCTGCGACCTCAGTCG
GAGGCGACCTGAAGGCTCCTTTTTCGATAGCTATCTACCCGAAGTTAGGG
GAGGGCGCCACTCTTTCTCCCTAGATTGCTCCACTTATCCTTGATCCTTC
TGTTGATTGCTGAGCATCAAGCAGAGAGGCATCAAGTACCATTTTTGGGA
ATCTATGGTATGACCCGGCTGGGGGGTTGAACCTACAACCTTGCGAACCG
TAGTCGGATGTTCTACCACTGCACTACGCTTAAAGACTCTTAACTGTGTT
CACTGTTGCCAGAGTGCTCTATCTGTAATGAAACAAATGAACCTTCATCT
GCATTTCGTCCCTAACCACTGTCAGAGGGTGAAAGAGGGCAAGGTTTCAT
GTATTTGCTGGGATATTTGTAATAATTAGAAATACTTTTTGTTATAGATT
GGCGTTGGGACATGTGGTACATCTGGTAAACAAATGACATCCTATACACC
AGCCTCACAATACATGTACAAGAAATAGAGGAATCACAGTCTAGTCTGTA
ACTAAGGGTCTACTTAAATTGTCGAAATGTAAAGTAGGGATTTCTTCCAT
TCAAATCTTTATGGTCAATTAAGTACAACACCAGTTGCTTGTGGATATAC
ATAATGTAAAAATGGTTTGTGATTGTGGAGATACAAAGGCTTGAGAAATT
TGGAATTTTCAGAGCTTTGTCATTGTGCTTGGGACACTTGTGTACAAAAA
GCATTGTTAAAAAACCGAGACGATGTGAAAATCTTGATTTATAGATTTAT
AGATTATTTGCACATTATGACCAATTACATAATCCCAGAACGGGGACATA
AGGTTTTTTCTCAAATGCTAAATAACCAGAAAGAGAAATTTTTCATCTAT
TTTCCAAGTTTTTATTGGTTTTTAATAAAGTCAATTACCATCGAAAAAAG
GTCTTAAGTCCTCTAGAATTTTGAAATTACTGTACTTATGTATATGGGAT
TTTGAATTTTTATAAGCAAACCTTTGTAAATCAGACATATTCAGATTCAA
AAAGGAAGATTTTGTACCAGATTTAACTACGGTTTATTATATAGCAACAG
TATTTTATTATGATCTGGATTTTCAGGTAGTATAATTTCGAGTCATACAA
TATGCACACACTCCTTTTATTCATTCATTCACTCCAGTGACCTTCCCTTT
TCCCAAAGGTAATTTCTAGACGACTGC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_031451	XLOC_031451	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_161	supercontig	scaffold_161:208825..218701 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
24.9372	23.2283	21.5416	16.995	36.3736	23.8691	20.7857	23.2695	25.7246	19.799	29.8995	17.6219	20.8833	24.9737	12.5888	16.4423	22.5065	17.7216	9.95555	13.4964	13.1909	18.0016	15.258	16.6181	20.9781	20.6721	12.3009	14.7211	10.3239	11.1927

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00049609 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00049609 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00049609 (transcript) - C. hemisphaerica