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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00047491 ID=TCONS_00047491|Name=TCONS_00047491|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=440bp
AGCGTGTTAAAAAAAGGTGAGGGAGTGGTCGTCAGATTTTCTTTGGAGGT
AGATTGTGGTGTGTAAATGCTGGATTTGGTATTGGTCTGACTGGGGGTTG
CCATAGTATCTATTTCTGGTGTTCGCTGGTCAATGGGGGTTTGGACTGTC
ATTTTCTAGGATTGTTGCAATTTGAGATAGTGGGTTCTTGTATAGTGTTT
TGGATTTCGTCTTTTGCGTGTTGGTTGTTGAGTTGTGGCTGAGGGTTGCT
ATATTGAGCCATGTATTGtcgatttttgtttttttctgaggaTTGTGTGG
TATGGATCTTCGTTTAAGTGGGTATTGTCATGGCTCCCTTCTCCTTTCTT
TTGAGGTAGATTGTGGTTGTGGTAGATTGTGGATGTATTGGTTCTTTATG
TGGCTGTCTCctcttcattttgaattgaatttggATTTGG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_13:171387..178480- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00047491 ID=TCONS_00047491|Name=TCONS_00047491|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7094bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_13:171387..178480- (Clytia hemisphaerica)
AGCGTGTTAAAAAAAGGTGAGGGAGTGGTCGTCAGATTTTCTTTGGAGGT
AGATTGTGGTGTGTAAATGCTGGATTTGGTATTGGTCTGACTGGGGGTTG
CCATAGTATCTATTTCTGGTGTTCGCTGGTCAATGGTGGTTCGGACTGTC
ATTTTCTAGGATTGTTGCAATTTGAGATTGTGGGTTCTTGTATAGTGTTT
TGGATTTCGTCTTTTGCGTGTTGGTTGTTGAGTGGTGGCTGCAATGCCGG
ACAAAAGGTTGTAGACAAATGAAATTTCAGTGAAAAATGATGAGAAATAG
AGCATAATGACTCTTCAATGTGTCTGAAAGGGATGGAAGTTAAGAAAAAC
ACTTTTGAAGTCGTTGCATTGCTTTTGAATTGCTTTTGAGGGAACCACAA
GCAAAAAACCAGCGTTTTGATACTGGTGTAAACCAGTTAATCAAGCCCTT
GTGGTTTGCCCTTGAGGTTAGACTTTCAAAGACTTTGAACAGCTTTGGAT
AGGTTTGGAAAGCACCCAGAGCCTCTTGGGAACTTGTCTTTGATCGATAT
TGAAGTATTTAGCAAATATTGCAGAAGTCTACAAACCTTTTGTCCAGCAT
TGTGAGGGTTGCTATATTGAGCCATGTATTGTCGATTTTTGTTTTTTTCT
GAGGATTGTGTGGTATGGATCTTCGTTTAAGTGGGTATTGTCATGGCTCC
CTTCTCCTTTCTTTTGAAGTAGATTGTGGTTGTGGTAGATTGTGGATGTA
TTGGTTCTTTATACGAGGCTGTCTCCTCTTCGTTTTGAATTGGATTTGGA
TTTGGATTTGGATTGGGGTTTGATTTGGGATGGACAAGTTTGGCCTTCTT
TATGCAAATAAAATTTTTAATTGCTTCTACTCCATTTTTAAGATTCAGTA
CCAGATGTTTGATCTCTTCATTTGATTTCTTAAAAAATAAGTTAGCTCGT
TGGTCCCAGCATGAAGTTAAAAACGACGCGGACTTCATGGTCGGATTTGT
TTTCGGTTTTATAGTACTCTCCTTCAGGTTGCTAAATTGATTGAAGTAGC
GTAGCGATCGTAAAAATGACTCAGTATGAAATTAAACATGTTACAAAGGT
GAGGCTCTGACCTGCCAAACTTACCTGCATGGAAGTGCAAGTCTTCGACA
CAACAAGCAAAAGAGCTCAACAATACTAGTGTGAATGTAGGCTGGCCTAG
GCAAAATCACCTCATCGCCAAGCCCAAGCATGGCAGCAATCCTTAGCATA
TCCCTCTTTCGGAATCTGCAGTCCACCCAGCATTCTTTATCACTCCACAA
GTCGAAATTGAAGTTTCCCCACCTAGCACCATAGTCCTTATCAACTGCAC
CTACAAAATTTACCTCTGTAACATCAGCCAGCATGAGGTATTCTTCATCA
GAAATAACTCCATTTACATATGCATCTCTTCCAGCCATGATAACCTAATT
AAAACTTTTCACTTACTGCTTTCAAAGTCGAAAGAATAAAGTCTCAAAGA
AGAGGGAGGGAGGGTAAACAACTTGCTCTCAATGGGGTCACCCTGCGTGT
TGCCTTCGGATCATAGAATTTCGACACCACCGAGGACGAAGAGTCTGGAC
GGCGTATTATAGCAATTCGAGGCAAGTGTTGCTATTGAGGGGCAGATGAC
TTTTACGTTGTGTAAGAATGCTTCACGGTTGAAATCCCGGTAAAATGTGT
AAAATGGGAATAACTCGCGAAAAAAATAGATTGTCAAAAAAATGAAACTG
AAGTTGAGAAATGTTTGAATGATCTTTTTTTGTGACCTTTTGTGACTCTA
TCTCAAGAAATTATTTAAGGTCAAAGTATTAGGTTTGTGACACCTTGGCC
AGGTGTTCTTCTTTAATTTTAACCCGTTATTCAAAAGTCTCTTAAAGGCG
GAGATCTCTTAAAGGCGGAGATCTCTAATTAGCGGATACCTCTAATTAGC
GGATACTAATATGACTCCCTGATGTTGTCCGTTGATTAGAGTCTCCACTG
TAATTTATCTGCTACTTATTTCTTCTTTTTATCAGGCCTGCAAAAATTTG
ATCAAGAATTTTGAATGAAAATCATGGCATTCCTAATCTAAGGTCTAGCA
AACTTCTTTCTAAATTGAAAAACCAGCTAAAGTGAATGAAACGGAACCAG
TGCATTGTTTTGTTTAGCAAGTTGAAGAGTTTTCGTGGGGATTTATATTT
TTGGAGTGACACCATAAATAAAGTTAAAATAAAATTATTTACTTATTTGA
TGATTTTTAGAAGTTTTCATTCCCTTAATTCCGTGGATGGGAAACGATGT
CCATTCGGGAATTGATGATTTGAAGCGACGATCGTTTGACCATGATGATG
GTTGTTAGTCTTTCTCAATATCTTTTCAACAAATTTTTGTTCGAGCAGAA
CATTTTCGTTGTTCAATTTTTGCAAATCTGCTTTTTGTCTTTTCATTAAA
ATATTGGCTTTGTTGATGTTATGTTCATCATATTGGTCTTTTCGTCGTTT
GTTTCTTGGACAGAGGCCAGCATCTATGAGATGAGAATATATTATATATT
TAGGAACAACTAGACGGTACCCGTCGTCGCAAACGCCGGTTAAGTGATTT
AGATATCGTCTAGATCATTCGATATAGCTGACATTATAAGATGTTGACAA
AAATAGATACCTCCACGTTGCTCTTCAACTATGTATGGCTGACATCAAAT
TTCATTTCCCAATTTCCATTGACGTTTCTGGTTATTTGAATATTTTTCTT
ATTATTTTTACTGAAAATGAAAAGAGCATATAGCGTATGACATTAATTAA
ATCAACACAAATATTTGTTTTCTTCTCGATCCCTAGTCGTCATCCATTAA
TAATAGCAGTCACCATTATTCGTCATGAATTTCCGAAATAACAGAACGTG
ATGCCGAAAATTTTACCTAGTTCATCATCTAGCTTGCTCTATAATTTTAT
AACTGGCATAAATTTATGGAACCAGAAAATAACACAACATTGATTTAAAA
TTTTAATCACTTATTTTCTTTGTTCAATATTTACATAATGATAATGCAGT
AATCTAATATAAATATCTTAAAATAACAGAACAGATTAAAAGACCAGATT
TAAAGGTTTATTTCCTCAGACAAAACTTTGTCATCACTGGAAATACTGAA
TAGAATGAACTAAATTTTATTTGAAATATTCAAGAAATCTTATTCATCAC
TGGCTTCAGAGCTTTCTAATCTCAAAACGAATTAAATAAATTAAAGATCA
CAATGATAAATACACAAAATAAAAAAATAATGTATACTTTTTAAAAGGGC
CTTAAATTCTATAAGGCGATCGAAAAAGTGATTAAAAGACTGAATTGAAC
AAAGTGCTAAAAAAACTGAAACTTATGCTCACAAATCAAAGCTACTATCT
TACGATTTTCCTCAAGAAATACACAATCATCACTAGGAAAATATAGTAGA
GAGAAATGCTCTTACGTGGATAGGCGGTTGTCGAATAATGAACAGTTGAC
GAGTGTGCAGCAACAGCAGCGAATAACGATATCAAAGAAAAATGTATAAA
AACGACTGTATAAAAACGATTAGATTAGGTTATTTGTAAATGAATCAAAT
TTTTCCACTAGCTTTGGGTGCTCTTTGCAGGCTTTTTGATAAGCTGACTT
TTTTGTTCGATTTTGAGCTTTTTCTCGTAAACTTCACCCTCGATCACCTT
TTTTTCATCGTTCAGTGACAGTGAGTTTTGATGAATTGAACTATTACCTG
TTCGCCATTCGCAAGGATTGAGTATATTTCAATAAGATATTATTATTATT
ATTAACATCTCTTTTATCACCATAAAGCTACGGTATATATATAAAGGTTT
TTGAAGAAAAAAAAAAATATACATCGTTTTCGTTTTTCTTAGACAATATG
TGATCCTTAATCAGTTTTGCACGCCGATCGTGCAGGGTAAGCTCCAAACG
AGTCGCAATAAACTCAGTCTTTCTTTTTGCTTTTTGAGTTTCAATATGCT
TTGAAAGCGAATGTTAATCTTCTCCAGCATGGAAATTTGGGAGATCAATC
CCCAAAGATTTTTTGGATTTCTTCAGCATCAAGAAATAATAGTCAATAAA
TAATCTAGCCTAATTTAAATAATCTAGTTCACGCTGGATCATCTTCTTTT
CATCTGTCAGATGGCTGACAGTGAGTTTTGAAGAATCGAGACACTCTAAA
CGCTTCCATAAGGTCTGTTTAAACCAGTTTGTTCTCTTCTCCGTCAAATC
TTCGATGATAAAACTCGATACTGAAAGCTTCTGACGAAGGATATCGTGCG
ATAAATCTTCCATTGAAGTGNACCGAATGCTTTGAAACCGAATGTTAATC
TTCTCCAGCAGGGATATTTGGGAGATCAATCCCCAAAGTTTTTTTGGATT
TCTTCAGCATCACGAAATAATAACAAAAGAGAGATATGTTACAAACTATC
TTCATTTTTCTCCAAGCCACTAAATCATGATTCAAAATAAATAAACAACA
CAAAAATTTGATTCAAATTTTTGTGTTGTTTATTTATTTTGAAAAAGATA
TGTTACAAAAACAGAGGTACAAAAACACTAAAGACTATGTATTTACAAGA
GTAGGAAAGTATATTTACAAAAAACAGAGCAATAAAAAACACTAAACACT
TTCATCGTCCGAGGACACAACAATTACTACTTTGTCATCTACAAAGTTTT
CTGGTGAGCAATATCCATCATCGTCAGATTCGTCTGATGATATTATAATG
GATTCTATTGGCATGTCTTCTAAAAAATTGTCCAAAATTAAATTGTTTAT
TATCATATCTTCCACCACGTGGTCCACAAAATTTTCGTACATTTGAAATA
CATGATCCAAATCAATATCAATTATGGCAAATGGAAACGTCAAGTCTAGA
ATGAAATCACCTAATAGTTAATAAATAATCTAGTCTAAATTAAACTAGTT
CACGCTCGATCATCTTCTTTTTATCGGTTAGTTGGCTGACAGTGAGTTTC
GAGACACTCTGACGCTTCCATAAGGTCTGTTTCAACCAGTTTGTTCTTCT
CCGTCAAATCTTCGATGATAAAACTCGATTCTGAAAGCTTCTGACAAGGG
ATATCGTGCGATAAATCTTCCATTGAGGTGTCATCAGAGCTTGCTTTAGG
GAAGNGAAGGAGAGAGGTCTCGTGTGATAAGTCTTCCATTGAGGTGTCAT
CAGAGCTTGCTTTAGGGAAGGTTCTGGGTGTTTGATCAGTCTCAAGGGCA
CGATGGATGATCGAGTTTGTATTAAGAAATTAAAGATTTTAGTTTGAAGT
TTTTTGCGAAGTTCATAGTTATCAATTTTTAGCCTTGAATCGTCCGTAAG
AATCAAGAAAGAATTCACCAACACAAAAATATCAAACTTATGAACAATTT
GAATAAATCCGTTTTTTGAGAAATCTTAGTTGGTTCGTCAACGATCCCAA
TCAAAAATAGTCATGCTTTCGTGAGTCTAAAAATTAAGGGTGATACTTTT
CTCCACTGGTCGAGTGACTGAGGTTCATATTTCACAAGGAGTGTAAAGTT
TTCGGAAAAATCAATATCAATATAAGCTGCGTTAAATAGTTCATTGAACT
CTTTGGTCAGGATCAGCTTTACCAACCGTTTATCAATGAAGTCAAGGATT
GCTCTCATATAAAGATATTTTTTCACAGCTTTCAGTTTGTGTTTCAGTTC
ACCTTTTTTGGTTGTAGAAGGTAGACACCAACTGGTGTTATACTTTAATT
GATTGAGTGCCAAAAATTAAAAAAATGTGAAACATAAAATTTCCCTTGTG
TAAGCCAAATTTTTGCCCACTCAACAAACTGTAAGTCTCAAATAAAAAAT
GTAAAAAAATTTCTTGGAAGGGTAAGCCACATGACCAGTATGCAATGAAT
AGCTACTTTCCTCAGCTTAACCATCAAAGCAATCCTACGTGTAAGCCACA
TAATGATCTCAAGTTATGGTCAATTTAGTGACTGGCAATAAAAAGGTCAC
AAAAAGGGGTTTATTTTTTATTGGGATCCAACCCAAACGCTATTAAGGCT
CCAATGACAAATAGACATAGGCGTTTCCCTCTAGTTTTTTAAGAATTTAT
GATTGTCATGAAGAGAAGGTGATCTATTTTCTCTGCCATTGTTGTAGCGG
TACATCTTGGTGCTAAAACTGAAAATTGAGATTGCAGAGATTGTCGGTAC
TCTAATAGAAATTAGATCTGGTATAGAGGGATCCTCAAGTTGTGAATTAT
TTTTCTCGAGCAAGGAATGAGTAGTAGAAAGAGGTAGATATGAATTCTTG
AGTGTTGAAGTGTGTTAGGAGTAGAGATTATTATACTCAATGAAATACGT
GACTTTAAAGATTGGAAGGATTCATAAAAAGTCTAGTCATGTGGGTTTGT
GTTGGAACGTTGGAACAGTGTTATAGTGATAATAGCATACGAAATGATAG
AATTGTTTTAAATTTAGCTGGAATGTTGTTATTATAATTTAGTGTTTCAA
GTGTTAAACTTTTTAAAATATATATTAAACTTTTTAAAGTTTTTTAAATA
GTCACGTAGCAAAATGTTGTATGCTGCTTGATTTAATTTGTGTCAGTTTG
TGTTGTATTATCTTGTTGATGTATTTTAGAGAATCATTGCGTTCTTTCAG
CTTGTTAAAAAAAGGTGAGGGAGTGGTCGTCAGATTTTCTTTGGAGGTAG
ATTGTGGTGTGTAAATGTTGGATTTGGTATTGGTCGTTGGCTGACTGGAG
GTTGCCATAGTATCTATTTCTGGTGTTCGCTGGTCAATGGGGGTTTGGAC
TGTCATTTTCTAGGATTGTTGCAATTTGAGATAGTGGGTTCTTGTATAGT
GTTTTGGATTTCGTCTTTTGCGTGTTGGTTGTTGAGTTGTGGCTGAGGGT
TGCTATATTGAGCCATGTATTGTCGATTTTTGTTTTTTTCTGAGGATTGT
GTGGTATGGATCTTCGTTTAAGTGGGTATTGTCATGGCTCCCTTCTCCTT
TCTTTTGAGGTAGATTGTGGTTGTGGTAGATTGTGGATGTATTGGTTCTT
TATGTGGCTGTCTCCTCTTCATTTTGAATTGAATTTGGATTTGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1575043694:178385..178480 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1575043694:178385..178480 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1575043694:171387..171730 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1575043694:171387..171730 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1510915933:178385..178480 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1510915933:178385..178480 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1510915933:171387..171730 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1510915933:171387..171730 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1491911889:178385..178480 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1491911889:178385..178480 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1491911889:171387..171730 | TCONS_00047491-exon-scaffold_13-1491911889:171387..171730 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_13 | supercontig | scaffold_13:171387..178480 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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