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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00023403 ID=TCONS_00023403|Name=TCONS_00023403|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=622bp
CAACAAACAGAGGCTTGTGGCAAGAAGACATCAAGAACAATTTAAACGCG
TTTCACGAAATTTTATCTGCacgatttgaaaatgtttcttttcGTCAGTC
TTCTGGCAGCTTTTGCTGTTGTTCATGTTCAATCGTATGCCTTATTGGAA
CCTAAAATTGCCGAATTTGCCGTCAAGTGTGATGATGACTCAATTGCTGT
TTTTTTAAACAAGACCGCTTTGGATGAAAGACAAGATGGTATCAACAACA
ACCGAACATGGCAAATCTATTTCGAAGGTCAACGTGGTAATGGTGGTTGT
ACAACATACCATTGGGATACCAGTAAACAAGATGCCAACTTTGGAGCAGG
GGGAGCAATAACCAACCCATCTGCAGACCTTCCATCTAATGTCCATATCG
GCTCGGCAGTCACGAGTTGTGGAATCAATGTTTTTGCAGACGCCATCAAC
ATTATCTACAACACCACTGTCATTGTCATGTACGGTGAAAATCCAACTGC
TGGAATTGGACGTGAAGAGTACAATAAGTATAATGTCATGTGTTTGAGAA
ACCGCACTGTCGAAaccgatttgaaaaattttaatgtcaCTTACATCAAA
ACTGGAAAAGCCTCTAAAAGTA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000453:245647..253863+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023403 ID=TCONS_00023403|Name=TCONS_00023403|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8217bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000453:245647..253863+ (Clytia hemisphaerica)
CAACAAACAGAGGCTTGTGGCAAGAAGACATCAAGAACAATTTAAACGCG
TTTCACGAAATTTTATCTGCacgatttgaaaatgtttcttttcGTCAGTC
TTCTGGCAGCTTTTGCTGTTGTTCATGTTCAATCGTATGCCTTATTGGAA
CCTAAAATTGCCGGTAAGTTAACTATGTATTGAAAATCgagatttttttg
aaaggttgttatattttcgaaaatatattttttgagtttataaattttga
aatttttcaatttttgcgtACGAGATGCTCTGATATGCTGGGAGCCGATG
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Aaaagctttttataagaacattcaaaattttttaggcctgcagatgttct
aaacttttttagttttaagccttaaaaatgttcttaaaatgttcttattt
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GTTTTCATCATTACACTATTAAAATGGTGGGTAATTAAGCAAgataatta
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TGCAAAAGTAAAAGTATTTTTATGATAACGTCTTGGTTGTAAACCCTTAG
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TTGGAGCCAGGGGGGGggtaaaattttgtaaaaatattctaATTATTCAT
TTATGATGCTGAAGATATTCAAAGATTCAACTTAACTTTAGTATGTTTTA
TCCAATATTTGAACTTAGACCTTCTGAAGAAGGCTCCTTTTCTTCTAAGA
AACTACTGTAAATAGAAGTATGAAGCTTCAATGGCTAAATCAAGTAAGTC
GAGCACATTTTACTCATGCGCGACTTCTTtagaaattacacaaaaatact
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AGCTCGCAaagttttttctcaaagaacAGTCGAAGGCTTAGAAACTtggg
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TATTGACAGTAATACTTCTATTTCATTTAAGAATTTGCCGTCAAGTGTGA
TGATGACTCAATTGCTGTTTTTTTAAACAAGACCGCTTTGGATGAAAGAC
AAGATGGTATCAACAACAACCGAACATGGCAAATCTATTTCGAAGGTCAA
CGTGGTAATGGTGGTTGTACAACATACCATTGGGATACCAGTAAACAAGA
TGCCAACTTTGGAGCAGGGGGAGCAATAACCAACCCATCTGCAGACCTTC
CATCTAATGTCCATATCGGCTCGGCAGTCACGAGTTGTGGAATCAATGTT
TTTGCAGACGCCATCAACATTATCTACAACACCACTGTCATTGTCATGTA
CGGTGAAAATCCAACTGCTGGAATTGGACGTGAAGAGTACAATAAGTATA
ATGTCATGTGTTTGAGAAACCGCACTGTCGAAaccgatttgaaaaatttt
aatgtcaCTTACATCAAAACTGGAAAAGCCTCTAAAAGTAAGAAATCTTA
TGTCTGCAACATAAAACTATATTTTAACGTTATACATtgtagtctcttta
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TTAATAAGTTAAAAGTTTTACTCTTTAACtctaaatttccttaactcgaa
agaATTTGTATTCCCTTTCCgtgttcgagttacggagaccCCGTTATATT
ATAGATATGATGTTAGATTGACCTGATTTTGACGCTTCTGTGTTTGcttt
aaataactttttcctTTCGATAATGAAGTCCAAACTGAAGAAGGAGAGAG
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ttctaaaaaaccgatgcattttgggattgttttggattctattgtaatac
actcaaaacaattcaacaatgcatcacttttgtagaaaaatcaaaaactc
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TGTCTAGATAACACTGCGGATTTTGAATTCTCTCTCCTGCACTCGTCTAT
CGCCGGTCCCTCGAAACCAGTCTACAAACTTGGAGAATATATCAAATTCA
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TGTTGGACTACCACTGACGGATCAGCCAACTCGTACGATTTAATAAATGG
GTAAGATTGATTCAAGCATTCGAGCACGTTCATCtccataatttttttat
aattatttttaagtAAAACTCCTCTTATCGAAAAACCAAATCTTGCCAGC
CAGGTTATTTTAGTTTTCAATAGTTTATATCAGGTTTCATGTTCCAATGG
ATAAGGTCTTTGAGTTGtaccaaattgaaatatcttaaattaaaaaatat
tcaaagaacCCCCTCCCTCGCATCCCCAGAACTAAAGCAGATAAAAATTC
GATTTTCTCCTTAGGTGTCAAACAGAACCTGGAACTACCTTGGTAATAGT
AGCTCATCATAGATCCGTCTTCAAGACCGAAGCTTTCAGATACTTAGCTT
CAGACCATAACAAAATCCATGTTCAATGCATAGTCAAAGTGTGTTTACAG
GCACAAACGGGTTCTGGTTGCGATCAATGTACCGTCTCTGGGCGTAAAAG
ACGTAGTTCTGATGACACTACAGAAATTGAAGGATTTGAAGCACCCACAA
TGGTTGTCAAGTCACCCGCTTTCTACGTTGTGAAAGGTATATTGATTGAC
TTTCAGGCTCGTCAAAACAGCGGGAGTGTACAGGGTTTCCAAAACACGAG
AGTGGTGACCACGACAGAACACCAACGTTTTCTAACTGGGATCACACAGA
GAAATGGGATGGAATAGAAAAAGTGCTTCTCTGATTACCCGAAGTGTTCT
GATCGTGTCAATTGAAAACTCTTTTGTTTTACCTGTGTTTATAAAAGTGG
ttttatgtttttcgtttttgatccattactttttaaactttcagtatcca
gtaacaaattttacactaacttgtagtctgaaaaattatcatcacaatga
taccaaattatttctaaaaaaattgatagaaattcatcaaggacaaattt
gatttcttattttcgtgCACCTTAGCTTTTAATCTAATTATGTGGTGATG
ATGCCGTTATATCATTAGAATCGCTAGAAAATGCTAAGTAAGATCTTTTG
GTATAAAAGAGGTctccccaaaatataagcccttaaaCTTTCCGCATAAT
TTcacctgaaacaaaagaattttgtcataCCACTCtaattatacaacttt
tttaaagcaacaacaaagaaaattcattAGCTCAAAAGAAACTCCCTTAA
GGACAAAGGACCTGTTATATGACAAGCCGTTTATCTATTGTTctgaagaa
gctgtttttccatctctttacattcctctggatCACAATTCCAGATAGTG
AAATCgcctaaattattttttgttactgaaaaaaacagttttattcGGAA
ATACTGTACTTTTTAATTCTGTAGCACCAAAAGAAAATCCAATGGTAATA
GTTTTCCATATATATAAACTCCTAAAAACACACTTAAGTTGATCTTGTGT
GGCAAGAAATTATTTCGACAAAACGACTTTTCCCTATCATTATTGTTGGT
TCTTGCAGGCCCTTTCAAAGTATTTCGATTCTCTTTCAGATTCGACCACA
AGCGATAACGATGCTCAAACATCATCCTCCAATATCCTCAGTGGAACAAA
CGGATTAATTGTCATCATTCTTTTGGCAACTTTGGTGTTTGTTATTGCTG
CTGCCATTATCAAGAAAGTTTTCTTCAGTTCACCAGCTGCTGTTGCTTTC
CAAGGCCATGTTGTTTCGTATGATAACAAAGCTCTCACATAGATGAAACC
TTGTCTTTGCTACAACATTTAAAGACCACGttcattcatgatattcatga
cgtaatgttttctacggattCCGTAGAgaacattacgtcatggataTCAT
GCATTTGGTTGTAATACTATCGTAAACTTTAAGATATACCTTAGTAGTTC
tgtattttttacaatatttcaaaCACCTACTTTCCAGTTACAAATTTTCT
CTTCTTTCGACTTAAGATGCGCTGTGGCACGTAAAGTGCAGCAAATTCGA
tccttttttttgctttactGGGTATTGGGTATGGTAGTttttaattttac
attttttatttttgtaatatctaataaatgattttttttgtaaacaaatt
aatatttttgtgACTCTGTAAATAATAAAATACACTAATACGTTTGTACT
AAAATTGACAAAGACAACTATATGCATATCAATAGTtcaattcaaaatca
aaacactttttgcACGACTTTCTGCTTATTTTCTTGAGTTACACTATAAA
AGGGGTCAGGATCGTAGGGAAATGGGCAAAAATGATCAcagaaatggtca
aaataagaacaatatgAAGTCACAGAATCAGTTGACAATATTAATTTtgt
cgaccgccggaggcggtttctagACTTCATAGTGGTACgttaatctcgtt
ttgccttggctcattactgtgtctaccatttacttccAGGTTTTTAACtt
gattacccaggtgtttctctttttttccctgaatgtcttttattcggaaa
tgaataatcgagacatgaaaaatgactatattaaATCTGTTTCAATTAAT
AATCttaaatgtactggagatgacatgtaggcgttaataatgtgcgcgcg
ctcttgcGCGAGCGTGATGcatgatggaaggcggtcgtttcagtgtggtt
atATCCACACGTGAACTAGTAAGATATATCTTTATTCTCTTCTACTCTTT
AGagtaaataaattattttttacatgGCTAGTACAGTAATTTAGGCAAGT
TCGCAATGTATGTAGACCTGAAATCGTCGGGTTTTCACTACCGTCAAATT
CGAAATTGACGGACTTTCACGTCCAACATTTTCGAAGCGTCTGACGTGCA
TGCATTGTTAGATCTAAACAATTCGTCAAAGTCTTCACTGTGGTAAATTT
CGTAAATTGACTGACTTTCATTAAAATCCAATtccattaaaggttttgtt
tttacataagtgttcccgttttatatcagacacaCATTTCATGTCAGGAT
AATGTCTTGCTattgctgatataaacaaaaatgtttttcttttcctcttt
ctggccaatcttgctccacatccgttgAAGATtgtactctaatttttgtc
cccgcagGAAATAACCAGATGAGAAAATCCTCACTGGAAAATATAGTGCT
Atattttccatccccactgaattttctgagtaaaaaacaatagaattcga
gtccccagccataaaaacaagggaatatcaatcctaatcgagttttggtc
cgctatttttacccccacttgCTGATAAAACCCCATCGGGCCTGTGAGAA
GGGGGAGTCCTGAAACTTGTTATTTAAGGTAGATACAAAAAATCTGAACA
CAGCAAGGTTTGGANgtgagaagggggtgtcctGTAACTTGTTATTTAAG
GTAGATACAAAAAATCTGAACACAGCAAGGTTTGGATTTTTCTAAATAAC
CTGTCgtgatttttaaaacaatagaaaaaaacatcactgttttcatttgt
ttgtttgtttgtttatttatcttctttatttttcaatttttgaaaaaatt
ttatccttaattctccttggaaatatctttccaacggtgtgtATAAGTTT
CTAACATAGGATAAATGGGTGCTGcgaaaatgcttaaaaacatACTTTCG
AGACAGGCTTAAATTCAAAAGTTTGCTCAACAATCGAAGCACCAAgatga
taaaacaaaaaatagtgCTGTGGTACAAccacttagaaaaaaaaacaaaa
aaaagttggtattctATTCTTGAAAGACTACTCGCACTCAAAAATTatcg
atgttcttataaaaagaacgcTTGTATGCATGTTTATTTATATCTTTCAT
TAGAACTCGACCTATAGAACATTAAGTGTGGAATTTGGGGAAAAACTGTT
AAAACATGATCAGAACATTAATTCAAAAGTTTGCTCAACAATCGGAGCGT
CAATATGATAAAACGTCAAATAGTGCTGCAGTACAGCCACTTGGAAAAAA
GATTGGTACTCTATTCACAGACTTTTTAGCCTGCTGGCTTTGTTCGTCGT
TCGAGTTATTCGGAAATTTGTTTCGAGCTTTGGTCCTTAAGTTATTTTTT
GTTTCCATTGCTCCCCAAGCATTTACAGTTTTCTCATTAGTGCGTGTCAT
GTCTGCAGATCTAAAAAGACCTTTACTAACTTTATATGGTCCTAAGTAGT
AAAATAAGTACCCTCcttcaatcatttttgaatgcctaattaagaaaatt
tgtacaattatatttcttttgtttatcacATCCTCCTTTGGGAATTAATA
AAATCATAAagtagagaaaaaaaattcagaaatggACACGATACACATAA
GCAACAAGCAGAGGCTTGTGACAAGAAGAGATCTAGGAAAACTTATACGC
GTTTCACGAAATTTCATCTGCACGACTTGGAAATGTTTCTTTTCGTCAGT
CTTCTGGTGGCTTTTGCTGTTGTTCATGTTCAATCTTATGCCTTATTGGA
GCCTAAAATAGCCGGTGAGTAAACTATGTATTAAAAATCGAGAATTTTTA
TTTtcggaaatatattttttttaatttttataaattttgaaatttttcaa
tttttgcttaCGAGATTCTCTGATATGCTGGGAGccattgattaaaaaaa
ggCTATCGAAACAACTTTAGCTTTGTTTAGAGACGTACTAAAAAGTTGTt
tactgtacacgttttttttaataagaacatccaaaattttttagaCCTGC
AGCCTTATAATGTTtctaacgtgttcttatttttaccactttctgaatat
ttttgatcattttcctaagaaaatgggtgtttttgagtccacaaagcctt
cttatcttgttcttaacattttggccagtgaggccttatgttctttaatt
tgttcttataaaaaacgtgaacCTTACGCAGAGTTTACATCATTACACTA
TTAAAATGGTGCGTAATTAAGTTAGATAAACTACTGTATATAAAAAACAT
GAAGTTTCAATGGttacaaaaatacttttaaaaatggttcaaaataagaa
caatttaagaatatttatagTCTTAAAGCTTACAATGTCTTTTCTCAGAG
AACAGCCAAAGGCTTAGAAACTtaggattttcttataaaaaacgagtaTT
CCTGGATTTTTTTAATTGGTCAACACATATTGACAGTGATACTTCTATTT
TATTTAAGAATTTGCCGTCAAGTGTAATGATGACTCAATTGCTGTTTTTT
TCAACAAGACCGCTTTGGATGAAAGACAAGATGGTAACAATAACAACCGA
ACATGGCAAATCTATTTCGAAGGTCAACGTGGTGATGCCTCCTGTACAAC
ATACCATTGGGATACTACCAAACAAGATGCCAACTTTGGATTAGAGGGAG
AAATAAGCAACCCATCTGCAGACCTTCCATCTAATGTCAATATCGGCTCG
GCAGTCACAAGGTGTGGAATCAATGTTTTTGCAGACGCCATCAACATTAT
CTACAATACCACTGTCATTGTCATGTACGGTGAAAATCCAACTGCTGGAA
TTGGACGTGAAGAGTACAATAAGTATAATGTCATGTGTTTGAGAAACCGC
ACTGTCGAAAccgatttggaaaattttaatatCACTTACATCAAAACTGG
AAAAGCCTCTAAAAGTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:245647..245809 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:245647..245809 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:245647..245809 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:245647..245809 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:245647..245809 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:245647..245809 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:247028..247458 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:247028..247458 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:247028..247458 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:247028..247458 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:247028..247458 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:247028..247458 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:253836..253863 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1491911889:253836..253863 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:253836..253863 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1510915933:253836..253863 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:253836..253863 | TCONS_00023403-exon-sc0000453-1575043694:253836..253863 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000453 | supercontig | sc0000453:245647..253863 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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