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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00047110 ID=TCONS_00047110|Name=TCONS_00047110|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4003bp GCGAGATGAGAGAAGACGTGCAGAAAAACTGATTACCACGACCAAGGAAT TATGCTACGACTCACTTTTAAGCTAATCACTTAAAGGGAAAAAGGAAtgg aaattaattaattaacatAGATGTATAAGAATATTTTGTAAAGTGACAGG GTGATATAAACAAGGATGAACAAGAAGTCAATCATTCCACTGATCGTTTT TATCTCAATCTTGTTGATGCACTGTGGTAGTGGAGATGGATGTGAATGTA AAGATTACACAGGCCTAGTTATAGTAAACAATTCTGGTAGTCAttgtaat aaaaatgatggaatcaatcgTTGGACTTGTCCCTCACTTCAAGCTacatt tgaaaataaagatatttcattgAATGATTCCTGTATTTGTATTGTGGTTG ACAAAGCATCTCTTAACAAAACATTTCATATAACTGCTCAAAGATTGATT ATAACCAGTGACAGAAAATCAAATATTAAGTGCTCCCTAGAAAATGAAAC TGGGCTTTCTTTCAATGCGTCAAGTAACATTGAAATTACTTCATTGATCT TTACAGGGTGTGGTCATGTAGACCCCTCTATCAGTCAAGATTTAAACATT AGTTCGgctttttttttccaaaactctAAAGATATTACTCTTAAGAATGT TAATATTACATCTGCTGAAGGTTATGCTTTCTACTTTCGAGATTgcactt caaaaatcgaaatgCAATTTGTTGACGTGCGTTTAAACAGGCTGAAACTA TTTGGCGGTGGTGTTATAGTTATTAAAGAGAAGTATGTTGAGCCAATGAA AATGTCATTAAACGGTTGCTGTTTTAGCATACTGAACGCATATGAACCTG ATAAACAGATACTTGAACCCTTTGGATATGGTGGTGCCTTATCAATACAT ATTTCGAAATGTGACAACAATCAAGTTATCATTGGAGACCATACTGGCTT TCAAAGGAACAGTGCAATATCTGGTGGAGCAGTTTCTGTGCATATAGGAA AAAGCTCAACGAATAATACGTTTAAATTTGATGGGATAATTTTTACTGGT AATACTGCTGTTAAATCAGGAGGTGCCGTTGACATTGTAACAAAGGAATA CACACATCCCTTTAATAATACTTTTATTTTCAGTGGTTGTACTTTTAAGG ACAACACAGCTGGTTATTATGGTGGTGCCTTCTCTCAAAGCAAAACATTC AGAACTTACCATGAAATGCCTAAGACTGATGATTTTTACGGTACACATTT TATCAGCTGCTTTTTCCTGCTAAACTCTGCAAAACTTGGTGCTGCAATCT ACCTTGACGATACTTATGTTATTTTTGATGCAAAACCCAATAATCCTTCC ACCATATCTCAGAACAATAGAGAAGTTGGAAATTCAAACTTTGCTGCTCT TTTTGCATATAGTACAGATATATTGATCAAGGGTGAACTTATTTGTAAAG AGAATTCTCATACAGCTTTTGTCCTGGATTATTCATATCTCCATGTTAAC AACACTGTTTTGTTTACAAGAAACATTGGTAATAAAGGAGGTGCAATATC CCTCTATGAAGAATCAACCATATTCTTTTATGGTAATGGTTTGTTGAATT TTACTGAAAACAGCGCATTAAAAGGTGGTGCAATCTATTGTCAGTATGAA GTTGCGCCTATTCGTATTTTCAATAATAACGGATATTTATCGTATAGATG TTTTTACAGCATTATTCAGTCAACCAGGGAACATGTAATGCTGTTTACGA ATAATACAGCATCTGAGGGTCAGGGCAAGACAATTTATGCTTCCACCTTG AACTATTGCCATATTCAGCAGCTGGAAAACGCTTTCGATTTGCAACATAA CGATGGGATTTCTTCAATCAACACAGATCCAAAACATTTATCTATATCTG AATCACAATGGCAAAATCTTTATCCTGGAAAAGTTTTTAGTCCTACTGTT AATTTGACTGATGATCTAGGAAACAGTGTATCAGCTATCGTTCAAATTAA GTTAAGTAGCAAGTCCGTCGCTATCGACCAAAATTATACGAGATTTCTGG TCACTTCAAATCAAATTCAACGACAACTGTCTTTTGTTGGGTCAAGTAAG TCAAATAAGTCATTCAAAATCACCATATCTGCAACGAGTGGAACATCTAC ACCTAAAACAATAGAGACAAATATACAAGGCTGTATCTTTGGGTATGAAT TTAATGAGCGAAACGAGAAGTGTGAATGTTCTCAAAACAATAGAATAACA CGGTGTGAAGGAGATAATGTCTATTTTCATAAAGATCAATGGGTCTATAG GAATTCTACTAAAGATATTCACACTTGTCCTCAATTTTATTGCAAATGTC ACAATGACAATGAGACAAATGATTGTTTGTATAAAGCCAATGAACAATGT AATACAGATCGAGATCAGACATCAAAGGTATGCAGCAAGTGTAAAAGTGG AACCACAGTGGGATTTGGTGGTAATAAATGCAATACACATTGTAAAAACT CTTACGGAATATTTTGGATCTTGGTCGTGTTAATGGTGACCATTTTCATT GTGATGTACTTATTGATTATTGTTGATATTGACATATATAAGAATTATCT AAACTCTACATTTTATTTCTATCAAATAGTATCCATGTTTTTCACAAGCG TTAACCTTTACATCGACCCAGTGATTTGGgctttcaagagtgtttttatt ttggaaGGATTCCATATTGCAAATACAGCTGGAGTCTGTATTTTAGAACG ATTTGATGAGCTTGACAAGTTATTTTTTAACTATTTATTCCCAATATTTG CATTTGCATGGATTGGATTGATATTCTTATTGGGAAAGAAATTTAATTGG TTCAGCTATAAAACAGATAATTACATTCATGCAAGTATTTTTGTTATTGT GTGGGCGTATGGTGACTTGGCTCGAGTATCATTCAAGATCTTTAAATTCG TAACCATATCCAACCATAAATATGTTTTTGTTGAAGCTGACATCCCATAT TTTCACAGCCCACGTCATCAAGCATACTTAATCATCGCTAGTTTGATTTT TGTACTCATTGTTGCATTTCCAttcattttgatgttttcttACAAGATCA ACCCTAAATATCCATACCTGATACCGTTTTTCGATTACTACAAATCGTAC CTCAAAGACGATTCCATCAGCCAGTTATTCGCATCATATTATTTCATATG TCGAATACTGTTATCGAtcattgaaactttctttttcaCTGACAGACTTG GTGCTCAGAAAACCTTACTGTCCTGTATCTCCTTGGTTGTTTTCATCGTA TTCGCTGCTGTAAAACCATACAAAACtacaaaagaacaaaattttGAGTA TCTTAACATCTACGATAGCGTTATACTGTTCTTGTTATCAAATGTAGCCA TATTGACATGTGCCAATGGTTCCCTTGCGGCTGAGAATCCGAATATCAAA GTTAACAACATACTTCTTAATATTATACTGGCAGCACCAGCTATTTGGGT TGCTTTGAATTTCCTATACCGATTATGTAGCTACTTGGTGAAGAAATGGA GGGAAAGGGCTCTACAACGGAGAGTTGAAGATGAGGAGGACGACCATCga agagCTCTTCTTCGTGAAAGTTTAATTCAGAACAGTGACGTAGATGATGA CGAGGATGATGATGAAATAGATGGTTGAATAATTTGAGATCGAAGATGTT TTGGTGGCTCAAAATTTGATTATCTGGTACTTGATATCTCTTTCCGGCAC GCTAAAGCTCTACAGGTCGGGAAAGCTTTCAAGAAGAAGGTTTTGATTTA TAAGCCAGATAGATATGTAATGAATATGGAGTTCCTCTCCTCTCTAAATG AAATATTgccccgctcctttagagctaaAGCGTATTAATTGGTATCTTAA TATGTATCTTAAAGGGatataaaagtagtaaaatgtaaacattgcgcgaa ccacgtgtcattaaagagaacaatttaaaatcacgtgtccaaaacaaact tgt Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00047110-protein >TCONS_00047110-protein ID=TCONS_00047110-protein|Name=TCONS_00047110-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1170bp
MNKKSIIPLIVFISILLMHCGSGDGCECKDYTGLVIVNNSGSHCNKNDGI NRWTCPSLQATFENKDISLNDSCICIVVDKASLNKTFHITAQRLIITSDR KSNIKCSLENETGLSFNASSNIEITSLIFTGCGHVDPSISQDLNISSAFF FQNSKDITLKNVNITSAEGYAFYFRDCTSKIEMQFVDVRLNRLKLFGGGV IVIKEKYVEPMKMSLNGCCFSILNAYEPDKQILEPFGYGGALSIHISKCD NNQVIIGDHTGFQRNSAISGGAVSVHIGKSSTNNTFKFDGIIFTGNTAVK SGGAVDIVTKEYTHPFNNTFIFSGCTFKDNTAGYYGGAFSQSKTFRTYHE MPKTDDFYGTHFISCFFLLNSAKLGAAIYLDDTYVIFDAKPNNPSTISQN NREVGNSNFAALFAYSTDILIKGELICKENSHTAFVLDYSYLHVNNTVLF TRNIGNKGGAISLYEESTIFFYGNGLLNFTENSALKGGAIYCQYEVAPIR IFNNNGYLSYRCFYSIIQSTREHVMLFTNNTASEGQGKTIYASTLNYCHI QQLENAFDLQHNDGISSINTDPKHLSISESQWQNLYPGKVFSPTVNLTDD LGNSVSAIVQIKLSSKSVAIDQNYTRFLVTSNQIQRQLSFVGSSKSNKSF KITISATSGTSTPKTIETNIQGCIFGYEFNERNEKCECSQNNRITRCEGD NVYFHKDQWVYRNSTKDIHTCPQFYCKCHNDNETNDCLYKANEQCNTDRD QTSKVCSKCKSGTTVGFGGNKCNTHCKNSYGIFWILVVLMVTIFIVMYLL IIVDIDIYKNYLNSTFYFYQIVSMFFTSVNLYIDPVIWAFKSVFILEGFH IANTAGVCILERFDELDKLFFNYLFPIFAFAWIGLIFLLGKKFNWFSYKT DNYIHASIFVIVWAYGDLARVSFKIFKFVTISNHKYVFVEADIPYFHSPR HQAYLIIASLIFVLIVAFPFILMFSYKINPKYPYLIPFFDYYKSYLKDDS ISQLFASYYFICRILLSIIETFFFTDRLGAQKTLLSCISLVVFIVFAAVK PYKTTKEQNFEYLNIYDSVILFLLSNVAILTCANGSLAAENPNIKVNNIL LNIILAAPAIWVALNFLYRLCSYLVKKWRERALQRRVEDEEDDHRRALLR ESLIQNSDVDDDEDDDEIDG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_121:58550..71240- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00047110 ID=TCONS_00047110|Name=TCONS_00047110|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12691bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_121:58550..71240- (Clytia hemisphaerica) GCGAGATGAGAGAAGACGTGCAGAAAAACTGATTACCACGACCAAGGAAT
TATGCTACGACTCACTTTTAAGCTAATCACTTAAAGGGAAAAAGGAATGG
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ATTACTAATAGCAATTAAAATTATATACCGCGTCGATATCTCTTCACTCC
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ATTCCTTTCCACACGTAGATTATAAATGTAAAAACTAGATTGTAAGGTTG
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GTTCTGCGAGCGTTCTCGGCTCAATCCTCAAACCACTCAAAATGGTAGAA
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TGATTATCAAAATTGAGGGTGAAATATTCTTAACGTATTCTTATTATTTC
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GTTTTAGCATACTGAACGCATATGAACCTGATAAACAGATACTTGAACCC
TTTGGATATGGTGGTGCCTTATCAATACATATTTCGAAATGTGACAACAA
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TATTGATCAAGGGTGAACTTATTTGTAAAGAGAATTCTCATACAGCTTTT
GTCCTGGATTATTCATATCTCCATGTTAACAACACTGTTTTGTTTACAAG
AAACATTGGTAATAAAGGAGGTGCAATATCCCTCTATGAAGAATCAACCA
TATTCTTTTATGGTAATGGTTTGTTGAATTTTACTGAAAACAGCGCATTA
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CAATAATAACGGATATTTATCGTATAGATGTTTTTACAGCATTATTCAGT
CAACCAGGGAACATGTAATGCTGTTTACGAATAATACAGCATCTGAGGGT
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TATCCTGGAAAAGTTTTTAGTCCTACTGTTAATTTGACTGATGATCTAGG
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CTATCGACCAAAATTATACGAGATTTCTGGTCACTTCAAATCAAATTCAA
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CACCATATCTGCAACGAGTGGAACATCTACACCTAAAACAATAGAGACAA
ATATACAAGGCTGTATCTTTGGGTATGAATTTAATGAGCGAAACGAGAAG
TGTGAATGTTCTCAAAACAATAGAATAACACGGTGTGAAGGAGATAATGT
CTATTTTCATAAAGATCAATGGGTCTATAGGAATTCTACTAAAGATATTC
ACACTTGTCCTCAATTTTATTGCAAATGTCACAATGACAATGAGACAAAT
GATTGTTTGTATAAAGCCAATGAACAATGTAATACAGATCGAGATCAGAC
ATCAAAGGTATGCAGCAAGTGTAAAAGTGGAACCACAGTGGGATTTGGTG
GTAATAAATGCAATACACATTGTAAAAACTCTTACGGAATATTTTGGATC
TTGGTCGTGTTAATGGTGACCATTTTCATTGTGATGTACTTATTGATTAT
TGTTGATATTGACATATATAAGAATTATCTAAACTCTACATTTTATTTCT
ATCAAATAGTATCCATGTTTTTCACAAGCGTTAACCTTTACATCGACCCA
GTGATTTGGGCTTTCAAGAGTGTTTTTATTTTGGAAGGATTCCATATTGC
AAATACAGCTGGAGTCTGTATTTTAGAACGATTTGATGAGCTTGACAAGT
TATTTTTTAACTATTTATTCCCAATATTTGCATTTGCATGGATTGGATTG
ATATTCTTATTGGGAAAGAAATTTAATTGGTTCAGCTATAAAACAGATAA
TTACATTCATGCAAGTATTTTTGTTATTGTGTGGGCGTATGGTGACTTGG
CTCGAGTATCATTCAAGATCTTTAAATTCGTAACCATATCCAACCATAAA
TATGTTTTTGTTGAAGCTGACATCCCATATTTTCACAGCCCACGTCATCA
AGCATACTTAATCATCGCTAGTTTGATTTTTGTACTCATTGTTGCATTTC
CATTCATTTTGATGTTTTCTTACAAGATCAACCCTAAATATCCATACCTG
ATACCGTTTTTCGATTACTACAAATCGTACCTCAAAGACGATTCCATCAG
CCAGTTATTCGCATCATATTATTTCATATGTCGAATACTGTTATCGATCA
TTGAAACTTTCTTTTTCACTGACAGACTTGGTGCTCAGAAAACCTTACTG
TCCTGTATCTCCTTGGTTGTTTTCATCGTATTCGCTGCTGTAAAACCATA
CAAAACTACAAAAGAACAAAATTTTGAGTATCTTAACATCTACGATAGCG
TTATACTGTTCTTGTTATCAAATGTAGCCATATTGACATGTGCCAATGGT
TCCCTTGCGGCTGAGAATCCGAATATCAAAGTTAACAACATACTTCTTAA
TATTATACTGGCAGCACCAGCTATTTGGGTTGCTTTGAATTTCCTATACC
GATTATGTAGCTACTTGGTGAAGAAATGGAGGGAAAGGGCTCTACAACGG
AGAGTTGAAGATGAGGAGGACGACCATCGAAGAGGTTTGTTTTTATAAAG
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AGGAATTATACGGTGTTATATACACCCGACTCGTCTGAAACTGATGTCAG
CAAAATTTTAATAAAAGAGTCCTTTCAAATTTGTAAATAAAAGGANNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TTATTCATTACAAAAGATTCTATTTATTTCAATCTGCTGAATCAACATAC
ATTATAACTATGTAAAGGTTGTATGTATTTTTGTCTATTCGCAAAATCTT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_121 | supercontig | scaffold_121:58550..71240 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
Term | Definition |
IPR003368 | POMP_repeat |
IPR011050 | Pectin_lyase_fold/virulence |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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