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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00022580 ID=TCONS_00022580|Name=TCONS_00022580|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4565bp
CTATGTTAAAATGAAAAGCATGGTTTGAGctatcagtttaaagtttataa
GACAGTTAGTCAATGTTATTATatccaagcttttttgactgcAACTTAGT
CACTATTCGTTTGATTTAGCAAGAATTATTTTCATTGCCAGATTACTGGC
TGTGGTGCTGATACTATTTGAAAAGTTTGCTGGTTAAGTAGACTTTAAAT
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tcactttttgcttttgtttgcCGTTGTCATCAAAGACGTAATTAGGATCA
ACATAAACACTGTGTCTTTCTAATTCATCTTCACGTGATACATACATGGA
AACATGATCATGTATAGAGTTGCGATTACTATCTTCACCTTGCTTTgata
tcaaattatttttacttttgtcTGTTTTTTTACGGTATTTCACCTTATCT
GCCCTTTTGGTTGCTCCCTTTTTCTTATTGTGACGAACACAATAAACAAT
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CGATAAGCCAGGTCTTTGAATCAGAGTCTGGAGTATTTGTTGTTGATGGT
CTCCTAGATGTTCTTGGTGAACTGTTGTCCAAAGTCCCATTGTATTGTTG
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ATGATTCTAATCCATCACAAGAGATGGTTAATCTGACAAGTTTGCCTTGG
TATTCTGAAGATGGATTAGCTTTCAGATAGAGTAACTGatgttgtttatg
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TTCTTGAGAAgtgatatcaaaataaaaatttccctgTAATGTTTGTTTGT
TGACCACTTGATACTGGCATTCTTTTAGGATATCTGATTTCAAAAAACAT
gattcttttccttttttattgGTATAATATGTCCTGTTGTATTCACATTG
GCAAAGCTTTGACGTCCCTGTACAGAATGCTTGGTAGTTCCCACAACATA
CATTACAAcactctttgaaaaattgatctGAATTTAAATCTCTTTTGATC
TTAATTTCTTCTCCATATACAAAACTTACAACAAAAACATGAGCCaagac
aaacaaacaagacaaacaaaaaagtttgaccattttcgaattttcacatt
ttttatctaactatctatatattgaaagaaatttgaaataataataaaaa
tgacgcatAAATAGCACAAAAGATAAATAAAGACAATTTGAAAAAGCAGA
AGgaccaaaaaatatatttttttattcaagtgTTGAGCTATAAATGTTTG
GAAGACTGCCAAGGAAATTGACGTACTGTTTTGAATTTGACTAATCATCA
TTGCTACTTAAAATTTTGTACGTGAAAGTGGAATAAGACAACACAGTTGT
GACAAgtgtttttcaaaagaaaatcagtTTATTAACTCACAGCGGCTGTT
ATTTACTCATTCATATACTAATTTTAAGTCTAGCCTTTCCTTTATCATCA
TAATTTCCCTCTTGTTATAAAATAGAAACTgcacattttttcataaaatt
ctaTCCagcttaaaatttcaaattctagatctttctttttgctttttctt
tgcCTTTTGATGGTTGATGACAACTAGAATTTTGCATCTCTAGGATAGGA
TAGGCACTACAGAATGAACTTCCTTCTCAAAAACTGCCATTTTTACGTGA
TTTTCATCACAGAGACCTTTTGCTATCTAGTCAGGATGTCATATtggata
ccttaagggaataaattaatgcgagaaTGAATTAATGCAGAATAAATGAT
TAAATTAACATATCCTAACTGCGAGGGCAGCATACCTTTCACCAAAATTA
GAGCACAGAATTGAAAAGTTTCTAATAATAGTTTgtcccccctttcttaa
ggggggcgatgacaccttccaaaaaatgaagaagggggatcagaaatttt
catgaaaaagaggTAGCAAGTAGCAAGGAAGGGGgatagtttaagaaggg
gggcttacatattGTATAgtattttcaagcactgttataaagaaatttgg
tcttcatgataggaagttttctgttagagtagtcagagtcaaaaagaaga
aagaagtttattatttccCCCCGTTTTGTCTCTTGTCAGTTCTGAACAAT
TTTTGTGCctgttttctttttatcttaGCACTACTGGCCTAATCGTCCTG
GAATCATCGACATGGCtaacttaaaaatattttaacttattatatatttt
taacttacattctgatacaaaaatatctatttaatagtttttgatttcca
aattacaaatatttttcccAATTCCTACAAATCTCTACTTATTAAGCTAG
GCATTGCCTTGTCTTAGCTCTTTGATGGGCTCTGATATTTTGAGTCCACA
CCTACTTTTATGCTTTCAACCTTTTCACCAGCGCCTATACAACATCTGCG
Ctaatttttttaacttgtttattttatttttatcctttatgtttaaaatc
acgaaaatgtacTTAATGTATTACAGTATGTGATAATTCAAtaaaactag
aactagaactagaactagagcttttttgtccaaaatccttaAGCTAAAGA
TTTGGGTTAgcaaggcaaaaatcgctaaaaagctgctAAAATCATAATCC
TCACATATTGAAGTTCCAGCCGCACTGCCTTTGGACTATGTACTGTTCAC
AACTCTGGTCACCCTGGAAGTGTGTTGTTCAACAACTCGaagaagttcaa
aaatggttgctACATGGTACCGTCaactctaacttgggacaattggtcga
aacatgggactgttgatatctggtctgtattttcacttactgttaaatct
ctttgacaacaactttgttttgataactccaccaagtttatcaatcatac
tttctgtcacaaacatgtcacgataactttcactgatagcgcgctctttt
gaacttttttttttcattcaaaatgaatgGACACCGATTGttgagaatta
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cgagtgcgAAACTTGCCGCGCAATATATGATGTCAAACGTTCCATCATTT
TGCcactaatatggtcttctttgttccagaATTCGTGTTGTGTTCCActa
tatacagatttttttcatattttgattatttaaaagcctactcggtgcga
taGAAAtccatagctgtcaacttcgccacacaaaaatgcgggagagtGCC
ATGTCGGAAAGGTTTTCCAcgataatccaatttttccaaatcggaaaatc
gggaaataggGGGAATTTACCTGTGAAATGTGATTttgtcagaatttttt
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ctaaaattttgccatttcgttttttcaaaatctaattttttagAATAATA
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tcattgaaattgtACTGCCTCGAAAGACAGAGAGAGCGTTATCAAATGAT
TTACACCTGGAATGTCATTGAAGGCAATGTTCCTGAAACACCcttggaag
ttacgaagaaagcaagttgataaaagttaacttagaaacactcttaaaag
ttaagaagaaagcgagttgataaaaggtaacttagaaacactcttgaaag
ttatgaagtaagcaagttgatgaaaatggtcGTAAAaaaacccttgaaag
ttacgaagaaagcgagttgataaaagttaactttgaaacacccttgaaaa
atacgaagaaagcga Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00022580-protein >TCONS_00022580-protein ID=TCONS_00022580-protein|Name=TCONS_00022580-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=450bp
MVKLFCLSCLFVLAHVFVVSFVYGEEIKIKRDLNSDQFFKECCNVCCGNY
QAFCTGTSKLCQCEYNRTYYTNKKGKESCFLKSDILKECQYQVVNKQTLQ
GNFYFDITSQEGVDTELGALTFSPTSNVKKEKLHSCGFITLHFHSGPNWD
VGATTDFILKKHKQHQLLYLKANPSSEYQGKLVRLTISCDGLESCVMLKF
KGNMKEEIGFDQQYNGTLDNSSPRTSRRPSTTNTPDSDSKTWLIALIAGI
AVLFLVTVIIIIVYCVRHNKKKGATKRADKVKYRKKTDKSKNNLISKQGE
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YAYSQHDELPPLPTKHEYADIDPDHPYDNPESLPCPESRKSMGYAVLHGV
DSNQPGSVTSTADYQALTLEDKKDNPLHQKDPNSPDSPKYFQLDHGENAL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000427:82699..87263 Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00022580 ID=TCONS_00022580|Name=TCONS_00022580|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4565bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000427:82699..87263 (Clytia hemisphaerica)
tcgctttcttcgtatttttcaagggtgtttcaaagttaacttttatcaac
tcgctttcttcgtaactttcaagggttttTTTACgaccattttcatcaac
ttgcttacttcataactttcaagagtgtttctaagttaccttttatcaac
tcgctttcttcttaacttttaagagtgtttctaagttaacttttatcaac
ttgctttcttcgtaacttccaagGGTGTTTCAGGAACATTGCCTTCAATG
ACATTCCAGGTGTAAATCATTTGATAACGCTCTCTCTGTCTTTCGAGGCA
GTacaatttcaatgattttagtTTTTGATTGAGATGTCTGAGGGATGAAA
TACCGTCAGCTGCTCTATTATTctaaaaaattagattttgaaaaaacgaa
atggcaaaattttagattttggaaaattgagacgaaaaatttcctgattt
ccccgatttcctgaaaaaaaattctgacaaAATCACATTTCACAGGTAAA
TTCCCcctatttcccgattttccgatttggaaaaattggattatcgTGGA
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aaaaaaatctgtatatagTGGAACACAACACGAATtctggaacaaagaag
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gaaaaaaaaaagttcaaaagagcgcgctatcagtgaaagttatcgtgaca
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aagttgttgtcaaagagatttaacagtaagtgaaaatacagaccagatat
caacagtcccatgtttcgaccaattgtcccaagttagagttGACGGTACC
ATGTagcaaccatttttgaacttcttCGAGTTGTTGAACAACACACTTCC
AGGGTGACCAGAGTTGTGAACAGTACATAGTCCAAAGGCAGTGCGGCTGG
AACTTCAATATGTGAGGATTATGATTTTagcagctttttagcgatttttg
ccttgcTAACCCAAATCTTTAGCTtaaggattttggacaaaaaagctcta
gttctagttctagttctagttttaTTGAATTATCACATACTGTAATACAT
TAAgtacattttcgtgattttaaacataaaggataaaaataaaataaaca
agttaaaaaaattaGCGCAGATGTTGTATAGGCGCTGGTGAAAAGGTTGA
AAGCATAAAAGTAGGTGTGGACTCAAAATATCAGAGCCCATCAAAGAGCT
AAGACAAGGCAATGCCTAGCTTAATAAGTAGAGATTTGTAGGAATTggga
aaaatatttgtaatttggaaatcaaaaactattaaatagatatttttgta
tcagaatgtaagttaaaaatatataataagttaaaatatttttaagttaG
CCATGTCGATGATTCCAGGACGATTAGGCCAGTAGTGCtaagataaaaag
aaaacagGCACAAAAATTGTTCAGAACTGACAAGAGACAAAACGGGGgga
aataataaacttctttcttctttttgactctgactactctaacagaaaac
ttcctatcatgaagaccaaatttctttataacagtgcttgaaaatacTAT
ACaatatgtaagccccccttcttaaactatcCCCCTTCCTTGCTACTTGC
TAcctctttttcatgaaaatttctgatcccccttcttcattttttggaag
gtgtcatcgccccccttaagaaaggggggacAAACTATTATTAGAAACTT
TTCAATTCTGTGCTCTAATTTTGGTGAAAGGTATGCTGCCCTCGCAGTTA
GGATATGTTAATTTAATCATTTATTCTGCATTAATTCAttctcgcattaa
tttattcccttaaggtatccaATATGACATCCTGACTAGATAGCAAAAGG
TCTCTGTGATGAAAATCACGTAAAAATGGCAGTTTTTGAGAAGGAAGTTC
ATTCTGTAGTGCCTATCCTATCCTAGAGATGCAAAATTCTAGTTGTCATC
AACCATCAAAAGgcaaagaaaaagcaaaaagaaagatctagaatttgaaa
ttttaagctGGAtagaattttatgaaaaaatgtgcAGTTTCTATTTTATA
ACAAGAGGGAAATTATGATGATAAAGGAAAGGCTAGACTTAAAATTAGTA
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tgaaaaacacTTGTCACAACTGTGTTGTCTTATTCCACTTTCACGTACAA
AATTTTAAGTAGCAATGATGATTAGTCAAATTCAAAACAGTACGTCAATT
TCCTTGGCAGTCTTCCAAACATTTATAGCTCAAcacttgaataaaaaaat
atattttttggtcCTTCTGCTTTTTCAAATTGTCTTTATTTATCTTTTGT
GCTATTTatgcgtcatttttattattatttcaaatttctttcaatatata
gatagttagataaaaaatgtgaaaattcgaaaatggtcaaacttttttgt
ttgtcttgtttgtttgtcttGGCTCATGTTTTTGTTGTAAGTTTTGTATA
TGGAGAAGAAATTAAGATCAAAAGAGATTTAAATTCagatcaatttttca
aagagtgTTGTAATGTATGTTGTGGGAACTACCAAGCATTCTGTACAGGG
ACGTCAAAGCTTTGCCAATGTGAATACAACAGGACATATTATACcaataa
aaaaggaaaagaatcATGTTTTTTGAAATCAGATATCCTAAAAGAATGCC
AGTATCAAGTGGTCAACAAACAAACATTAcagggaaatttttattttgat
atcacTTCTCAAGAAGGAGTCGATACAGAATTGGGAGCATTGACATTTTC
ACCAActtctaatgttaaaaaagaaaaacttcactCCTGTGGTTTTATTA
CACTTCACTTTCACAGTGGACCAAATTGGGATGTTGGAGCAACTActgat
ttcattttgaaaaaacataaacaacatCAGTTACTCTATCTGAAAGCTAA
TCCATCTTCAGAATACCAAGGCAAACTTGTCAGATTAACCATCTCTTGTG
ATGGATTAGAATCATGTGTCATGTTGAAATTTAAGGGAAATATGAAGGAG
GAAATTGGTTTTGATCAACAATACAATGGGACTTTGGACAACAGTTCACC
AAGAACATCTAGGAGACCATCAACAACAAATACTCCAGACTCTGATTCAA
AGACCTGGCTTATCGCTTTGATAGCTGGTATCGCCGTGCTGTTTTTGGTT
ACAGTCATCATTATAATTGTTTATTGTGTTCGTCACAATAAGAAAAAGGG
AGCAACCAAAAGGGCAGATAAGGTGAAATACCGTAAAAAAACAgacaaaa
gtaaaaataatttgatatcAAAGCAAGGTGAAGATAGTAATCGCAACTCT
ATACATGATCATGTTTCCATGTATGTATCACGTGAAGATGAATTAGAAAG
ACACAGTGTTTATGTTGATCCTAATTACGTCTTTGATGACAACGgcaaac
aaaagcaaaaagtgaaaaatccaAATTATGATTATGCATACAGTCAACAT
GATGAGTTGCCACCATTACCTACAAAGCACGAGTATGCTGATATTGATCC
TGATCATCCTTACGATAACCCTGAGTCATTACCCTGTCCTGAAAGCCGTA
AAAGTATGGGATATGCCGTCTTGCATGGTGTAGATTCCAACCAACCAGGT
AGTGTCACTTCTACTGCAGATTATCAAGCATTGACTTTGGAAGATAAAAA
AGATAACCCCTTGCATCAAAAGGATCCAAATTCACCAGATTCACCTAAAT
ATTTCCAACTAGACCATGGTGAAAATGCTCTataaaatagttttcaaaaa
caatttatcGGAAAGTCTGAGTTATCATTTTCTGTTTCCTTTTGCTCAAA
CTTTGGAAATCAATATACAAGGTATACGTTGGTACAATATTGTATTGAAT
GGATCTTCAAATCACTTTGGcaattttttgcatattttgaaaaaaaagcc
aatttttatttattttagatttatcTTAATAGTTTTATGTTTTCTACTGT
acattatttctttttttcaatttttttatttgatattatttttctcaaac
CTGTATTACtgtagttttttatttattttgcatagaactttttttttgaa
tctAGTATAATAGCCATTTAAAGTCTACTTAACCAGCAAACTTTTCAAAT
AGTATCAGCACCACAGCCAGTAATCTGGCAATGAAAATAATTCTTGCTAA
ATCAAACGAATAGTGACTAAGTTgcagtcaaaaaagcttggatATAATAA
CATTGACTAACTGTCttataaactttaaactgatagCTCAAACCATGCTT
TTCATTTTAACATAG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000427:82699..87263 >TCONS_00022580 ID=TCONS_00022580|Name=TCONS_00022580|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1353bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000427:82699..87263 (Clytia hemisphaerica)
atggtcaaacttttttgtttgtcttgtttgtttgtcttGGCTCATGTTTT
TGTTGTAAGTTTTGTATATGGAGAAGAAATTAAGATCAAAAGAGATTTAA
ATTCagatcaatttttcaaagagtgTTGTAATGTATGTTGTGGGAACTAC
CAAGCATTCTGTACAGGGACGTCAAAGCTTTGCCAATGTGAATACAACAG
GACATATTATACcaataaaaaaggaaaagaatcATGTTTTTTGAAATCAG
ATATCCTAAAAGAATGCCAGTATCAAGTGGTCAACAAACAAACATTAcag
ggaaatttttattttgatatcacTTCTCAAGAAGGAGTCGATACAGAATT
GGGAGCATTGACATTTTCACCAActtctaatgttaaaaaagaaaaacttc
actCCTGTGGTTTTATTACACTTCACTTTCACAGTGGACCAAATTGGGAT
GTTGGAGCAACTActgatttcattttgaaaaaacataaacaacatCAGTT
ACTCTATCTGAAAGCTAATCCATCTTCAGAATACCAAGGCAAACTTGTCA
GATTAACCATCTCTTGTGATGGATTAGAATCATGTGTCATGTTGAAATTT
AAGGGAAATATGAAGGAGGAAATTGGTTTTGATCAACAATACAATGGGAC
TTTGGACAACAGTTCACCAAGAACATCTAGGAGACCATCAACAACAAATA
CTCCAGACTCTGATTCAAAGACCTGGCTTATCGCTTTGATAGCTGGTATC
GCCGTGCTGTTTTTGGTTACAGTCATCATTATAATTGTTTATTGTGTTCG
TCACAATAAGAAAAAGGGAGCAACCAAAAGGGCAGATAAGGTGAAATACC
GTAAAAAAACAgacaaaagtaaaaataatttgatatcAAAGCAAGGTGAA
GATAGTAATCGCAACTCTATACATGATCATGTTTCCATGTATGTATCACG
TGAAGATGAATTAGAAAGACACAGTGTTTATGTTGATCCTAATTACGTCT
TTGATGACAACGgcaaacaaaagcaaaaagtgaaaaatccaAATTATGAT
TATGCATACAGTCAACATGATGAGTTGCCACCATTACCTACAAAGCACGA
GTATGCTGATATTGATCCTGATCATCCTTACGATAACCCTGAGTCATTAC
CCTGTCCTGAAAGCCGTAAAAGTATGGGATATGCCGTCTTGCATGGTGTA
GATTCCAACCAACCAGGTAGTGTCACTTCTACTGCAGATTATCAAGCATT
GACTTTGGAAGATAAAAAAGATAACCCCTTGCATCAAAAGGATCCAAATT
CACCAGATTCACCTAAATATTTCCAACTAGACCATGGTGAAAATGCTCTa
taa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00022580-exon-sc0000427-1491911889:82699..87263 | TCONS_00022580-exon-sc0000427-1491911889:82699..87263 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022580-exon-sc0000427-1510915933:82699..87263 | TCONS_00022580-exon-sc0000427-1510915933:82699..87263 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022580-exon-sc0000427-1575043694:82699..87263 | TCONS_00022580-exon-sc0000427-1575043694:82699..87263 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000427 | supercontig | sc0000427:82699..87263 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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