TCONS_00047110 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00047110
Unique NameTCONS_00047110
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4003

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00047110 ID=TCONS_00047110|Name=TCONS_00047110|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4003bp
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tgt
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00047110-protein

>TCONS_00047110-protein ID=TCONS_00047110-protein|Name=TCONS_00047110-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1170bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_121:58550..71240-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00047110 ID=TCONS_00047110|Name=TCONS_00047110|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12691bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_121:58550..71240- (Clytia hemisphaerica)
GCGAGATGAGAGAAGACGTGCAGAAAAACTGATTACCACGACCAAGGAAT TATGCTACGACTCACTTTTAAGCTAATCACTTAAAGGGAAAAAGGAATGG AAATTAATTAATTAACATAGATGTATAAGAATATTTTGTAAAGTGACAGG GTGGTAGGTATTATTTTTATACTTGATTTTACTGAACCCTGTTTTTATTT TGCTCTTTAGAACAAAGCAAAAAACTATTATCATCTTCGAAGCCTTAGAT TGAATAAAGTTGAAGTTAGTTCTATGTTTGATATTCAAGACCTTTTTTCA AAGAGGACGTCCTGTTGAATAATTATGTAGTCCAGCCATAAAAACAATGA TAGAGCCATAATTATTTACTGTATCATGCATATTGTAATAATTATGTGTG GTTGGTTTTATCATTGTTTTTCTGCTGGACTACATAATTATTCAACAGGG TGGCCTCTTTAAAAAAAGGTCTATTCTTGAATATCTGTACTATAAAAGAA TCAATAATTCGTGCCATCAGTCTCAAATCAATCTGAAAACTCAACGCCAC TCGACACAGACGTGACGTTACTGATCCAATGTTCCATTGTGCTCTATGGC GCGCCAAAGCGGAAATAAATACTTTCTCTCATTTCACGACACTACCTTTC ATTTCACGACACTATCTTTCATTTCGCGACACTATCTTTCATTTCGCGAC ACTATCTTTTATTTCGCGACACTATCTTTAATTTCGCGACACTATCTTTT ATTTTGCGACACTATCTTTATTAAAACGACACTATCTTTATTAAAACGAT ACTATCTTTCCAAAAAAACATTATCTTAATTGAAACAATACTATCTTTTT ACGGGATATTATCTTTTTTATGGAAGCCGAAAAGTGCCATCGACAAAAAA ATATTTAATTTCAGAAAAAAATAATTAATTTTAGAATAAAAGAATATTTG 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_121:58550..71240-

>TCONS_00047110 ID=TCONS_00047110|Name=TCONS_00047110|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=7026bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_121:58550..71240- (Clytia hemisphaerica)
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GATGATGATGAAATAGATGGTTGAATGAACAAGAAGTCAATCATTCCACT
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AGCTACATTTGAAAATAAAGATATTTCATTGAATGATTCCTGTATTTGTA
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AGATTGATTATAACCAGTGACAGAAAATCAAATATTAAGTGCTCCCTAGA
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CATTGATCTTTACAGGGTGTGGTCATGTAGACCCCTCTATCAGTCAAGAT
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TAAGAATGTTAATATTACATCTGCTGAAGGTTATGCTTTCTACTTTCGAG
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TGCTGCTCTTTTTGCATATAGTACAGATATATTGATCAAGGGTGAACTTA
TTTGTAAAGAGAATTCTCATACAGCTTTTGTCCTGGATTATTCATATCTC
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TGTTGAATTTTACTGAAAACAGCGCATTAAAAGGTGGTGCAATCTATTGT
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GGTCTATAGGAATTCTACTAAAGATATTCACACTTGTCCTCAATTTTATT
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TCACAAGCGTTAACCTTTACATCGACCCAGTGATTTGGGCTTTCAAGAGT
GTTTTTATTTTGGAAGGATTCCATATTGCAAATACAGCTGGAGTCTGTAT
TTTAGAACGATTTGATGAGCTTGACAAGTTATTTTTTAACTATTTATTCC
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TGTTATTGTGTGGGCGTATGGTGACTTGGCTCGAGTATCATTCAAGATCT
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TCCTGTATTTGTATTGTGGTTGACAAAGCATCTCTTAACAAAACATTTCA
TATAACTGCTCAAAGATTGATTATAACCAGTGACAGAAAATCAAATATTA
AGTGCTCCCTAGAAAATGAAACTGGGCTTTCTTTCAATGCGTCAAGTAAC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Expression

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Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR003368POMP_repeat
IPR011050Pectin_lyase_fold/virulence
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00047110 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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